genome.fa.s179.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold179
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2991183

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1156264--1156393	1	130.0	1	77	0	125	0	0	10	88	0.60
1156264--1156393	9	13.7	9	85	9	138	0	0	10	88	0.60
1156264--1156393	10	12.4	11	88	8	159	0	0	10	88	0.60
1156264--1156393	19	7.2	18	79	11	149	0	0	10	88	0.60
1167166--1167290	52	2.4	52	89	0	187	28	16	16	38	1.90
1167191--1167310	52	2.3	52	85	2	161	31	17	16	34	1.93
1167299--1167323	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1167364--1167430	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
1167386--1167410	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1171737--1171793	19	2.9	19	84	2	78	31	15	17	35	1.92
1171821--1171873	20	2.7	20	91	2	81	30	13	22	33	1.92
1171908--1171945	20	2.0	20	94	5	69	36	10	15	36	1.82
1173919--1173993	20	3.8	19	82	3	87	34	12	12	41	1.79
1173919--1173996	40	2.0	39	85	7	104	34	11	12	41	1.80
1174907--1174961	22	2.5	22	100	0	110	18	10	9	61	1.54
1174907--1174968	22	2.9	21	90	4	63	20	11	9	58	1.61
1181110--1181156	21	2.2	21	85	11	60	76	8	8	6	1.15
1182407--1182844	27	16.0	27	89	1	651	23	33	14	28	1.93
1182407--1182844	82	5.3	81	90	1	651	23	33	14	28	1.93
1182847--1183616	32	25.2	31	87	5	867	30	32	18	19	1.95
1182407--1183616	32	41.3	28	86	6	722	27	32	16	22	1.96
1182827--1183616	250	3.2	250	84	8	1031	29	32	18	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1183653--1183769	49	2.5	46	81	8	137	19	28	21	30	1.98
1184144--1184218	20	3.8	20	78	0	87	34	13	12	40	1.81
1184144--1184221	40	2.0	39	87	2	111	34	12	12	39	1.82
1185125--1185179	22	2.5	22	100	0	110	18	10	9	61	1.54
1185125--1185186	22	2.9	21	90	4	63	20	11	9	58	1.61
1189155--1189224	2	35.0	2	94	0	122	50	2	0	47	1.16
1190310--1190354	21	2.1	21	83	0	54	44	2	2	51	1.26
1193062--1193200	51	2.7	51	83	3	154	31	15	11	41	1.82
1194064--1194103	18	2.2	18	86	8	55	17	15	5	62	1.49
1205947--1205977	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
1210048--1210073	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1210028--1210091	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
1210144--1210198	20	2.8	20	88	5	76	29	12	16	41	1.85
1219343--1219398	20	2.8	19	78	10	67	28	14	14	42	1.84
1219774--1219838	21	3.6	19	73	26	70	44	15	12	27	1.82
1219792--1219817	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1219774--1219838	34	2.0	33	93	6	114	44	15	12	27	1.82
1225508--1225553	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
1225827--1225869	20	2.1	20	82	4	50	18	41	27	11	1.85
1227920--1227984	21	3.6	19	73	26	70	44	15	12	27	1.82
1227938--1227963	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1227920--1227984	34	2.0	33	93	6	114	44	15	12	27	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1229983--1230110	48	2.7	46	82	4	148	38	11	11	38	1.79
1230196--1230233	20	1.9	19	94	5	67	42	23	5	28	1.76
1235676--1235709	15	2.3	15	94	0	59	14	5	11	67	1.39
1238006--1238056	20	2.6	19	84	3	66	33	15	15	35	1.90
1238045--1238069	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
1241440--1241495	20	2.7	22	75	16	73	33	12	16	37	1.86
1241440--1241495	21	2.7	21	78	13	71	33	12	16	37	1.86
1241544--1241637	20	4.7	20	74	11	68	31	18	11	38	1.86
1244540--1244573	17	2.0	17	88	0	50	64	11	5	17	1.45
1247772--1247843	20	3.7	19	75	7	65	36	13	18	31	1.90
1250686--1250732	18	2.6	19	76	10	53	61	17	4	17	1.49
1255024--1255055	3	10.7	3	93	0	55	28	34	0	37	1.57
1256731--1256795	33	2.0	33	85	8	89	33	13	21	30	1.92
1260613--1260694	28	2.9	29	84	8	98	28	19	28	24	1.99
1260677--1260947	51	5.3	51	85	4	303	33	11	24	30	1.91
