genome.fa.s179.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold179
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2991183

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2596571--2596638	21	3.2	21	64	22	52	27	26	17	27	1.98
2596595--2596746	52	2.8	53	79	4	180	25	23	15	35	1.94
2597611--2597635	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2597591--2597657	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
2597698--2597722	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2597731--2597859	52	2.5	52	94	0	222	34	18	17	29	1.94
2601991--2602116	30	4.2	31	83	8	120	21	19	31	27	1.97
2601986--2602802	28	29.1	28	82	6	922	24	17	28	29	1.97
2602135--2602802	141	4.7	141	85	3	853	24	16	28	30	1.97
2605791--2605846	20	2.8	20	83	0	76	37	16	12	33	1.86
2608527--2609646	562	2.0	562	99	0	2204	42	12	17	27	1.86
2612644--2612687	20	2.2	20	91	0	70	36	13	20	29	1.91
2612622--2612722	20	4.7	20	71	20	69	41	11	17	28	1.85
2612950--2613770	177	4.6	177	83	8	850	38	13	28	19	1.90
2613133--2613770	269	2.4	268	89	3	950	38	13	28	19	1.89
2613753--2614199	62	7.3	61	84	4	571	29	19	25	25	1.98
2613757--2614194	122	3.6	123	87	3	600	29	18	25	26	1.98
2620385--2620571	79	2.4	79	81	5	207	34	12	24	28	1.92
2620542--2620658	51	2.3	52	79	7	141	33	10	27	29	1.89
2623027--2623051	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2623040--2623091	20	2.6	20	84	6	61	38	13	21	26	1.90
2623109--2623133	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2629574--2629599	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2629555--2629619	33	2.0	33	87	6	96	41	16	13	27	1.87
2635762--2635799	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
2635911--2635956	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
2638360--2638385	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2638343--2638405	33	1.9	33	87	6	92	42	17	12	26	1.85
2639908--2639957	20	2.5	20	100	0	100	34	20	12	34	1.89
2639966--2640008	22	2.0	22	90	0	68	30	6	11	51	1.65
2641997--2642053	19	2.9	19	89	2	87	31	17	17	33	1.93
2642083--2642107	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2642898--2643124	98	2.3	98	89	0	346	33	18	22	25	1.96
2642898--2643124	49	4.6	49	81	0	274	33	18	22	25	1.96
2643045--2643343	88	3.4	88	86	0	384	26	19	26	27	1.99
2643434--2643519	34	2.6	32	73	10	84	32	12	33	20	1.91
2643943--2644027	37	2.3	37	95	0	161	43	14	15	27	1.85
2643965--2644024	18	3.3	18	65	21	52	43	10	16	30	1.81
2645052--2645097	10	4.6	10	84	10	67	0	0	10	89	0.50
2660362--2660403	21	2.0	21	100	0	84	66	0	4	28	1.12
2664484--2664510	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2666386--2666427	22	1.9	22	95	0	75	38	4	35	21	1.75
2667098--2667146	13	4.2	13	71	28	56	32	12	16	38	1.86
2667105--2667144	20	2.0	20	95	0	71	37	12	15	35	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2667684--2667739	20	2.8	19	89	5	76	39	14	16	30	1.88
2667791--2667852	32	1.9	33	83	9	83	41	11	16	30	1.83
2668860--2668899	18	2.2	18	100	0	80	27	20	15	37	1.92
2670061--2670112	21	2.4	21	78	9	61	63	3	9	23	1.41
2674011--2674047	13	2.8	13	95	0	65	29	16	16	37	1.90
2675670--2675712	22	2.0	20	86	8	59	13	9	13	62	1.53
2676686--2676729	20	2.1	22	91	8	74	40	20	9	29	1.83
2684607--2684649	10	4.3	10	84	0	59	2	11	18	67	1.32
2686355--2686398	21	2.1	21	91	0	70	25	20	18	36	1.95
2686361--2686404	21	2.1	21	91	0	70	27	20	18	34	1.96
2686618--2686671	21	2.7	19	85	5	72	37	12	16	33	1.87
2686639--2686753	19	6.7	19	76	22	119	31	14	18	35	1.91
2686659--2686714	13	3.8	13	75	24	58	32	16	17	33	1.92
2686640--2686734	32	3.0	32	96	0	172	31	14	18	34	1.92
2702180--2702299	29	4.1	30	81	8	151	29	28	15	26	1.96
