genome.fa.s29.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold29
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5511024

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   

This is table  13  of  34  ( 4030 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1920732--1921247	257	2.0	258	96	0	953	42	11	15	29	1.82
1924060--1924214	20	7.7	20	75	12	104	29	14	14	41	1.85
1926515--1926628	50	2.2	52	80	4	117	28	23	13	34	1.92
1926615--1926688	28	2.6	28	79	12	89	22	28	21	27	1.99
1926555--1926757	107	1.9	108	82	6	259	25	22	16	35	1.95
1926747--1926969	51	4.4	50	76	5	162	32	26	8	33	1.85
1928776--1929327	79	7.0	78	81	7	530	32	13	26	27	1.93
1929943--1930039	20	4.8	20	83	5	106	32	15	9	42	1.79
1930003--1930135	51	2.6	51	91	0	212	27	18	10	43	1.82
1933991--1934015	9	2.8	9	100	0	50	32	32	12	24	1.91
1938856--1938926	20	3.6	19	86	7	97	36	12	12	38	1.82
1939763--1940770	49	21.0	49	74	11	775	32	17	24	25	1.96
1939763--1940770	92	10.5	99	75	11	556	32	17	24	25	1.96
1939763--1940770	144	7.0	149	78	10	490	32	17	24	25	1.96
1940239--1940706	43	10.1	43	76	13	396	32	16	25	25	1.96
1940241--1940308	21	3.2	21	61	19	50	33	17	23	25	1.96
1939763--1940757	236	4.2	235	81	7	1008	32	17	24	25	1.96
1940762--1941164	29	14.0	29	80	10	357	25	17	26	30	1.97
1940805--1941164	57	6.3	57	83	6	419	25	17	26	31	1.97
1940805--1941164	115	3.2	114	85	5	446	25	17	26	31	1.97
1942596--1942652	16	3.7	15	78	15	55	0	10	8	80	0.90
1942597--1942648	23	2.2	24	86	3	70	0	9	9	80	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1949082--1949111	15	2.0	15	100	0	60	80	0	6	13	0.91
1949122--1949178	21	2.7	21	97	0	105	33	10	19	36	1.86
1949234--1949301	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
1949255--1949279	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1949236--1949298	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
1949341--1949366	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1949321--1949387	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
1951844--1952016	52	3.3	52	79	11	167	29	26	13	31	1.94
1951844--1952227	52	7.3	53	69	15	156	28	26	13	31	1.93
1952003--1952075	27	2.7	27	87	6	94	23	34	21	20	1.97
1952058--1952228	51	3.3	51	78	4	189	28	26	11	32	1.92
1951729--1952272	214	2.5	214	89	3	787	28	27	13	30	1.94
1952211--1952292	28	2.9	28	80	10	89	24	30	17	28	1.97
1958993--1960540	775	2.0	775	94	0	2738	36	12	22	28	1.91
1962303--1962363	13	5.2	13	68	22	53	39	14	13	32	1.85
1962304--1962385	33	2.5	33	93	0	146	40	12	13	34	1.82
1962414--1962520	32	3.3	32	98	0	205	34	20	12	32	1.90
1962424--1962518	19	5.6	19	68	27	88	34	21	12	31	1.91
1962837--1962886	20	2.5	20	86	0	64	32	16	14	38	1.88
1962917--1962954	20	1.9	20	94	0	67	34	18	7	39	1.80
1962940--1962968	13	2.2	13	100	0	58	37	13	17	31	1.89
1962939--1963018	32	2.5	33	85	2	108	41	17	13	27	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1962988--1963025	20	1.9	20	94	0	67	47	15	13	23	1.81
1962993--1963036	20	2.2	20	83	0	52	47	18	11	22	1.80
1963478--1963570	28	3.3	28	80	0	114	23	19	26	30	1.98
1963645--1963888	26	9.1	26	74	8	150	25	15	25	33	1.95
1963761--1963913	82	1.9	82	81	2	191	22	16	25	35	1.95
1971214--1971268	19	2.8	19	83	8	67	32	18	9	40	1.82
1976257--1976283	13	2.1	13	100	0	54	33	7	22	37	1.82
1978413--1978437	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
1978393--1978456	33	2.0	32	90	3	101	28	12	21	37	1.90
1978489--1978543	20	2.7	21	85	2	76	27	16	14	41	1.87
1979108--1979152	22	2.0	22	83	8	56	37	28	0	33	1.58
1980871--1980911	22	2.0	21	86	13	59	41	7	21	29	1.80
1983854--1983917	33	2.0	32	87	3	92	28	10	21	39	1.87
1983874--1983898	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
