genome.fa.s179.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold179
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2991183

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

This is table  15  of  18  ( 2159 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2154325--2154427	9	12.1	9	72	12	92	13	44	0	41	1.44
2154330--2154448	12	10.9	12	76	20	88	13	46	0	40	1.43
2154297--2154448	42	3.6	42	96	0	268	12	45	1	40	1.50
2157430--2157505	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
2157429--2157514	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
2157420--2157538	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
2162970--2163066	43	2.3	43	96	0	176	17	25	6	50	1.69
2165232--2165309	3	25.7	3	72	12	52	1	24	2	71	1.06
2165210--2165311	31	3.4	31	71	19	99	1	21	2	73	1.06
2165210--2165306	27	3.5	28	81	12	119	2	21	3	73	1.08
2165232--2165311	12	6.6	12	76	8	65	1	23	2	72	1.04
2175649--2175767	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
2175682--2175757	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
2175673--2175758	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
2175664--2175734	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
2179070--2179134	18	3.3	18	67	29	51	9	49	1	40	1.44
2179073--2179191	42	2.8	42	92	0	193	9	45	1	43	1.46
2179088--2179158	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
2184066--2186066	159	12.8	158	71	12	840	36	12	18	32	1.89
2184069--2185361	473	2.7	472	77	8	1141	36	12	19	31	1.89
2189162--2189190	14	2.0	15	93	6	51	24	20	20	34	1.97
2200818--2200897	29	2.7	30	86	5	110	17	10	15	57	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2210162--2210211	18	2.7	19	79	11	52	6	44	4	46	1.47
2210168--2210286	42	2.8	42	88	0	166	8	46	3	42	1.51
2215671--2215720	18	2.7	19	79	11	52	6	44	4	46	1.47
2215677--2215795	42	2.8	42	88	0	166	8	46	3	42	1.51
2221180--2221229	18	2.7	19	79	11	52	6	44	4	46	1.47
2221186--2221304	42	2.8	42	88	0	166	8	46	3	42	1.51
2226702--2226751	18	2.7	19	79	11	52	6	44	4	46	1.47
2226708--2226826	42	2.8	42	88	0	166	8	46	3	42	1.51
2227268--2227300	16	2.0	17	88	5	50	75	15	3	6	1.11
2232230--2232276	9	5.0	9	80	10	58	12	42	2	42	1.55
2237722--2237771	18	2.7	19	79	11	52	6	44	4	46	1.47
2237728--2237846	42	2.8	42	88	0	166	8	46	3	42	1.51
2243257--2243380	43	2.9	42	86	3	167	8	45	3	42	1.49
2248787--2248836	18	2.7	19	79	11	52	6	44	4	46	1.47
2248793--2248911	42	2.8	42	88	0	166	8	46	3	42	1.51
2254311--2254360	18	2.7	19	79	11	52	6	44	4	46	1.47
2254317--2254435	42	2.8	42	88	0	166	8	46	3	42	1.51
2261010--2261123	51	2.2	52	85	4	160	31	14	10	43	1.79
2263461--2263842	81	4.8	80	82	8	426	29	27	10	32	1.90
2263667--2263717	27	2.0	25	84	7	66	27	37	11	23	1.90
2263747--2263799	28	2.0	28	85	7	74	26	33	16	22	1.96
2263645--2263998	196	1.8	196	80	6	430	31	26	9	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2267737--2267849	29	3.9	29	81	4	147	16	9	12	61	1.57
2272807--2272922	60	2.0	58	86	6	162	42	12	11	33	1.79
2278629--2278684	20	2.6	21	80	8	60	33	16	10	39	1.83
2279760--2279827	30	2.4	28	85	9	84	13	11	1	73	1.17
2280989--2281042	20	2.7	20	85	2	63	40	7	16	35	1.77
2281099--2281233	51	2.6	51	83	8	168	29	12	14	43	1.82
2294817--2294888	16	4.5	16	78	3	65	52	29	12	5	1.61
2295831--2295886	29	1.9	29	85	7	78	58	3	1	35	1.26
2296036--2296099	16	4.0	16	80	8	67	43	31	14	10	1.79
2296012--2296104	32	2.9	32	79	7	84	45	27	16	10	1.80
2300866--2300890	10	2.5	10	100	0	50	32	16	32	20	1.94
2308170--2308476	155	2.0	158	83	3	388	32	21	12	33	1.91
2311433--2311784	158	2.2	157	78	6	372	37	11	19	31	1.87
2321290--2321408	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
2321323--2321398	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
