genome.fa.s166.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold166
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2719372

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2319225--2319392	61	2.8	60	86	6	214	19	31	14	33	1.92
2319443--2319518	34	2.2	34	85	2	107	22	32	14	30	1.94
2319529--2319659	61	2.2	59	88	2	190	26	33	9	30	1.88
2319616--2319698	26	3.2	25	70	26	64	25	28	12	33	1.92
2319582--2319746	87	1.9	87	84	2	224	24	30	9	35	1.87
2319817--2319950	33	4.0	33	72	14	105	22	24	14	38	1.92
2319050--2319996	424	2.2	423	80	6	1056	22	30	12	34	1.91
2319950--2321125	27	38.2	32	68	14	245	23	29	11	35	1.90
2319979--2320183	59	3.4	60	74	17	185	22	31	12	33	1.91
2319950--2320161	32	6.8	33	78	9	123	21	30	12	35	1.91
2319944--2320183	120	2.0	119	87	7	344	22	30	12	34	1.91
2320003--2320186	93	2.0	87	80	10	201	22	31	10	34	1.89
2320219--2320313	34	2.8	34	76	6	102	24	25	13	36	1.92
2320410--2320466	26	2.2	26	83	3	69	19	26	14	40	1.89
2319846--2320527	367	1.9	363	79	7	788	23	29	12	35	1.91
2320336--2320617	59	4.7	60	78	9	267	22	28	10	37	1.88
2320469--2320671	91	2.3	91	82	8	251	24	28	12	33	1.92
2320590--2320713	34	3.9	34	76	14	136	21	30	13	33	1.92
2320410--2320736	150	2.2	149	83	8	414	23	28	12	35	1.91
2320557--2320793	61	3.9	62	81	7	245	23	29	13	33	1.93
2320376--2320811	211	2.1	206	84	6	583	23	29	12	34	1.91
2320829--2320919	35	2.6	34	78	1	92	24	26	15	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2320852--2320919	34	2.0	35	82	2	84	23	30	11	33	1.91
2320955--2321032	32	2.7	29	84	9	88	23	30	10	35	1.88
2320956--2321078	59	2.1	60	87	4	178	22	29	9	38	1.86
2321015--2321125	34	3.3	34	81	7	127	19	29	9	41	1.82
2324209--2324349	52	2.7	52	90	2	221	31	17	17	33	1.94
2324338--2324362	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2324428--2324452	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2324406--2324472	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
2324510--2324551	21	2.0	21	90	0	66	35	14	14	35	1.86
2325399--2326416	49	21.0	49	86	2	1439	32	17	26	23	1.97
2325342--2326416	98	11.0	98	95	2	1841	32	17	26	23	1.97
2326446--2326510	33	1.9	34	96	3	123	16	18	36	27	1.93
2326495--2327018	105	5.1	102	78	14	340	33	12	33	20	1.91
2326495--2327016	33	15.3	34	79	14	485	32	12	33	20	1.91
2326903--2326954	27	1.9	27	96	0	95	21	17	38	23	1.93
2326803--2326991	60	3.0	61	83	8	245	31	13	33	20	1.92
2326932--2327049	30	3.8	31	84	4	121	31	16	28	22	1.96
2327772--2327887	30	3.8	30	79	10	128	24	31	14	29	1.95
2327767--2327887	63	1.9	63	91	6	201	23	32	14	29	1.94
2327864--2327986	32	3.7	34	80	12	132	25	29	10	34	1.89
2327957--2328103	27	5.2	26	76	15	141	24	32	12	29	1.93
2328006--2328073	34	2.0	34	94	0	118	22	30	16	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2327978--2328131	61	2.6	61	83	2	177	23	33	13	29	1.93
2328071--2328665	27	19.0	33	70	17	156	22	29	12	35	1.91
2328071--2328204	34	4.0	33	84	7	137	18	30	10	40	1.84
2328165--2328251	44	2.0	44	93	0	147	19	25	10	44	1.82
2328264--2328476	86	2.5	86	85	3	272	23	28	15	33	1.94
2328364--2329255	27	29.9	27	71	16	209	21	29	13	34	1.92
2328421--2328520	30	3.2	30	83	8	137	24	30	14	32	1.94
2328655--2328721	34	2.0	34	90	0	107	20	32	14	31	1.93
2328696--2329511	59	13.5	59	71	15	193	20	29	13	36	1.91
2328687--2328954	112	2.3	113	78	5	272	20	28	15	35	1.94
2328781--2328982	86	2.3	88	79	8	207	21	30	15	32	1.95
2328838--2328996	30	5.2	30	72	13	128	20	29	15	33	1.94
2328899--2329029	63	2.1	62	88	1	190	19	29	14	35	1.92
2329012--2329147	67	2.1	67	85	2	186	18	27	9	44	1.80
