genome.fa.s179.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold179
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2991183

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1715110--1715167	18	3.2	18	79	16	50	3	3	13	79	0.99
1722041--1722169	52	2.5	52	94	0	231	27	18	17	35	1.94
1722255--1722351	19	5.7	19	68	26	92	39	15	12	32	1.85
1722274--1722328	13	3.8	13	75	25	56	36	12	14	36	1.84
1722253--1722347	32	3.0	32	98	0	181	37	14	12	34	1.84
1723909--1723963	20	2.8	19	88	5	74	41	16	12	29	1.85
1724035--1724060	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1724016--1724080	33	2.0	33	87	6	96	41	16	13	27	1.87
1730232--1730270	13	3.0	13	92	0	60	30	15	15	38	1.88
1732648--1732705	20	2.9	21	82	7	75	41	17	13	27	1.87
1733124--1733168	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
1734970--1735001	15	2.1	15	94	0	55	46	15	21	15	1.83
1739648--1739673	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1739630--1739693	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
1744969--1745017	20	2.4	20	86	10	64	36	16	12	34	1.86
1745696--1746046	130	2.7	130	78	7	363	28	26	9	36	1.87
1752445--1752476	15	2.1	15	94	0	55	46	15	21	15	1.83
1754546--1754570	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1754682--1754727	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
1756181--1756224	23	2.0	21	82	8	52	15	9	15	59	1.61
1757128--1757153	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1757110--1757171	32	1.9	33	90	3	99	41	14	14	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1758002--1758040	20	1.9	21	89	5	62	46	10	12	30	1.75
1763381--1763427	20	2.4	20	89	3	78	34	14	19	31	1.92
1771494--1771624	62	2.1	62	92	0	217	26	32	16	24	1.96
1771566--1771755	55	3.4	55	83	2	247	27	24	23	24	2.00
1771677--1771849	94	1.8	94	88	2	267	26	30	20	23	1.99
1771770--1771950	55	3.3	54	85	2	247	27	28	20	24	1.99
1771556--1772172	203	3.0	203	86	5	808	25	28	20	25	1.99
1772003--1772171	61	2.8	61	83	8	211	28	27	19	24	1.99
1771831--1772107	155	1.9	143	86	8	333	25	28	19	26	1.98
1772157--1772326	42	4.0	43	75	8	166	22	25	10	41	1.85
1772156--1772332	87	2.1	85	82	4	212	22	26	9	41	1.84
1772351--1772438	42	2.0	43	82	8	108	18	25	11	45	1.82
1773056--1773129	20	3.7	20	89	7	123	25	16	14	43	1.86
1773111--1773136	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1773091--1773160	33	2.1	33	92	5	115	28	17	12	41	1.86
1773071--1773180	53	2.1	53	84	6	143	29	17	12	40	1.86
1775501--1775640	51	2.7	51	74	2	138	30	22	12	35	1.91
1775631--1775704	28	2.6	28	82	4	96	25	29	20	24	1.99
1775581--1775854	107	2.6	107	84	2	381	28	23	15	32	1.95
1775735--1775809	28	2.7	26	84	10	87	22	29	22	25	1.99
1775794--1775913	51	2.4	51	76	10	129	30	22	13	34	1.92
1775845--1776062	79	2.8	79	87	2	314	28	22	14	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1778722--1778748	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1783253--1783304	20	2.5	21	78	15	54	38	15	11	34	1.83
1783360--1783404	21	2.2	20	84	4	54	33	17	6	42	1.76
1784252--1784541	157	1.8	159	82	5	372	31	20	10	38	1.85
1784273--1784676	158	2.6	156	75	8	390	31	18	11	38	1.87
1785327--1785364	15	2.6	15	83	4	51	50	18	10	21	1.76
1789462--1789515	20	2.7	20	88	0	72	33	16	14	35	1.90
1790232--1790275	20	2.2	19	88	12	61	25	31	0	43	1.55
1797680--1797732	20	2.7	20	88	5	72	32	18	15	33	1.92
1797760--1797812	19	2.7	20	85	2	72	35	15	20	28	1.93
1799430--1799469	22	1.9	21	90	10	64	42	7	10	40	1.67
1802810--1802857	20	2.4	20	85	0	60	27	4	2	66	1.21
1803746--1803781	16	2.2	16	100	0	72	36	19	27	16	1.93
1803902--1803953	22	2.4	22	83	6	70	1	25	0	73	0.94
1804427--1804833	164	2.6	154	86	6	537	50	8	11	29	1.67
1805396--1805424	15	1.9	15	100	0	58	48	3	6	41	1.47
1805866--1806134	83	3.2	83	76	7	258	40	13	27	18	1.88
