genome.fa.s228.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold228
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4123243

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
930--973	18	2.4	18	88	3	61	50	0	2	47	1.13
2133--2180	24	2.0	24	100	0	96	58	12	4	25	1.52
3042--3089	25	1.9	24	83	8	60	20	14	14	50	1.78
6997--7049	20	2.7	19	85	5	61	35	18	11	33	1.87
7079--7134	19	2.9	19	91	2	85	35	17	16	30	1.92
9596--9639	13	3.4	13	100	0	88	40	15	13	29	1.86
9652--9683	16	2.0	16	100	0	64	37	12	18	31	1.88
10774--10798	13	1.9	13	100	0	50	28	16	16	40	1.89
10819--10912	20	4.7	20	76	15	95	27	13	13	44	1.82
13262--13374	51	2.2	51	82	3	129	30	24	11	32	1.91
13362--13431	28	2.5	28	88	0	95	24	24	20	31	1.98
13470--13540	28	2.6	28	77	8	83	25	28	19	26	1.99
13310--13589	108	2.6	107	78	4	314	28	22	14	34	1.93
13525--13636	51	2.2	51	85	3	145	33	24	10	32	1.89
13576--13798	79	2.8	80	80	4	245	27	22	14	35	1.93
18881--18906	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
18945--19020	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
18966--19038	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
18945--19038	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
21489--21565	20	3.6	20	77	16	73	42	15	15	25	1.86
25398--25442	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
27656--27681	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27720--27795	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
27741--27813	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
27720--27813	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
33263--33390	52	2.5	52	93	3	215	30	17	17	34	1.93
33263--33410	52	2.9	50	85	12	185	31	16	18	33	1.93
33399--33423	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
33486--33510	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
35620--35673	20	2.7	20	82	2	63	37	16	11	35	1.84
39843--39874	16	2.0	16	93	0	55	53	6	9	31	1.58
41707--41765	28	2.1	28	100	0	118	44	13	10	32	1.77
56557--56609	19	2.7	20	70	2	54	35	15	15	33	1.88
56598--56623	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
57231--57261	14	2.2	14	100	0	62	45	0	6	48	1.28
64839--64876	18	2.1	18	100	0	76	42	15	0	42	1.47
65394--65458	20	3.3	19	80	8	60	40	13	18	27	1.89
65408--65458	19	2.6	20	87	9	70	41	15	15	27	1.88
67642--67668	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
67652--67755	20	5.0	21	75	14	99	30	16	15	37	1.90
69951--69980	16	1.9	15	93	6	51	70	0	10	20	1.16
73910--73936	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
76362--76415	19	2.8	19	85	2	63	31	14	18	35	1.91
77864--77911	21	2.4	21	86	6	64	45	0	20	33	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84243--84298	19	2.9	19	91	2	85	35	16	17	30	1.92
84283--84309	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
89441--89468	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
90951--90977	6	4.5	6	100	0	54	85	0	14	0	0.61
91193--91469	145	1.9	147	82	5	357	42	7	6	43	1.58
91672--91743	29	2.6	29	82	8	78	40	6	9	43	1.65
91688--91746	29	2.1	28	87	3	82	40	6	11	40	1.68
91906--91969	3	21.0	3	90	9	103	65	0	0	34	0.93
91906--91981	18	4.1	18	90	9	86	64	0	0	35	0.94
93605--93652	25	1.9	25	83	8	62	18	12	16	52	1.75
99026--99118	40	2.3	40	96	0	168	37	5	12	44	1.66
99047--99114	21	3.3	21	67	29	65	33	2	14	48	1.59
99275--99332	20	3.1	18	74	13	53	32	10	17	39	1.83
99356--99409	20	2.7	20	100	0	108	29	18	18	33	1.95
99393--99422	13	2.3	13	100	0	60	33	16	13	36	1.88
100178--100686	141	3.6	141	84	5	650	35	9	9	45	1.69
