genome.fa.s179.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold179
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2991183

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
168762--168819	19	2.9	19	87	5	80	32	15	17	34	1.91
170296--170349	20	2.7	20	85	8	65	35	14	7	42	1.74
172505--172566	19	3.2	19	73	13	63	41	14	16	27	1.87
172554--172578	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
172533--172603	32	2.2	32	97	0	133	35	11	16	36	1.85
172535--172597	19	3.7	18	76	24	73	33	12	17	36	1.88
172622--172663	21	2.0	21	100	0	84	42	9	19	28	1.82
172650--172675	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
174459--174512	19	2.8	20	80	5	65	38	14	16	29	1.89
176760--176809	21	2.4	21	83	9	59	48	0	20	32	1.50
176767--176809	21	2.0	22	86	4	61	51	0	20	27	1.48
182694--182748	19	2.8	20	77	5	67	36	16	16	30	1.91
182734--182759	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
185048--185086	20	2.0	20	89	0	60	35	15	7	41	1.76
190033--190750	79	9.1	78	81	5	782	28	24	12	33	1.92
189983--190749	158	4.9	157	84	3	923	29	24	12	33	1.92
190011--190749	317	2.3	315	85	4	979	28	25	12	33	1.93
189983--190786	79	10.2	79	79	6	772	29	24	12	33	1.92
190021--190820	396	2.0	393	81	5	936	29	25	12	33	1.92
193205--193258	19	2.8	20	82	2	74	33	20	7	38	1.80
197316--197340	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
197296--197362	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
197401--197427	13	2.1	13	100	0	54	33	14	14	37	1.88
197436--197564	52	2.5	52	98	0	249	34	17	17	30	1.93
202435--202551	59	2.0	58	90	5	182	36	5	14	43	1.68
203244--203302	20	3.0	19	75	7	64	33	11	22	32	1.90
208894--209009	20	5.2	20	71	20	97	40	12	18	29	1.86
209926--210009	32	2.7	31	87	5	125	22	17	30	28	1.97
209954--210490	28	18.6	28	77	8	348	24	18	29	28	1.98
210495--210582	14	6.6	14	71	10	67	36	18	11	34	1.86
210495--210582	26	3.3	27	72	10	74	36	18	11	34	1.86
213287--213338	13	4.5	13	73	26	62	36	17	13	32	1.89
213287--213355	33	2.1	32	86	10	95	36	17	14	31	1.90
213384--213439	19	2.9	19	91	2	85	35	19	16	28	1.93
213424--213450	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
215833--215899	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
215853--215877	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
215940--215964	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
215953--216141	52	3.6	50	88	6	238	33	18	15	31	1.93
215975--216141	52	3.2	52	94	2	284	34	18	16	30	1.93
219453--219502	21	2.4	21	83	9	59	48	0	20	32	1.50
219460--219502	21	2.0	22	86	4	61	51	0	20	27	1.48
219611--219636	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
223544--223580	3	12.3	3	88	0	56	29	32	0	37	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
225186--225215	13	2.3	13	94	0	51	36	16	16	30	1.91
225298--225324	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
230777--230815	15	2.6	15	79	0	51	17	0	38	43	1.50
238890--238962	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
238890--238984	41	2.3	42	96	1	174	40	12	17	29	1.87
239023--239048	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
243111--243149	15	2.6	15	91	0	60	51	15	20	12	1.76
245165--245242	20	3.6	21	73	15	70	25	12	16	44	1.83
245229--245267	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
247073--247118	16	2.8	16	93	6	74	28	2	39	30	1.69
247725--247797	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
247725--247819	41	2.3	42	96	1	174	40	12	17	29	1.87
247858--247883	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
249382--249418	17	2.2	17	100	0	74	16	18	18	45	1.85
250338--250368	12	2.7	12	95	5	55	41	12	0	45	1.42
