genome.fa.s179.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold179
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2991183

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2419641--2419881	28	8.5	28	79	8	247	21	17	32	28	1.96
2419641--2419881	56	4.2	56	88	3	340	21	17	32	28	1.96
2419673--2419881	84	2.5	84	90	1	330	21	17	32	29	1.96
2435051--2435120	20	3.5	19	82	7	86	41	14	12	31	1.83
2446459--2446553	49	1.9	49	91	0	154	38	14	26	20	1.91
2449188--2449238	25	2.0	25	100	0	102	49	15	19	15	1.80
2449696--2449847	45	3.5	43	76	8	139	25	21	9	44	1.81
2450550--2450731	77	2.4	77	82	3	197	36	10	25	26	1.89
2450626--2451078	77	6.0	76	74	6	328	34	11	25	28	1.91
2453398--2453440	21	2.1	21	82	4	52	18	0	34	46	1.50
2453913--2453949	18	2.1	18	89	0	56	32	21	13	32	1.92
2455060--2455217	78	2.0	78	100	0	316	30	10	14	44	1.78
2459583--2459621	19	2.1	19	90	9	62	61	0	0	38	0.96
2463559--2463585	6	4.5	6	100	0	54	0	85	0	14	0.61
2466399--2466432	6	5.7	6	100	0	68	17	0	0	82	0.67
2466424--2466469	17	2.8	16	81	18	67	43	0	0	56	0.99
2466424--2466466	18	2.6	17	85	14	63	44	0	0	55	0.99
2466462--2466495	16	2.1	16	89	10	52	44	2	0	52	1.16
2466488--2466526	19	2.0	20	90	5	62	43	5	5	46	1.48
2470486--2470529	23	2.0	22	83	12	56	54	0	0	45	0.99
2470969--2470993	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2471095--2471131	17	2.2	17	90	0	56	43	13	2	40	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2471361--2471402	11	3.6	11	80	20	50	28	0	0	71	0.86
2471357--2471398	19	2.1	21	86	8	61	33	0	0	66	0.92
2471875--2471904	15	2.0	15	93	0	51	76	0	0	23	0.78
2472227--2472280	24	2.1	27	80	16	69	38	0	0	61	0.96
2472208--2472272	17	3.9	16	73	18	62	32	0	0	67	0.91
2472766--2472812	3	15.7	3	95	0	85	65	0	2	31	1.04
2473205--2473276	24	3.0	24	73	13	69	54	0	1	44	1.08
2473213--2473336	27	4.9	27	65	23	65	51	1	1	45	1.20
2473625--2473673	23	2.1	23	85	14	66	46	6	2	44	1.39
2473813--2473855	16	2.9	15	80	12	54	48	0	2	48	1.14
2474485--2474515	9	3.4	9	100	0	62	58	0	0	41	0.98
2474483--2474524	18	2.4	17	80	11	57	52	0	0	47	1.00
2474530--2474581	14	3.9	14	80	14	65	51	0	0	48	1.00
2474531--2474584	25	2.2	25	93	0	90	53	0	0	46	1.00
2474486--2474584	9	9.0	11	72	20	50	53	0	1	45	1.07
2474669--2474714	21	2.2	21	84	0	56	52	0	0	47	1.00
2474665--2474716	26	2.0	27	84	3	70	51	0	0	48	1.00
2474963--2475027	20	3.4	19	79	8	69	36	1	1	60	1.16
2476594--2476631	17	2.2	17	86	9	51	44	0	0	55	0.99
2476610--2476651	21	2.0	21	86	9	59	50	2	0	47	1.14
2479890--2480150	79	3.3	78	81	5	312	33	14	25	27	1.94
2480009--2480256	130	1.9	127	85	4	336	32	12	25	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2480088--2480204	51	2.3	51	81	10	141	31	11	23	33	1.90
2480058--2480311	130	2.0	128	78	10	266	35	12	24	28	1.91
2482576--2482698	20	5.8	20	78	12	113	40	13	17	29	1.86
2482615--2482708	13	8.2	13	68	25	77	40	14	15	28	1.88
2482596--2482728	33	4.0	33	79	9	128	40	13	16	29	1.87
2482576--2482708	66	2.0	66	86	2	187	40	13	16	29	1.87
2485153--2485187	16	2.1	17	89	5	54	40	11	11	37	1.77
2496066--2496180	13	7.5	13	71	28	77	34	13	17	34	1.88
2496047--2496180	32	4.2	32	94	0	225	35	13	17	33	1.88
2496079--2496172	13	5.6	19	69	28	88	35	12	17	35	1.87
2496225--2496249	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2496258--2496386	52	2.5	52	90	0	195	35	15	18	30	1.92
2511731--2511815	28	3.0	29	80	3	118	29	29	16	24	1.97
2511788--2511929	33	4.2	34	83	7	182	18	30	13	38	1.89
2511788--2511949	33	4.8	34	80	9	170	18	29	14	38	1.90
2511792--2511925	68	2.0	67	84	10	175	17	29	13	40	1.87
2512009--2512277	43	5.9	43	78	10	250	26	25	18	29	1.98
