genome.fa.s179.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold179
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2991183

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
795187--795431	122	2.0	123	94	0	429	30	27	1	40	1.66
795426--795505	42	1.9	42	84	5	108	30	23	2	43	1.67
797362--797399	13	2.9	14	80	15	53	39	13	18	28	1.88
802547--802577	6	5.2	6	100	0	62	51	0	32	16	1.44
805235--805278	22	1.9	23	81	9	54	25	2	13	59	1.46
806158--806404	75	3.2	75	84	6	323	33	8	19	38	1.81
806253--806380	36	3.3	36	64	17	85	32	7	20	39	1.79
806169--806403	81	3.0	79	87	3	316	33	7	19	39	1.80
806866--806896	3	10.3	3	92	0	53	29	32	0	38	1.57
808585--808609	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
808567--808630	33	2.0	33	90	3	103	37	15	15	31	1.89
810142--810168	13	2.1	13	100	0	54	37	14	7	40	1.74
815812--815837	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
818054--818098	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
819901--819931	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
822159--822204	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
824558--824583	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
829147--829185	20	2.0	20	100	0	78	25	17	15	41	1.89
829147--829201	20	2.8	20	88	5	76	30	14	16	38	1.89
830214--830260	16	2.8	17	79	20	55	51	8	0	40	1.33
830628--830654	1	27.0	1	100	0	54	100	0	0	0	0.00
831678--831753	20	3.7	19	68	14	53	44	2	1	51	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
835605--835657	2	26.5	2	100	0	106	0	49	0	50	1.00
839349--839385	8	4.6	8	90	9	58	10	0	0	89	0.49
839355--839386	9	3.7	9	95	4	57	9	0	0	90	0.45
839479--839512	15	2.2	15	89	5	50	29	17	26	26	1.98
839650--839689	18	2.2	18	91	8	64	45	0	0	55	0.99
840057--840095	15	2.6	15	91	0	60	23	10	0	66	1.22
842858--842909	20	2.6	20	100	0	104	44	11	17	26	1.83
843008--843055	20	2.4	20	100	0	96	35	18	6	39	1.76
844625--845141	266	2.0	253	83	8	650	34	11	10	43	1.75
845318--845346	15	1.9	15	100	0	58	48	0	0	51	1.00
845313--845346	17	1.9	18	88	5	52	50	0	0	50	1.00
847312--847350	2	19.5	2	94	0	69	2	46	0	51	1.14
856258--856330	38	1.9	38	88	0	110	27	23	19	30	1.98
856258--856341	38	2.2	38	84	0	105	26	27	16	29	1.97
859355--859387	7	4.9	7	88	7	50	3	12	0	84	0.72
860809--860915	4	26.8	4	83	3	117	27	1	27	43	1.65
861318--861355	2	19.0	2	94	0	67	47	0	2	50	1.15
863428--863463	18	1.9	19	88	5	56	25	0	2	72	0.98
863417--863503	46	1.9	45	86	6	122	32	1	1	65	1.07
863823--863875	19	2.8	19	72	11	54	56	3	0	39	1.17
864262--864345	28	3.0	27	69	8	78	53	2	8	35	1.44
865055--865212	85	1.9	85	83	2	210	51	9	7	31	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
865441--865567	68	1.9	68	84	0	173	48	7	4	39	1.51
865625--865684	23	2.5	25	76	20	65	6	25	0	68	1.14
869893--870360	165	2.9	158	77	10	376	29	8	9	52	1.63
869940--870360	165	2.6	166	83	3	512	29	9	7	53	1.61
870040--870390	164	2.1	165	84	1	445	28	9	10	50	1.69
870653--870702	14	3.7	14	84	12	61	32	0	0	68	0.90
870826--870878	25	2.2	24	83	6	63	75	0	15	9	1.04
872265--872291	14	1.9	14	100	0	54	22	18	0	59	1.38
872641--873014	154	2.4	155	82	4	454	23	17	20	38	1.93
876212--876265	20	2.7	20	85	5	74	42	12	12	31	1.81
877010--877199	52	3.7	51	81	6	197	32	14	24	27	1.95
876958--877266	104	2.8	107	75	16	278	33	13	25	26	1.93
877217--877329	42	2.7	43	84	2	165	32	15	22	29	1.95
877418--877720	32	9.6	32	79	7	298	21	18	30	30	1.97
877400--877720	64	5.1	63	83	4	389	21	18	30	29	1.97
877760--877920	27	5.5	27	67	16	97	32	12	31	23	1.92
