genome.fa.s228.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold228
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4123243

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
203534--203973	164	2.7	165	78	7	412	49	8	11	30	1.70
204805--204834	15	2.1	15	93	6	53	40	26	13	20	1.89
206188--206219	14	2.2	15	94	5	57	28	0	0	71	0.86
206231--206290	26	2.3	27	83	11	81	46	1	0	51	1.10
206279--206352	25	3.1	23	77	9	76	44	2	1	51	1.24
206245--206355	57	2.0	56	87	8	163	44	2	0	52	1.21
206307--206421	37	3.2	37	72	19	116	40	1	0	56	1.15
209804--209852	11	4.5	11	82	5	55	77	0	4	18	0.92
209801--209847	17	2.8	17	75	15	53	76	0	2	21	0.89
209996--210036	18	2.5	17	88	11	59	58	0	4	36	1.20
210556--210658	22	4.7	22	75	15	65	42	0	0	55	1.13
210608--210666	11	5.5	11	82	8	68	42	0	0	57	0.98
210595--210649	21	2.6	21	85	8	76	43	0	1	54	1.10
210594--210662	10	6.6	10	76	15	59	43	0	1	55	1.08
210595--210660	21	3.1	20	78	10	69	45	0	1	53	1.09
214935--214959	4	6.2	4	100	0	50	76	0	24	0	0.80
215309--215366	27	2.1	27	90	0	89	34	6	34	24	1.82
224054--224130	20	3.8	20	98	0	145	41	10	18	29	1.83
224813--224927	43	2.6	44	83	9	144	56	3	6	33	1.43
229364--229388	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
229433--229484	13	3.5	13	73	26	50	36	17	13	32	1.89
229441--229505	19	3.7	19	73	23	70	40	15	12	32	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
229433--229503	32	2.2	32	94	0	124	38	16	12	32	1.87
230148--231173	49	20.8	51	80	10	1023	31	17	26	24	1.97
230253--231173	49	18.8	49	82	8	1035	31	17	26	24	1.97
231231--231512	35	8.2	35	78	9	267	37	11	31	19	1.87
231231--231512	106	2.7	105	82	7	342	37	11	31	19	1.87
231256--231474	70	3.1	69	88	2	312	36	10	32	20	1.88
231454--231602	62	2.5	60	84	8	187	29	16	29	24	1.96
231466--231597	31	4.3	31	83	8	171	28	15	30	25	1.96
232871--232908	12	3.2	12	85	11	51	0	2	15	81	0.80
235207--235244	18	2.1	18	100	0	76	21	18	15	44	1.86
235208--235245	9	4.1	9	83	16	51	21	21	15	42	1.89
241699--241793	31	3.1	31	84	6	113	37	15	13	32	1.87
241716--241817	31	3.3	30	84	10	118	36	14	14	34	1.87
241937--242043	42	2.5	42	77	3	108	33	14	13	38	1.85
244003--244075	34	2.1	35	84	2	94	57	9	13	19	1.63
244410--244450	20	2.1	20	86	4	57	36	17	14	31	1.90
244951--244975	13	1.9	13	100	0	50	40	16	16	28	1.89
249355--249410	28	2.0	28	89	0	85	30	14	5	50	1.65
251353--251409	24	2.4	24	100	0	114	10	19	10	59	1.59
253432--253485	22	2.5	22	77	17	58	48	14	7	29	1.71
256855--257477	79	8.0	76	74	12	419	32	12	26	28	1.93
256860--257477	158	4.0	157	76	12	511	32	12	26	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
257022--257162	71	2.0	71	81	5	169	28	12	30	29	1.92
257414--257513	52	1.9	51	84	6	130	32	7	30	31	1.84
259111--259164	23	2.5	22	79	8	56	25	5	31	37	1.79
259636--259769	49	2.7	50	81	4	182	39	14	17	27	1.90
260364--260649	40	7.8	34	72	15	187	38	16	25	19	1.92
260364--260777	42	10.7	39	72	16	163	39	14	25	20	1.90
260441--260690	35	6.7	35	73	16	173	40	14	25	19	1.90
260367--260692	75	4.3	74	80	7	370	39	15	25	19	1.90
260516--260649	34	3.7	34	75	15	126	37	17	27	17	1.92
260361--260690	150	2.2	151	91	2	531	39	15	25	19	1.91
260630--260807	42	4.2	42	85	7	218	40	12	24	21	1.89
260623--260807	85	2.2	83	84	5	239	39	14	24	22	1.91
262097--262231	46	3.0	45	83	7	173	53	5	5	36	1.46
263959--263989	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
265262--265296	16	2.1	17	89	5	54	82	0	14	2	0.77
265517--265605	43	2.1	43	100	0	178	29	6	11	52	1.62
267960--268124	81	2.0	81	97	0	312	30	2	13	53	1.53
