genome.fa.s179.2.7.7.80.10.50.1000.18.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold179
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2991183

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2799526--2799550	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2799507--2799569	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
2799626--2799682	21	2.7	21	97	0	105	36	19	10	33	1.86
2799687--2799731	1	45.0	1	93	0	72	2	2	0	95	0.31
2799689--2799728	21	1.9	21	100	0	80	2	2	0	95	0.34
2799688--2799729	22	1.9	22	100	0	84	2	2	0	95	0.32
2799686--2799730	23	2.0	23	100	0	90	4	2	0	93	0.41
2799687--2799733	24	2.0	24	100	0	94	4	4	0	91	0.51
2800327--2801169	55	15.3	55	91	5	1316	20	20	30	29	1.97
2802151--2802208	1	58.0	1	85	0	80	0	1	5	93	0.42
2814662--2815006	105	3.3	104	70	12	272	31	11	26	29	1.92
2814667--2814837	51	3.3	51	79	4	198	32	11	26	29	1.92
2814820--2814895	27	2.8	28	88	6	102	21	21	34	23	1.97
2817366--2817391	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2817345--2817411	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
2817431--2817498	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
2817453--2817477	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2817434--2817496	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
2817554--2817610	21	2.7	21	97	0	105	36	19	10	33	1.86
2817615--2817667	1	53.0	1	94	0	79	3	1	0	94	0.37
2817619--2817670	26	2.0	26	100	0	104	7	3	0	88	0.62
2818367--2818421	20	2.8	20	100	0	110	30	18	10	40	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2820772--2821130	79	4.6	79	79	7	367	28	23	13	33	1.92
2828968--2828997	13	2.3	13	94	0	51	40	13	13	33	1.83
2829042--2829097	19	2.9	19	91	2	94	35	16	19	28	1.93
2831470--2831513	21	2.1	21	83	8	54	47	0	22	29	1.51
2837699--2837751	20	2.7	20	91	5	81	32	20	13	33	1.91
2837780--2837833	19	2.8	19	80	2	72	33	12	22	31	1.92
2848070--2848505	61	7.0	61	79	6	448	25	25	17	31	1.97
2848996--2849043	20	2.4	20	96	0	87	25	18	8	47	1.76
2851410--2851700	157	1.9	157	81	4	354	29	20	12	37	1.90
2851410--2851694	79	3.6	78	79	2	277	29	21	12	36	1.91
2851631--2851744	51	2.2	51	81	3	131	30	25	9	34	1.88
2851561--2851802	130	1.9	131	81	4	301	28	23	11	35	1.90
2860684--2860737	19	2.8	20	80	2	65	25	16	14	42	1.87
2870275--2870404	51	2.6	50	83	8	167	32	14	26	26	1.95
2870339--2870622	79	3.6	78	81	4	320	33	12	25	28	1.92
2870212--2870480	130	2.1	129	88	3	389	31	13	26	28	1.94
2875877--2875930	20	2.7	20	85	8	74	29	16	12	40	1.86
2875965--2875997	17	1.9	17	100	0	66	24	24	12	39	1.89
2876955--2876981	7	3.9	7	100	0	54	0	11	0	88	0.50
2888565--2889170	159	3.8	157	79	8	622	39	11	10	38	1.76
2889226--2889284	28	2.1	29	83	3	75	37	15	5	42	1.69
2890146--2890206	14	4.2	14	77	6	50	6	13	4	75	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2890243--2890302	26	2.3	27	88	8	88	15	21	16	46	1.83
2890726--2890774	14	3.5	14	77	8	55	32	0	0	67	0.91
2890716--2890751	14	2.3	17	81	18	51	33	0	0	66	0.92
2890715--2890755	16	2.5	17	77	22	52	31	0	0	68	0.90
2893259--2893362	51	2.0	51	96	0	190	43	4	25	26	1.74
2894379--2894496	52	2.3	52	91	1	184	43	15	15	26	1.86
2895890--2895989	36	2.8	36	100	0	200	38	13	12	37	1.81
2896009--2896060	20	2.6	21	84	9	72	34	19	13	32	1.90
2896089--2896143	19	2.8	20	80	5	67	36	18	12	32	1.88
2897100--2897235	53	2.6	53	93	0	227	38	17	16	27	1.91
2897259--2897327	9	7.0	10	76	16	65	23	27	8	40	1.84
2897308--2897398	47	1.9	46	82	8	112	32	21	9	35	1.87
2897376--2897414	13	3.0	13	88	0	60	33	15	15	35	1.89
2902908--2902940	13	2.5	13	95	0	57	33	15	15	36	1.88
