genome.fa.s228.2.7.7.80.10.50.1000.19.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold228
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4123243

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2790842--2790913	9	7.2	11	77	16	52	27	2	0	69	1.02
2791330--2791392	34	1.9	33	83	6	83	46	0	0	53	1.00
2791367--2791408	22	1.9	23	90	9	70	52	2	0	45	1.13
2791371--2791418	21	2.3	21	78	7	53	62	2	0	35	1.07
2791410--2791467	24	2.4	24	80	11	66	60	1	0	37	1.07
2792960--2793177	34	6.4	34	85	4	280	25	7	26	40	1.82
2792960--2793177	102	2.1	101	89	1	337	25	7	26	40	1.82
2797585--2797803	34	6.5	34	84	2	271	25	8	26	39	1.84
2797588--2797803	102	2.1	101	88	1	324	25	8	27	39	1.84
2798873--2798898	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
2801395--2801460	29	2.3	29	73	17	66	62	3	3	31	1.26
2802230--2802293	31	2.2	31	78	18	75	54	0	1	43	1.09
2802260--2802598	132	2.7	125	86	7	447	54	2	2	39	1.29
2802478--2802678	110	1.8	111	90	5	327	54	1	2	41	1.23
2802617--2802720	23	4.5	22	75	18	77	62	1	0	35	1.06
2802617--2802702	22	3.8	22	76	14	86	63	1	0	34	1.02
2802472--2802702	110	2.1	110	81	7	301	56	1	2	39	1.19
2802628--2802715	22	3.7	23	77	13	90	62	2	0	35	1.08
2806827--2807162	87	3.8	87	81	7	322	35	13	8	42	1.74
2807175--2807441	96	2.9	89	78	9	270	35	14	7	43	1.73
2808125--2808168	23	2.0	23	86	8	65	59	0	0	40	0.98
2808162--2808196	15	2.3	15	90	0	52	40	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2808166--2808509	123	2.8	126	84	8	447	41	2	1	54	1.19
2810038--2810111	18	4.3	18	75	16	77	41	0	0	58	0.98
2810137--2810179	12	3.7	12	79	17	54	27	2	0	69	1.00
2810581--2810623	17	2.5	18	77	11	54	51	2	2	44	1.27
2810633--2810683	21	2.5	20	77	6	57	60	0	1	37	1.08
2811154--2811184	2	15.5	2	93	0	53	48	0	51	0	1.00
2811357--2811387	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2812134--2812197	20	3.2	19	75	20	67	50	1	0	48	1.10
2812960--2813005	23	2.0	22	83	12	56	54	0	8	36	1.32
2818816--2818844	2	14.5	2	100	0	58	51	48	0	0	1.00
2827287--2827322	14	2.6	14	90	0	54	5	22	5	66	1.34
2827781--2827906	51	2.5	51	85	1	171	32	10	12	44	1.76
2830470--2830582	58	1.9	58	85	3	156	46	17	13	23	1.83
2830482--2830855	58	6.4	57	74	11	267	46	15	12	25	1.81
2831491--2831539	24	2.0	24	96	0	89	32	20	18	28	1.96
2831637--2831693	20	2.9	21	77	12	59	3	22	0	73	0.98
2832292--2832342	20	2.5	20	100	0	102	23	15	23	37	1.93
2832414--2832453	21	1.9	21	89	0	62	37	12	15	35	1.85
2834329--2834386	29	2.0	29	87	9	84	39	6	3	50	1.46
2834508--2834573	30	2.2	30	83	5	80	25	6	10	57	1.55
2834937--2834982	2	23.0	2	90	0	74	50	4	0	45	1.21
2842115--2842139	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2848247--2848324	20	3.7	20	72	20	68	32	15	14	38	1.87
2848236--2848303	20	2.9	24	72	20	72	36	11	14	36	1.83
2848236--2848324	45	2.0	46	86	6	128	34	13	13	38	1.84
2848311--2848349	13	3.0	13	92	0	60	33	15	15	35	1.89
2849954--2850095	52	2.7	52	97	0	266	18	9	14	57	1.65
2850185--2850276	48	1.9	48	97	0	175	47	4	27	20	1.69
2850276--2850355	41	2.0	41	82	0	97	38	7	17	36	1.78
2850910--2850960	20	2.5	20	84	9	68	33	15	15	35	1.90
2851034--2851058	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2851013--2851080	33	2.1	33	88	2	102	36	19	11	32	1.88
2852592--2852627	6	5.8	6	93	6	63	86	0	13	0	0.58
2852592--2852627	19	1.9	19	94	5	65	86	0	13	0	0.58
2853875--2853983	44	2.5	44	73	8	105	22	18	13	44	1.85
2853808--2854080	89	3.1	87	75	8	237	24	18	13	43	1.87
2854086--2854388	89	3.4	89	76	3	218	28	20	10	40	1.86
2854955--2855153	63	3.2	63	78	6	190	23	24	12	40	1.88