270368--270400	4	8.2	4	93	0	57	0	24	3	72	0.98
275338--275423	19	4.8	18	70	21	65	36	15	15	33	1.88
275359--275430	32	2.2	32	95	0	126	34	15	15	34	1.89
284640--284707	32	2.1	32	94	0	118	38	17	10	33	1.84
284645--284708	19	3.7	19	70	23	68	39	17	10	32	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
285652--285698	15	3.2	15	77	17	53	2	17	2	78	0.94
288101--288142	22	1.9	22	85	0	57	40	0	11	47	1.40
288759--288793	18	1.9	18	88	0	52	14	2	2	80	0.95
288757--288793	17	2.1	18	85	14	51	18	2	2	75	1.04
289241--289300	19	3.1	19	79	18	61	60	0	0	40	0.97
289278--289331	8	6.9	8	75	12	58	51	0	0	48	1.00
295367--295392	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
298892--298935	22	2.0	23	82	13	56	59	0	0	40	0.98
299126--299163	20	2.0	20	94	5	69	65	0	5	28	1.14
300869--300921	25	2.1	25	100	0	106	45	7	32	15	1.74
305344--305380	19	1.9	19	94	0	65	16	13	18	51	1.76
308325--308374	6	8.2	6	88	2	73	66	16	2	16	1.35
314703--314747	5	9.4	5	77	18	51	40	0	0	60	0.97
314766--314809	17	2.5	18	82	10	56	70	2	2	25	1.10
315184--315230	23	2.0	23	92	8	78	68	0	0	31	0.90
317224--317259	13	2.8	13	91	0	54	38	19	11	30	1.86
317269--317348	21	3.6	22	89	6	117	37	11	22	28	1.89
317336--317366	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78
317390--317526	53	2.6	53	94	1	238	27	17	17	37	1.92
317496--317567	20	3.6	19	75	15	65	31	12	13	41	1.82
317606--317646	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
319642--319807	50	3.5	50	71	18	147	29	14	11	44	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
319702--319778	20	3.9	19	80	8	91	33	11	11	42	1.78
319652--319826	91	1.9	90	83	3	226	32	13	12	42	1.81
328647--328711	19	3.8	18	75	24	77	32	12	16	38	1.86
328648--328719	32	2.2	32	92	4	119	31	12	18	37	1.88
328667--328693	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
328797--328925	52	2.5	52	96	0	240	34	17	18	28	1.94
337369--338012	28	22.5	28	81	5	664	27	29	18	24	1.98
337368--338057	202	3.4	199	81	7	714	27	28	18	25	1.98
343747--343772	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
343840--343910	10	7.0	10	74	13	65	38	8	28	25	1.85
343934--343988	19	2.9	19	94	0	92	29	9	14	47	1.75
343953--344089	53	2.6	53	92	1	229	27	16	18	37	1.92
344059--344129	20	3.5	20	77	11	74	29	12	16	40	1.86
344169--344209	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
353444--353516	26	2.8	26	74	14	69	32	13	16	36	1.88
353535--354212	29	23.6	29	77	4	410	27	29	17	25	1.98
353527--354316	28	27.6	28	78	6	593	27	28	17	26	1.98
353526--354331	86	9.4	85	76	7	501	27	28	18	26	1.98
353532--354327	145	5.6	144	78	5	661	27	28	18	25	1.98
353532--354331	57	14.0	58	77	6	326	27	28	18	25	1.98
355365--355414	20	2.5	20	73	0	55	32	8	14	46	1.73
361277--361397	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
361277--361417	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
361406--361430	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
361496--361520	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
361474--361540	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
362510--362643	43	2.9	45	86	8	191	31	18	23	26	1.98
362467--362653	49	3.9	49	82	10	233	33	17	23	26	1.96
362466--362643	92	1.9	94	93	3	306	32	17	23	25	1.97
362705--363893	49	24.0	52	72	16	392	33	16	25	24	1.96
362337--362909	266	2.2	266	98	0	1101	35	15	24	24	1.95
362776--363727	49	21.0	43	74	15	705	32	17	25	24	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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