genome.fa.s179.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold179
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2991183

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
359--398	20	2.0	20	85	14	55	32	22	0	45	1.53
1344--1368	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1325--1390	33	2.0	32	85	2	87	34	12	13	39	1.82
1433--1457	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1467--1588	51	2.3	53	92	4	203	32	19	18	29	1.95
9420--9446	10	2.7	10	100	0	54	0	0	22	77	0.76
19138--19238	1	101.0	1	74	0	67	85	10	1	1	0.77
19138--19238	21	5.3	19	75	24	97	85	10	1	1	0.77
19138--19237	27	4.0	24	80	16	105	85	11	2	2	0.78
19137--19238	31	3.3	29	81	13	100	84	11	1	1	0.79
19139--19238	41	2.4	41	83	8	123	85	11	2	2	0.78
19137--19237	51	2.0	51	86	5	143	84	11	1	1	0.80
20680--21133	30	15.3	29	74	9	258	28	28	17	25	1.97
20709--21133	57	7.2	57	71	11	202	28	29	17	24	1.97
20892--21149	88	2.9	87	84	6	324	30	29	18	21	1.97
20914--21131	117	1.9	117	90	1	348	31	27	17	23	1.97
20892--21161	59	4.6	57	81	4	279	30	29	18	21	1.97
20896--21161	30	9.0	30	77	13	118	30	29	18	22	1.97
20892--21161	117	2.3	117	82	5	332	30	29	18	21	1.97
21154--21391	49	4.9	49	85	8	308	26	24	16	32	1.96
21246--21338	43	2.2	43	96	0	168	26	24	17	31	1.97
21200--21391	92	2.0	95	91	4	309	26	24	16	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21292--21403	52	2.1	55	86	8	160	24	23	14	38	1.92
21292--21428	52	2.6	52	82	3	148	23	24	16	36	1.94
25128--25255	52	2.5	52	92	3	206	31	17	17	34	1.93
25128--25275	52	2.9	50	84	12	176	32	16	17	33	1.93
25264--25288	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
25329--25395	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
25351--25375	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
26178--26811	49	12.8	52	83	8	579	30	17	26	25	1.97
26242--26811	49	11.7	49	87	3	814	29	18	26	25	1.98
26811--26984	33	5.2	33	92	5	296	19	17	35	27	1.94
26966--27697	34	21.9	34	79	15	662	33	12	33	20	1.91
27020--27697	98	6.8	93	77	17	524	33	13	33	20	1.91
26987--27690	71	10.5	66	81	13	740	33	12	33	20	1.91
26966--27748	169	4.7	170	84	10	919	32	13	33	20	1.91
27563--27614	27	1.9	27	96	0	95	21	17	38	23	1.93
27328--27697	61	5.7	63	81	12	344	32	13	32	21	1.91
27329--27749	130	3.2	129	80	11	321	32	13	32	21	1.92
35944--36071	52	2.5	52	92	3	206	31	18	17	32	1.94
35944--36091	52	2.9	52	85	5	167	32	18	17	31	1.94
36080--36104	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
36145--36211	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
36167--36191	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36680--36746	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
36700--36724	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
36762--36821	21	2.9	21	97	0	111	41	15	10	33	1.80
36808--36832	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
36700--36904	108	1.9	105	82	8	254	35	16	13	34	1.88
36841--36964	52	2.4	52	93	1	205	37	18	16	28	1.92
49153--50215	157	6.8	154	77	8	793	39	21	16	22	1.92
49154--50217	313	3.4	309	76	7	959	39	21	16	22	1.92
49154--50282	156	7.2	153	76	8	772	39	21	16	23	1.92
50501--50531	16	1.9	16	100	0	62	22	0	0	77	0.77
53522--53557	16	2.2	17	95	5	65	77	0	0	22	0.76
54005--54037	14	2.3	15	94	5	59	84	0	12	3	0.72
54368--54429	25	2.5	25	81	5	72	50	22	20	6	1.71
55422--55470	20	2.5	20	86	3	64	14	18	28	38	1.90
55622--55668	3	15.0	3	79	16	51	4	2	29	63	1.25
56422--56507	25	3.4	25	83	3	111	6	25	22	45	1.77
65463--65503	18	2.3	18	86	0	64	43	17	17	21	1.87
65762--65937	29	6.1	28	80	5	174	34	20	4	40	1.73
