genome.fa.s228.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold228
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4123243

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
958649--958775	52	2.4	52	93	0	209	36	18	16	29	1.92
963561--963590	11	2.7	11	94	0	51	23	0	6	70	1.11
964292--964421	52	2.5	50	82	5	152	31	25	10	33	1.89
964425--964750	79	4.1	77	77	8	289	26	26	14	31	1.95
974186--974686	33	15.1	33	87	4	697	20	34	12	33	1.90
974186--974686	166	3.0	166	94	2	841	20	34	12	33	1.90
974690--974760	33	2.2	33	94	2	126	26	35	16	21	1.95
974760--975530	49	15.8	49	84	4	954	25	25	17	32	1.97
975198--975468	92	2.9	92	96	1	479	25	24	18	32	1.97
975382--975757	55	6.7	55	74	12	293	25	23	14	36	1.93
975382--975768	170	2.3	164	92	4	639	24	24	14	36	1.93
975650--975769	60	2.0	61	83	1	152	25	24	12	38	1.90
976565--976602	20	1.9	19	94	5	67	26	10	10	52	1.68
976644--976668	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
976677--976797	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
983682--983768	46	1.9	46	90	4	142	86	12	1	0	0.64
983701--983768	24	2.9	24	86	4	95	86	11	1	0	0.63
983682--983768	45	2.0	43	90	4	138	86	12	1	0	0.64
983682--983766	21	3.9	21	81	17	102	85	12	1	0	0.65
983682--983756	1	75.0	1	75	0	69	88	12	0	0	0.53
984006--984058	11	4.8	11	88	4	72	88	9	1	0	0.58
984006--984046	1	41.0	1	85	0	55	92	7	0	0	0.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
983716--984339	290	2.1	291	97	1	1187	45	19	14	20	1.85
984296--984343	1	48.0	1	87	0	69	93	4	2	0	0.39
984296--984349	13	4.2	13	88	6	74	90	3	5	0	0.53
984296--984352	27	2.0	27	90	6	87	89	5	5	0	0.59
985279--985564	30	9.2	30	84	10	344	23	29	15	31	1.95
985287--985557	62	4.4	62	92	1	420	24	28	16	30	1.96
985318--986263	33	28.9	33	85	4	994	21	32	13	32	1.92
985528--986263	166	4.4	166	91	3	1038	20	33	12	33	1.89
985528--986283	133	5.7	130	82	10	797	20	34	11	33	1.89
986267--986337	33	2.2	33	94	2	126	26	35	16	21	1.95
986337--987107	49	15.8	49	84	4	954	25	25	17	32	1.97
986775--987045	92	2.9	92	96	1	479	25	24	18	32	1.97
986959--987334	55	6.7	55	74	12	293	25	23	14	36	1.93
986959--987345	170	2.3	164	92	4	639	24	24	14	36	1.93
987227--987346	60	2.0	61	83	1	152	25	24	12	38	1.90
988142--988179	20	1.9	19	94	5	67	26	10	10	52	1.68
988221--988245	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
988254--988374	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
995256--995340	22	3.9	22	86	4	111	85	12	1	0	0.65
995275--995341	24	2.9	24	86	4	93	86	11	1	0	0.64
995256--995341	44	2.0	43	90	2	136	86	12	1	0	0.64
995256--995341	18	4.5	19	82	11	95	86	12	1	0	0.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
995256--995329	1	74.0	1	75	0	67	87	12	0	0	0.53
995579--995633	12	4.5	12	88	6	76	89	9	1	0	0.57
995579--995621	1	43.0	1	85	0	59	93	6	0	0	0.37
995289--995915	292	2.1	292	98	0	1209	45	18	14	20	1.85
995871--995918	1	48.0	1	87	0	69	93	4	2	0	0.39
995871--995924	13	4.2	13	88	6	74	90	3	5	0	0.53
995871--995927	27	2.0	27	90	6	87	89	5	5	0	0.59
996862--997131	62	4.4	62	92	2	420	24	28	16	30	1.96
996854--997138	31	9.2	30	85	9	351	23	29	15	31	1.95
996854--997138	92	3.1	89	84	9	349	23	29	15	31	1.95
996893--997835	33	28.8	33	84	5	958	21	32	13	32	1.92
996893--997835	67	14.4	65	88	5	939	21	32	13	32	1.92
997841--997911	33	2.2	33	94	2	126	26	35	16	21	1.95
997911--998679	49	15.8	49	84	4	952	25	25	17	31	1.97
998349--998617	92	2.9	92	95	2	470	25	24	18	31	1.97
998533--998916	169	2.3	163	91	6	619	25	24	14	36	1.93
998793--998917	60	2.1	61	81	3	155	24	25	12	37	1.90
