genome.fa.s179.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold179
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2991183

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
990934--991143	43	4.9	43	75	5	192	15	29	17	38	1.90
991181--991282	42	2.4	42	83	3	125	20	30	12	36	1.90
991345--991649	43	7.1	42	80	5	270	16	27	18	37	1.92
991374--991649	130	2.1	129	82	2	329	16	28	17	36	1.92
991406--991610	87	2.4	87	81	4	211	18	29	15	36	1.92
991345--991688	43	8.0	43	78	4	181	15	27	18	38	1.91
991769--991867	42	2.4	42	82	0	126	12	26	18	43	1.85
992002--992121	43	2.8	43	82	2	143	14	26	20	38	1.91
992047--992206	43	3.7	42	74	8	133	18	26	18	36	1.93
992234--992357	42	3.0	42	82	3	153	20	22	15	41	1.90
992403--992758	43	8.3	42	76	6	304	16	29	19	35	1.93
992859--992950	42	2.2	41	80	7	96	18	23	16	41	1.90
993074--993259	43	4.3	42	77	5	149	17	28	16	37	1.91
993527--993815	43	6.7	43	71	7	129	18	30	16	34	1.93
994074--994251	43	4.1	43	74	5	144	16	29	17	35	1.92
994290--994421	42	3.1	42	82	6	160	15	24	18	40	1.90
994313--994436	42	3.0	42	84	2	124	19	23	15	41	1.89
994511--996843	43	54.6	43	70	9	567	18	28	17	35	1.93
994511--994837	173	1.9	174	84	3	444	15	30	17	36	1.92
994883--994984	42	2.5	42	77	1	116	16	27	15	40	1.89
995772--995850	42	1.9	42	86	2	115	17	26	20	35	1.95
995770--995869	42	2.4	42	81	1	103	16	27	19	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
995937--996823	130	6.9	129	75	5	533	17	29	17	34	1.94
995937--996822	87	10.3	85	74	7	452	17	29	17	34	1.94
996489--996676	44	4.3	44	80	5	143	19	34	14	31	1.92
996870--996986	42	2.8	42	86	0	144	18	29	13	37	1.90
997056--997289	87	2.7	85	76	4	227	19	29	15	35	1.93
997053--997358	43	7.1	42	72	7	170	19	28	16	35	1.94
997395--997539	42	3.5	42	77	1	148	14	28	18	37	1.90
997606--997927	43	7.5	43	74	6	240	17	27	18	36	1.93
996621--998100	553	2.7	552	78	4	1484	18	29	16	35	1.93
997649--997884	130	1.8	128	83	3	312	17	28	17	36	1.93
997674--997939	129	2.1	130	80	5	297	17	28	17	36	1.93
997877--997980	43	2.4	41	81	9	102	19	28	19	32	1.96
997949--998074	42	3.1	41	81	8	132	15	26	21	37	1.92
997949--998069	39	3.0	39	82	3	125	15	26	22	35	1.94
998184--998360	43	4.1	43	75	9	182	17	27	16	38	1.91
998407--998509	41	2.5	43	82	9	133	22	29	11	36	1.89
998579--998957	86	4.4	85	75	6	289	15	27	19	37	1.92
998579--998957	43	8.8	42	71	6	159	15	27	19	37	1.92
999037--999130	42	2.2	42	81	3	100	22	24	11	41	1.87
999178--999495	43	7.5	42	78	8	243	17	25	19	37	1.93
999178--999507	85	3.9	85	78	8	296	18	25	19	36	1.94
999191--999510	128	2.5	128	79	7	303	18	26	19	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
999552--999658	42	2.5	42	86	0	142	19	28	14	38	1.90
999742--999917	43	4.1	43	78	5	167	14	27	18	39	1.90
999915--1000038	42	3.0	42	81	2	133	19	24	18	37	1.94
1000109--1000472	43	8.5	43	77	3	281	15	28	18	37	1.92
1000162--1000379	87	2.5	86	83	2	258	15	27	19	37	1.92
1000087--1000405	130	2.5	129	79	3	313	16	28	19	36	1.93
1000503--1000599	42	2.3	42	78	0	113	19	25	18	36	1.95
1000714--1001028	86	3.6	84	74	11	235	19	28	17	35	1.94
1000718--1001027	43	7.2	42	77	9	198	19	28	17	35	1.94
1000151--1001258	555	2.0	552	78	3	1154	18	27	17	36	1.93
1001285--1001433	43	3.5	42	70	12	115	17	29	16	36	1.91
1001472--1001659	42	4.5	42	75	9	161	17	29	14	38	1.89
1001697--1001801	43	2.4	43	83	0	120	22	26	13	37	1.91
1001722--1001901	43	4.2	43	79	2	166	20	29	12	38	1.88
1001939--1002160	43	5.2	43	75	10	177	19	30	15	34	1.93
1001996--1002160	86	1.9	86	82	4	208	19	29	16	35	1.93
