genome.fa.s29.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold29
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5511024

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   

This is table  14  of  34  ( 4030 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2057739--2057872	9	15.9	8	68	20	53	58	0	0	40	1.03
2057768--2057873	18	5.8	18	74	17	85	59	0	0	39	1.04
2061303--2061343	17	2.4	17	83	0	55	24	7	2	65	1.30
2066637--2066709	37	2.0	37	97	0	137	42	8	12	36	1.72
2069774--2069800	13	2.1	13	100	0	54	44	7	7	40	1.60
2069769--2069801	13	2.4	14	85	15	50	39	6	6	48	1.53
2075885--2075910	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2077075--2077342	58	4.8	58	73	14	238	27	16	12	44	1.83
2077096--2077186	29	3.1	29	64	25	66	26	16	12	45	1.82
2077124--2077365	108	2.3	107	85	2	315	27	16	11	44	1.82
2077244--2077343	29	3.4	29	69	17	73	28	16	10	46	1.78
2077361--2077873	58	8.9	58	75	9	356	27	10	15	46	1.78
2077454--2077539	29	2.9	29	66	19	70	25	15	15	44	1.85
2077361--2077842	116	4.2	115	77	8	424	27	10	14	47	1.77
2080138--2080163	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2080214--2080240	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2082610--2082659	21	2.4	21	83	9	59	48	0	20	32	1.50
2082617--2082659	21	2.0	22	86	4	61	51	0	20	27	1.48
2088310--2088362	19	2.7	20	85	2	63	33	16	16	32	1.92
2091281--2091334	19	2.8	19	94	2	90	33	16	14	35	1.90
2091272--2091298	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2092627--2092652	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2094174--2094208	15	2.3	15	95	0	61	42	0	28	28	1.56
2095166--2095251	19	4.7	19	73	19	85	33	12	15	38	1.85
2095208--2095232	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2095187--2095259	32	2.3	32	100	0	146	34	12	16	36	1.86
2095276--2095317	21	2.0	21	95	0	75	42	7	19	30	1.78
2095304--2095329	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2096549--2096722	52	3.4	51	82	8	217	32	27	9	30	1.89
2096735--2096916	79	2.3	77	80	5	195	24	29	15	29	1.96
2103225--2103297	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
2103243--2103318	21	3.7	21	78	3	91	40	11	17	30	1.85
2103225--2103318	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
2103357--2103382	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2108252--2108392	52	2.7	52	91	2	230	31	17	17	33	1.94
2108381--2108405	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2108470--2108494	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2108448--2108514	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
2108552--2108593	21	2.0	21	90	0	66	35	14	14	35	1.86
2109313--2109697	171	2.3	168	90	5	611	36	14	24	24	1.93
2109384--2109542	49	3.1	49	76	6	147	35	15	23	24	1.94
2109593--2109722	43	3.0	42	82	8	120	33	16	25	23	1.96
2109622--2109773	43	3.4	41	83	9	126	31	19	23	25	1.98
2109656--2110135	49	9.9	49	88	2	704	32	17	25	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2109656--2110135	98	5.0	98	97	1	882	32	17	25	24	1.97
2110165--2110229	33	1.9	34	96	3	123	16	18	36	27	1.93
2110234--2110647	34	12.8	33	79	12	412	31	13	34	21	1.91
2110266--2110653	160	2.4	154	82	11	494	31	12	34	21	1.91
2110329--2110658	64	5.0	65	79	13	313	32	12	33	20	1.91
2110214--2110741	34	16.3	32	78	14	410	31	13	33	21	1.92
2110234--2110658	194	2.2	190	85	8	545	32	12	34	20	1.91
2110628--2110772	31	4.7	30	82	6	157	28	17	28	24	1.98
2110596--2110769	93	1.9	93	82	2	224	28	17	31	22	1.97
2111805--2111844	15	2.7	15	84	0	53	0	5	10	85	0.75
2118003--2118081	20	3.7	21	75	15	72	26	13	15	44	1.84
2118068--2118106	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
2119890--2119996	53	2.0	53	100	0	214	34	5	26	33	1.80
