genome.fa.s29.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold29
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5511024

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   

This is table  17  of  34  ( 4030 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2529746--2530034	101	2.9	100	83	5	316	24	26	17	30	1.98
2530875--2530926	20	2.6	20	93	0	86	36	21	9	32	1.86
2533125--2533176	27	2.0	25	85	10	70	23	42	19	15	1.89
2536003--2536038	7	5.1	7	96	0	63	30	25	0	44	1.54
2543034--2543082	24	2.0	25	88	7	75	0	26	0	73	0.83
2545035--2545345	84	3.7	84	78	9	337	35	12	31	20	1.90
2545039--2545349	170	1.8	169	85	4	439	35	12	31	20	1.90
2545036--2545335	42	7.1	42	69	10	162	35	12	32	20	1.89
2545863--2545889	12	2.2	12	100	0	54	25	0	7	66	1.17
2546200--2546292	19	5.5	19	72	27	102	33	11	19	35	1.88
2546219--2546275	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
2546198--2546307	32	3.4	32	97	0	202	34	12	18	34	1.89
2546324--2546399	20	3.8	20	100	0	152	35	14	10	39	1.81
2546386--2546428	13	3.2	13	87	12	68	30	13	16	39	1.87
2546386--2546425	15	2.9	14	92	7	64	32	15	15	37	1.88
2549773--2550516	55	13.0	55	87	7	829	27	27	20	24	1.99
2549920--2550005	27	3.2	26	64	20	68	26	27	20	24	1.99
2550282--2550514	62	3.8	62	85	2	308	26	27	19	26	1.99
2550431--2550616	100	1.9	101	88	1	284	24	29	17	27	1.97
2550530--2550746	61	3.6	61	87	0	310	23	30	18	27	1.98
2550372--2550685	161	1.9	163	88	2	472	24	29	18	27	1.98
2551515--2551609	19	5.7	18	70	27	84	33	10	16	38	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2551534--2551590	13	3.9	13	72	24	51	35	10	15	38	1.82
2551515--2551622	32	3.4	32	93	0	180	33	12	16	37	1.86
2554066--2554339	51	5.3	51	71	17	163	29	25	13	32	1.94
2554172--2554242	28	2.6	27	86	6	97	23	29	21	25	1.99
2554070--2554373	158	1.9	156	82	5	380	28	25	14	31	1.94
2555855--2556034	51	3.5	51	79	5	170	29	24	11	34	1.91
2556106--2556174	28	2.5	28	83	9	79	24	30	15	28	1.96
2556158--2556272	51	2.3	51	87	3	169	31	25	12	31	1.92
2560520--2560544	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2560609--2560633	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2560642--2560766	52	2.4	52	95	0	223	36	18	17	28	1.94
2567913--2567982	17	4.5	16	75	13	65	82	12	4	0	0.80
2567914--2567982	23	3.0	22	81	14	77	84	11	4	0	0.77
2567912--2567979	34	2.0	34	85	5	93	82	14	2	0	0.79
2568923--2569071	32	4.8	31	83	8	169	22	31	14	32	1.93
2568934--2569629	27	21.9	33	74	16	413	20	33	12	32	1.91
2569059--2569525	62	7.4	60	81	11	483	21	35	11	31	1.90
2569032--2569629	96	6.3	95	75	16	413	20	34	12	32	1.90
2569615--2569700	33	2.7	32	87	10	124	26	34	18	19	1.95
2569080--2569672	165	3.7	163	76	13	412	21	34	12	31	1.91
2569693--2570781	49	22.8	49	83	5	1356	25	25	17	31	1.97
2569688--2570781	98	11.5	94	91	4	1553	25	25	17	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2571634--2571700	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
2571654--2571678	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2571720--2571744	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2571753--2571876	52	2.4	52	94	1	214	35	18	17	28	1.94
2574959--2575347	49	8.0	49	85	4	495	25	24	17	32	1.97
2575157--2575347	43	4.1	43	81	14	211	25	25	17	31	1.97
2579582--2580268	55	12.0	54	83	8	619	28	27	19	24	1.99
2579521--2580271	110	6.5	111	82	8	720	28	27	19	24	1.98
2579394--2580492	165	6.4	164	74	17	807	26	28	19	26	1.99
2580286--2580483	61	3.3	61	85	2	274	25	28	19	27	1.98
2580178--2580368	100	1.9	101	89	1	294	26	29	16	27	1.97
2580503--2580596	42	2.3	42	81	7	113	18	28	12	40	1.87
2583778--2583848	28	2.5	28	90	4	108	23	32	16	26	1.96
2583908--2584082	79	2.2	79	81	4	192	29	25	13	32	1.93