999718--999755	20	1.9	19	94	5	67	26	10	10	52	1.68
999797--999821	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
999810--999950	52	2.7	51	86	6	203	33	18	17	30	1.94
1006833--1006909	33	2.4	32	86	6	111	87	12	0	0	0.56
1006852--1006919	24	2.9	24	91	2	111	86	11	1	0	0.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1006833--1006919	45	2.0	44	90	2	138	86	12	1	0	0.64
1006833--1006919	19	4.5	19	82	8	95	86	12	1	0	0.64
1006835--1006919	12	6.8	12	81	10	91	85	12	1	0	0.65
1006833--1006907	1	75.0	1	75	0	69	88	12	0	0	0.53
1007157--1007210	12	4.4	12	88	6	74	88	9	1	0	0.58
1007157--1007201	19	2.5	19	85	7	67	91	8	0	0	0.43
1007159--1007210	23	2.4	22	83	6	70	88	9	1	0	0.59
1007157--1007199	1	43.0	1	85	0	59	93	6	0	0	0.37
1007156--1007201	11	4.2	11	89	10	76	89	10	0	0	0.50
1006866--1007493	291	2.1	293	97	1	1197	45	18	14	20	1.85
1007448--1007496	1	49.0	1	87	0	71	93	4	2	0	0.39
1007448--1007502	13	4.2	13	88	4	74	90	3	5	0	0.53
1007447--1007505	27	2.1	27	90	6	91	88	6	5	0	0.64
1008432--1008717	30	9.2	30	84	10	344	23	29	15	31	1.95
1008440--1008710	62	4.4	62	92	1	420	24	28	16	30	1.96
1008471--1009416	33	28.9	33	85	4	994	21	32	13	32	1.92
1008681--1009416	166	4.4	166	91	3	1038	20	33	12	33	1.89
1008681--1009436	133	5.7	130	82	10	797	20	34	11	33	1.89
1009420--1009490	33	2.2	33	94	2	126	26	35	16	21	1.95
1009490--1010260	49	15.8	49	84	4	954	25	25	17	32	1.97
1009928--1010198	92	2.9	92	96	1	479	25	24	18	32	1.97
1010112--1010487	55	6.7	55	74	12	293	25	23	14	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1010112--1010498	170	2.3	164	92	4	639	24	24	14	36	1.93
1010380--1010499	60	2.0	61	83	1	152	25	24	12	38	1.90
1011295--1011332	20	1.9	19	94	5	67	26	10	10	52	1.68
1011374--1011398	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1011407--1011527	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
1017329--1017372	8	5.6	8	79	15	56	88	11	0	0	0.51
1017329--1017372	9	4.7	9	88	8	61	88	11	0	0	0.51
1017321--1017372	14	3.2	17	76	18	65	86	11	0	1	0.65
1017321--1017393	23	3.2	23	81	11	78	84	8	5	1	0.81
1018362--1018513	62	2.5	61	86	2	214	26	26	19	27	1.99
1018431--1018607	94	1.8	97	86	9	263	25	28	19	25	1.99
1018552--1018911	61	5.9	62	86	3	462	25	26	20	28	1.99
1018527--1018911	123	3.2	123	88	4	538	25	26	20	27	1.99
1019521--1019545	13	1.9	13	100	0	50	36	16	8	40	1.77
1021973--1022041	28	2.5	28	83	7	95	26	26	20	27	1.99
1022002--1022328	79	4.1	79	80	6	304	27	26	14	32	1.94
1021844--1022181	185	1.8	185	80	3	403	27	25	13	33	1.94
1024311--1024410	51	2.0	51	91	0	164	37	9	24	30	1.86
1024233--1024488	130	2.0	130	82	9	317	36	10	23	29	1.89
1024126--1024377	79	3.2	78	83	5	301	34	11	23	30	1.91
1024311--1024427	51	2.3	51	86	2	146	34	10	24	30	1.89
1026531--1026896	159	2.3	159	81	5	402	34	13	24	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1026539--1026901	80	4.6	79	80	6	378	34	13	24	27	1.93
1029965--1030631	42	16.5	40	71	14	132	40	12	25	21	1.88
1030076--1030631	86	6.8	83	72	14	361	40	12	24	22	1.88
1030203--1030268	34	1.9	35	87	3	98	37	15	24	22	1.92
1030101--1030470	120	3.1	120	77	9	394	41	13	24	20	1.88
1030247--1030354	44	2.5	41	78	11	117	46	11	25	16	1.80
1030358--1030631	42	6.5	42	77	4	241	40	12	22	24	1.88
1029928--1030512	283	2.1	276	87	3	832	40	13	25	20	1.89
1030615--1031138	62	8.5	62	89	0	726	30	20	24	23	1.98
1030613--1031667	186	5.7	186	85	4	1298	30	19	25	24	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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