genome.fa.s179.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold179
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2991183

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
650358--650455	19	5.8	18	71	28	90	33	12	17	36	1.87
650498--650522	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
654876--654991	51	2.3	50	91	4	187	31	28	10	30	1.90
654978--655049	28	2.6	28	82	8	94	23	30	18	27	1.97
654927--655232	107	2.9	106	80	4	357	28	27	12	31	1.93
655084--655156	28	2.6	28	82	4	85	26	32	15	26	1.95
655114--655278	79	2.1	79	84	4	208	29	26	12	31	1.93
661591--661704	51	2.3	51	87	4	160	40	14	15	29	1.87
661591--661724	50	2.6	51	84	1	171	40	12	14	32	1.84
667434--667472	20	1.9	21	89	5	62	43	20	15	20	1.88
679555--679592	19	2.0	19	100	0	76	42	26	5	26	1.76
680104--680932	90	9.2	90	83	1	951	27	26	14	30	1.95
680973--681153	93	1.9	93	80	6	206	28	22	14	34	1.93
681663--681762	35	2.9	35	79	5	121	24	22	11	43	1.85
681663--681830	70	2.4	70	80	4	169	23	21	10	44	1.83
681683--681843	35	4.6	35	73	6	121	22	20	12	44	1.85
681926--682895	81	12.0	80	78	6	572	18	25	14	41	1.88
681885--682892	40	25.0	40	74	7	396	18	25	14	41	1.88
681979--682352	41	9.2	41	72	8	219	18	24	14	42	1.87
682142--682997	121	7.1	121	80	5	651	18	26	14	40	1.89
682137--682995	40	21.3	40	76	5	602	18	26	14	40	1.89
682137--682995	81	10.6	80	78	5	558	18	26	14	40	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
683123--683400	87	3.2	86	79	6	292	17	23	13	45	1.84
684243--684296	12	4.4	12	78	21	67	38	0	0	61	0.96
685909--686283	150	2.5	153	76	7	386	24	17	17	40	1.90
685909--686335	152	2.8	152	73	11	397	24	17	17	40	1.91
690116--690619	80	6.3	79	75	7	381	34	12	26	27	1.92
690129--690325	81	2.4	79	83	5	218	37	12	23	25	1.91
690181--690389	81	2.6	80	79	6	199	34	14	25	25	1.94
690488--690538	28	1.9	26	84	11	68	33	13	25	27	1.94
690114--690619	160	3.2	158	75	7	448	34	12	26	27	1.92
690755--690919	83	2.0	82	83	5	208	28	17	21	32	1.96
691676--691726	26	2.0	26	100	0	102	41	7	11	39	1.71
693059--693088	14	2.1	14	93	0	51	26	10	16	46	1.78
693015--693137	64	1.9	65	88	1	185	39	13	14	33	1.85
693174--693247	20	3.6	20	87	3	94	32	16	10	40	1.83
695282--695437	71	2.2	71	88	0	240	37	8	19	33	1.83
695385--695560	95	1.8	96	90	3	284	36	12	22	28	1.91
706421--706514	46	2.0	46	91	0	152	28	20	15	35	1.94
709376--709472	49	1.9	51	83	4	126	30	15	14	39	1.87
715556--715609	19	2.8	19	88	2	72	31	16	12	38	1.87
720027--720066	18	2.2	19	90	4	64	75	2	2	20	1.04
720782--720861	35	2.3	35	88	0	115	27	33	17	21	1.96
720858--721046	76	2.5	76	82	0	207	28	37	15	18	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
721221--721330	29	3.8	29	83	5	152	31	36	13	18	1.90
726505--726547	15	2.9	15	85	0	59	86	4	4	4	0.80
727831--728307	33	14.8	32	74	11	296	21	29	14	34	1.93
727802--728243	97	4.6	97	86	1	581	22	30	14	32	1.94
727828--728214	63	5.9	65	77	11	285	22	30	14	33	1.93
728217--728434	32	6.6	33	87	6	327	19	30	12	36	1.90
728217--728440	66	3.4	66	93	2	362	19	30	12	37	1.89
728217--728440	34	6.8	34	87	7	329	19	30	12	37	1.89
728442--728503	33	1.9	32	86	3	88	27	29	17	25	1.98
728545--729046	52	9.8	51	77	7	403	24	22	15	37	1.93
728548--729046	104	4.9	104	83	4	525	25	23	15	36	1.93
728544--729038	156	3.2	151	78	7	455	24	23	14	36	1.93
728544--729149	52	11.8	51	75	9	371	24	23	15	36	1.93
730772--730812	21	2.0	20	90	4	64	19	12	17	51	1.76
733552--733812	146	1.8	142	82	6	337	36	17	16	29	1.92
735975--736027	6	9.0	6	86	10	58	64	3	1	30	1.22