2902886--2902954	33	2.1	33	89	5	104	36	15	13	34	1.87
2904182--2904314	51	2.7	49	85	2	176	30	16	11	42	1.83
2909652--2909680	14	2.1	14	100	0	58	51	6	20	20	1.70
2910251--2910478	84	2.7	85	77	5	246	17	29	14	38	1.90
2912304--2912334	16	1.9	16	93	0	53	83	0	3	12	0.75
2912436--2912475	21	1.9	21	94	0	71	85	0	15	0	0.61
2912436--2912475	12	3.2	12	85	3	53	85	0	15	0	0.61
2913883--2913929	3	15.7	3	100	0	94	68	0	0	31	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2916190--2916229	13	3.1	13	100	0	80	40	15	15	30	1.87
2918727--2918768	13	3.2	13	93	0	75	38	16	16	28	1.91
2924919--2924974	20	2.8	21	81	15	73	33	17	12	35	1.88
2925003--2925057	20	2.8	19	78	5	65	38	14	10	36	1.81
2925043--2925069	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2925534--2925629	39	2.5	39	86	3	122	43	11	2	42	1.52
2926264--2926316	2	26.5	2	100	0	106	49	0	0	50	1.00
2926344--2926400	16	3.5	16	77	17	55	43	0	0	56	0.99
2926349--2926399	17	3.0	17	83	11	52	43	0	0	56	0.99
2926335--2926403	19	3.9	17	75	16	61	44	0	0	55	0.99
2926544--2926589	24	1.9	24	86	0	65	50	0	2	47	1.13
2926578--2926613	13	2.8	13	87	4	56	75	0	0	25	0.81
2927461--2927501	18	2.4	17	80	8	55	51	0	7	41	1.30
2931265--2931308	23	1.9	23	85	0	61	38	2	0	59	1.10
2937098--2937157	21	2.9	21	79	20	72	53	1	25	20	1.55
2938637--2938662	13	2.0	13	100	0	52	38	7	7	46	1.61
2939967--2939997	10	3.1	10	90	0	53	22	29	6	41	1.78
2939985--2940061	22	3.6	22	75	7	95	27	22	10	40	1.86
2939967--2940061	42	2.3	42	92	0	163	26	23	9	41	1.84
2940118--2940160	22	2.0	22	100	0	86	27	23	13	34	1.93
2941746--2941787	21	2.0	21	85	0	57	42	4	28	23	1.74
2942173--2942333	84	1.9	84	82	7	202	52	3	18	26	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2944420--2944615	99	2.0	99	96	2	367	33	7	27	32	1.85
2945330--2945373	21	2.1	21	83	8	54	43	9	11	36	1.72
2945509--2945581	10	7.1	10	71	11	58	26	24	8	41	1.83
2945527--2945602	22	3.5	22	78	7	102	27	23	10	38	1.88
2945509--2945602	42	2.2	42	94	0	170	26	24	9	39	1.86
2946043--2946109	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
2948140--2948333	20	9.6	20	78	6	176	33	18	12	35	1.89
2948140--2948333	40	4.8	40	77	7	203	33	18	12	35	1.89
2948219--2948353	39	3.4	39	76	11	164	36	16	14	32	1.89
2948179--2948354	82	2.2	82	94	3	313	35	16	13	34	1.88
2952905--2952930	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2952914--2952970	19	2.9	19	89	2	87	31	15	17	35	1.92
2953002--2953067	33	2.0	33	82	5	80	34	12	16	36	1.86
2959234--2959299	20	3.7	20	69	26	74	31	18	10	39	1.85
2959223--2959312	33	2.7	33	96	0	171	32	17	12	37	1.87
2959287--2959313	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2961196--2961273	22	3.6	21	78	3	84	44	2	26	25	1.67
2961807--2961833	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2961817--2961873	19	2.9	19	86	2	78	33	15	15	35	1.90
2961905--2961955	20	2.5	20	87	6	68	39	13	13	33	1.84
2974474--2974503	11	2.7	11	100	0	60	93	6	0	0	0.35
2975482--2975538	26	2.2	26	80	0	60	38	26	7	28	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2975729--2976043	28	11.2	28	78	6	298	27	30	18	23	1.98
2975730--2976162	56	7.9	55	78	9	327	26	30	18	23	1.98
2975729--2976189	84	5.6	82	72	14	263	26	30	19	24	1.98
2976051--2976159	28	3.9	28	86	4	130	24	30	21	23	1.99
2975949--2976145	102	1.9	102	91	0	322	25	32	18	23	1.97
2980454--2980478	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2980434--2980500	33	2.0	33	85	0	89	35	10	13	40	1.79
2980541--2980565	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2984772--2984798	10	2.7	10	100	0	54	0	0	22	77	0.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18

The End!