1983950--1984004	20	2.7	21	85	2	76	27	16	14	41	1.87
1984024--1984064	20	2.0	20	90	0	64	29	12	19	39	1.88
1984443--1984497	21	2.6	21	85	0	65	20	20	0	60	1.37
1984458--1984501	21	2.1	21	91	0	70	20	18	0	61	1.35
1986520--1986544	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1995730--1995765	10	3.6	10	84	0	54	83	16	0	0	0.65
1995729--1995772	18	2.5	17	85	10	61	84	13	0	2	0.73
1995906--1995984	39	2.0	39	95	0	140	32	16	24	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1997151--1997229	28	2.9	28	84	1	106	27	29	20	22	1.98
1997401--1997583	32	5.8	32	82	7	196	31	33	15	18	1.93
1997410--1997588	95	1.9	95	89	4	281	31	32	16	18	1.94
1997411--1997583	63	2.7	63	85	3	213	32	32	16	17	1.93
1997412--1997606	63	3.1	61	74	9	160	30	33	15	20	1.94
1997644--1997950	52	6.0	51	76	9	239	25	25	16	33	1.96
1997644--1997940	101	2.9	101	78	8	291	25	25	16	32	1.96
1997889--1998024	61	2.2	61	82	6	168	23	25	11	38	1.89
2003538--2003630	19	5.5	19	72	27	102	34	12	18	34	1.89
2003555--2003644	13	6.0	13	71	26	63	34	14	17	33	1.90
2003660--2003758	20	4.8	20	68	14	74	35	17	12	35	1.87
2003682--2003707	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2007006--2007251	79	3.1	77	77	10	257	32	13	25	28	1.94
2007008--2007233	78	2.9	77	78	7	235	33	13	25	28	1.93
2007188--2007302	49	2.3	51	83	8	155	32	12	25	30	1.92
2007285--2007361	28	2.8	28	87	0	100	24	20	31	23	1.98
2007285--2007478	108	1.8	106	87	4	291	30	16	26	26	1.97
2007395--2007466	28	2.6	28	84	10	94	26	18	30	25	1.98
2007473--2007596	51	2.4	51	76	1	140	38	8	20	32	1.83
2008949--2008973	12	2.1	12	100	0	50	36	0	32	32	1.58
2009956--2010010	20	2.8	20	88	0	92	43	14	14	27	1.84
2010577--2010661	41	2.1	41	84	6	111	42	10	28	18	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2010662--2010827	42	3.9	42	79	10	142	40	14	25	19	1.89
2010803--2011007	59	3.4	59	85	2	239	23	20	30	24	1.99
2010927--2011158	105	2.2	105	83	3	304	32	17	25	23	1.97
2011180--2011893	61	11.9	61	80	8	691	27	20	26	25	1.99
2011669--2011916	55	4.4	55	82	7	289	25	20	25	29	1.99
2011776--2011855	28	2.8	29	70	17	78	23	21	27	27	1.99
2013015--2013058	11	4.0	11	82	11	63	4	0	6	88	0.62
2013004--2013051	22	2.2	22	88	3	71	4	2	6	87	0.73
2025454--2025677	79	2.8	78	83	3	288	34	10	23	31	1.89
2025612--2025730	51	2.3	51	80	5	125	31	12	26	28	1.93
2025661--2025808	79	1.9	79	86	0	215	29	14	28	27	1.95
2025742--2025858	51	2.3	51	91	4	191	32	11	25	30	1.91
2025573--2025889	130	2.4	130	84	5	390	34	12	25	28	1.92
2025847--2025917	28	2.5	28	86	0	88	25	22	30	21	1.98
2025795--2026036	108	2.3	107	81	2	270	33	14	25	26	1.95
2025950--2026026	28	2.8	27	90	7	111	28	16	28	25	1.97
2026010--2026178	51	3.3	51	78	1	169	31	12	26	29	1.93
2034231--2034286	20	2.8	20	91	2	85	32	19	10	37	1.86
2037637--2037664	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
2037709--2037780	32	2.2	32	92	0	117	33	15	12	38	1.85
2037735--2037759	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2037716--2037775	19	3.5	18	72	25	58	33	15	13	38	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2038302--2038353	20	2.5	20	90	9	79	30	17	11	40	1.85
2046639--2046686	25	1.9	25	91	0	78	62	0	2	35	1.07
2049513--2049724	78	2.7	78	85	0	271	23	36	15	24	1.93
2049748--2049841	29	3.2	30	81	6	120	34	23	6	36	1.80
2049748--2049853	29	3.6	28	78	13	97	33	22	6	36	1.80
2057637--2057698	25	2.5	25	94	0	97	59	1	0	38	1.07
2057718--2057866	27	5.7	27	69	21	97	56	0	0	42	1.09
2057739--2057865	16	7.6	16	69	25	59	59	0	0	40	1.03
2057712--2057860	37	4.3	35	71	19	116	55	0	0	42	1.09
2057741--2057871	48	2.8	48	74	15	123	59	0	0	39	1.03

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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