genome.fa.s29.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold29
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5511024

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   

This is table  15  of  34  ( 4030 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2205474--2205540	33	2.0	33	97	0	125	32	19	26	20	1.97
2205954--2206005	20	2.5	21	90	3	79	32	19	13	34	1.90
2211863--2211916	20	2.8	19	82	2	63	33	14	16	35	1.90
2222500--2222567	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
2222521--2222545	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2222502--2222564	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
2222607--2222632	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2222587--2222653	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
2225133--2225340	78	2.7	79	81	3	233	24	29	17	28	1.97
2232043--2232076	17	2.0	17	88	0	50	50	17	26	5	1.69
2237740--2237809	8	8.8	8	80	12	81	84	14	1	0	0.70
2237741--2237808	12	5.6	12	82	7	75	85	13	1	0	0.67
2237741--2237801	13	4.5	13	83	6	77	85	14	0	0	0.60
2237741--2237802	27	2.3	27	86	8	81	85	14	0	0	0.60
2238993--2239078	27	3.1	27	62	15	68	27	30	18	23	1.98
2238786--2239546	55	13.6	55	87	6	955	28	28	20	22	1.98
2240335--2240402	19	3.9	19	76	21	76	35	10	14	39	1.80
2240356--2240380	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2240337--2240399	32	2.0	32	93	0	108	34	11	15	38	1.83
2242927--2242998	27	2.7	27	84	0	81	22	36	23	18	1.95
2244283--2244339	13	3.9	13	72	24	51	33	14	15	36	1.88
2244281--2244341	32	1.9	32	96	0	113	32	13	14	39	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2247068--2247110	22	2.0	21	82	13	52	25	20	2	51	1.60
2250772--2250810	18	2.2	18	90	4	62	0	2	12	84	0.72
2257929--2257991	19	3.6	19	74	24	75	33	11	19	36	1.87
2257948--2258005	13	4.0	13	74	23	53	34	15	17	32	1.91
2257927--2258004	32	2.4	32	95	0	138	34	12	17	34	1.88
2258043--2258070	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
2258023--2258088	33	2.0	33	88	5	98	30	15	13	40	1.85
2263485--2263548	30	2.0	33	88	8	98	29	18	25	26	1.98
2263506--2263792	28	10.0	28	81	4	234	23	18	29	28	1.98
2263520--2263792	56	4.8	56	81	4	278	23	18	28	28	1.98
2273314--2273358	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
2275161--2275191	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2277260--2277285	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2279836--2279861	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2289027--2289124	20	4.9	20	79	0	106	42	12	10	34	1.76
2289030--2289124	40	2.4	40	98	0	181	41	12	10	35	1.78
2290561--2290598	9	4.0	9	87	12	58	0	10	0	89	0.49
2290561--2290608	14	3.1	15	79	11	53	0	12	0	87	0.54
2290561--2290598	20	1.9	20	100	0	76	0	10	0	89	0.49
2290562--2290605	20	2.2	20	91	0	70	0	13	0	86	0.57
2292450--2292475	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2294693--2294737	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2298570--2298649	20	3.8	20	75	15	79	26	15	15	43	1.85
2298635--2298673	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
2298794--2298840	21	2.3	21	79	20	55	34	19	4	42	1.70
2298796--2298838	20	2.2	19	84	16	52	32	18	4	44	1.71
2301215--2301240	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2302965--2303014	16	3.1	16	77	13	50	58	2	2	38	1.21
2308412--2308511	15	6.9	14	76	15	71	82	10	5	3	0.93
2308405--2308514	11	10.8	10	75	14	84	82	10	4	2	0.90
2308444--2308513	20	3.2	22	84	10	90	84	11	0	4	0.76
2308405--2308514	20	5.4	19	75	18	82	82	10	4	2	0.90
2308405--2308514	29	3.6	30	76	12	100	82	10	4	2	0.90
2308405--2308514	33	3.2	33	75	14	98	82	10	4	2	0.90
2308406--2308505	1	100.0	1	69	0	56	84	8	5	3	0.87
2309955--2310252	57	5.2	57	84	4	359	32	32	16	18	1.94
