genome.fa.s29.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold29
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5511024

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   

This is table  1  of  34  ( 4030 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
333--461	63	2.1	61	83	9	156	39	7	20	31	1.81
743--790	19	2.5	19	83	6	62	47	0	0	52	1.00
993--1026	16	2.1	16	88	0	50	50	32	14	2	1.58
1400--1446	16	2.9	16	78	12	51	19	4	19	57	1.57
1400--1468	32	2.2	32	81	5	77	18	4	21	55	1.60
11637--11768	33	4.1	33	79	11	148	25	28	9	36	1.88
11708--12975	27	46.4	27	83	6	1416	24	30	14	30	1.94
11708--12975	55	23.2	55	82	7	1415	24	30	14	30	1.94
12485--12523	20	2.0	20	89	0	60	20	30	20	28	1.98
12505--12975	28	17.1	28	88	4	667	24	30	14	30	1.94
12935--13012	37	2.1	38	90	2	122	25	28	10	35	1.89
13011--13835	32	28.1	28	74	11	418	30	30	18	20	1.97
13011--13775	57	13.1	55	79	11	583	30	30	18	21	1.97
13267--13349	38	2.0	42	84	11	111	30	24	24	21	1.99
13014--13601	289	2.0	293	88	4	884	30	30	18	21	1.97
13310--13786	94	5.5	85	81	8	373	30	28	19	21	1.98
13396--13917	62	8.7	61	82	5	441	29	28	20	22	1.98
13411--13851	94	4.9	91	82	8	419	30	29	20	20	1.97
13434--13917	94	5.3	92	79	8	356	29	28	19	22	1.98
13395--13927	32	17.7	30	80	8	371	29	28	19	22	1.98
19081--19121	19	2.1	20	86	4	57	24	2	0	73	0.96
23424--23488	33	1.9	34	90	3	105	38	16	10	33	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37362--37458	4	24.8	4	75	14	53	79	15	4	1	0.94
37358--37461	36	2.9	36	81	12	126	79	14	4	0	0.94
37356--37460	26	4.2	26	72	9	83	80	14	3	0	0.89
38885--39349	30	16.1	30	78	11	481	29	31	16	22	1.96
38890--39351	86	5.3	86	86	6	614	29	31	16	21	1.96
38882--39347	57	8.1	56	81	8	453	30	31	16	21	1.95
39316--39556	68	3.5	70	84	6	303	19	31	10	37	1.87
39316--39556	34	7.0	35	81	6	269	19	31	10	37	1.87
39316--39556	104	2.3	104	83	6	328	19	31	10	37	1.87
39524--39598	27	2.7	28	81	10	82	25	34	14	25	1.94
39557--39627	29	2.5	28	79	6	81	32	32	19	15	1.93
39728--40143	43	8.9	43	71	16	292	25	25	17	32	1.97
39806--40250	52	8.9	52	75	12	421	24	25	17	33	1.96
39771--40192	95	4.4	95	88	4	619	24	25	18	31	1.97
39767--40250	197	2.5	196	86	3	654	24	25	17	32	1.97
39955--40241	148	2.0	144	81	4	333	24	25	17	32	1.97
41035--41059	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
41068--41248	52	3.5	52	96	0	317	35	17	18	28	1.93
43378--43428	27	2.0	26	85	11	70	25	35	15	23	1.94
50139--50164	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
50120--50184	33	2.0	33	84	6	87	41	18	13	26	1.88
52829--52854	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52811--52874	32	2.0	33	87	9	96	39	17	14	29	1.88
55077--55121	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
56924--56962	15	2.6	15	91	0	60	51	15	20	12	1.76
59034--59059	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
59802--59879	39	2.0	39	97	0	147	28	24	12	34	1.92
61292--61343	19	2.7	20	84	6	70	28	13	17	40	1.87
61292--61349	19	3.0	18	80	12	62	25	12	20	41	1.87
62052--62092	20	2.0	20	95	0	73	26	31	4	36	1.78
63897--63922	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
66002--66032	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
67836--67880	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
70104--70129	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
70084--70147	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
71591--71616	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
72964--73053	41	2.2	41	84	7	112	21	24	12	42	1.87
73076--73913	41	20.6	41	70	11	300	19	25	13	41	1.88
