genome.fa.s179.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold179
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2991183

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1888185--1888234	20	2.5	20	90	3	75	34	14	18	34	1.90
1888264--1888329	20	3.7	20	69	26	74	36	15	15	33	1.88
1888312--1888342	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
1888263--1888343	33	2.5	33	91	0	144	34	14	16	34	1.89
1890648--1890677	15	2.0	15	100	0	60	80	0	6	13	0.91
1890687--1890743	21	2.7	21	94	0	96	33	10	17	38	1.84
1890799--1890866	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
1890820--1890844	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1890801--1890863	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
1890906--1890931	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1890886--1890952	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
1893400--1893475	27	2.8	28	90	6	111	23	32	21	22	1.98
1893458--1893628	51	3.3	51	79	4	198	28	26	12	32	1.92
1893611--1893692	28	2.9	28	82	7	96	24	31	17	26	1.97
1894928--1894962	1	35.0	1	100	0	70	0	0	100	0	0.00
1896182--1896255	27	2.8	26	82	6	87	25	16	35	22	1.95
1898998--1899059	31	2.0	32	84	9	83	37	16	12	33	1.87
1899184--1899215	16	2.0	16	93	0	55	12	6	3	78	1.06
1901549--1901630	35	2.5	34	79	15	100	32	15	20	30	1.94
1967852--1967917	30	2.2	30	100	0	132	46	16	3	33	1.62
1971099--1971142	3	14.7	3	85	0	61	29	29	0	40	1.57
1971099--1971141	12	3.6	12	90	0	68	30	27	0	41	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1972738--1972762	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1972812--1972866	19	2.8	20	83	5	76	36	14	18	30	1.91
1980647--1980751	50	2.1	50	87	0	147	49	13	20	17	1.79
1981385--1981598	77	2.8	78	80	4	227	27	27	14	29	1.96
1981390--1981620	78	3.0	77	81	6	200	27	26	16	29	1.97
1981773--1981864	42	2.2	42	92	3	150	17	29	19	33	1.95
1983200--1983481	146	1.9	146	82	2	352	26	9	9	53	1.65
1983085--1983646	310	1.8	303	83	6	738	27	11	8	52	1.66
1983348--1983737	164	2.4	164	79	9	429	25	11	11	51	1.71
1984927--1985211	154	1.9	154	85	4	398	35	11	11	41	1.78
1985076--1985326	128	2.0	128	87	1	360	33	11	11	43	1.76
1988099--1988159	13	5.3	12	72	23	60	22	14	18	44	1.86
1988114--1988174	19	3.5	19	70	25	71	21	16	19	42	1.89
1988082--1988175	32	2.9	32	93	1	152	25	15	15	42	1.87
1989794--1989824	3	10.3	3	92	0	53	38	0	32	29	1.57
1991112--1991164	20	2.7	20	84	0	70	33	11	18	35	1.87
1993984--1994013	13	2.3	13	94	0	51	36	16	10	36	1.82
1998795--1998870	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
1998794--1998879	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
1998785--1998903	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
2005767--2005885	42	2.8	42	90	0	184	9	45	2	42	1.49
2005800--2005875	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2005791--2005876	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
2005783--2005852	18	3.6	18	68	20	50	10	42	2	44	1.52
2006556--2006655	44	2.3	44	98	0	191	46	14	12	28	1.79
2009878--2009949	16	4.5	16	79	6	74	41	29	16	12	1.85
2009878--2009949	32	2.2	32	85	9	110	41	29	16	12	1.85
2009892--2009955	16	4.0	16	82	8	76	40	31	15	12	1.85
2010055--2010105	19	2.7	18	82	8	57	43	0	5	50	1.26
2010928--2011030	53	1.9	53	84	3	136	37	26	13	22	1.91
2011005--2011104	16	6.2	16	71	11	53	42	32	14	12	1.82
2011018--2011142	32	3.9	31	75	3	97	44	31	13	11	1.79
2011018--2011126	16	6.8	16	74	0	92	43	32	13	11	1.79
2012283--2012370	28	3.2	27	79	4	95	60	12	17	10	1.59
2014164--2014362	51	3.9	51	80	1	202	29	10	17	42	1.83
2014177--2014361	102	1.8	102	80	2	228	29	10	18	41	1.84
2017151--2017193	19	2.3	19	95	0	77	25	13	13	46	1.81
2016741--2018720	780	2.5	780	82	6	2319	36	13	19	30	1.91
2018554--2021834	157	20.8	157	67	12	880	34	12	20	31	1.91
