genome.fa.s228.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold228
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4123243

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1367788--1367815	14	2.0	14	100	0	56	28	21	35	14	1.92
1382489--1382540	3	17.3	3	91	0	86	30	30	0	38	1.58
1383456--1383514	23	2.5	26	76	23	76	42	6	6	44	1.57
1386131--1386484	52	7.0	51	77	13	347	54	6	0	38	1.30
1386130--1386486	151	2.3	152	83	6	447	54	6	0	38	1.30
1386140--1386483	99	3.4	100	78	14	316	54	6	0	38	1.31
1386132--1386429	48	5.9	51	78	10	303	53	6	0	39	1.30
1386684--1386725	22	1.9	22	90	0	66	38	4	7	50	1.51
1386870--1386926	22	2.6	23	77	5	64	35	5	10	49	1.60
1387036--1387111	22	3.5	22	77	10	84	34	9	13	43	1.75
1388121--1388164	24	1.9	23	86	9	63	36	4	4	54	1.41
1388292--1388327	19	1.9	18	88	5	54	36	8	8	47	1.64
1390410--1390869	152	3.0	148	80	7	471	32	7	9	51	1.62
1390465--1390872	152	2.7	150	83	5	482	33	6	8	52	1.56
1392231--1392591	166	2.2	166	81	4	424	37	11	11	39	1.78
1392680--1392978	157	1.9	157	80	5	354	27	14	18	39	1.90
1392947--1393017	34	2.1	34	97	0	133	22	7	23	46	1.76
1393200--1393231	16	2.0	16	93	0	55	59	0	0	40	0.97
1394061--1394140	22	3.6	22	81	6	99	42	13	10	33	1.78
1394316--1394345	14	2.1	14	93	0	51	63	16	6	13	1.50
1394696--1394727	15	2.1	15	94	0	55	46	15	6	31	1.71
1397037--1397142	16	6.6	16	76	10	108	16	21	26	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1397042--1397116	33	2.3	32	86	2	114	17	24	26	32	1.97
1397134--1397183	22	2.3	22	92	0	82	20	16	28	36	1.93
1397224--1397279	16	3.5	16	75	0	58	8	12	33	44	1.73
1398163--1398192	16	1.9	15	93	6	51	26	16	6	50	1.70
1400923--1401139	89	2.4	89	81	0	245	35	22	6	35	1.80
1400992--1401165	89	2.0	89	81	0	204	37	20	6	36	1.78
1402229--1402306	20	3.8	20	81	13	79	34	11	14	39	1.82
1402744--1402827	34	2.4	35	82	9	102	41	9	16	32	1.81
1402744--1402843	34	2.9	34	78	10	96	43	11	16	30	1.82
1402923--1402981	28	2.1	28	93	0	100	40	6	32	20	1.78
1403483--1403511	5	5.8	5	100	0	58	82	0	0	17	0.66
1413798--1413833	7	5.4	7	93	6	58	30	0	0	69	0.89
1413798--1413836	6	6.2	6	93	3	51	28	0	0	71	0.86
1413798--1413833	13	2.7	14	87	12	58	30	0	0	69	0.89
1413798--1413855	19	3.0	19	82	10	64	34	0	1	63	1.04
1414793--1414840	25	1.9	25	83	8	62	35	0	6	58	1.23
1416334--1416372	18	2.1	19	90	4	62	28	15	23	33	1.95
1416986--1417193	90	2.3	92	84	5	264	45	6	8	38	1.61
1416986--1417248	90	2.9	90	81	6	255	45	6	9	38	1.63
1418166--1418246	24	3.3	23	68	20	65	50	1	2	45	1.22
1418410--1418446	18	2.1	18	90	5	58	54	0	0	45	1.00
1420704--1420911	100	2.2	98	79	11	236	43	8	11	36	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1420745--1420930	100	1.9	100	87	4	277	44	7	10	38	1.67
1422068--1422125	22	2.5	24	78	21	70	55	0	0	44	0.99
1423211--1423255	23	2.0	23	82	4	56	44	0	4	51	1.21
1423425--1423471	13	3.7	13	74	5	51	40	0	0	59	0.97
1423435--1423482	25	1.9	25	87	8	71	37	0	0	62	0.95
1424276--1424434	38	4.2	38	78	6	128	32	11	16	38	1.85
1424276--1424415	38	3.7	38	80	5	142	30	12	16	40	1.86
1429744--1429785	21	2.0	21	95	0	75	28	21	9	40	1.84
1429802--1429885	13	5.5	13	68	28	51	35	16	14	33	1.89
1429810--1429904	19	5.7	18	70	27	84	35	16	13	33	1.88
1429802--1429906	32	3.3	32	95	0	192	35	17	13	34	1.88
1429873--1429934	19	3.2	19	73	13	63	27	16	14	41	1.87
1429966--1430019	21	2.6	21	90	0	90	38	20	7	33	1.80
1430727--1431470	55	13.0	55	81	10	716	26	19	26	26	1.99
1430779--1431501	61	12.4	61	83	9	749	26	19	26	26	1.99
1430973--1431060	28	3.2	28	64	20	76	28	19	26	26	1.99
