genome.fa.s29.2.7.7.80.10.50.1000.19.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold29
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5511024

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   

This is table  19  of  34  ( 4030 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2841682--2842285	169	3.6	168	89	6	865	32	12	34	20	1.90
2842116--2842313	104	1.9	107	91	4	330	31	13	34	20	1.91
2848602--2848695	27	3.4	27	71	10	75	35	10	7	46	1.67
2849160--2849228	4	17.8	4	85	5	88	79	1	18	0	0.80
2849269--2849299	15	2.1	15	93	0	53	16	29	0	54	1.42
2851763--2851835	20	3.5	20	80	14	85	35	15	10	38	1.82
2855930--2856010	20	3.5	20	71	28	72	41	11	18	28	1.84
2862842--2862874	15	2.1	16	88	11	50	6	15	24	54	1.63
2864068--2864120	20	2.7	20	81	0	61	30	16	13	39	1.87
2864149--2864202	19	2.8	20	88	2	83	38	14	16	29	1.89
2867512--2867655	20	6.8	20	76	16	130	40	14	17	27	1.88
2868155--2868283	41	3.1	39	69	14	98	44	11	25	18	1.84
2868334--2868481	42	3.4	42	79	9	172	39	13	25	20	1.90
2868464--2868763	61	4.9	61	86	4	381	31	18	25	25	1.98
2868600--2868699	33	3.2	33	61	23	79	34	18	25	23	1.96
2868815--2869388	124	4.7	121	85	4	720	28	19	27	25	1.99
2868815--2869391	188	3.1	186	89	2	862	28	19	27	25	1.98
2868814--2869388	60	9.3	61	86	4	735	28	19	27	25	1.99
2877862--2877932	27	2.6	27	100	0	142	15	19	42	22	1.89
2879875--2880001	52	2.4	52	94	0	218	27	16	19	36	1.93
2879875--2880023	52	2.9	51	85	7	201	29	16	19	34	1.94
2880012--2880069	13	5.0	13	69	26	58	36	13	15	34	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2880057--2880141	20	4.7	20	76	20	105	34	18	12	34	1.89
2880076--2880140	33	2.0	33	96	0	121	32	18	13	35	1.90
2881036--2881316	43	5.9	48	80	11	312	32	17	24	24	1.97
2881037--2881316	92	3.0	92	93	2	452	32	17	25	24	1.97
2881585--2881639	20	2.8	20	88	5	76	40	14	14	30	1.86
2881711--2881736	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2881692--2881756	33	2.0	33	87	6	96	41	16	13	27	1.87
2887902--2887940	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
2888061--2888107	21	2.2	21	81	7	60	31	21	4	42	1.72
2890398--2890526	52	2.5	52	94	0	222	27	17	17	36	1.93
2890535--2890559	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2891516--2891629	52	2.1	52	87	4	156	37	14	22	24	1.92
2891479--2891629	55	2.8	55	82	3	164	35	15	23	25	1.95
2891725--2891785	31	2.0	31	100	0	122	19	22	16	40	1.90
2891820--2891876	21	2.7	21	94	0	96	35	10	19	35	1.86
2891932--2891999	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
2891953--2891977	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2891934--2891996	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
2892039--2892064	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2892019--2892085	33	2.0	33	85	0	89	25	13	16	44	1.84
2894428--2894769	52	6.5	53	69	19	198	29	26	11	31	1.92
2894545--2894614	27	2.6	27	88	2	95	24	32	21	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2894433--2894770	104	3.2	103	71	15	303	29	26	12	31	1.92
2894753--2894829	28	2.8	28	84	4	84	23	29	19	27	1.98
2894431--2894834	212	1.9	212	89	4	627	28	26	13	31	1.93
2895879--2896049	49	3.6	49	80	9	219	30	17	25	26	1.97
2895878--2896049	92	1.9	92	95	0	308	30	17	25	26	1.97
2896318--2896372	20	2.8	20	88	5	76	40	14	14	30	1.86
2896444--2896469	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2897329--2897694	33	11.2	33	90	5	559	19	18	34	28	1.95
2897322--2897694	65	5.8	66	91	3	582	19	17	34	28	1.95
2897833--2897953	27	4.2	26	74	20	98	31	14	34	19	1.92
2897805--2898384	61	9.0	62	76	12	398	32	13	34	19	1.91
2897696--2898381	227	3.0	225	84	8	876	33	13	32	19	1.91
2897990--2898381	95	4.0	95	87	5	486	33	13	33	19	1.91