2512004--2512889	49	18.0	49	70	11	424	24	26	16	32	1.96
2512009--2512380	92	3.9	94	82	6	423	25	26	18	29	1.98
2512540--2512889	52	7.0	51	71	11	231	24	26	16	33	1.95
2512009--2512738	101	7.4	97	72	10	276	24	26	17	31	1.97
2512184--2512858	354	1.9	353	82	4	840	24	27	15	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2513551--2513652	32	3.2	32	95	0	177	35	11	18	34	1.87
2513569--2513625	13	3.9	13	74	24	51	35	12	17	35	1.87
2513582--2513644	19	3.6	19	76	24	84	33	12	19	34	1.89
2513697--2513721	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2513730--2513858	52	2.5	52	85	0	186	37	15	16	30	1.90
2517053--2517404	52	6.7	51	71	9	190	37	16	21	25	1.93
2517152--2517351	50	3.9	50	78	4	186	38	16	21	24	1.93
2517152--2517349	102	1.9	103	84	3	265	37	16	21	24	1.93
2517402--2518053	33	20.2	32	78	10	582	21	16	31	30	1.95
2517404--2518049	97	6.7	97	80	7	640	21	16	31	30	1.95
2518049--2518140	29	3.1	29	82	4	105	32	11	31	23	1.91
2518108--2518198	31	3.0	31	79	4	96	30	15	30	23	1.95
2519146--2519171	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2524532--2524576	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
2526380--2526410	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2528424--2528502	20	3.7	20	76	15	77	27	13	13	44	1.83
2528489--2528525	13	2.8	13	95	0	65	29	16	16	37	1.90
2531050--2531076	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2532634--2532671	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
2533106--2533146	20	2.0	20	85	0	55	21	41	26	9	1.84
2534515--2534595	39	2.0	40	88	2	119	33	3	27	35	1.75
2535240--2535265	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2535222--2535285	32	2.0	33	87	3	94	40	15	14	29	1.86
2537499--2538003	79	6.4	79	93	0	821	31	14	26	27	1.95
2539188--2539373	35	5.3	35	97	0	347	19	31	5	42	1.75
2545528--2545583	20	2.8	20	86	5	69	39	10	16	33	1.83
2546914--2547053	70	2.0	70	100	0	280	28	27	10	34	1.89
2553689--2553714	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2553671--2553734	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
2556879--2557245	167	2.2	166	81	5	427	31	8	8	51	1.62
2557646--2557715	31	2.3	31	92	0	113	68	2	15	12	1.32
2557845--2557879	9	3.8	9	88	7	52	77	0	22	0	0.78
2558771--2558800	15	2.0	15	93	0	51	80	0	3	16	0.85
2559391--2559677	155	1.9	155	85	4	400	25	16	19	39	1.91
2559479--2559870	201	2.0	201	80	5	454	24	16	19	40	1.91
2563294--2563328	17	2.1	17	89	10	54	37	0	22	40	1.55
2564873--2565170	162	1.8	162	90	2	483	41	14	11	32	1.82
2565963--2566013	11	4.5	11	76	14	50	1	21	1	74	1.02
2565951--2566010	22	2.7	22	82	5	68	5	21	1	71	1.14
2573602--2573654	19	2.7	20	88	2	72	32	16	15	35	1.90
2573604--2573654	20	2.6	19	87	3	66	33	17	13	35	1.89
2577165--2577192	14	2.0	14	100	0	56	42	14	14	28	1.84
2577245--2577294	19	2.6	19	96	0	91	38	18	12	32	1.87
2580639--2580663	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2580619--2580685	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
2580759--2580887	52	2.5	52	96	0	231	34	18	17	29	1.94
2585019--2585045	10	2.7	10	100	0	54	0	0	22	77	0.76
2594732--2594828	1	97.0	1	77	0	95	88	11	0	0	0.51
2594739--2594826	6	14.5	6	83	11	108	88	11	0	0	0.51
2594732--2594828	23	4.2	24	85	12	125	88	11	0	0	0.51
2594732--2594828	31	3.2	30	89	7	135	88	11	0	0	0.51
2596267--2596456	59	3.3	56	82	7	211	33	28	16	21	1.95
2596267--2596456	28	6.6	28	85	5	202	33	28	16	21	1.95
2596553--2596638	42	2.0	42	93	0	145	27	24	18	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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