genome.fa.s228.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold228
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4123243

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2006509--2006534	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2006521--2006558	20	1.9	20	100	0	76	31	15	13	39	1.86
2007194--2007446	58	4.3	59	84	4	219	34	16	24	24	1.95
2007223--2007569	58	6.1	58	83	4	352	33	14	26	25	1.95
2007503--2007605	52	2.0	52	90	0	161	34	11	25	28	1.91
2007516--2007617	52	2.0	52	84	0	132	38	11	22	27	1.89
2007667--2007872	58	3.6	58	79	7	215	33	17	22	26	1.96
2007854--2007963	51	2.1	52	85	5	143	33	14	24	27	1.94
2007841--2008093	52	4.9	52	77	6	214	35	16	22	25	1.94
2009437--2009504	28	2.4	28	80	0	82	22	16	29	32	1.95
2013964--2014299	51	6.4	50	67	21	177	30	15	27	26	1.96
2014017--2014090	28	2.6	28	97	0	139	22	22	32	21	1.98
2013934--2014247	107	2.9	106	90	1	502	30	16	27	25	1.96
2014124--2014197	28	2.6	28	84	0	103	25	20	29	24	1.99
2014231--2014409	79	2.3	79	81	6	202	30	12	27	29	1.93
2014361--2014432	28	2.6	28	86	10	103	26	16	31	25	1.96
2014283--2014485	107	1.9	107	83	6	268	31	13	26	28	1.94
2014045--2014535	237	2.1	237	87	2	718	31	13	27	27	1.94
2014420--2014535	51	2.3	51	80	4	126	30	12	27	30	1.92
2016905--2016931	13	2.1	13	100	0	54	29	18	22	29	1.97
2017803--2017902	41	2.4	41	81	6	112	48	15	22	15	1.81
2017923--2018828	61	15.2	60	76	12	624	26	20	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2017923--2018828	122	7.6	119	80	9	742	26	20	27	25	1.99
2018175--2018828	55	11.3	56	83	7	646	24	20	27	26	1.99
2018175--2018828	110	5.7	111	86	6	733	24	20	27	26	1.99
2019904--2019930	10	2.7	10	100	0	54	0	0	7	92	0.38
2022489--2022518	15	2.1	14	93	6	51	43	3	20	33	1.68
2022694--2022785	13	8.0	13	67	26	73	39	14	15	31	1.87
2022694--2022802	33	3.3	33	96	0	200	37	14	15	32	1.88
2022706--2022802	20	5.6	20	65	30	78	38	14	15	31	1.88
2025930--2025955	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2025942--2025979	20	1.9	20	100	0	76	31	15	13	39	1.86
2026007--2026091	19	4.7	19	77	19	92	34	17	12	35	1.88
2026000--2026069	32	2.2	32	100	0	140	35	18	12	32	1.89
2026026--2026050	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2027446--2027489	23	2.0	22	86	4	61	40	15	6	36	1.74
2030166--2030961	101	8.0	99	85	4	943	34	17	25	22	1.96
2030166--2030950	49	15.7	51	78	8	710	34	17	25	22	1.96
2031025--2031127	28	3.7	27	84	6	134	29	14	32	24	1.95
2031025--2031200	33	5.9	27	80	14	136	31	13	31	23	1.93
2031098--2031473	34	11.5	33	75	16	186	34	12	30	22	1.91
2031072--2031551	31	15.1	31	75	12	293	33	13	30	22	1.93
2031018--2031546	62	8.4	61	77	13	275	32	13	30	23	1.93
2034443--2034482	20	2.0	21	95	5	73	30	15	15	40	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2040454--2040503	20	2.5	20	87	3	66	36	14	16	34	1.88
2041679--2041708	15	2.0	15	100	0	60	40	0	6	53	1.27
2049805--2050120	142	2.1	147	77	11	317	44	10	8	35	1.71
2051046--2051082	19	1.9	19	88	0	56	0	21	0	78	0.75
2051024--2051084	28	2.4	26	77	17	65	3	21	0	75	0.94
2051036--2051094	27	2.1	28	81	9	68	1	25	0	72	0.93
2051401--2051449	21	2.3	21	82	6	55	65	0	4	30	1.11
2051580--2052287	165	4.3	165	82	5	806	50	8	9	31	1.65
2053709--2053777	33	2.1	32	84	10	86	36	18	11	33	1.87
2053739--2053776	20	1.9	20	88	0	58	36	21	10	31	1.87
2053805--2053894	20	4.6	20	91	4	139	31	16	15	36	1.90
2057126--2057251	52	2.4	52	92	2	209	28	18	17	35	1.93
2057260--2057284	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2057322--2057390	32	2.1	33	91	2	113	36	15	11	36	1.84
2058226--2058606	43	7.9	50	75	11	251	33	17	24	24	1.96
