genome.fa.s166.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold166
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2719372

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187161--187233	20	3.7	19	83	7	76	36	17	16	28	1.92
189351--189406	20	2.8	19	89	5	76	37	16	17	28	1.91
189476--189501	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
189458--189521	32	2.0	33	90	3	103	43	14	12	29	1.81
193578--193608	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
194697--194929	116	2.0	116	99	0	457	24	20	18	36	1.95
195807--195871	13	5.0	13	92	0	112	35	18	15	30	1.92
195807--195871	26	2.5	26	100	0	130	35	18	15	30	1.92
195982--196027	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
198293--198369	20	3.8	20	93	3	111	35	15	18	31	1.92
198399--198461	19	3.7	18	76	24	73	42	15	12	28	1.84
198417--198442	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
198399--198461	32	2.0	32	93	6	110	42	15	12	28	1.84
199686--199801	18	6.4	18	65	20	55	39	0	0	59	1.03
199722--199801	36	2.2	36	82	6	101	42	1	0	56	1.07
203502--203527	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
204111--204149	18	2.2	18	100	0	78	15	15	23	46	1.83
204161--204196	7	4.9	7	87	12	54	80	2	0	16	0.83
204161--204196	16	2.4	15	86	13	56	80	2	0	16	0.83
205622--205782	81	2.0	81	91	0	259	18	13	21	47	1.82
212534--212566	15	2.2	15	100	0	66	57	6	21	15	1.59
212561--212633	19	3.8	19	82	8	85	39	10	13	35	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
213407--214416	28	35.8	28	82	3	917	24	16	29	28	1.97
213927--214472	28	19.5	27	83	5	312	26	16	29	27	1.97
213927--214486	56	10.0	55	83	5	367	26	16	29	27	1.97
223010--223086	20	3.8	20	82	0	100	42	11	12	32	1.80
226080--226136	11	5.7	9	75	20	51	31	0	26	42	1.56
226080--226136	21	2.8	20	78	7	69	31	0	26	42	1.56
227096--227165	30	2.3	30	95	4	124	34	11	8	45	1.71
232540--232582	22	2.0	22	86	9	61	37	9	4	48	1.56
233854--233884	13	2.4	13	100	0	62	29	25	9	35	1.88
234312--234371	20	2.7	22	82	12	70	40	0	3	56	1.16
234305--234362	18	3.1	18	75	22	57	44	0	3	51	1.18
236577--237012	164	2.6	166	80	7	424	34	11	7	47	1.67
250558--250609	19	2.6	21	90	6	81	38	13	15	32	1.86
250662--250687	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
253028--253266	51	4.6	51	81	6	277	29	26	12	31	1.92
253028--253266	103	2.3	103	85	5	331	29	26	12	31	1.92
253236--253452	79	2.7	79	89	0	344	24	27	17	30	1.97
253406--253505	28	3.6	28	97	0	182	20	31	22	27	1.98
253464--253631	78	2.1	79	88	1	248	27	23	14	33	1.94
266014--266105	1	92.0	1	73	0	76	86	8	2	2	0.72
266013--266098	28	2.9	29	86	6	113	86	9	1	3	0.75
266014--266094	25	3.2	25	83	14	103	87	8	1	2	0.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
266014--266105	14	6.4	14	79	10	98	86	8	2	2	0.72
266015--266098	24	3.6	23	78	13	91	86	9	1	2	0.70
266015--266094	41	2.0	41	92	5	135	87	8	1	2	0.69
266014--266107	25	3.6	26	79	9	102	86	8	3	2	0.76
267104--267365	60	4.5	61	80	8	250	24	28	21	25	1.99
267394--267568	61	2.9	58	88	5	242	25	28	20	25	1.99
267167--267586	215	2.0	214	86	4	596	24	28	20	26	1.99
267581--267764	61	3.0	61	79	10	232	24	26	20	28	1.99
267449--267695	135	1.8	135	95	1	451	23	27	18	29	1.98
267394--267765	196	1.9	195	85	7	513	24	27	19	28	1.99
267780--267882	42	2.4	43	80	6	120	13	23	13	49	1.77
268614--268665	19	2.6	21	87	6	72	38	11	15	34	1.83
271089--271325	51	4.6	51	83	3	298	30	26	10	32	1.91
271089--271325	102	2.3	103	87	2	334	30	26	10	32	1.91
271309--271381	27	2.7	26	83	10	85	23	30	21	24	1.99
271336--271662	79	4.2	78	83	6	365	27	24	14	33	1.95