73090--73507	122	3.4	122	79	6	345	18	25	14	41	1.89
73645--73872	81	2.8	79	76	5	213	20	26	13	40	1.89
73805--73926	41	3.0	41	86	0	127	20	28	9	40	1.84
76070--76155	24	3.5	25	81	9	106	43	15	1	40	1.54
76070--76170	24	4.1	24	80	10	98	41	13	0	43	1.51
76087--76170	25	3.4	25	80	9	73	39	11	1	47	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78852--78894	2	21.5	2	90	0	59	44	48	4	2	1.36
78843--78894	18	2.9	18	82	0	68	42	48	7	1	1.43
78843--78888	20	2.3	20	96	0	83	41	47	8	2	1.46
94701--95662	28	34.5	28	83	7	1104	23	17	29	30	1.97
109681--109753	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
109698--109773	21	3.7	21	82	3	109	40	11	18	28	1.86
109681--109773	41	2.3	41	100	0	186	38	12	18	30	1.88
109812--109837	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
112051--112095	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
115935--116014	20	3.8	20	75	15	79	26	15	15	43	1.85
116000--116038	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
118486--118558	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
118503--118578	21	3.7	21	82	3	109	40	11	18	28	1.86
118486--118578	41	2.3	41	100	0	186	38	12	18	30	1.88
118617--118642	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
122048--122105	26	2.2	26	81	6	64	63	8	3	24	1.38
124171--124195	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
124182--124235	19	2.8	20	91	8	85	33	14	12	38	1.85
132895--132920	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
132905--132956	16	2.9	18	83	13	72	30	17	15	36	1.91
134048--134098	19	2.6	20	84	3	68	29	15	11	43	1.82
134084--134122	20	2.0	20	94	0	69	46	10	12	30	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
134148--134174	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
140229--140265	13	2.8	14	80	12	51	32	10	16	40	1.83
142023--142063	20	2.0	20	95	0	73	36	0	12	51	1.40
146127--146164	16	2.4	16	86	8	51	60	5	10	23	1.50
147786--147837	19	2.7	20	90	3	79	44	15	15	25	1.85
149808--149865	20	2.8	20	86	2	80	36	18	13	31	1.90
154063--154102	20	2.0	21	95	5	73	32	15	12	40	1.84
155549--155625	21	3.7	21	85	3	102	35	11	16	36	1.86
155661--155715	19	2.9	19	97	0	101	34	10	14	40	1.81
155755--155780	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
155735--155801	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
158175--158243	27	2.5	28	85	2	86	26	31	21	20	1.98
158229--158398	52	3.3	50	81	6	205	30	25	11	32	1.91
158381--158462	28	2.9	28	85	7	105	23	32	18	25	1.97
158088--158472	211	1.8	211	87	4	571	30	27	11	30	1.92
169594--169619	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
169573--169639	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
169659--169726	19	3.9	18	73	23	74	38	13	11	36	1.81
169662--169724	32	2.0	32	93	0	108	36	14	12	36	1.84
170545--171341	55	14.3	55	88	6	1067	21	20	29	28	1.98
170703--170790	26	3.3	26	66	20	72	20	18	34	27	1.96
170679--170762	29	3.0	29	66	22	79	20	20	30	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
170986--171071	27	3.1	27	62	15	68	23	18	30	27	1.98
178175--178249	20	3.8	20	78	0	87	34	13	12	40	1.81
178175--178252	40	2.0	39	87	2	111	34	12	12	39	1.82
192255--192300	15	3.0	15	90	3	74	89	10	0	0	0.50
192258--192302	23	2.0	23	95	0	81	91	8	0	0	0.43
192255--192313	13	4.5	13	82	6	75	86	10	1	1	0.72
192256--192303	1	48.0	1	82	0	60	91	8	0	0	0.41
193534--194360	32	27.4	28	90	4	754	30	33	17	18	1.94
193948--194352	161	2.5	161	94	0	695	32	34	18	14	1.91
194887--194961	20	3.8	20	78	0	87	34	13	12	40	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34