2058283--2058612	43	7.1	44	77	10	259	32	16	24	25	1.96
2058333--2058400	21	3.2	20	66	25	50	27	16	27	27	1.97
2058219--2058621	147	2.8	143	78	10	396	34	17	24	24	1.96
2058220--2058616	92	4.1	97	79	9	386	34	16	24	24	1.95
2058617--2058700	28	2.9	31	77	18	99	17	19	28	34	1.95
2058676--2058996	29	11.0	29	86	2	446	24	16	29	29	1.96
2058671--2058996	59	5.6	59	95	0	550	25	15	29	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2058630--2058996	118	3.2	118	90	1	564	23	15	29	30	1.96
2060510--2060557	10	4.6	10	87	7	60	0	0	16	83	0.65
2060513--2060553	5	8.0	5	86	2	55	0	0	14	85	0.60
2060504--2060553	20	2.5	20	90	0	73	0	0	16	84	0.63
2060517--2060560	20	2.2	20	91	0	70	0	0	13	86	0.57
2067140--2067221	21	4.1	20	85	6	112	37	17	12	32	1.86
2067140--2067221	41	2.0	40	88	6	121	37	17	12	32	1.86
2067278--2067302	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2067345--2067370	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2067325--2067391	33	2.0	33	88	0	98	26	14	14	43	1.85
2069857--2069929	27	2.7	27	87	6	94	23	34	21	20	1.97
2069912--2070082	51	3.3	51	79	4	198	29	26	11	32	1.92
2070065--2070146	28	2.9	28	82	7	96	24	31	17	26	1.97
2078573--2078698	52	2.4	52	90	0	207	27	18	16	37	1.92
2078707--2078731	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2078634--2078817	86	2.2	85	83	8	223	33	15	15	35	1.89
2078769--2078837	32	2.1	33	91	2	113	34	17	11	36	1.86
2078793--2078817	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2087231--2087299	33	2.1	32	84	10	86	39	14	11	34	1.82
2087327--2087384	19	3.1	18	83	11	71	31	15	17	36	1.91
2087349--2087411	32	1.9	33	90	3	101	39	12	15	31	1.85
2088459--2088514	20	2.6	21	77	20	62	62	7	3	26	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2088534--2088567	16	2.1	17	88	5	52	47	0	0	52	1.00
2091790--2091837	2	24.0	2	91	0	69	52	0	2	45	1.12
2093586--2093615	11	2.8	11	95	5	53	6	0	93	0	0.35
2094422--2094466	20	2.1	22	88	8	67	40	0	0	60	0.97
2094434--2094495	28	2.3	26	83	8	72	48	0	0	51	1.00
2094405--2094495	26	3.5	26	73	15	73	47	0	0	52	1.00
2095134--2095170	17	2.2	17	90	4	58	29	10	13	45	1.77
2099689--2099748	27	2.3	25	83	11	68	46	10	0	43	1.37
2102095--2102157	28	2.2	28	83	5	74	61	4	0	33	1.17
2103505--2103537	17	1.9	17	88	11	50	36	0	0	63	0.95
2104440--2104473	17	1.9	18	88	5	52	38	5	0	55	1.24
2104939--2104987	23	2.1	23	85	11	64	55	0	2	42	1.11
2105434--2105466	7	4.7	7	100	0	66	72	0	0	27	0.85
2106593--2106634	12	3.6	11	84	9	57	76	2	2	19	1.01
2106593--2106643	23	2.2	23	79	6	59	76	3	3	15	1.08
2108307--2108349	2	21.5	2	85	0	59	51	0	6	41	1.29
2108306--2108349	12	3.7	12	87	0	70	50	0	9	40	1.34
2110129--2110183	21	2.7	21	77	11	60	60	0	7	32	1.24
2111257--2111330	27	2.7	25	82	16	69	63	1	0	35	1.03
2111252--2111374	16	7.6	17	68	19	68	60	0	0	37	1.08
2111263--2111361	11	9.0	11	68	13	53	60	1	1	37	1.10
2111316--2111412	48	2.1	47	84	11	128	57	2	3	37	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2111222--2111374	14	10.4	14	68	22	57	58	1	1	38	1.18
2112952--2112995	20	2.2	20	80	12	54	56	0	0	43	0.99
2112958--2112997	20	2.1	19	90	4	62	52	0	0	47	1.00
2121741--2121771	14	2.2	14	94	0	53	38	12	22	25	1.90
2121839--2121903	32	2.0	32	84	3	85	41	16	12	29	1.85
2124800--2124824	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2124779--2124843	32	2.0	32	84	3	85	30	15	15	38	1.88
2124809--2124861	19	2.8	20	82	8	74	33	15	16	33	1.90
2124894--2124947	20	2.7	20	85	5	74	29	12	20	37	1.90
2126826--2126861	3	12.0	3	87	0	54	38	0	30	30	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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