2018422--2021723	473	7.0	464	72	10	1609	34	13	20	31	1.91
2022044--2022322	151	1.8	154	81	9	347	42	13	16	27	1.85
2021852--2022740	159	5.6	156	71	11	503	38	13	18	30	1.89
2025075--2025104	15	2.0	15	93	0	51	76	3	13	6	1.11
2025862--2025953	24	4.2	23	72	18	79	43	2	44	9	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2025853--2025971	42	2.8	42	90	0	184	43	2	45	8	1.47
2037440--2037500	9	7.1	9	72	10	56	11	44	1	42	1.50
2037445--2037479	12	2.9	12	84	16	54	11	48	0	40	1.39
2037412--2037530	42	2.8	42	88	0	166	9	46	1	42	1.46
2042913--2042941	14	2.0	15	93	6	51	13	24	6	55	1.63
2047484--2047523	20	2.0	20	100	0	80	15	25	35	25	1.94
2049669--2049726	20	2.8	21	80	19	68	32	15	8	43	1.77
2057548--2058178	79	8.0	78	78	6	569	29	24	10	35	1.89
2057548--2058178	158	4.0	157	82	4	639	29	24	10	35	1.89
2057544--2058178	237	2.7	231	80	6	654	30	24	10	35	1.89
2069955--2070073	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
2069988--2070063	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
2069979--2070064	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
2069970--2070040	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
2077424--2077542	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
2077457--2077532	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
2077448--2077533	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
2077439--2077509	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
2084826--2084867	20	2.1	20	86	0	57	7	19	2	71	1.20
2097603--2097652	26	1.9	26	84	8	66	36	30	4	30	1.76
2098444--2098544	38	2.7	38	84	6	127	33	26	21	17	1.96
2102095--2102164	23	3.0	22	75	15	77	32	15	11	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2101979--2102307	179	1.8	180	93	0	570	31	16	12	38	1.87
2107704--2108107	157	2.6	155	81	8	430	38	13	18	30	1.89
2108091--2108430	159	2.1	158	80	3	380	36	12	19	31	1.89
2108132--2108437	159	1.9	158	83	5	393	36	12	20	31	1.89
2108353--2108654	155	1.9	155	81	2	365	37	11	21	29	1.89
2108603--2108950	155	2.2	157	76	10	345	39	12	17	29	1.87
2108683--2108968	158	1.8	155	79	10	332	39	13	19	28	1.89
2112690--2113303	78	7.8	77	86	5	781	28	20	12	39	1.89
2112690--2113303	235	2.6	235	94	1	1043	28	20	12	39	1.89
2113388--2113444	27	2.1	27	100	0	114	31	10	7	50	1.63
2114579--2114700	61	2.0	61	93	0	208	31	9	27	31	1.88
2114644--2115529	159	5.6	157	76	9	712	34	11	20	33	1.88
2114708--2115525	315	2.6	317	80	6	754	35	11	20	33	1.88
2117253--2117315	12	5.8	12	67	27	50	39	0	47	12	1.42
2117274--2117323	18	2.8	18	81	6	57	44	0	46	10	1.37
2123431--2123540	42	2.6	42	91	0	175	10	45	2	41	1.52
2123455--2123540	24	3.8	24	72	17	76	11	43	2	43	1.53
2124095--2124213	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
2124128--2124203	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
2124119--2124204	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
2124110--2124180	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
2123316--2124643	664	2.0	664	99	0	2611	22	28	12	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2126271--2126602	156	2.1	156	98	0	639	36	11	19	32	1.88
2129113--2129278	83	2.0	83	91	2	271	37	15	31	15	1.88
2129124--2129308	83	2.2	83	82	3	185	40	14	31	13	1.84
2130823--2130898	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
2130822--2130907	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
2130813--2130931	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
2137450--2137525	12	6.9	11	75	15	61	36	1	48	13	1.50
2137440--2137564	42	2.9	42	88	5	162	40	1	46	11	1.49
2144924--2144960	17	2.1	17	90	5	56	10	5	2	81	0.96
2146816--2147130	156	2.0	157	96	1	578	32	25	15	26	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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