735991--736024	17	1.9	18	94	5	61	70	2	2	23	1.15
737272--738173	66	13.9	66	77	5	761	44	13	21	19	1.85
737960--738064	32	3.5	31	72	21	105	46	8	22	21	1.78
737948--738037	28	3.1	28	69	26	78	48	7	21	22	1.75
737947--738105	60	2.7	59	88	2	221	45	11	22	20	1.83
738126--738522	174	2.3	172	80	5	437	48	15	19	16	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
739134--739768	74	8.6	72	74	10	414	42	13	17	27	1.86
739145--739641	145	3.4	145	81	4	597	41	13	17	27	1.87
739145--739709	145	3.8	147	79	7	556	41	13	17	27	1.87
739953--740133	61	3.0	59	78	4	200	46	18	16	17	1.84
740593--740785	87	2.3	85	83	5	239	44	11	18	25	1.84
740646--740900	88	2.9	87	83	3	289	45	12	18	23	1.84
740675--740810	44	3.1	43	67	17	100	44	11	16	27	1.82
740645--740960	87	3.6	87	80	2	285	46	13	17	23	1.82
744040--744792	165	4.6	163	79	6	754	29	10	8	50	1.67
744040--744873	331	2.5	327	77	9	834	29	10	9	50	1.68
746393--746746	147	2.4	147	79	7	374	36	12	11	39	1.79
746874--747231	156	2.3	154	84	2	457	24	16	20	38	1.93
747402--747707	48	6.8	46	76	14	264	26	25	18	30	1.98
747462--747615	39	3.7	39	78	14	182	25	27	20	25	1.99
747403--747663	87	3.0	87	94	1	434	26	26	19	28	1.99
748603--748665	19	3.7	18	72	24	64	33	12	19	34	1.89
748603--748673	32	2.2	32	94	0	124	32	12	19	35	1.90
754885--754973	35	2.5	35	83	5	110	26	24	12	35	1.91
755045--755107	32	2.0	32	84	6	83	28	30	19	22	1.98
755118--755267	32	4.7	32	75	6	117	30	30	18	22	1.97
755070--755267	96	2.1	96	81	5	231	28	28	18	24	1.98
755118--755275	64	2.5	63	81	5	176	28	29	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
755275--755925	28	22.5	28	76	10	515	27	29	17	25	1.97
755278--755925	85	7.5	86	73	12	314	28	29	17	24	1.97
755246--755466	117	1.9	118	88	2	338	28	32	15	23	1.95
755274--755925	147	4.5	145	80	7	662	27	29	17	25	1.97
758008--758118	22	5.1	22	71	16	79	13	36	10	39	1.80
758711--758777	33	2.0	33	85	5	91	38	13	14	32	1.86
759584--759617	18	1.9	18	88	5	52	8	29	14	47	1.75
760293--760375	43	2.0	41	83	9	105	27	24	24	24	2.00
760442--760498	17	3.4	16	73	22	55	21	3	1	73	1.07
761034--762180	42	27.4	42	70	14	248	34	18	27	18	1.95
760992--762324	84	15.9	84	76	7	876	34	18	27	19	1.95
761001--762142	126	9.1	125	74	8	448	34	18	27	18	1.95
761202--762181	292	3.3	289	79	6	874	34	18	27	18	1.95
761032--762324	250	5.1	251	76	6	789	34	18	27	19	1.95
762188--762417	128	1.8	125	84	2	316	34	15	28	21	1.94
762290--762480	83	2.3	83	77	1	193	34	17	26	21	1.95
762080--762503	211	2.0	210	81	2	501	34	16	28	20	1.95
762706--762857	42	3.7	42	77	14	147	42	11	25	21	1.86
776130--776238	43	2.5	43	92	0	173	10	31	18	40	1.84
776499--776532	17	1.9	18	94	5	61	8	26	17	47	1.77
779293--779349	21	2.7	21	97	0	105	33	10	19	36	1.86
779405--779459	19	2.9	19	91	0	92	34	12	14	38	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
779499--779524	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
779479--779545	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
781888--782009	51	2.3	52	84	5	158	33	22	10	33	1.88
782051--782221	52	3.3	52	78	6	177	30	25	12	31	1.92
782204--782280	28	2.8	28	85	0	91	23	32	19	24	1.97
781885--782285	212	1.9	211	88	2	608	29	25	13	31	1.93
784416--784549	50	2.6	51	89	1	198	41	13	15	29	1.85
790480--790507	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
790462--790527	33	2.0	33	85	5	89	39	13	13	33	1.84
790495--790549	20	2.8	20	100	0	110	34	10	14	40	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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