2321314--2321399	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
2321305--2321375	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
2328923--2328998	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
2328922--2329007	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
2328913--2329031	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
2334193--2334311	42	2.8	42	90	0	184	42	2	45	9	1.49
2339579--2339890	160	2.0	159	90	0	498	39	11	16	32	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2339421--2341119	159	10.8	158	70	10	769	37	12	18	30	1.89
2342028--2342467	158	2.8	154	77	9	383	38	12	17	30	1.88
2342891--2342915	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2342900--2342955	20	2.9	20	85	15	82	35	16	16	32	1.90
2342872--2342934	32	1.9	33	90	3	101	31	15	15	36	1.90
2342985--2343038	20	2.7	20	91	5	83	31	12	18	37	1.89
2349334--2349374	21	2.0	22	85	9	59	29	24	2	43	1.67
2351054--2351123	24	3.0	24	78	2	79	50	2	15	31	1.59
2351751--2351775	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2351764--2351816	20	2.7	20	91	2	81	33	13	16	35	1.88
2351861--2351913	13	4.5	13	71	26	55	32	11	16	39	1.85
2351845--2351913	33	2.1	33	89	5	104	30	11	18	39	1.87
2362612--2362649	11	3.5	11	85	3	51	44	2	7	44	1.47
2362619--2362657	21	1.9	20	89	5	60	48	0	12	38	1.42
2367074--2367112	21	1.9	21	94	5	71	43	12	23	20	1.86
2371160--2371585	158	2.7	159	80	5	463	39	13	15	31	1.86
2374050--2374080	3	10.3	3	92	0	53	32	0	35	32	1.58
2380659--2380777	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
2380692--2380767	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
2380683--2380768	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
2380674--2380744	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
2388239--2388264	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2388973--2389036	20	3.1	21	86	8	87	25	32	4	37	1.77
2390657--2390703	21	2.3	21	76	23	55	42	4	19	34	1.70
2390824--2390849	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2392930--2392960	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2394764--2394808	22	2.1	21	84	8	56	22	17	4	55	1.60
2397027--2397052	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2397743--2397808	18	3.5	19	80	14	66	30	15	16	37	1.90
2397781--2397930	19	7.6	19	65	21	67	32	20	16	31	1.94
2397743--2397930	57	3.2	57	68	19	177	31	18	15	33	1.93
2397781--2397952	39	4.3	39	68	15	127	33	20	16	30	1.94
2397863--2397928	18	3.5	19	80	14	66	30	15	16	37	1.90
2397742--2397994	120	2.1	120	97	0	479	32	20	15	32	1.94
2398864--2399221	159	2.3	159	80	3	409	39	12	17	30	1.86
2400789--2401391	61	10.5	59	73	11	319	37	12	24	25	1.91
2400884--2401061	52	3.2	52	72	13	122	37	13	23	25	1.91
2400838--2401391	113	4.9	113	75	9	331	36	12	24	25	1.91
2401125--2401232	52	2.1	52	87	0	153	37	9	24	29	1.86
2401259--2401395	53	2.6	53	84	1	186	39	11	24	24	1.88
2401247--2401399	53	2.9	53	82	0	182	37	12	25	24	1.90
2401459--2401617	32	5.0	32	89	0	221	19	16	32	31	1.95
2401568--2402008	56	7.7	56	80	5	296	25	19	27	27	1.99
2401568--2402008	28	15.4	27	80	6	243	25	19	27	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2403319--2403368	19	2.7	17	80	17	55	0	6	12	82	0.85
2406798--2406862	32	2.0	33	87	3	96	27	12	15	44	1.82
2406829--2406882	20	2.8	18	75	10	54	29	11	18	40	1.85
2407132--2407203	34	2.1	35	84	2	92	18	13	9	58	1.62
2408463--2408505	3	14.7	3	90	4	70	37	0	32	30	1.58
2408466--2408505	20	2.0	20	95	0	71	37	0	32	30	1.58
2408462--2408505	23	1.9	23	95	0	79	38	0	31	29	1.58
2414833--2414907	40	2.0	40	81	7	93	52	1	20	26	1.55
2418635--2418772	20	6.8	20	75	11	136	41	12	18	28	1.86
2418616--2418772	83	1.9	83	91	0	260	41	12	18	27	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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