1002153--1002291	42	3.3	41	79	8	147	19	26	17	36	1.94
1002416--1002582	43	3.9	43	74	9	117	19	26	16	37	1.93
1002575--1002728	42	3.6	42	78	4	166	18	24	18	38	1.92
1002811--1003804	43	23.3	43	70	9	325	18	28	16	36	1.92
1002948--1003193	130	1.9	129	79	4	280	18	29	17	34	1.93
1002480--1004161	635	2.6	634	81	4	1943	18	27	17	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1003593--1003845	43	5.9	43	72	8	165	16	28	17	36	1.92
1003877--1003995	41	2.9	42	80	6	134	19	24	16	39	1.92
1003836--1003995	83	1.9	83	80	9	184	18	24	16	41	1.90
1004036--1004222	86	2.2	85	80	6	200	18	29	17	34	1.94
1004085--1004237	43	3.6	42	80	3	162	18	30	16	34	1.93
1004499--1005420	43	21.6	42	72	10	356	18	27	16	37	1.93
1004877--1005020	42	3.5	41	84	1	153	14	24	19	41	1.89
1005456--1005587	42	3.1	42	86	0	183	18	28	17	35	1.94
1005403--1005616	84	2.5	83	75	10	213	18	29	16	35	1.93
1004536--1005721	553	2.1	551	79	5	1239	18	28	16	36	1.93
1005642--1005730	43	2.0	44	85	6	119	19	29	15	35	1.93
1005667--1005809	43	3.3	44	74	11	116	17	30	16	36	1.92
1005868--1005963	42	2.3	41	78	10	106	17	29	18	34	1.94
1006049--1006130	43	1.9	43	85	2	112	17	29	17	36	1.92
1006066--1006439	43	8.7	43	75	5	211	17	29	15	37	1.91
1006537--1006660	42	3.0	42	84	0	140	19	27	17	35	1.94
1006705--1006867	86	1.9	85	82	8	206	18	28	14	39	1.89
1006716--1006867	43	3.5	43	76	10	132	17	28	14	38	1.89
1006706--1006894	86	2.2	85	77	9	186	19	27	14	38	1.91
1006919--1007053	42	3.2	42	82	1	155	20	26	16	37	1.93
1007130--1007361	43	5.4	44	71	11	133	16	26	17	39	1.91
1007509--1007619	43	2.6	43	89	0	159	18	30	17	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1007511--1007652	43	3.3	43	86	4	144	16	29	17	35	1.93
1007852--1007934	42	2.0	42	87	0	121	18	26	18	37	1.93
1008025--1008164	43	3.3	43	76	9	151	13	30	17	37	1.89
1008025--1008192	43	3.9	42	77	4	147	15	29	17	37	1.91
1008228--1008325	42	2.4	41	86	5	126	14	28	20	36	1.92
1008559--1008711	43	3.6	43	86	1	200	14	28	18	38	1.90
1008395--1008716	86	3.8	85	77	6	301	16	27	16	39	1.90
1008432--1008725	43	6.8	41	74	9	176	17	27	16	38	1.91
1007506--1008725	86	14.3	86	66	10	286	18	28	17	36	1.93
1008432--1008766	86	3.9	86	76	8	220	17	28	17	37	1.92
1008735--1008892	42	3.8	41	72	9	113	18	27	18	36	1.94
1009119--1009215	43	2.3	43	82	5	117	19	25	15	39	1.91
1009263--1009364	42	2.4	42	83	6	127	22	28	14	34	1.94
1009637--1009843	42	4.9	42	78	5	152	17	28	16	37	1.92
1009667--1009843	84	2.1	84	85	4	232	18	27	14	40	1.89
1009925--1013154	43	75.4	43	70	8	593	17	28	17	35	1.93
1009925--1010163	130	1.8	130	79	1	273	16	29	19	34	1.94
1010352--1010499	42	3.5	42	79	5	165	16	28	18	37	1.92
1011029--1011234	42	4.9	42	75	4	148	18	28	16	35	1.93
1011079--1011234	84	1.9	84	83	5	208	17	28	16	37	1.92
1011774--1011899	42	3.0	42	77	2	119	14	23	20	41	1.89
1012408--1012506	42	2.4	42	84	6	121	15	29	18	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1012586--1012833	130	1.9	130	79	5	279	15	28	18	37	1.92
1012866--1013005	42	3.4	41	73	4	102	20	27	15	37	1.92
1013007--1013179	86	2.0	87	82	3	215	17	29	15	36	1.91
1013190--1013326	42	3.3	42	84	1	150	18	27	16	38	1.91
1013205--1013327	42	3.0	42	85	4	160	18	28	13	39	1.89
1013373--1013597	43	5.2	43	80	4	220	18	27	16	38	1.91
1013672--1013766	42	2.3	42	86	0	136	17	21	17	43	1.88
1013845--1014050	43	4.8	42	71	8	155	17	27	17	37	1.93
1014092--1014183	42	2.2	42	84	3	114	18	25	16	40	1.91
1014270--1015578	43	30.6	43	72	6	318	17	29	16	35	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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