2309948--2310226	144	1.9	144	94	1	488	31	32	16	19	1.94
2309955--2310252	87	3.4	85	88	4	411	32	32	16	18	1.94
2310274--2310988	49	14.8	49	84	6	748	23	27	18	30	1.98
2310766--2310936	88	1.9	88	82	4	211	25	25	19	29	1.99
2311788--2311923	19	7.7	19	75	20	134	35	11	17	35	1.87
2311829--2311885	13	3.9	13	74	24	51	35	12	17	35	1.87
2311810--2311904	32	3.0	32	96	0	172	34	11	17	35	1.86
2311955--2311982	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2315702--2315727	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2315684--2315747	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
2317948--2317997	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
2319795--2319825	15	2.1	15	93	0	53	48	19	19	12	1.81
2321903--2321928	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2322049--2322094	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
2324477--2324502	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2324459--2324522	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
2347440--2347638	79	2.5	79	82	1	220	30	16	27	25	1.97
2347593--2347664	28	2.6	28	88	0	99	23	19	34	22	1.96
2347652--2347872	52	4.3	51	78	6	230	32	10	26	30	1.90
2347652--2347870	104	2.1	103	84	6	275	32	10	26	30	1.89
2347856--2347928	27	2.7	27	86	2	92	20	21	34	23	1.97
2349485--2349539	20	2.8	20	88	5	76	40	14	14	30	1.86
2349611--2349636	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2349592--2349656	33	2.0	33	90	0	103	41	16	13	27	1.87
2351030--2351062	11	3.1	11	86	8	50	0	0	21	78	0.75
2351572--2351624	21	2.6	21	84	3	63	43	9	20	26	1.82
2351646--2351716	19	4.2	17	74	25	78	39	14	9	36	1.79
2351653--2351713	32	1.9	32	93	0	104	37	16	9	36	1.82
2351753--2351806	21	2.6	21	93	0	90	37	20	7	35	1.81
2352579--2352648	35	2.0	35	100	0	140	17	11	25	45	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2356325--2356756	160	2.7	160	85	6	577	52	7	9	30	1.62
2356642--2356680	20	1.9	21	89	5	62	64	5	7	23	1.40
2356783--2356823	19	2.1	20	82	13	50	65	0	12	21	1.25
2357622--2357828	85	2.4	85	80	1	218	45	14	21	17	1.85
2357714--2358103	85	4.6	84	79	6	349	43	13	21	21	1.86
2357714--2358103	170	2.3	170	79	4	385	43	13	21	21	1.86
2361219--2361260	20	2.0	21	86	4	59	42	9	14	33	1.78
2361270--2361475	20	9.8	20	75	11	160	42	13	12	31	1.82
2361271--2361384	40	2.8	40	95	0	201	42	14	9	33	1.78
2361311--2361501	91	2.1	91	87	1	267	43	13	14	28	1.83
2361227--2361475	131	1.9	132	87	2	367	44	13	12	29	1.81
2361419--2361557	71	2.0	71	85	2	190	42	12	15	29	1.84
2361321--2361546	91	2.5	91	81	1	229	43	13	13	29	1.83
2370977--2371053	20	3.8	20	85	0	118	44	12	11	31	1.79
2371015--2371113	50	2.0	51	91	2	164	41	12	16	30	1.84
2372247--2372349	32	3.2	32	79	4	109	28	15	26	30	1.96
2372304--2372781	28	16.5	28	79	10	390	21	18	30	29	1.97
2372304--2372781	118	4.1	115	76	10	397	21	18	30	29	1.97
2372304--2372782	146	3.3	144	81	6	456	21	18	30	29	1.97
2372367--2372781	174	2.4	172	81	7	475	21	18	31	28	1.97
2372814--2372886	26	2.8	26	74	15	78	32	16	15	35	1.90
2372814--2372901	14	6.6	13	71	13	63	32	18	13	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2373550--2373607	21	2.7	22	81	7	75	39	15	13	31	1.86
2373639--2373758	19	6.9	18	69	25	82	35	10	15	38	1.83
2373685--2373741	13	3.9	13	76	24	60	35	14	15	35	1.88
2373664--2373768	32	3.3	32	95	0	183	34	10	17	38	1.84
2373812--2373850	13	3.0	13	100	0	78	30	15	15	38	1.88
2373792--2373874	21	3.8	21	76	16	78	26	16	13	43	1.85
2376217--2376397	51	3.5	51	78	13	199	29	24	12	33	1.91
2376223--2376400	52	3.4	52	81	10	204	29	25	12	32	1.93
2376383--2376454	27	2.6	27	84	6	92	25	33	19	22	1.97
2376407--2376591	79	2.3	79	85	4	248	24	29	16	29	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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