genome.fa.s228.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold228
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4123243

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
643838--643863	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
643820--643884	32	2.0	32	87	6	94	43	15	13	27	1.85
643919--643957	20	1.9	21	94	5	71	43	10	10	35	1.73
645557--645608	26	2.2	22	75	24	52	34	9	23	32	1.87
645566--645622	26	2.2	26	100	0	114	36	7	24	31	1.82
647074--647172	20	4.8	20	68	9	81	35	14	16	34	1.88
647125--647150	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
647202--647254	21	2.7	20	82	8	72	32	15	13	39	1.85
648188--648256	25	2.8	26	77	16	76	5	13	8	72	1.26
653071--653428	97	3.7	97	86	2	486	33	14	24	27	1.94
653030--653444	97	4.3	97	83	3	480	33	14	24	27	1.94
655784--655827	15	2.9	15	86	6	63	20	27	6	45	1.76
655968--656025	19	3.4	17	75	18	57	20	1	1	75	0.97
655958--656060	9	11.8	8	69	15	53	17	4	3	73	1.16
655986--656046	17	3.5	17	73	22	63	18	4	4	72	1.21
655961--656048	35	2.5	35	92	5	142	18	3	4	73	1.14
656541--657130	89	6.7	89	85	3	764	29	30	13	27	1.94
657307--657420	35	3.3	34	77	3	122	23	24	12	39	1.89
657435--657532	30	3.3	30	68	5	81	27	22	12	37	1.90
657394--657530	60	2.3	60	84	0	175	24	24	13	37	1.92
658504--658570	27	2.4	28	87	9	102	26	20	29	22	1.99
658561--658667	51	2.1	51	87	0	151	34	9	25	30	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
658589--658746	79	2.0	81	83	6	205	32	10	27	29	1.89
658683--658800	51	2.3	51	88	2	166	31	11	27	28	1.92
658546--658880	130	2.6	130	89	0	508	32	11	26	29	1.91
658734--658941	79	2.6	78	88	4	301	31	11	26	30	1.91
664453--664506	20	2.6	21	85	2	74	29	7	12	50	1.68
664544--664585	21	2.0	21	95	0	75	40	19	16	23	1.91
677016--677044	14	2.1	14	100	0	58	34	6	27	31	1.83
677029--677084	21	2.6	22	94	5	105	37	10	25	26	1.88
677072--677102	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78
677126--677262	53	2.6	53	92	1	229	27	17	18	37	1.93
677254--677304	21	2.5	21	81	12	61	33	17	13	35	1.89
677343--677383	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
679738--679887	71	2.1	71	88	0	228	37	12	22	27	1.91
680683--680711	13	2.2	13	100	0	58	31	17	13	37	1.89
680665--680733	33	2.1	33	91	0	111	26	14	17	42	1.87
680645--680752	53	2.0	53	89	3	164	26	14	15	42	1.86
680645--680772	20	6.8	19	79	15	124	28	14	14	42	1.86
683305--683378	28	2.6	28	80	6	87	21	31	22	24	1.99
683334--683502	79	2.1	79	95	0	302	26	26	15	30	1.96
683440--683558	51	2.3	51	85	2	168	29	28	12	29	1.93
683361--683635	130	2.1	130	83	4	349	28	26	13	32	1.94
683492--683663	79	2.2	79	86	2	229	27	26	13	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
692616--692663	24	2.0	24	100	0	96	25	4	25	45	1.71
694933--695063	55	2.4	55	88	6	194	29	29	20	19	1.97
695082--695213	56	2.4	56	90	1	203	30	28	21	18	1.97
694859--695307	149	3.0	149	91	3	717	26	30	19	23	1.98
694990--695457	244	1.9	249	87	6	693	26	29	19	24	1.98
695138--695396	94	2.7	94	89	0	410	26	28	20	24	1.99
695347--695474	61	2.1	62	86	1	177	25	25	17	32	1.97
695444--695574	45	3.0	45	73	9	119	18	25	12	44	1.84
695588--695702	35	3.1	35	65	22	81	22	25	15	36	1.94
695564--695731	76	2.2	76	93	0	282	19	24	12	43	1.86
695599--695720	41	3.1	40	68	21	114	20	26	12	40	1.87
696268--696377	20	5.1	20	72	23	89	25	17	15	41	1.88
698682--698851	51	3.3	51	76	6	164	29	24	12	32	1.93
698839--699066	107	2.1	107	81	7	268	26	28	16	28	1.97
698946--699112	79	2.1	79	88	2	246	28	27	14	29	1.95
699105--699333	79	2.9	79	81	5	203	26	23	14	35	1.94
702298--702351	21	2.6	21	82	5	65	38	18	7	35	1.79