65785--65937	57	2.7	56	87	4	216	33	20	3	41	1.71
68102--68285	97	1.9	97	85	2	253	43	20	12	23	1.86
71185--71226	16	2.5	17	84	3	59	76	0	4	19	0.96
81921--82013	34	2.6	35	84	6	125	20	27	12	38	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81810--82157	155	2.2	154	83	5	425	20	27	14	37	1.92
82196--82285	31	2.9	31	77	12	103	27	28	26	16	1.97
82997--83070	21	3.6	21	80	7	80	40	13	16	29	1.86
85958--86022	33	2.0	33	87	0	94	38	15	13	32	1.87
92711--92737	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
92800--92852	20	2.7	20	82	5	54	33	15	22	28	1.94
94153--94219	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
94173--94197	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
94262--94286	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
94295--94414	52	2.3	52	95	0	213	35	19	17	28	1.94
98092--98126	3	11.7	3	93	0	61	31	0	34	34	1.58
100429--100476	21	2.3	21	92	0	78	27	12	18	41	1.86
100437--100478	21	2.0	21	100	0	84	28	14	14	42	1.84
107791--107854	35	1.9	34	87	9	96	29	25	12	32	1.92
108513--108555	22	2.0	22	90	9	70	39	9	6	44	1.64
109390--109415	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
109403--109579	71	2.5	71	98	1	338	37	15	14	32	1.88
111702--111746	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
113550--113580	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
115651--115676	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
115797--115842	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
118231--118256	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119186--119237	27	1.9	27	92	0	86	21	34	17	26	1.95
123004--123066	26	2.4	26	79	12	74	46	19	19	15	1.85
123098--123883	85	9.2	84	75	5	348	45	12	22	19	1.83
123147--123287	42	3.3	42	73	5	131	50	13	19	16	1.78
123139--123464	169	1.9	170	84	1	440	47	14	20	17	1.83
123426--123882	43	10.7	42	65	7	152	46	10	22	21	1.81
123485--123883	171	2.3	169	86	5	538	46	10	22	21	1.81
124045--124358	35	9.0	35	74	5	188	41	11	22	23	1.87
124085--124287	69	2.9	69	75	3	210	39	10	25	24	1.88
124067--124358	104	2.8	104	78	5	270	40	11	23	24	1.88
124685--124742	19	3.1	18	78	11	62	37	15	12	34	1.85
124771--124836	33	2.0	33	84	3	87	34	13	18	33	1.90
126249--126274	9	2.9	9	100	0	52	23	42	11	23	1.86
136993--137335	80	4.3	79	77	9	315	37	10	22	28	1.88
138839--138865	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
142841--142866	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
144589--144665	21	3.7	21	85	3	102	35	11	16	36	1.86
144703--144727	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
144789--144814	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
144769--144835	33	2.0	33	88	0	98	25	16	16	41	1.88
147291--147366	27	2.8	27	86	6	100	23	31	21	23	1.98
147349--147571	52	4.3	52	79	8	204	29	25	12	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
147177--147678	264	1.9	262	87	4	729	29	26	12	31	1.93
156910--156952	20	2.1	20	86	4	59	9	30	44	16	1.79
157380--157415	13	2.8	13	91	0	54	30	16	16	36	1.91
159488--159518	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
160936--160980	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
163195--163220	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
166286--166314	13	2.2	13	100	0	58	27	13	17	41	1.87
166409--166435	10	2.7	10	100	0	54	51	22	0	25	1.48
168752--168778	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
168733--168797	32	2.0	32	90	3	103	26	16	16	40	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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