252725--252867	20	7.2	21	67	27	57	48	0	0	51	1.00
252665--252848	90	2.1	88	80	12	198	48	0	0	51	1.00
252761--252843	15	5.3	15	72	18	53	53	0	0	46	1.00
252713--252881	90	1.9	91	81	8	211	48	0	0	50	1.05
254112--254176	15	4.2	15	75	19	53	20	3	1	75	1.02
254111--254176	8	8.1	8	74	15	55	21	3	1	74	1.04
256085--256112	1	28.0	1	100	0	56	0	0	0	100	0.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
261235--261304	20	3.4	20	70	14	70	24	10	21	44	1.82
261226--261310	42	2.0	42	100	0	170	25	11	21	41	1.87
266261--266324	32	2.0	32	87	3	92	45	14	10	29	1.78
268522--268571	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
270369--270399	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
272475--272499	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
272611--272656	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
274268--274311	20	2.3	19	88	11	63	40	2	11	45	1.53
274277--274317	20	2.0	20	95	0	73	43	0	7	48	1.30
275038--275099	32	1.9	33	90	3	99	45	16	11	27	1.81
277968--278353	79	4.9	78	78	8	349	35	9	23	31	1.87
277957--278353	158	2.5	152	77	10	406	35	10	23	31	1.88
278312--278381	28	2.5	28	90	0	104	20	17	31	31	1.95
278236--278459	104	2.2	104	84	4	292	29	12	26	32	1.92
280184--280338	71	2.2	71	97	0	292	24	2	38	34	1.69
281923--282149	61	3.7	61	86	3	280	31	18	24	25	1.97
281923--282152	121	1.9	120	83	3	300	32	17	23	25	1.97
282171--282288	62	1.9	62	83	0	155	31	16	24	27	1.96
282018--282296	148	1.9	146	82	5	346	32	16	23	27	1.96
282250--282343	47	2.0	47	87	4	136	27	19	24	28	1.98
282206--282407	109	1.8	110	81	5	248	30	18	25	26	1.98
282297--283037	62	11.9	62	78	6	687	33	18	23	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
282297--283030	125	5.9	124	79	6	682	33	18	23	25	1.97
282297--282975	254	2.7	250	81	6	752	33	17	23	25	1.96
284339--284380	22	1.9	22	85	9	59	7	9	14	69	1.37
287843--287905	32	1.9	33	87	3	92	33	19	11	36	1.87
287955--287980	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
290495--290762	79	3.4	79	80	4	242	33	12	25	28	1.92
290563--290763	79	2.5	79	86	1	287	34	13	23	27	1.93
290695--290814	51	2.4	51	81	8	154	32	15	25	26	1.95
290619--290874	130	2.0	130	86	4	365	34	13	24	26	1.93
293212--293345	50	2.7	50	90	0	205	43	14	16	26	1.86
297369--297434	33	2.0	33	85	5	89	40	12	15	31	1.83
298007--298466	79	5.9	75	78	8	241	36	12	22	28	1.91
298125--298511	79	4.9	78	80	5	379	35	11	23	29	1.90
297975--298511	158	3.4	155	77	9	452	34	12	23	29	1.91
298469--298539	28	2.5	28	86	6	99	19	15	32	32	1.93
298399--298600	104	1.9	104	86	2	289	32	12	24	30	1.92
300659--300734	20	3.8	20	77	5	64	46	11	11	30	1.77
300659--300713	20	2.7	21	85	2	67	43	9	14	32	1.77
300779--300850	20	3.5	22	83	11	89	29	12	13	44	1.81
302615--302670	19	2.9	19	89	2	85	32	16	16	35	1.90
304348--304653	79	3.9	79	82	0	344	28	23	12	35	1.91
304348--304653	158	1.9	157	84	2	407	28	23	12	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
304637--304847	78	2.7	77	74	11	185	29	22	11	35	1.90
305673--305697	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
307870--307928	21	2.8	21	86	0	73	61	0	22	16	1.35
311475--311500	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
311455--311518	33	2.0	32	87	3	92	26	12	20	40	1.88
311982--312048	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
312002--312026	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
312090--312114	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
312103--312242	52	2.7	53	88	2	187	34	19	16	30	1.94
312123--312251	52	2.5	52	89	5	206	36	17	16	30	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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