705314--705354	21	1.9	21	95	5	73	0	17	2	80	0.82
713786--713813	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
713858--713909	13	3.5	13	73	26	50	34	19	13	32	1.90
714658--715077	49	8.9	49	74	9	336	32	17	25	25	1.97
714757--715077	48	6.9	48	79	7	340	31	18	25	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
714658--715077	97	4.4	96	80	10	436	32	17	25	25	1.97
715074--715163	32	2.8	33	89	1	137	33	15	31	20	1.93
715144--715250	28	3.8	28	75	14	110	20	16	28	33	1.95
716645--716728	1	84.0	1	71	0	60	0	2	11	85	0.68
716642--716726	8	10.2	8	75	16	75	0	2	12	84	0.71
716633--716714	41	2.0	41	86	11	114	0	2	13	84	0.73
716634--716728	18	5.4	17	79	17	81	0	2	13	84	0.72
730037--730109	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
730055--730130	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
730037--730130	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
730169--730194	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
732410--732454	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
734258--734288	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
736368--736405	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
738836--738908	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
738854--738929	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
738836--738929	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
738968--738993	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
739840--739867	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
739912--739963	13	3.5	13	73	26	50	34	19	13	32	1.90
740811--741131	48	6.9	48	78	7	331	31	18	24	25	1.97
740712--741129	97	4.4	95	78	10	412	32	17	25	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
741128--741217	32	2.8	33	87	1	128	32	14	33	20	1.92
741205--741304	28	3.5	28	71	15	96	20	16	29	35	1.94
742695--742778	8	10.2	8	79	12	75	0	2	14	83	0.75
742695--742774	4	20.5	4	77	16	62	0	2	15	82	0.77
742686--742777	29	3.2	28	79	17	107	0	2	15	82	0.76
742687--742779	47	2.0	47	87	8	136	0	2	15	82	0.76
754291--754589	52	5.7	52	67	15	179	28	27	12	31	1.93
754292--754735	211	2.1	211	91	2	723	28	27	13	30	1.94
754638--754872	79	3.0	79	78	6	269	25	27	15	31	1.96
767246--767326	11	7.3	11	79	9	67	83	8	6	1	0.84
767249--767329	14	5.9	13	78	17	67	82	8	7	1	0.89
767246--767326	10	7.5	10	77	14	56	83	8	6	1	0.84
768300--769071	55	13.3	60	80	9	763	27	28	20	24	1.99
768302--769071	281	2.7	289	88	6	1073	27	28	20	24	1.99
768966--769047	26	2.9	29	65	23	75	29	29	21	19	1.98
768326--769079	116	6.5	115	87	7	912	26	28	19	24	1.99
772298--772398	52	1.9	53	87	2	150	29	21	10	37	1.88
772462--772580	50	2.3	51	85	2	150	30	27	11	30	1.92
772462--772596	52	2.7	50	84	4	164	31	25	11	31	1.91
772621--772692	28	2.6	28	84	0	90	22	34	19	23	1.96
772299--772742	213	2.1	210	89	2	676	29	26	13	30	1.94
772355--772750	107	3.7	106	70	13	301	29	27	13	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
772646--772880	79	3.0	78	77	5	247	25	27	15	31	1.95
776832--776858	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
776813--776879	33	2.0	34	91	2	109	37	11	14	35	1.84
776899--776965	33	2.0	33	85	0	89	40	13	10	35	1.79
779413--779466	20	2.7	20	82	2	63	33	18	9	38	1.83
782193--782377	34	5.5	34	86	3	248	40	25	7	26	1.82
786443--786504	19	3.2	19	80	13	65	35	17	14	32	1.90
787653--787690	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
790313--790377	32	2.1	31	85	8	87	49	0	0	50	1.00
800177--800296	52	2.3	52	95	0	213	28	17	19	35	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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