genome.fa.s29.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold29
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5511024

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   

This is table  6  of  34  ( 4030 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
849512--849643	30	4.5	30	80	8	137	28	15	28	27	1.96
849512--849649	60	2.3	58	84	9	172	28	15	28	26	1.96
849625--850369	29	25.4	29	79	5	599	30	11	30	27	1.92
849632--849832	60	3.3	59	78	8	188	35	11	26	25	1.91
851744--852158	79	5.3	75	82	8	402	33	13	25	27	1.93
851759--852158	158	2.5	158	85	2	502	33	12	25	28	1.92
851733--852158	237	1.8	235	82	6	547	33	12	26	27	1.93
854553--854603	20	2.5	20	93	0	84	47	13	11	27	1.78
855281--856021	45	17.8	41	73	11	449	40	12	25	21	1.88
855288--856023	83	8.8	83	73	13	286	41	12	25	21	1.87
855372--855980	166	3.7	163	79	9	546	41	12	25	20	1.88
855409--856022	41	14.9	39	72	14	256	40	13	26	20	1.89
855860--856025	89	1.9	83	84	7	215	42	13	24	19	1.87
855882--856053	89	1.9	88	79	10	190	43	12	23	19	1.86
856040--857171	62	18.3	62	85	2	1337	29	19	25	25	1.98
864192--864223	16	1.9	17	93	6	57	25	12	12	50	1.75
864697--864940	96	2.5	96	77	5	226	34	15	25	24	1.95
867286--867424	52	2.7	52	85	3	183	41	11	16	30	1.84
867460--867500	20	2.0	20	95	0	73	29	17	9	43	1.80
869313--869355	21	2.0	21	95	0	77	41	13	16	27	1.86
872934--872958	12	2.1	12	100	0	50	40	8	16	36	1.77
873854--873917	25	2.4	25	85	12	76	60	3	1	34	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
874492--874548	17	3.2	17	80	16	62	29	0	1	68	1.00
874479--874523	23	1.9	24	86	4	65	28	0	2	68	1.01
874506--874561	4	13.8	4	77	9	51	28	1	1	67	1.10
874463--874531	23	3.2	20	73	18	57	31	1	1	65	1.11
880281--880395	51	2.3	51	92	1	196	28	14	10	46	1.78
892334--892380	23	2.0	23	100	0	94	36	12	25	25	1.92
895565--896284	28	25.5	28	84	2	843	30	27	16	25	1.97
895575--896363	28	27.5	32	79	8	267	30	27	16	25	1.97
899483--899652	67	2.5	69	84	7	226	33	21	7	37	1.82
901142--901197	20	2.8	20	86	0	76	37	12	10	39	1.78
905864--906129	83	3.2	84	74	4	270	18	28	12	40	1.88
909833--910134	153	2.0	153	83	8	380	25	17	18	38	1.92
911954--912040	29	3.0	29	84	0	102	64	10	5	19	1.44
915842--915918	20	3.8	20	79	6	84	40	14	15	29	1.87
923824--923862	13	3.0	13	92	0	60	30	12	15	41	1.85
923984--924030	21	2.3	20	78	10	51	38	21	0	40	1.53
924305--924347	20	2.1	20	82	4	50	18	39	30	11	1.86
926905--927074	52	3.3	51	82	2	214	31	11	25	30	1.92
927057--927132	27	2.8	28	85	2	91	18	21	36	23	1.95
926846--927238	211	1.9	211	86	2	565	30	12	26	29	1.93
929604--929629	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
929583--929649	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
929669--929736	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
929691--929715	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
929672--929734	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
929791--929848	21	2.8	21	94	0	98	37	17	10	34	1.84
930628--930653	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
930610--930674	32	2.0	32	87	6	94	40	18	13	27	1.89
935308--935365	13	4.1	14	81	14	75	51	0	0	48	1.00
935305--935368	29	2.2	29	94	0	110	50	0	0	50	1.00
936929--936982	20	2.8	20	76	15	60	33	1	0	64	1.04
936936--937015	19	4.0	21	74	20	73	37	3	0	58	1.16
936935--936998	20	3.2	19	73	20	51	34	4	0	60	1.17
941089--941138	21	2.5	19	81	9	55	38	0	0	62	0.96
943122--943151	15	2.0	15	93	0	51	30	6	6	56	1.51
944903--944981	20	3.8	20	84	6	95	46	12	13	26	1.79