877718--878392	60	11.1	60	78	10	487	34	12	31	22	1.90
877944--878257	27	10.6	27	74	14	214	31	12	33	22	1.91
877712--878392	123	5.6	124	78	9	634	33	11	31	22	1.90
877944--878392	91	4.9	86	78	10	382	32	12	32	22	1.91
878240--878398	34	4.8	34	73	14	136	33	12	32	21	1.91
878208--878388	97	1.9	97	89	0	281	33	12	32	20	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
878373--878437	30	2.2	30	88	0	94	30	13	29	26	1.94
878394--878454	30	2.0	30	87	0	86	32	11	26	29	1.91
878364--878615	94	2.7	94	80	3	274	34	13	27	24	1.93
878470--878612	30	4.5	30	76	7	83	34	16	25	23	1.95
883804--884319	28	18.5	28	82	4	585	25	17	29	28	1.97
890196--890315	52	2.3	52	95	0	213	28	17	19	35	1.94
890196--890335	52	2.7	52	86	4	185	29	17	20	33	1.95
890324--890348	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
890389--890455	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
890411--890435	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
893562--893658	20	4.8	20	85	0	140	30	15	13	40	1.86
907109--907342	113	2.1	113	90	0	369	38	17	22	21	1.93
907557--907608	18	2.9	18	81	13	63	82	15	1	0	0.75
907544--907608	24	2.8	23	80	15	71	83	12	4	0	0.80
908855--909403	28	19.5	28	86	3	672	29	29	18	22	1.97
908855--909403	169	3.2	169	87	3	753	29	29	18	22	1.97
909390--909456	32	2.1	32	82	0	80	29	25	13	31	1.94
912872--912988	51	2.3	52	92	1	191	30	12	26	29	1.93
912924--913144	79	2.8	79	86	0	325	30	13	28	28	1.94
915489--915518	13	2.3	13	94	0	51	40	16	16	26	1.90
916236--916542	42	7.1	38	68	24	125	43	13	24	19	1.86
916231--916549	46	7.2	43	73	19	241	43	12	24	18	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
916231--916557	88	3.7	86	79	13	298	44	12	24	18	1.84
916231--916557	89	3.7	86	79	13	291	44	12	24	18	1.84
916228--916561	134	2.5	134	88	5	493	44	12	24	18	1.84
916623--916822	45	4.4	45	74	14	183	38	11	27	23	1.89
916380--916930	243	2.3	236	86	5	764	37	13	26	21	1.92
916768--916990	104	2.1	105	89	0	340	31	16	27	23	1.96
916914--917858	61	15.3	61	86	3	1144	29	19	25	25	1.98
916914--917861	185	5.1	184	87	3	1214	29	19	25	25	1.98
916914--917858	246	3.8	246	88	3	1303	29	19	25	25	1.98
919063--919099	18	2.1	19	85	10	51	2	13	10	72	1.21
926545--926621	20	3.8	20	84	0	109	40	11	15	32	1.84
926604--926685	20	3.3	24	70	26	73	43	9	18	28	1.81
927648--928051	28	14.5	28	81	5	442	24	16	30	28	1.96
932401--932475	20	3.8	20	78	7	89	40	13	13	33	1.83
932398--932475	40	2.0	39	87	2	111	39	14	12	33	1.84
934692--934735	20	2.2	20	87	0	61	50	9	9	31	1.65
934750--934826	20	3.9	19	81	8	100	41	11	14	32	1.82
934702--934876	90	1.9	90	88	3	262	44	10	14	30	1.80
934809--934888	20	3.3	23	68	30	58	46	10	16	27	1.78
935832--935865	15	2.3	15	90	10	52	0	0	11	88	0.52
935837--935867	12	2.7	11	90	9	53	0	0	9	90	0.46
938328--938378	20	2.5	19	81	12	57	31	3	37	27	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
940784--941145	156	2.3	156	79	4	381	24	16	19	39	1.92
942877--942921	22	2.0	22	83	8	56	26	8	4	60	1.46
943945--943998	20	2.6	21	80	14	58	40	0	0	59	0.98
947214--947287	34	2.1	35	82	7	89	54	13	14	17	1.72
947620--947668	19	2.6	19	87	6	64	36	16	14	32	1.89
949754--950184	166	2.6	163	79	4	409	29	10	8	51	1.67
950502--950532	5	6.0	5	92	7	53	80	0	19	0	0.71
951045--951189	41	3.6	40	73	12	111	46	13	22	18	1.83
951069--951157	43	2.1	43	80	4	99	49	12	22	15	1.78
951113--951185	38	1.9	39	86	5	105	47	12	19	20	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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