1806361--1806456	44	2.2	43	79	5	104	41	16	22	18	1.90
1806561--1806914	132	2.7	132	80	6	405	41	14	21	21	1.89
1806513--1806921	44	9.3	44	74	5	236	41	14	21	22	1.89
1806566--1806960	132	3.0	132	76	7	390	41	14	21	22	1.89
1806946--1807049	35	3.0	35	84	0	127	40	12	23	24	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1807106--1807380	35	7.9	35	81	2	221	44	12	22	21	1.84
1806872--1807217	180	1.9	178	85	1	476	40	12	24	22	1.89
1807124--1807385	70	3.8	70	81	5	246	43	12	22	20	1.85
1807127--1807385	105	2.5	103	81	6	306	44	12	22	20	1.85
1808916--1809160	88	2.8	88	77	6	226	41	14	18	24	1.89
1810421--1810463	18	2.3	18	81	14	52	9	18	4	67	1.36
1811832--1812092	143	1.8	143	79	3	308	47	9	17	25	1.78
1816392--1816448	21	2.7	22	76	17	75	5	21	0	73	1.02
1816962--1817352	154	2.4	161	82	8	460	49	9	10	29	1.69
1818797--1818835	20	2.0	19	90	5	60	30	0	5	64	1.15
1823382--1823478	50	1.9	50	100	0	194	28	22	9	39	1.85
1824999--1825072	7	10.0	7	81	15	87	79	0	1	18	0.80
1824999--1825072	15	5.0	14	81	16	87	79	0	1	18	0.80
1824997--1825071	36	2.1	34	87	4	105	81	0	1	17	0.76
1825787--1825836	20	2.5	20	90	0	73	32	12	16	40	1.84
1825807--1825940	50	2.7	50	88	3	189	29	18	11	41	1.85
1826798--1826845	21	2.4	22	80	16	59	22	22	10	43	1.84
1830595--1830620	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1831318--1831361	21	2.1	21	83	8	54	27	31	2	38	1.69
1832933--1832958	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1835032--1835062	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
1836866--1836910	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1839024--1839049	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1843115--1843140	13	2.0	13	100	0	52	76	0	7	15	0.99
1843153--1843209	21	2.7	21	97	0	105	33	10	19	36	1.86
1843265--1843332	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
1843286--1843310	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1843267--1843329	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
1843372--1843397	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1843352--1843418	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
1845864--1845936	27	2.7	27	87	6	94	23	34	21	20	1.97
1845919--1846089	51	3.3	51	79	4	198	29	26	11	32	1.92
1846072--1846153	28	2.9	28	82	7	96	24	30	17	28	1.97
1852835--1852892	13	4.0	13	76	23	62	29	15	15	39	1.88
1852848--1852910	19	3.6	19	76	24	84	28	15	15	39	1.89
1852831--1852910	32	2.5	32	100	0	160	27	15	16	41	1.88
1853612--1853655	21	2.1	21	83	8	54	25	31	2	40	1.68
1854966--1855008	20	2.1	20	82	4	50	9	25	44	20	1.81
1855440--1855477	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
1857550--1857580	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
1861606--1861658	19	2.7	20	85	8	72	28	13	15	43	1.84
1864900--1865281	142	2.7	141	86	6	497	27	27	17	27	1.98
1864900--1865279	28	13.4	28	84	5	453	27	27	17	27	1.98
1864900--1865313	170	2.4	172	84	5	468	27	27	17	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1870929--1870954	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1873173--1873217	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
1875020--1875050	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
1877065--1877144	20	3.8	20	75	15	79	26	15	15	43	1.85
1877130--1877168	13	3.0	13	92	0	60	33	17	12	35	1.88
1879687--1879712	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1882914--1882968	19	2.8	20	86	2	76	30	18	14	36	1.91
1883018--1883042	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1884638--1884681	3	14.7	3	85	0	61	40	0	29	29	1.57
1887863--1887928	30	2.2	30	100	0	132	33	3	16	46	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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