2855955--2856158	93	2.2	93	78	4	214	18	19	17	44	1.87
2856027--2856103	32	2.5	31	74	16	77	20	20	14	44	1.86
2862207--2862267	31	2.0	31	86	0	86	57	6	11	24	1.57
2868024--2868098	20	3.8	20	76	0	87	41	12	14	32	1.83
2868111--2868150	20	2.0	21	95	5	73	37	17	10	35	1.83
2872436--2872491	22	2.5	23	97	2	105	62	8	10	17	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2873402--2873477	20	3.8	20	78	3	73	39	13	13	34	1.83
2873399--2873477	40	2.0	39	85	2	104	39	13	12	34	1.83
2873965--2875527	28	54.9	28	87	5	2038	22	17	31	28	1.97
2873965--2875527	86	18.3	85	86	5	2081	22	17	31	28	1.97
2873953--2875526	29	55.2	29	87	4	2018	22	17	31	28	1.97
2876749--2876822	1	74.0	1	73	0	58	1	2	9	86	0.73
2876744--2876820	20	3.7	20	76	15	68	2	3	9	84	0.84
2876770--2876821	11	4.6	11	86	13	79	0	0	11	88	0.52
2876765--2876823	12	5.0	12	83	10	77	0	1	11	86	0.65
2876778--2876828	26	1.9	27	88	4	77	0	0	17	82	0.67
2889827--2889873	21	2.2	21	100	0	94	65	8	8	17	1.44
2890792--2890867	20	3.8	20	78	3	73	39	13	13	34	1.83
2890789--2890867	40	2.0	39	85	2	104	39	13	12	34	1.83
2901994--2902150	20	7.3	20	71	19	120	39	11	18	30	1.86
2901944--2902150	91	2.2	92	91	1	335	41	11	17	28	1.85
2906007--2906034	14	2.0	14	100	0	56	78	0	0	21	0.75
2909272--2909336	3	21.7	3	96	0	121	32	1	0	66	1.01
2914371--2914447	20	3.8	20	83	6	93	42	12	12	31	1.81
2914823--2914849	10	2.7	10	100	0	54	0	7	0	92	0.38
2914990--2915073	43	2.0	43	95	4	152	35	19	21	23	1.96
2918307--2918358	20	2.5	21	81	9	63	40	15	13	30	1.86
2920261--2921192	464	2.0	464	89	1	1429	39	14	22	23	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2923033--2923080	25	2.0	24	84	8	62	50	4	2	43	1.33
2923096--2923141	22	2.1	22	83	0	56	47	0	2	50	1.13
2923293--2923346	25	2.1	27	83	10	69	62	3	0	33	1.12
2923979--2924022	18	2.3	18	84	7	52	47	0	0	52	1.00
2923979--2924020	19	2.2	20	83	12	52	45	0	0	54	0.99
2924584--2924625	12	3.4	12	78	15	50	40	0	0	59	0.97
2926091--2926123	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
2928467--2928532	29	2.3	30	80	15	77	37	7	0	54	1.29
2928557--2928608	18	2.8	18	75	16	52	53	1	0	44	1.11
2930111--2930331	34	6.5	33	82	9	266	40	26	7	24	1.82
2930113--2930331	68	3.2	67	85	3	296	40	26	7	25	1.82
2930111--2930331	102	2.2	101	89	1	352	40	26	7	24	1.82
2934739--2934957	34	6.5	33	77	11	210	42	26	6	25	1.79
2934741--2934957	68	3.2	67	80	3	247	41	25	6	25	1.79
2934739--2934957	102	2.2	101	88	1	339	42	26	6	25	1.79
2935714--2935743	12	2.4	13	94	5	53	30	0	0	70	0.88
2935723--2935866	17	8.4	17	69	17	66	38	1	1	59	1.15
2935762--2935834	32	2.3	30	77	13	83	43	1	0	54	1.08
2935827--2935896	12	5.5	12	71	18	61	28	2	0	68	1.04
2935828--2935895	17	3.9	17	75	14	68	29	2	0	67	1.05
2937118--2937142	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2937894--2937958	20	3.2	19	74	20	60	49	4	0	46	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2940226--2940250	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
2943635--2943699	19	3.8	17	75	24	66	30	12	16	40	1.86
2943637--2943704	32	2.1	32	94	0	118	32	11	17	38	1.86
2943656--2943680	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2943785--2943913	52	2.5	52	96	0	240	35	18	17	27	1.94
2948175--2948208	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2958030--2958065	10	3.5	10	88	7	54	27	0	0	72	0.85
2958722--2958761	15	2.7	15	88	3	55	67	0	0	32	0.91
2960642--2960674	13	2.5	13	100	0	66	57	0	0	42	0.98
2961021--2961079	20	3.0	19	85	7	66	35	3	0	61	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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