genome.fa.s228.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold228
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4123243

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
800177--800316	52	2.7	52	86	4	185	29	17	20	33	1.95
800305--800329	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
802475--802499	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
802508--802632	52	2.4	52	94	0	214	36	19	17	27	1.94
810889--811033	31	4.7	31	85	10	199	25	30	19	24	1.98
810889--811057	62	2.7	63	85	8	215	25	30	17	27	1.97
811041--811637	34	18.4	34	73	16	391	21	33	12	32	1.91
811041--811612	70	8.9	62	78	14	349	21	33	12	32	1.91
811041--811284	62	4.0	62	88	3	316	22	34	13	29	1.93
811229--811617	70	5.4	70	82	12	437	20	33	12	33	1.90
811336--811508	87	2.0	88	91	1	285	21	32	12	33	1.91
811290--811578	158	1.8	157	91	0	479	21	33	12	33	1.90
811449--811637	104	1.8	102	86	4	247	21	34	11	33	1.88
811622--811691	33	2.1	35	94	5	126	25	37	17	20	1.94
811453--811670	104	2.1	102	80	8	235	22	35	12	29	1.91
811691--813136	49	30.7	49	82	9	1782	25	25	18	31	1.97
811740--813145	92	15.0	92	92	3	1840	25	25	17	31	1.97
811691--813092	423	3.3	423	94	1	2378	25	25	18	31	1.97
813046--813199	52	2.9	53	80	4	184	25	24	15	35	1.94
813149--813275	67	1.9	68	86	1	184	25	25	11	37	1.90
818620--818659	20	2.0	20	90	0	62	22	32	22	22	1.98
820627--820680	20	2.7	20	83	13	67	33	18	14	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
820677--820732	19	2.9	19	89	2	85	32	19	12	35	1.89
820763--820840	33	2.4	33	88	0	120	32	14	17	35	1.90
820810--820839	13	2.3	13	94	0	51	36	16	10	36	1.82
820763--820860	33	3.0	33	84	3	117	32	13	17	36	1.88
820847--820966	52	2.3	52	98	0	231	34	19	13	33	1.90
823737--823782	23	2.0	23	86	0	65	32	23	17	26	1.97
824155--824215	15	3.8	17	74	25	69	59	3	0	37	1.14
825632--825681	26	1.9	26	87	0	73	52	4	4	40	1.39
825687--825741	22	2.5	22	91	2	85	56	0	5	38	1.23
825730--825763	16	2.1	16	88	0	50	73	2	0	23	0.97
825728--825782	23	2.4	23	78	6	67	69	1	0	29	0.99
831261--831295	18	1.9	18	88	11	54	34	0	0	65	0.93
835392--835449	21	2.7	21	79	12	64	60	3	1	34	1.24
836470--836526	17	3.2	19	69	20	52	52	8	5	33	1.55
838542--838658	52	2.3	50	81	5	144	30	14	26	28	1.95
838564--838709	52	2.8	51	85	1	166	34	12	23	29	1.91
838574--838709	51	2.6	52	84	1	166	34	13	22	29	1.92
841204--841229	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
841183--841249	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
841291--841315	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
841272--841334	32	2.0	32	93	0	108	34	15	12	36	1.86
841269--841336	19	3.9	19	78	21	76	36	14	11	36	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
841372--841428	21	2.7	22	83	8	73	33	15	12	38	1.85
842095--842145	25	2.1	24	85	7	68	50	1	3	43	1.31
842119--842177	30	2.0	30	83	6	75	49	3	5	42	1.41
842171--842244	21	3.4	21	75	12	60	62	1	1	35	1.12
843740--843800	25	2.4	25	81	8	70	49	3	0	47	1.18
844904--844938	2	18.0	2	94	5	63	48	0	0	51	1.00
846211--846313	43	2.4	43	90	3	154	55	8	16	19	1.67
846487--846521	17	2.1	17	94	0	61	42	14	25	17	1.86
857506--857573	34	2.0	34	100	0	136	35	8	26	29	1.87
865318--865391	27	2.7	27	93	0	121	17	18	39	24	1.92
868557--868628	35	2.1	35	94	0	126	27	4	23	44	1.72
870010--870049	21	1.9	21	90	10	64	30	5	30	35	1.79
870009--870061	21	2.5	21	81	6	63	28	3	30	37	1.75
874379--875093	156	4.6	155	78	7	599	37	19	19	23	1.94
874379--875873	155	9.7	155	73	9	899	37	20	18	24	1.94
876427--876661	126	1.8	128	84	6	325	41	13	11	33	1.80