1260882--1261057	79	2.2	79	91	2	291	28	14	29	27	1.95
1261011--1261084	27	2.7	29	89	6	109	21	21	35	21	1.96
1261069--1261190	51	2.4	51	87	5	165	31	11	24	31	1.91
1263555--1263580	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1263533--1263600	34	2.0	33	91	2	109	45	13	16	25	1.83
1263624--1263675	13	3.5	13	73	26	50	36	17	13	32	1.89
1263632--1263717	19	4.7	19	72	20	76	38	16	11	33	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1263624--1263696	32	2.3	32	97	0	137	35	17	12	34	1.88
1264893--1264936	20	2.1	22	91	8	74	29	9	20	40	1.83
1264970--1265021	20	2.7	20	85	11	72	28	13	17	40	1.87
1265840--1265883	20	2.0	20	87	12	61	63	13	9	13	1.51
1271409--1271465	21	2.7	21	71	15	55	24	10	7	57	1.56
1273595--1273638	20	2.1	22	87	8	65	31	9	18	40	1.81
1273672--1273723	19	2.7	20	82	11	63	28	11	17	42	1.84
1274789--1274846	21	2.7	21	84	10	73	32	12	8	46	1.71
1276573--1276611	18	2.2	17	86	4	51	41	2	2	53	1.28
1277539--1277581	21	2.0	21	90	4	68	62	13	4	18	1.48
1278364--1278419	19	2.9	19	86	2	76	32	14	16	37	1.88
1278465--1278517	13	4.5	13	71	26	55	33	13	16	35	1.88
1278449--1278517	33	2.1	33	89	5	104	31	13	18	36	1.89
1281635--1281690	20	2.8	20	100	0	112	35	7	16	41	1.75
1283675--1283700	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1284410--1284473	20	3.1	21	86	8	87	25	32	4	37	1.77
1286276--1286300	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1292597--1292721	52	2.4	52	94	0	214	28	17	17	36	1.93
1292597--1292741	52	2.8	51	88	4	202	29	17	17	35	1.93
1292730--1292754	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1292795--1292864	33	2.1	33	89	0	104	40	14	11	34	1.82
1292820--1292844	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1295868--1295893	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1298020--1298059	13	3.1	13	96	0	71	30	15	17	37	1.90
1300440--1300490	20	2.6	20	90	3	77	31	15	17	35	1.92
1300536--1300566	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
1300520--1300588	33	2.1	33	86	5	95	31	11	18	37	1.87
1302488--1302545	25	2.5	22	73	18	55	53	0	8	37	1.32
1305462--1305500	21	1.9	21	89	5	62	53	7	7	30	1.57
1305570--1305608	20	1.9	20	89	5	60	38	23	15	23	1.92
1305578--1305692	52	2.2	52	98	0	221	34	18	13	33	1.90
1305760--1305807	13	3.7	13	89	10	80	31	14	16	37	1.89
1311968--1312013	20	2.3	20	84	0	56	36	6	21	34	1.80
1317234--1317258	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1317213--1317276	33	2.0	32	87	3	92	31	14	15	39	1.87
1317244--1317296	19	2.7	19	76	2	52	35	13	13	37	1.83
1321308--1321356	20	2.5	19	77	6	62	24	0	2	73	0.94
1321595--1321628	10	3.4	10	87	0	50	50	0	8	41	1.34
1328303--1328365	32	2.0	32	96	0	117	30	15	14	39	1.87
1328416--1328468	20	2.7	20	88	5	72	33	13	18	33	1.90
1336490--1336531	22	1.9	22	95	0	75	38	4	35	21	1.75
1337106--1337177	20	3.7	19	87	7	83	29	15	16	38	1.89
1337210--1337275	33	2.0	33	85	5	89	33	12	18	36	1.88
1338038--1338079	17	2.5	17	85	11	52	9	9	7	73	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1338726--1338771	20	2.3	20	84	0	56	36	10	21	30	1.88
1339167--1339210	23	1.9	23	81	9	54	31	6	20	40	1.79
1339921--1339984	33	1.9	33	87	0	92	34	14	14	37	1.86
1343851--1344016	84	2.0	84	97	0	314	28	18	18	34	1.94
1347089--1347115	12	2.2	12	100	0	54	55	14	0	29	1.40
1347237--1347400	50	3.3	50	89	3	267	43	14	26	15	1.85
1347892--1347984	47	2.1	43	82	8	105	39	36	16	7	1.77
1348958--1349075	53	2.3	51	82	11	134	27	26	13	32	1.94
1349006--1349304	79	3.8	79	93	0	474	27	24	15	32	1.95
1362803--1363588	60	12.9	61	88	4	1085	25	29	19	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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