2120604--2120676	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
2120622--2120697	21	3.7	21	78	3	91	40	11	17	30	1.85
2120604--2120697	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
2120736--2120761	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2123023--2123078	21	2.7	21	94	0	103	37	10	16	35	1.83
2123199--2123224	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2124488--2124661	52	3.4	50	79	10	190	32	26	9	32	1.88
2129645--2129694	20	2.5	20	90	0	82	30	14	12	44	1.81
2129682--2129721	13	3.1	13	92	0	71	32	15	15	37	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2132215--2132268	19	2.8	20	88	2	83	29	16	16	37	1.91
2132314--2132343	13	2.3	13	94	0	51	36	16	10	36	1.82
2132300--2132366	33	2.0	32	86	11	91	35	13	14	35	1.86
2132574--2133271	354	2.0	354	98	0	1360	37	20	15	27	1.92
2133569--2133593	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2136872--2136923	26	2.0	25	92	3	86	42	11	17	28	1.84
2151842--2151913	21	3.5	20	82	16	85	87	2	1	8	0.70
2151843--2151902	26	2.3	26	85	5	77	86	1	1	10	0.71
2151841--2151913	32	2.3	32	83	9	96	87	2	1	8	0.69
2151840--2151916	20	3.7	20	80	13	75	85	5	1	7	0.78
2151842--2151925	9	9.6	9	76	12	59	85	5	1	7	0.78
2151841--2151913	1	73.0	1	75	0	65	87	2	1	8	0.69
2151851--2151925	36	2.1	37	80	12	84	85	6	1	6	0.80
2153362--2153887	29	17.7	29	73	10	230	28	29	16	26	1.97
2153356--2153526	86	2.0	86	86	2	236	28	30	16	23	1.96
2153512--2153580	35	2.0	34	88	2	102	20	28	11	39	1.87
2153582--2153933	28	11.9	28	74	13	181	30	29	16	23	1.96
2153597--2153678	27	3.0	27	92	1	128	35	31	17	15	1.91
2153376--2153892	206	2.5	208	92	3	842	27	29	16	26	1.97
2153717--2153791	35	2.2	35	85	2	107	22	32	10	34	1.89
2154093--2154224	52	2.5	52	97	0	246	21	24	19	34	1.96
2164381--2164405	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2164361--2164425	33	2.0	33	88	11	98	32	18	15	33	1.92
2164455--2164505	19	2.6	20	87	3	68	35	15	15	33	1.90
2164477--2164541	33	2.0	33	88	8	98	38	12	15	33	1.85
2173218--2173269	13	4.5	13	71	26	53	36	15	13	34	1.87
2173218--2173286	33	2.1	33	86	10	97	36	17	14	31	1.90
2173315--2173373	20	3.0	20	80	2	75	35	15	15	33	1.89
2173357--2173381	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2175520--2175571	13	4.5	13	71	26	53	36	15	13	34	1.87
2175520--2175587	33	2.1	33	86	10	95	35	17	14	32	1.91
2175555--2175648	19	4.8	19	85	3	116	35	11	19	34	1.88
2178610--2178641	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
2186069--2186130	23	2.7	23	82	5	72	22	8	6	62	1.45
2186197--2186251	25	2.2	25	83	6	67	18	1	5	74	1.10
2186602--2186647	3	15.0	3	86	4	65	63	4	0	32	1.14
2188443--2188523	40	2.0	40	100	0	162	22	17	27	33	1.96
2188949--2188984	2	18.5	2	94	5	65	50	0	0	50	1.00
2191269--2191324	26	2.2	26	83	0	67	35	7	5	51	1.52
2193582--2193863	155	1.8	156	80	5	347	39	19	16	25	1.92
2193638--2193992	156	2.3	155	81	3	394	39	18	17	25	1.92
2193887--2194274	155	2.5	154	80	5	383	38	18	18	23	1.93
2196591--2196899	166	1.9	166	81	1	386	47	8	11	32	1.69
2200020--2200073	20	2.7	20	91	2	81	35	7	22	35	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2200182--2200229	20	2.4	20	100	0	96	35	14	6	43	1.71
2200805--2200884	32	2.7	29	76	14	81	30	12	31	26	1.93
2200816--2200881	32	2.0	33	88	2	98	27	10	34	27	1.90
2200859--2200930	30	2.4	29	77	4	72	26	12	30	30	1.93
2200858--2201107	59	4.2	59	77	5	247	28	12	30	28	1.93
2200858--2201107	119	2.1	119	80	2	290	28	12	30	28	1.93
2200859--2201114	29	8.7	28	71	8	152	28	12	31	27	1.92
2203577--2203614	15	2.8	13	85	14	58	57	13	18	10	1.63
2204399--2204457	19	3.1	19	78	7	66	32	16	15	35	1.90
2204426--2204522	32	3.0	32	83	10	126	43	13	14	28	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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