2897701--2898284	261	2.2	258	87	7	810	33	13	32	19	1.91
2898155--2898214	27	2.2	27	90	0	93	33	15	33	18	1.92
2897696--2898412	34	21.8	33	78	14	516	33	13	32	19	1.91
2897926--2898442	134	3.9	133	76	12	424	33	13	32	20	1.92
2899387--2899429	13	3.3	13	84	15	54	0	4	9	86	0.71
2899379--2899440	17	3.6	17	78	4	70	0	8	8	83	0.80
2899383--2899440	26	2.3	26	82	8	75	0	6	8	84	0.78
2904011--2904085	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
2904008--2904085	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2910134--2910186	19	2.7	20	91	2	81	33	11	15	39	1.83
2910082--2910257	71	2.5	71	88	3	248	32	15	17	34	1.91
2910278--2910362	19	4.7	19	76	18	92	37	16	11	34	1.85
2910297--2910360	32	2.0	33	93	3	112	34	17	12	35	1.87
2914976--2915032	13	3.9	13	76	24	60	36	14	15	33	1.88
2914953--2915051	19	5.8	18	70	28	83	35	12	16	36	1.85
2914956--2915056	32	3.1	32	95	1	175	35	11	16	35	1.86
2914956--2915084	65	2.0	65	82	8	156	37	13	16	32	1.88
2915127--2915255	52	2.5	52	93	0	222	35	18	17	27	1.94
2921111--2921145	16	2.2	16	94	0	61	77	0	2	20	0.90
2921373--2921606	94	2.5	94	84	4	287	60	15	17	5	1.54
2926801--2926852	26	2.0	26	96	0	95	26	23	32	17	1.96
2929297--2929473	76	2.3	78	85	2	232	26	28	15	29	1.96
2929405--2929524	51	2.4	51	88	0	168	27	25	15	32	1.95
2929126--2929657	206	2.5	207	82	3	595	27	25	13	33	1.93
2929456--2929646	79	2.4	79	79	1	222	27	25	14	32	1.95
2929335--2929603	130	2.1	127	84	3	342	27	26	13	33	1.93
2934187--2934242	19	2.9	19	86	2	76	37	12	17	32	1.88
2934377--2934403	14	1.9	14	100	0	54	44	18	7	29	1.77
2934938--2935279	48	7.2	48	86	2	422	18	21	17	42	1.90
2934939--2935279	95	3.6	96	85	3	422	18	21	17	42	1.89
2935265--2935362	44	2.2	44	83	0	133	23	24	14	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2935783--2935868	43	2.0	43	81	0	100	18	23	20	37	1.94
2935797--2935888	43	2.1	43	83	0	112	21	20	18	39	1.93
2935883--2935984	43	2.4	43	81	4	118	22	25	16	35	1.95
2936598--2936683	42	2.0	42	82	4	102	22	27	16	33	1.95
2936914--2937038	43	2.9	42	71	11	101	18	32	16	32	1.94
2937025--2937120	42	2.3	42	82	7	106	18	30	16	34	1.93
2937054--2937141	42	2.1	41	82	2	113	14	28	15	40	1.87
2937347--2937720	84	4.5	84	68	6	229	17	24	13	44	1.85
2937421--2937524	42	2.5	42	76	6	111	17	25	11	46	1.81
2937135--2937720	165	3.5	167	78	6	573	18	25	12	43	1.86
2938793--2938825	16	2.0	17	94	5	59	27	6	6	60	1.44
2939053--2939375	166	1.9	166	83	6	422	29	10	8	50	1.68
2939092--2939430	166	2.0	166	79	5	364	30	10	9	49	1.69
2939445--2939475	8	3.9	8	91	0	53	12	0	3	83	0.75
2939442--2939475	15	2.2	16	94	5	61	14	0	2	82	0.79
2942386--2942747	155	2.4	153	77	3	336	23	17	20	38	1.93
2951051--2951225	79	2.2	79	86	2	235	30	13	27	29	1.94
2952555--2952610	20	2.8	20	94	2	96	30	16	10	42	1.82
2959137--2959191	20	2.8	20	97	0	101	36	10	14	38	1.81
2962587--2962824	97	2.5	97	86	1	336	27	29	14	28	1.95
2964668--2965045	52	7.3	52	73	5	325	31	16	25	26	1.96
2964623--2965165	156	3.5	156	86	4	706	31	16	25	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2964623--2965113	104	4.7	104	73	7	361	31	16	25	26	1.96
2964720--2965168	52	8.7	50	71	12	189	32	16	24	25	1.96
2965218--2965442	32	7.0	32	87	3	328	21	17	29	31	1.96
2966961--2967000	20	2.1	19	90	4	62	0	0	15	85	0.61
2966953--2967003	11	4.5	11	87	2	66	0	0	15	84	0.63
2971217--2971278	19	3.6	19	71	24	73	32	9	19	38	1.84
2971218--2971328	32	3.4	32	80	6	125	32	12	19	35	1.90
2971303--2971330	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
2983017--2983041	10	2.5	10	100	0	50	64	0	16	20	1.30
2982859--2983762	167	5.4	164	86	4	1179	52	7	12	27	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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