genome.fa.s228.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold228
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4123243

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2306368--2306403	18	2.0	18	100	0	72	11	5	0	83	0.80
2310785--2311053	118	2.3	117	82	6	335	31	14	18	35	1.91
2320097--2320139	3	14.3	3	100	0	86	32	0	0	67	0.91
2320346--2320763	170	2.5	165	78	9	426	40	12	11	35	1.79
2322221--2322655	169	2.6	166	82	6	536	52	6	10	30	1.61
2322953--2322998	22	2.0	23	83	4	58	54	8	6	30	1.56
2323626--2323897	85	3.2	85	84	7	290	35	14	30	19	1.92
2323969--2324336	47	7.8	47	81	1	344	39	16	22	22	1.92
2323958--2324336	141	2.7	141	82	2	431	39	16	22	21	1.92
2324435--2324551	35	3.3	35	84	7	148	43	9	23	23	1.82
2332214--2332629	169	2.5	164	78	7	446	39	11	9	39	1.73
2333701--2334165	162	2.8	160	76	13	464	52	5	11	31	1.59
2333730--2334233	162	3.1	168	77	10	400	51	6	11	30	1.64
2337332--2337369	2	19.5	2	84	15	53	52	0	2	44	1.14
2337327--2337369	12	3.9	11	85	11	61	53	2	2	41	1.26
2338089--2338203	51	2.3	51	89	1	178	29	17	10	42	1.82
2344966--2345013	23	2.1	23	96	0	87	43	0	10	45	1.38
2348764--2348880	41	2.9	41	84	0	144	29	24	10	35	1.88
2349880--2349936	8	7.6	7	80	7	51	75	0	7	17	1.02
2349894--2349937	16	2.8	16	86	6	63	77	0	4	18	0.94
2349894--2349928	8	4.4	8	96	0	61	77	0	2	20	0.90
2349924--2349964	18	2.3	18	91	0	64	80	0	12	7	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2349856--2349962	25	4.3	23	70	20	67	75	0	11	13	1.04
2353313--2353358	20	2.3	20	84	0	56	32	4	52	10	1.56
2353400--2353450	25	2.0	25	81	7	59	47	15	7	29	1.74
2353425--2353505	28	2.9	27	82	12	101	46	23	7	22	1.76
2357964--2358029	27	2.4	27	87	2	96	48	19	6	25	1.72
2359358--2359396	17	2.2	18	86	4	53	17	17	0	64	1.30
2360970--2360997	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2362193--2362278	32	2.8	30	75	13	77	65	1	3	30	1.17
2362544--2362590	21	2.3	20	81	3	58	36	0	14	48	1.44
2362934--2362981	21	2.2	22	88	3	71	50	2	0	47	1.12
2362906--2362989	22	3.8	22	76	10	82	50	2	0	47	1.14
2362950--2363011	13	4.6	14	74	6	56	48	0	1	50	1.10
2362914--2363013	35	2.8	32	77	16	92	49	2	1	48	1.19
2362950--2363025	26	2.8	27	78	9	84	52	0	1	46	1.08
2363108--2363169	22	2.8	20	76	13	52	40	3	3	53	1.33
2363291--2363330	16	2.4	17	91	4	64	47	0	2	50	1.14
2363278--2363381	36	2.9	35	76	17	108	47	0	1	50	1.12
2363280--2363341	17	3.6	17	75	16	56	48	0	1	50	1.10
2363311--2363376	29	2.3	30	79	12	75	46	0	1	51	1.10
2368551--2368619	31	2.2	31	89	0	102	31	24	15	27	1.96
2369099--2369150	26	2.0	26	100	0	104	30	15	15	38	1.88
2369639--2369680	21	2.0	21	85	0	57	40	4	21	33	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2369645--2369688	21	2.1	21	82	0	52	40	4	15	38	1.68
2373136--2373172	19	2.0	18	89	5	56	62	0	2	35	1.10
2374511--2374540	4	7.5	4	100	0	60	23	0	0	76	0.78
2374900--2374933	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2375353--2375390	11	3.4	11	86	13	51	81	5	7	5	0.98
2377272--2377322	20	2.5	20	90	0	75	47	15	7	29	1.74
2377197--2377454	113	2.3	111	81	6	290	39	15	13	31	1.86
2379428--2379468	16	2.6	16	78	21	50	48	4	24	21	1.69
2382742--2382816	38	1.9	39	86	2	107	44	18	6	30	1.76
2383420--2383460	21	2.0	21	85	9	57	0	17	9	73	1.09
2386346--2386415	26	2.6	26	86	8	88	48	0	0	51	1.00
2392454--2392483	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
2394351--2394377	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2394756--2394790	2	17.5	2	87	0	52	48	5	0	45	1.26
2395065--2395093	11	2.5	12	94	5	51	41	6	0	51	1.28
2396580--2396632	22	2.4	21	75	12	52	60	5	7	26	1.46