2702272--2702361	32	2.8	32	87	1	117	20	31	14	34	1.92
2702320--2702484	75	2.2	75	94	2	287	22	27	15	34	1.94
2702441--2702799	88	3.9	89	83	9	411	26	25	18	29	1.98
2702573--2702647	39	1.9	39	94	0	132	29	25	22	22	1.99
2702616--2703006	52	7.8	49	76	8	331	25	25	15	32	1.96
2702616--2702900	101	2.8	101	87	1	383	24	26	16	32	1.96
2703635--2703706	19	3.7	19	92	3	108	34	12	18	34	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2720991--2721044	20	2.7	20	91	5	83	37	18	12	31	1.89
2721073--2721128	19	2.9	19	86	2	67	39	16	12	32	1.85
2721551--2721613	33	1.9	33	100	0	126	31	20	9	38	1.85
2729991--2730100	55	2.0	55	96	0	202	39	19	13	28	1.89
2730111--2730167	19	3.4	17	72	27	50	35	14	17	33	1.90
2730124--2730148	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2730111--2730175	32	2.0	32	93	0	112	33	13	18	33	1.90
2733389--2733442	20	2.7	20	88	5	74	37	16	12	33	1.87
2735960--2736621	28	23.4	28	84	5	581	30	30	16	22	1.96
2735956--2736621	56	11.8	56	81	5	680	30	30	16	22	1.96
2735988--2736621	84	7.5	83	85	5	698	30	30	16	22	1.96
2737771--2737795	13	1.9	13	100	0	50	8	32	44	16	1.76
2740563--2740890	167	2.0	166	82	3	399	49	6	11	32	1.65
2742104--2742329	47	4.8	47	80	2	222	41	15	20	22	1.90
2742380--2742669	35	8.6	35	74	8	152	42	8	22	25	1.83
2742443--2742627	94	2.0	94	85	0	253	41	9	23	25	1.84
2746977--2747014	10	3.4	11	89	10	51	60	0	5	34	1.19
2748977--2749048	20	3.5	20	80	1	81	30	15	12	41	1.84
2757495--2757615	61	2.0	62	80	1	136	38	11	24	24	1.89
2757880--2758164	32	9.0	31	79	10	292	20	16	31	31	1.95
2757880--2758164	64	4.5	64	84	8	352	20	16	31	31	1.95
2757857--2759054	96	12.8	93	77	12	986	21	17	30	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2758149--2758181	17	2.0	17	94	5	59	21	18	30	30	1.97
2758115--2758213	48	2.0	50	88	3	148	21	18	30	30	1.97
2758164--2758468	32	9.6	31	83	7	371	21	18	31	29	1.96
2758453--2758485	17	2.0	17	94	5	59	21	18	30	30	1.97
2758419--2758518	48	2.0	50	90	3	159	19	18	32	31	1.95
2758469--2759044	32	18.1	32	85	4	686	20	17	29	31	1.96
2758364--2758582	112	1.9	112	91	2	359	20	18	31	30	1.96
2759235--2759291	28	2.0	28	86	6	80	29	19	22	28	1.98
2759353--2759390	13	2.8	13	92	4	58	39	15	13	31	1.86
2759354--2759395	13	3.2	13	89	3	57	40	16	9	33	1.81
2760592--2760688	25	4.0	23	79	15	97	0	3	14	82	0.79
2760592--2760688	45	2.2	45	81	10	110	0	3	14	82	0.79
2760592--2760688	19	5.3	18	76	14	83	0	3	14	82	0.79
2761666--2761691	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2761648--2761710	33	1.9	33	87	6	92	28	14	15	41	1.87
2764277--2764312	13	2.8	13	95	0	63	33	8	19	38	1.82
2766569--2767042	236	2.0	236	98	0	921	32	16	14	36	1.89
2770636--2770661	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2770616--2770680	33	2.0	33	87	6	96	27	13	16	41	1.87
2773631--2773684	19	2.8	20	80	2	74	31	20	14	33	1.93
2774145--2774193	23	2.0	26	85	14	70	32	8	20	38	1.82
2781086--2781141	19	2.9	19	89	2	85	30	16	14	39	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2785105--2785163	19	3.1	19	82	2	73	40	13	15	30	1.86
2791370--2791409	13	3.1	13	88	0	62	37	15	10	37	1.80
2792888--2792954	33	2.0	33	85	0	89	25	29	16	28	1.97
2794820--2794860	20	2.0	20	100	0	82	48	9	9	31	1.69
2796732--2797076	105	3.3	104	70	12	272	31	11	26	29	1.92
2796737--2796907	51	3.3	51	79	4	198	32	11	26	29	1.92
2796890--2796965	27	2.8	28	88	6	102	21	21	34	23	1.97
2799439--2799464	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2799418--2799484	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
2799504--2799571	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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