271336--271662	157	2.1	158	81	5	376	27	24	14	33	1.95
275140--275228	46	1.9	47	95	2	162	43	5	23	26	1.76
275982--276035	20	2.7	20	88	5	74	37	12	18	31	1.89
279109--279147	20	1.9	20	89	5	60	38	23	15	23	1.92
279136--279199	33	2.0	32	84	3	83	32	12	15	39	1.85
280433--280509	28	2.8	27	84	7	93	25	16	33	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
280494--280666	52	3.4	51	78	5	186	32	12	24	29	1.92
280708--280838	51	2.5	52	82	5	165	31	9	25	32	1.89
280441--280830	211	1.8	210	87	3	586	30	13	26	29	1.94
280498--280830	51	6.3	53	66	14	161	31	12	25	30	1.93
283198--283223	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
283177--283243	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
283263--283330	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
283285--283309	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
283266--283328	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
289638--289765	52	2.5	52	92	1	213	29	17	17	35	1.92
289638--289791	52	3.0	52	88	2	204	29	16	18	35	1.93
290432--290484	25	2.1	25	100	0	106	41	11	28	18	1.85
290465--290840	49	7.9	49	83	7	461	30	18	26	24	1.98
290494--290835	142	2.4	145	87	7	515	29	18	26	25	1.98
290851--290921	30	2.5	28	83	4	88	18	16	29	35	1.93
290912--291249	34	10.3	34	76	12	253	34	13	30	21	1.92
291030--291115	28	2.9	30	77	6	104	23	17	30	29	1.97
292704--292787	1	84.0	1	68	0	51	0	8	7	84	0.78
292699--292767	13	5.0	13	78	16	59	0	4	11	84	0.77
292690--292747	16	3.7	16	81	11	75	0	0	17	82	0.66
292690--292753	31	2.2	28	88	8	92	0	0	15	84	0.63
292705--292767	27	2.3	27	84	10	83	0	4	9	85	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
306641--306795	52	3.0	52	88	3	224	29	16	18	35	1.93
306879--306935	13	3.9	13	72	24	51	31	15	15	36	1.90
306863--306954	32	2.9	32	90	0	148	33	17	13	35	1.88
306842--306922	19	4.6	19	75	18	86	34	18	13	33	1.90
310409--310544	67	2.0	67	100	0	272	40	13	22	24	1.89
312048--312075	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
312118--312182	33	2.0	33	87	0	94	40	13	12	33	1.82
312138--312162	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
320969--321295	159	2.1	157	83	3	415	29	27	11	32	1.91
320993--321296	79	3.8	79	78	8	314	29	26	10	32	1.90
323456--323531	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
323455--323540	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
323446--323560	42	2.7	42	91	0	185	43	2	45	8	1.48
329147--329189	21	2.0	21	86	8	61	41	0	0	58	0.98
329190--329216	7	3.9	7	100	0	54	14	0	44	40	1.46
335359--335416	20	2.9	20	100	0	116	31	15	10	43	1.80
335327--335416	40	2.2	41	84	7	114	32	13	11	43	1.79
336247--336294	21	2.4	22	80	16	59	22	22	10	43	1.84
345174--345215	20	2.1	20	86	0	57	4	30	0	64	1.14
352343--352397	20	2.6	22	88	8	80	30	14	9	45	1.76
357230--357291	32	1.9	33	86	3	90	29	16	16	38	1.90
359351--359395	20	2.1	22	88	8	67	6	26	48	17	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
359358--359402	20	2.1	21	84	8	56	8	26	44	20	1.80
359837--359861	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
366002--366027	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
365982--366045	33	2.0	32	90	3	101	28	14	18	39	1.90
372529--372566	18	2.1	18	95	0	67	39	0	10	50	1.37
373293--373343	20	2.6	19	81	6	66	31	15	13	39	1.87
378311--378363	22	2.4	23	84	9	67	47	11	13	28	1.77
378454--378491	20	1.9	19	89	5	58	31	18	5	44	1.72
383315--383347	16	2.1	16	100	0	66	45	24	18	12	1.83
383741--384144	206	2.0	205	99	0	799	32	14	21	32	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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