genome.fa.s228.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold228
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4123243

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2487166--2487284	51	2.3	51	86	0	166	30	29	11	28	1.92
2487217--2487363	79	1.9	79	85	5	208	26	29	14	29	1.95
2487137--2487378	130	1.9	130	82	6	312	28	27	13	30	1.94
2498023--2498075	17	3.2	16	77	20	56	45	0	1	52	1.11
2498344--2498380	18	2.0	19	89	5	58	54	0	0	45	1.00
2501806--2501857	25	2.1	24	89	3	77	40	9	3	46	1.55
2502875--2502945	21	3.2	21	65	18	54	32	18	1	47	1.57
2506066--2506128	15	4.1	16	80	12	69	46	0	0	53	1.00
2506060--2506125	30	2.2	31	88	2	98	43	0	0	56	0.99
2506185--2506238	23	2.3	23	79	14	58	48	9	5	37	1.59
2509031--2509088	20	2.9	20	92	0	89	37	12	10	39	1.77
2511529--2511587	22	2.5	25	76	18	72	22	20	3	54	1.59
2512882--2512907	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2512862--2512925	32	2.0	33	90	3	103	28	14	18	39	1.90
2512862--2512932	19	4.0	18	72	25	62	26	12	21	39	1.89
2515459--2515484	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2519397--2519441	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
2521665--2521690	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2521645--2521708	32	2.0	33	90	3	103	28	14	18	39	1.90
2521645--2521715	19	4.0	18	72	25	62	26	12	21	39	1.89
2527304--2527427	20	5.7	20	73	17	113	42	12	15	29	1.84
2527304--2527475	91	1.9	90	93	1	299	43	11	16	28	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2527394--2527510	51	2.3	51	96	0	216	42	9	17	29	1.81
2531295--2531335	21	2.0	21	85	0	55	17	14	12	56	1.68
2531352--2531398	21	2.2	21	88	0	67	23	21	0	55	1.44
2533608--2533646	20	1.9	21	94	5	71	20	15	20	43	1.88
2538304--2538349	18	2.5	18	96	3	83	13	13	4	69	1.33
2538175--2538680	184	2.8	182	77	14	604	28	9	7	54	1.59
2538322--2538877	166	3.4	162	82	7	670	28	9	8	53	1.62
2539460--2539503	21	2.1	21	82	0	52	81	2	11	4	0.92
2540645--2540971	156	2.1	155	85	2	424	24	17	19	38	1.93
2545161--2545222	8	7.8	8	75	7	54	53	1	1	43	1.20
2545133--2545186	17	3.0	18	76	17	51	62	0	1	35	1.06
2545128--2545224	32	3.0	32	77	16	87	56	1	2	40	1.18
2545127--2545186	12	5.2	12	75	16	56	63	0	1	35	1.05
2545451--2545498	20	2.3	21	82	3	62	66	2	0	31	1.03
2545454--2545536	37	2.3	35	79	6	94	62	1	0	36	1.03
2545474--2545521	17	2.6	18	80	12	62	62	0	0	37	0.95
2545474--2545533	19	3.2	19	73	2	59	61	0	0	38	0.96
2545493--2545561	31	2.2	31	85	10	88	55	0	0	44	0.99
2545494--2545577	29	2.9	30	78	16	88	52	0	1	46	1.08
2545949--2545977	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
2546538--2546607	32	2.2	32	89	0	104	24	4	18	52	1.63
2547857--2548369	58	8.8	57	70	12	264	27	12	14	45	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2548034--2548330	115	2.6	115	78	7	248	29	11	12	45	1.78
2547859--2548369	173	2.9	173	73	8	464	27	12	14	45	1.81
2548269--2548427	29	5.4	30	68	15	91	25	12	15	46	1.81
2548171--2548438	59	4.6	60	77	8	211	27	12	13	45	1.80
2549024--2549310	155	1.9	153	79	8	323	32	13	19	35	1.90
2549104--2549318	76	2.8	76	75	6	175	33	14	16	35	1.90
2549254--2549424	78	2.2	77	80	9	204	39	12	14	33	1.84
2559591--2559632	22	1.9	22	85	0	57	26	7	0	66	1.17
2560572--2560602	16	1.9	16	100	0	62	45	12	19	22	1.84
2561773--2561808	18	2.0	18	94	0	63	52	0	2	44	1.15
2562029--2562078	16	3.1	16	91	0	73	58	14	6	22	1.58
2567541--2567601	2	30.0	2	90	3	95	47	1	1	49	1.21
2568827--2568883	29	1.9	30	89	10	91	40	0	0	59	0.97
2572840--2572896	16	3.3	16	80	9	60	31	5	5	57	1.43
2573748--2573780	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