2328927--2329544	32	19.8	33	71	14	250	20	30	12	36	1.90
2329234--2329383	30	4.9	29	72	11	95	22	30	14	34	1.93
2329234--2329371	63	2.2	63	79	3	145	23	30	13	33	1.92
2329420--2329472	27	2.0	27	84	0	70	22	32	13	32	1.92
2329602--2330305	52	13.9	51	71	13	354	25	23	15	35	1.94
2329713--2329881	43	3.7	43	72	13	131	26	23	16	33	1.96
2329653--2330132	95	5.0	93	75	12	319	26	23	15	34	1.94
2330896--2330921	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2331906--2331950	21	2.2	20	82	17	58	22	15	17	44	1.86
2334558--2334653	51	1.9	50	82	6	122	38	9	21	30	1.85
2334685--2334805	52	2.3	52	85	1	163	31	12	27	28	1.93
2334789--2334864	28	2.7	28	83	0	98	23	19	32	23	1.97
2334844--2334963	51	2.4	51	78	2	143	28	14	27	30	1.95
2334931--2335151	79	2.8	79	88	2	320	34	14	23	27	1.93
2335838--2335948	20	5.6	20	90	2	161	40	15	18	26	1.89
2337571--2337784	95	2.2	95	79	4	214	29	21	13	35	1.91
2341159--2341211	21	2.5	22	81	12	65	64	5	9	20	1.44
2341467--2341640	43	4.1	43	75	11	151	17	26	17	38	1.92
2341672--2342528	43	20.2	43	79	6	834	15	28	18	36	1.92
2341672--2342528	85	10.1	86	80	5	789	15	28	18	36	1.92
2341672--2342528	128	6.7	127	79	7	684	15	28	18	36	1.92
2341814--2342528	255	2.8	255	88	1	1017	15	28	18	37	1.92
2341669--2342528	255	3.4	253	83	4	964	15	29	18	36	1.92
2343045--2343078	9	3.9	9	96	3	61	88	0	0	11	0.52
2343612--2343692	30	2.7	30	82	1	110	43	33	14	8	1.76
2343999--2344049	19	2.6	19	90	3	75	15	17	5	60	1.54
2346174--2346226	19	2.7	20	91	2	90	32	11	16	39	1.85
2346282--2346430	52	2.9	50	87	6	199	34	17	16	30	1.93
2353762--2353991	97	2.4	98	85	2	331	29	10	29	30	1.90
2355707--2355747	9	4.3	9	84	9	55	0	17	0	82	0.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2355709--2355738	11	2.7	11	94	0	51	0	20	0	80	0.72
2357220--2357308	31	2.9	31	94	0	160	16	21	31	30	1.96
2357298--2357671	28	13.1	28	80	6	335	23	16	27	32	1.96
2357298--2357917	57	10.7	56	78	9	496	24	16	27	31	1.96
2357629--2357712	41	2.0	41	93	0	141	20	21	27	30	1.98
2357670--2357917	28	8.8	28	87	2	343	24	17	27	31	1.97
2357600--2357740	69	2.0	70	88	1	212	24	19	25	29	1.99
2359213--2359293	1	81.0	1	75	0	54	1	1	12	85	0.73
2359213--2359284	12	6.4	11	76	21	60	0	1	13	84	0.68
2359213--2359293	11	7.6	10	78	19	76	1	1	12	85	0.73
2359213--2359293	20	4.3	19	82	16	89	1	1	12	85	0.73
2359213--2359294	24	3.5	23	80	12	87	1	1	13	84	0.75
2361663--2361727	33	2.0	33	87	0	94	32	15	15	36	1.89
2361778--2361804	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2368821--2368856	3	12.0	3	93	0	63	30	33	0	36	1.58
2375177--2375224	15	3.2	15	72	0	51	16	2	41	39	1.60
2380364--2380396	16	2.0	17	88	5	50	33	12	12	42	1.79
2380867--2381089	98	2.3	98	86	0	304	30	11	28	29	1.92
2382816--2382864	11	4.2	12	84	7	57	0	22	0	77	0.77
2382816--2382866	13	4.2	12	83	11	61	0	21	0	78	0.75
2382820--2382868	25	2.0	24	92	4	80	0	20	0	79	0.73
2382823--2382868	23	2.0	23	87	8	67	0	19	0	80	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2382823--2382868	11	4.1	11	84	13	58	0	19	0	80	0.71
2382816--2382867	12	4.2	13	88	9	74	0	21	0	78	0.74
2384259--2384395	52	2.7	52	88	1	195	45	10	14	29	1.79
2386069--2386300	28	7.9	31	81	8	161	23	18	28	29	1.97
2386097--2386481	28	13.5	28	82	7	373	24	18	29	28	1.98
2405151--2405660	79	6.5	79	80	4	419	35	10	24	29	1.89
2405594--2405697	51	2.0	51	87	7	149	38	5	23	32	1.78
2405518--2405779	134	2.0	130	83	5	330	34	8	24	32	1.85
2405648--2405915	83	3.4	79	79	4	236	36	10	23	29	1.88
2405726--2405901	77	2.3	79	84	4	232	36	10	23	28	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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