2399982--2400044	6	10.8	6	79	6	76	49	19	0	31	1.48
2404120--2404218	45	2.2	44	83	8	119	42	4	6	47	1.47
2405499--2405605	28	3.8	28	94	0	187	22	11	16	49	1.77
2405712--2405751	20	2.0	20	85	0	53	15	42	5	37	1.68
2410120--2410197	28	2.8	28	92	3	122	24	7	17	50	1.73
2410205--2410250	24	1.9	24	95	0	83	19	6	28	45	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2410304--2410343	20	2.0	20	85	0	53	15	42	5	37	1.68
2414261--2414309	25	2.0	25	84	7	66	26	8	2	63	1.34
2417058--2417082	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2417430--2417524	20	4.8	20	77	0	91	51	6	11	30	1.63
2417902--2417952	20	2.6	20	90	3	86	50	0	11	37	1.39
2418255--2418287	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
2418916--2418942	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
2419025--2419054	15	2.0	15	93	0	51	70	0	0	30	0.88
2421275--2421316	18	2.3	18	95	0	75	30	16	2	50	1.58
2421418--2421501	42	2.0	42	95	0	150	45	4	4	45	1.45
2431958--2432038	2	40.5	2	76	4	65	49	7	3	39	1.49
2432671--2432763	38	2.4	38	85	3	125	36	9	11	41	1.75
2433720--2433791	37	2.0	36	91	2	117	34	9	6	48	1.63
2434583--2434621	21	1.9	20	84	5	51	5	7	25	61	1.44
2435768--2435837	22	3.0	23	77	12	63	80	1	15	2	0.91
2435769--2435840	34	2.0	38	84	10	98	81	1	13	2	0.86
2436079--2436128	24	2.1	24	85	7	66	22	6	6	66	1.36
2438325--2438493	38	4.4	37	78	6	142	32	17	11	38	1.86
2439009--2439060	19	2.7	20	84	3	79	28	17	13	40	1.87
2439330--2439470	8	17.1	8	69	13	81	74	4	0	20	1.03
2439330--2439470	24	6.0	23	76	12	108	74	4	0	20	1.03
2439368--2439448	32	2.5	32	86	11	105	74	7	0	18	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2439332--2439423	9	9.7	9	67	19	53	77	4	1	17	0.99
2439501--2439540	20	2.0	20	100	0	80	50	15	30	5	1.65
2439657--2439688	17	1.9	16	93	6	55	50	21	18	9	1.75
2440220--2440300	43	1.9	42	85	7	110	40	13	35	9	1.78
2440263--2440344	34	2.5	34	84	7	98	37	18	35	8	1.81
2442255--2442326	26	2.8	26	93	0	126	20	36	19	23	1.95
2449520--2449590	36	2.0	36	97	0	133	33	7	18	40	1.77
2455387--2455597	99	2.2	97	85	3	271	25	23	13	37	1.92
2455387--2455626	99	2.4	99	81	4	218	25	24	13	37	1.92
2456595--2456636	21	2.0	22	86	13	61	50	0	4	45	1.23
2457503--2457577	38	2.0	38	86	0	105	34	14	13	37	1.85
2458829--2458866	19	1.9	19	89	5	58	50	0	5	44	1.24
2462943--2463014	30	2.5	28	82	13	92	43	5	0	51	1.25
2462943--2463033	30	3.1	28	73	16	76	43	7	0	48	1.31
2463039--2463099	30	2.0	30	84	6	79	57	1	1	39	1.18
2463869--2463895	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
2463866--2463906	9	4.4	10	87	9	52	63	0	36	0	0.95
2465109--2465150	22	1.9	22	90	9	68	61	0	0	38	0.96
2472875--2473081	110	1.9	110	85	4	292	32	17	15	34	1.92
2473669--2473781	51	2.2	51	95	1	201	24	17	13	44	1.85
2473783--2473846	31	2.1	31	93	0	110	17	15	17	50	1.79
2474694--2474734	21	2.0	21	90	9	66	21	24	19	34	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2477012--2477363	109	3.2	109	85	2	438	29	15	18	36	1.92
2477567--2478058	54	8.9	56	77	7	400	22	17	26	33	1.96
2477560--2478048	82	5.9	84	76	7	396	22	17	26	33	1.96
2477567--2478058	28	17.9	28	75	5	412	22	17	26	33	1.96
2477915--2478071	82	1.9	82	81	2	190	24	18	26	30	1.98
2484376--2484426	20	2.6	19	87	3	66	37	13	19	29	1.90
2484376--2484458	19	4.7	18	75	18	68	36	13	18	32	1.89
2484414--2484472	13	4.1	13	75	23	55	35	15	15	33	1.89
2484394--2484471	32	2.4	32	93	0	129	35	14	16	33	1.89
2486902--2487085	75	2.4	76	88	2	273	26	25	15	32	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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