1430727--1431501	120	6.7	116	84	6	842	26	19	26	26	1.99
1431415--1431599	100	1.9	100	89	2	291	28	20	27	24	1.99
1432569--1432649	1	81.0	1	73	0	54	1	4	8	85	0.79
1432577--1432624	14	3.4	14	83	11	62	2	2	10	85	0.77
1432569--1432649	25	3.3	23	80	14	90	1	4	8	85	0.79
1432585--1432649	28	2.5	26	85	7	78	0	4	10	84	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1432588--1432649	15	4.6	14	76	13	67	0	4	9	85	0.73
1432563--1432648	11	7.2	11	74	19	66	1	6	8	83	0.85
1444555--1444750	79	2.5	79	79	3	198	31	14	27	26	1.95
1444768--1445418	51	12.5	51	70	11	361	31	11	27	29	1.91
1444655--1445418	262	2.9	262	92	0	1280	31	11	27	28	1.92
1445232--1445308	28	2.8	28	85	0	91	22	19	35	23	1.96
1445288--1445414	52	2.4	52	83	7	168	31	11	26	30	1.91
1447860--1447909	19	2.6	19	93	0	82	38	18	14	30	1.89
1448710--1449451	55	13.0	55	82	10	748	26	19	27	27	1.99
1448877--1449470	60	10.2	59	82	10	613	26	19	26	26	1.99
1448712--1449470	120	6.6	115	84	8	816	25	19	27	27	1.99
1450331--1450535	91	2.3	91	87	3	288	36	11	17	34	1.86
1450540--1450676	51	2.6	52	83	3	161	29	15	15	39	1.88
1453277--1453453	84	2.1	83	85	5	232	27	24	10	37	1.89
1460999--1461037	17	2.2	18	86	4	53	58	2	0	38	1.12
1461096--1461150	19	2.8	19	72	2	56	49	0	0	50	1.00
1463303--1463381	18	4.6	18	76	9	83	31	3	31	32	1.76
1463370--1463412	21	2.0	21	82	8	52	34	0	30	34	1.58
1466927--1466981	3	18.3	3	100	0	110	67	0	0	32	0.91
1467275--1467337	23	2.8	24	75	20	64	63	6	0	30	1.19
1467313--1467353	19	2.1	20	86	4	57	65	0	0	34	0.93
1467466--1467547	14	6.2	14	67	22	61	59	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1467469--1467501	15	2.1	15	94	5	57	60	0	0	39	0.97
1467478--1467562	24	3.5	24	83	10	111	60	0	0	40	0.97
1468371--1468426	27	2.1	27	93	0	94	19	26	17	35	1.94
1469750--1469865	59	2.0	59	91	0	187	34	22	21	21	1.97
1470463--1470531	36	1.9	36	90	0	111	34	37	0	27	1.57
1470638--1470662	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
1470685--1470729	21	2.0	22	87	8	65	22	4	8	64	1.40
1470685--1470735	23	2.2	23	83	13	61	21	3	9	64	1.40
1471232--1471277	23	1.9	24	82	8	58	73	0	21	4	1.00
1471230--1471277	12	3.9	12	81	10	53	75	0	20	4	0.97
1475664--1475689	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1475728--1475803	21	3.7	21	76	3	91	28	15	11	43	1.83
1475749--1475821	20	3.6	20	79	3	92	31	17	13	36	1.89
1475728--1475821	41	2.3	41	96	0	170	29	17	12	40	1.86
1477198--1477249	19	2.7	19	84	3	59	40	15	15	28	1.88
1480875--1480912	20	1.9	20	94	0	67	36	18	13	31	1.89
1481617--1481980	102	3.6	102	81	11	458	54	7	0	37	1.34
1481617--1481980	101	3.6	102	81	10	449	54	7	0	37	1.34
1481606--1481980	204	1.8	206	87	6	564	54	6	0	37	1.33
1482141--1482204	22	2.9	22	81	11	69	35	14	12	37	1.83
1482341--1482397	22	2.6	22	83	5	71	36	5	8	49	1.57
1483588--1483638	22	2.3	22	89	0	75	33	7	13	45	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1484652--1484692	21	2.0	21	85	0	55	41	17	4	36	1.71
1484946--1485005	21	2.9	22	73	19	65	40	23	10	26	1.86
1485107--1485185	22	3.6	22	74	6	70	43	5	11	40	1.63
1485295--1485363	30	2.3	31	87	2	95	55	18	1	24	1.51
1488955--1489150	88	2.2	88	82	5	227	34	18	8	38	1.81
1490692--1491503	155	5.2	156	82	2	877	37	18	18	25	1.93
1491992--1492049	28	2.1	28	100	0	116	50	24	0	25	1.50
1492041--1492254	103	2.1	103	97	0	401	37	20	9	32	1.86
1495078--1495973	85	10.6	84	79	4	710	35	13	31	19	1.91
1495082--1495898	170	4.8	169	79	3	782	34	14	31	19	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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