949070--949124	21	2.7	20	74	2	56	63	5	0	30	1.17
952697--952723	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
952678--952742	32	2.0	33	87	3	96	29	13	15	41	1.86
956746--956773	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
958083--958190	54	2.0	54	98	0	207	42	12	3	41	1.59
960560--960585	11	2.4	11	100	0	52	30	11	11	46	1.76
964034--964254	96	2.3	96	79	5	207	34	11	23	29	1.91
975806--975862	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
975786--975883	32	3.0	32	96	1	178	34	12	17	35	1.87
975784--975881	19	5.8	18	71	28	90	33	12	17	36	1.87
975924--975948	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
975957--976085	52	2.5	52	96	0	231	35	17	18	28	1.93
982998--983045	16	3.0	16	87	6	62	85	6	4	4	0.83
983015--983045	9	3.4	9	95	0	53	90	0	3	6	0.55
982999--983046	25	1.9	25	86	0	69	85	4	6	4	0.83
984009--984177	33	5.3	33	73	8	179	23	28	15	33	1.95
983985--984209	63	3.6	62	93	3	371	22	31	14	31	1.94
983985--984273	33	9.3	30	73	9	170	22	31	13	31	1.93
984185--984828	34	19.7	35	75	14	494	20	34	12	33	1.90
984185--984828	61	9.9	64	84	8	578	20	34	12	33	1.90
983985--984273	126	2.3	126	86	5	388	22	31	13	31	1.93
984310--984485	27	6.0	27	73	17	145	21	38	13	27	1.91
984276--984792	61	8.0	61	85	8	586	19	35	12	32	1.89
984343--984828	68	7.4	68	86	5	589	19	34	12	33	1.89
984834--984950	32	3.6	32	83	2	153	32	30	16	20	1.94
984876--985148	139	2.0	139	95	0	492	28	28	18	24	1.98
985015--985089	32	2.3	32	88	2	105	34	33	16	16	1.90
985102--985896	92	8.6	92	96	0	1455	25	25	17	31	1.97
985817--985884	21	3.2	20	66	25	50	26	27	16	29	1.97
986098--986138	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
986178--986248	20	3.6	19	77	7	70	40	16	12	29	1.86
986218--986354	53	2.6	53	92	1	229	37	18	17	27	1.93
986386--986438	21	2.3	24	75	21	67	28	24	9	37	1.86
986393--986443	21	2.4	22	90	6	86	27	21	11	39	1.88
986504--986538	13	2.7	13	90	0	61	31	17	17	34	1.93
986609--986652	20	2.2	20	83	0	52	31	11	18	38	1.86
987345--987412	21	3.2	20	66	25	50	26	26	16	30	1.96
987328--987505	43	4.0	43	78	8	203	25	23	19	32	1.97
987328--987549	92	2.4	92	86	3	320	25	22	18	32	1.97
987459--987596	52	2.6	52	79	3	141	26	23	15	34	1.94
987562--987688	67	1.9	68	86	1	184	23	25	12	38	1.90
988461--988514	13	3.7	13	74	25	54	35	14	18	31	1.91
988438--988535	32	3.0	32	92	1	160	34	12	18	34	1.88
988436--988533	19	5.8	18	69	28	72	33	12	18	35	1.88
988580--988708	52	2.5	52	94	0	231	35	17	17	28	1.93
991985--992040	26	2.2	26	83	3	69	39	1	26	32	1.67
992747--992801	19	2.8	20	86	2	76	32	16	14	36	1.89
992846--992875	13	2.3	13	100	0	60	33	16	13	36	1.88
992830--992894	33	2.0	33	90	6	105	33	13	20	32	1.91
995799--995983	79	2.4	78	79	8	205	35	13	23	28	1.92
995948--996066	51	2.3	50	80	9	125	35	10	24	29	1.89
996083--996197	51	2.3	51	90	6	180	29	12	26	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
995874--996228	130	2.7	129	80	3	383	33	11	24	29	1.91
996182--996256	28	2.7	29	79	4	91	29	18	28	24	1.98
996333--996501	51	3.3	51	78	8	182	33	13	24	28	1.93
998853--998909	20	2.8	20	83	0	69	45	12	14	28	1.80
999621--999778	85	1.9	83	85	6	219	41	12	27	18	1.86
999628--999777	40	3.5	42	76	9	153	43	11	28	16	1.83
999699--999804	38	2.5	44	79	13	116	34	13	29	22	1.92
999622--999804	85	2.2	84	82	8	214	39	13	26	20	1.89
999791--1000159	122	3.1	115	80	8	384	29	18	26	26	1.98
999769--1000135	61	6.1	60	80	7	334	29	18	26	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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