2575202--2575227	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2576536--2576611	32	2.3	32	84	4	89	39	5	2	52	1.38
2576601--2576676	28	2.7	28	75	15	77	31	5	0	63	1.17
2576959--2577000	22	1.9	22	90	9	68	52	0	0	47	1.00
2577296--2577335	13	3.1	13	85	0	53	60	0	2	37	1.11
2578055--2578098	22	2.1	21	87	8	63	45	2	4	47	1.35
2578341--2578384	19	2.3	19	80	7	54	45	15	0	38	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2578461--2578525	19	3.4	19	77	10	69	47	3	6	43	1.43
2578826--2578909	30	2.9	29	73	7	80	35	0	20	44	1.52
2578930--2578970	19	2.2	19	86	8	57	46	7	4	41	1.53
2579364--2579453	32	2.9	32	81	3	94	13	12	31	43	1.81
2580443--2580557	16	7.2	16	81	0	86	14	14	29	40	1.86
2583535--2583666	40	3.2	40	65	16	106	56	6	12	25	1.58
2583548--2583675	38	3.2	38	63	23	89	56	6	13	24	1.60
2583510--2583677	84	2.0	84	97	0	318	57	7	11	24	1.59
2585089--2585132	21	2.1	22	87	8	65	38	0	2	59	1.10
2585145--2585179	17	1.9	19	88	11	56	45	0	0	54	0.99
2585440--2585477	20	2.0	20	84	5	51	39	0	0	60	0.97
2586912--2586955	16	2.9	15	86	6	54	47	6	4	40	1.50
2591771--2591879	36	3.2	34	79	7	107	39	11	10	39	1.74
2591796--2591879	18	4.8	18	80	2	73	38	10	9	41	1.73
2594986--2595029	21	2.1	21	100	0	88	27	18	20	34	1.96
2595575--2595623	16	3.1	16	81	0	62	34	10	8	46	1.67
2604137--2604174	14	2.7	14	88	8	51	28	10	5	55	1.56
2612137--2612163	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
2613729--2613789	31	1.9	34	83	12	85	68	9	1	19	1.26
2614848--2614889	7	6.0	7	88	0	66	47	0	0	52	1.00
2625889--2626026	54	2.6	50	79	10	152	36	14	22	26	1.92
2625958--2626661	79	8.9	79	93	0	1129	31	14	26	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2626590--2626716	53	2.5	51	85	12	163	29	13	27	29	1.94
2627006--2627061	27	2.1	27	96	0	103	17	28	7	46	1.75
2627692--2627823	42	3.2	40	79	6	131	39	13	28	18	1.89
2627808--2627979	61	2.8	60	84	7	231	28	20	25	25	1.99
2627866--2628631	155	4.8	154	80	12	845	26	19	28	25	1.99
2628084--2628327	55	4.3	54	83	9	308	23	20	27	28	1.99
2628186--2628305	62	2.0	62	89	1	188	27	17	27	27	1.98
2628340--2628483	55	2.5	59	84	13	192	25	19	28	26	1.99
2628403--2628587	100	1.9	100	94	2	327	24	18	31	24	1.98
2628501--2629121	61	10.4	61	84	7	778	25	20	27	25	1.99
2628502--2629122	115	5.2	121	88	5	853	25	20	27	25	1.99
2635252--2635718	79	5.9	79	93	0	763	30	16	26	26	1.96
2635647--2635772	53	2.4	52	85	10	161	29	14	27	28	1.95
2635531--2635930	211	1.9	211	93	0	692	31	15	26	26	1.96
2635454--2636058	290	2.1	290	96	0	1120	31	15	26	26	1.95
2635610--2635848	132	1.8	132	92	0	406	31	15	26	26	1.95
2635742--2636009	79	3.4	79	93	0	446	32	14	26	26	1.95
2635941--2636063	53	2.4	51	83	12	153	30	13	26	30	1.93
2637282--2637482	35	6.2	34	76	18	198	20	29	5	44	1.74
2637290--2637416	62	2.1	61	89	4	193	20	29	5	44	1.74
2637282--2637483	97	2.1	96	97	0	377	20	29	5	44	1.74
2638642--2638684	19	2.3	19	88	4	61	86	0	4	9	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2639605--2639945	61	5.6	61	82	3	402	27	24	17	31	1.97
2639605--2640248	122	5.4	122	77	8	510	26	25	17	30	1.98
2639605--2640339	120	6.2	123	75	9	499	27	25	17	29	1.97
2639946--2640339	61	6.5	61	80	4	397	26	26	17	28	1.97
2639793--2640100	166	1.9	166	86	2	449	27	27	15	28	1.96
2639729--2640339	227	2.6	226	80	6	602	27	26	17	29	1.97
2639946--2640339	181	2.2	181	85	0	527	26	26	17	28	1.97
2639609--2640281	347	1.9	349	81	3	818	26	26	17	29	1.98
2640504--2640637	50	2.7	49	82	7	155	28	16	11	43	1.83
2642984--2643346	158	2.3	159	81	5	425	28	26	11	33	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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