877833--877881	19	2.6	19	83	3	55	67	4	0	28	1.09
877929--878468	166	3.3	165	80	6	619	53	8	10	26	1.65
881433--881484	19	2.7	20	90	3	79	42	13	15	28	1.85
882392--882458	33	2.0	33	85	0	89	29	17	28	23	1.97
885694--885760	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
886216--886255	20	2.0	21	95	5	73	30	10	15	45	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
886127--886341	91	2.4	91	98	0	412	30	12	20	37	1.89
886330--886355	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
886408--886438	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78
886515--886585	20	3.5	20	77	11	74	29	12	16	40	1.86
886625--886665	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
890350--890375	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
894291--894335	22	2.1	21	84	8	56	22	15	6	55	1.63
894280--894335	21	2.7	21	75	13	62	23	14	7	55	1.63
896567--896591	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
896544--896611	33	2.1	33	89	8	104	32	14	16	36	1.89
901536--901562	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
901631--901655	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
901612--901676	33	2.0	32	88	8	96	38	15	15	30	1.88
907269--907319	25	2.0	25	96	0	93	31	31	0	37	1.58
910839--910876	20	1.9	20	100	0	76	31	15	10	42	1.81
910899--910953	20	2.7	20	82	2	65	34	12	12	40	1.82
911637--911966	61	5.7	61	71	14	216	36	12	25	25	1.91
911696--912127	52	8.0	52	72	11	249	38	12	23	25	1.90
912032--912126	50	1.9	50	86	0	136	36	15	23	24	1.94
912193--912517	32	10.2	32	85	6	419	19	19	32	29	1.96
912505--912878	32	11.8	32	72	13	247	39	11	28	20	1.87
912505--912878	34	11.8	33	73	13	268	39	11	28	20	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
912503--912758	93	2.7	93	73	16	247	39	11	27	21	1.87
912505--912863	62	5.7	66	75	13	192	40	11	27	20	1.86
912604--912660	27	2.2	26	90	3	87	35	14	29	21	1.92
912663--912786	28	4.2	28	73	17	90	43	12	24	19	1.86
912625--912790	62	2.7	61	86	9	230	43	12	24	19	1.85
912867--913029	30	5.5	30	82	7	199	33	15	26	25	1.95
912867--913032	59	2.8	60	88	3	230	34	15	25	24	1.94
912867--913034	89	1.9	88	93	1	291	33	14	26	24	1.94
919967--920053	42	2.1	42	95	0	156	47	13	11	27	1.78
921572--921649	40	2.0	40	86	0	111	38	10	12	38	1.78
921672--921767	20	4.7	20	81	3	111	29	15	14	40	1.87
921672--921784	21	5.5	20	81	4	118	28	15	15	40	1.88
921672--921767	41	2.3	41	98	0	183	29	15	14	40	1.87
921692--921784	20	4.6	20	81	4	96	29	15	13	41	1.85
924152--924242	41	2.2	41	86	0	128	25	12	17	45	1.83
924800--924914	54	2.1	54	96	0	212	47	12	8	31	1.71
926923--926962	20	2.0	20	100	0	80	10	45	5	40	1.60
929414--929459	21	2.1	22	84	4	58	30	19	30	19	1.97
931343--931413	27	2.6	27	88	6	99	22	7	23	46	1.76
933135--933163	2	14.5	2	100	0	58	48	0	51	0	1.00
934025--934106	4	20.8	4	79	12	80	79	1	19	0	0.80
934106--934166	19	3.2	19	67	9	52	39	0	4	55	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
935436--935478	15	2.6	17	85	10	63	44	0	0	55	0.99
938659--938876	114	1.9	112	83	1	274	33	18	17	29	1.94
942662--942736	20	3.8	20	78	0	87	34	13	12	40	1.81
942662--942739	40	2.0	39	87	2	111	34	12	12	39	1.82
943647--943702	22	2.5	23	94	5	105	17	10	8	62	1.52
943655--943709	22	2.6	21	88	5	58	20	9	9	61	1.52
950384--950429	13	3.5	13	82	5	56	36	2	0	60	1.09
951114--951149	18	2.1	17	94	5	63	47	5	0	47	1.25
958141--958240	20	4.5	20	71	22	74	25	16	16	43	1.87
958614--958638	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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