102240--102698	73	6.3	72	82	6	534	53	13	2	30	1.52
102240--102702	145	3.2	144	84	7	573	53	13	2	30	1.52
103064--103210	69	2.2	67	82	4	181	41	2	2	54	1.23
105225--105249	11	2.3	11	100	0	50	84	0	0	16	0.63
105222--105252	5	6.0	5	92	7	53	80	0	0	19	0.71
105222--105252	16	1.9	16	100	0	62	80	0	0	19	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111988--112058	28	2.6	28	88	2	108	23	5	22	47	1.72
114647--114692	21	2.1	22	84	4	58	30	19	30	19	1.97
116576--116646	27	2.6	27	86	6	99	23	7	22	46	1.76
121108--121140	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
123978--124530	277	2.0	276	92	0	908	30	25	13	31	1.93
126219--126248	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
128594--128630	2	19.0	2	94	5	67	51	0	48	0	1.00
128597--128630	17	2.0	17	100	0	68	52	0	47	0	1.00
135662--135697	16	2.2	17	90	5	56	16	0	27	55	1.42
143495--143536	21	2.0	22	85	4	59	47	9	4	38	1.57
144294--144334	22	1.9	21	85	5	55	78	2	19	0	0.87
144960--145020	28	2.2	28	85	5	79	50	11	4	32	1.60
146315--146372	21	2.8	21	80	17	75	62	0	0	37	0.96
146313--146386	26	3.0	26	81	16	95	60	0	0	39	0.97
146342--146414	31	2.3	31	86	6	94	57	0	0	42	0.98
146323--146394	26	2.9	24	76	10	81	61	0	0	38	0.96
146830--146883	15	3.6	14	80	9	63	55	0	3	40	1.17
147033--147066	12	2.6	14	90	9	54	70	2	5	20	1.21
147239--147265	13	2.1	13	100	0	54	44	0	0	55	0.99
156502--156544	17	2.6	16	85	7	50	2	23	0	74	0.93
158690--158753	32	2.0	33	87	3	94	34	12	18	34	1.89
165355--165427	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
165373--165448	21	3.7	21	78	3	91	40	11	17	30	1.85
165355--165448	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
165487--165512	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
169574--169604	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
171618--171696	20	3.7	21	75	15	72	26	13	15	44	1.84
171683--171721	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
174164--174236	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
174182--174257	21	3.7	21	78	3	91	40	11	17	30	1.85
174164--174257	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
174296--174321	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
181279--181514	130	1.8	128	82	3	285	42	19	16	22	1.89
182127--182167	19	2.2	19	90	0	64	36	34	12	17	1.87
187833--187895	21	3.0	21	75	9	65	38	14	12	34	1.84
187932--187995	19	3.7	19	74	23	77	34	12	15	37	1.85
187933--188003	32	2.2	32	97	0	133	33	12	16	36	1.87
187952--187976	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
188047--188072	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
188027--188092	33	2.0	33	90	0	105	25	15	15	43	1.85
190440--190560	51	2.4	51	85	2	172	29	24	13	32	1.93
190618--190670	27	2.0	27	92	0	88	24	30	18	26	1.98
190544--190746	103	1.9	105	82	4	250	26	28	16	29	1.97
190678--190899	52	4.3	51	82	2	255	30	24	11	32	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
190882--190958	28	2.8	28	87	0	100	23	33	19	23	1.97
190833--191032	107	1.9	107	82	5	251	27	27	16	29	1.96
193824--193897	20	3.7	20	83	7	96	40	13	13	32	1.84
196037--196092	19	2.8	19	86	5	67	41	14	14	30	1.85
196151--196201	20	2.5	21	87	3	68	29	11	13	45	1.79
197515--197564	22	2.4	22	80	6	59	24	0	22	54	1.45
201021--201317	154	1.9	155	83	6	388	38	19	17	25	1.93
201327--201361	18	1.9	18	88	0	52	54	5	25	14	1.62
201772--202167	166	2.4	165	88	2	598	43	17	8	30	1.78
201772--202261	166	3.0	166	84	3	497	43	17	8	30	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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