2585082--2585156	3	25.0	3	100	0	150	33	0	0	66	0.92
2602136--2602172	18	2.0	19	89	5	58	43	0	0	56	0.99
2607306--2607353	21	2.3	21	85	7	62	60	14	8	16	1.57
2610365--2610493	52	2.5	52	94	0	231	27	18	18	34	1.95
2610578--2610628	19	2.7	19	93	0	84	35	17	11	35	1.87
2612187--2612249	24	2.6	24	97	2	117	49	0	7	42	1.32
2613364--2613520	20	7.8	20	66	25	82	25	19	14	40	1.89
2613451--2613481	13	2.4	13	94	0	53	25	19	16	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2613431--2613500	33	2.1	33	91	0	113	24	21	14	40	1.90
2615819--2615934	51	2.3	51	89	0	187	31	27	10	31	1.90
2615917--2615988	28	2.6	28	84	4	92	25	29	19	26	1.99
2628423--2628483	1	61.0	1	73	0	50	86	4	6	1	0.74
2628424--2628486	10	6.2	10	78	10	56	85	4	7	1	0.78
2628423--2628483	14	4.2	15	81	8	56	86	4	6	1	0.74
2629557--2629912	57	6.3	55	83	5	406	28	25	20	26	1.99
2629557--2629912	169	2.1	167	85	6	466	28	25	20	26	1.99
2629840--2630018	100	1.8	94	84	7	241	28	26	18	26	1.98
2629937--2630134	61	3.2	60	87	4	272	27	25	19	27	1.99
2630121--2630311	42	4.4	43	82	9	230	20	27	14	37	1.91
2630116--2630311	87	2.3	86	87	6	272	20	26	13	38	1.90
2630205--2630420	119	1.8	116	81	7	265	20	25	13	40	1.89
2630318--2630442	40	3.1	40	77	4	99	20	26	11	42	1.85
2630987--2631016	13	2.3	13	94	0	51	33	20	6	40	1.78
2631032--2631125	20	4.7	20	88	5	120	27	18	13	40	1.88
2633519--2633601	28	3.0	28	85	0	103	24	28	18	28	1.98
2638465--2638499	18	1.9	18	88	0	52	57	22	11	8	1.61
2639802--2640135	136	2.4	136	79	1	328	41	19	12	26	1.87
2639817--2640135	68	4.7	68	78	4	293	41	19	12	26	1.87
2640173--2640300	68	1.9	67	82	4	159	40	17	12	28	1.87
2645460--2646123	154	4.3	154	82	3	755	38	18	17	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2645460--2646123	308	2.1	309	84	4	840	38	18	17	25	1.93
2647156--2647223	20	3.8	20	70	25	78	27	13	13	45	1.80
2647156--2647219	33	1.9	33	96	0	119	28	12	14	45	1.81
2649566--2649942	79	4.8	77	76	6	288	27	25	14	32	1.95
2649566--2649942	158	2.4	157	77	7	384	27	25	14	32	1.95
2652840--2653072	53	4.5	52	80	5	229	33	10	24	30	1.90
2655431--2655456	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2655410--2655476	33	2.0	33	85	0	89	43	14	14	26	1.85
2655496--2655563	19	3.9	18	75	23	74	38	14	10	36	1.81
2655518--2655542	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2655499--2655561	32	2.0	32	93	0	108	36	15	11	36	1.84
2655599--2655677	21	3.8	20	85	5	95	34	15	13	36	1.87
2656454--2656505	19	2.7	20	90	3	79	26	15	17	40	1.89
2658185--2658221	3	12.3	3	94	0	65	37	0	32	29	1.58
2660507--2660592	19	4.8	18	73	25	74	34	12	16	36	1.87
2660548--2660572	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2660529--2660599	32	2.2	32	97	0	133	32	12	18	36	1.88
2668249--2668293	22	2.0	22	87	8	65	42	0	31	26	1.56
2685291--2685320	14	2.1	15	93	6	53	33	3	0	63	1.11
2685587--2685627	21	1.9	22	90	5	66	58	4	21	14	1.55
2685587--2685634	22	2.2	21	85	3	60	62	4	20	12	1.46
2689906--2689944	15	2.5	15	87	4	51	58	12	0	28	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2691221--2691261	20	2.0	20	95	0	73	31	17	19	31	1.95
2691291--2691338	20	2.4	20	89	0	78	31	14	18	35	1.91
2691291--2691345	20	2.8	20	83	10	76	34	14	16	34	1.89
2691746--2692040	156	1.9	156	81	4	362	22	15	23	39	1.91
2691826--2692116	156	1.9	156	80	2	343	23	14	23	38	1.92
2693777--2693825	21	2.3	21	86	6	73	32	2	18	46	1.60
2693692--2693871	97	1.9	97	84	0	243	35	9	15	40	1.80
2694250--2694431	58	3.2	57	75	4	161	42	19	9	29	1.82
2694346--2694460	56	2.1	56	85	3	151	42	18	9	29	1.82
2697733--2697776	15	2.9	15	86	6	54	0	18	0	81	0.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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