genome.fa.s29.2.7.7.80.10.50.1000.18.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold29
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5511024

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   

This is table  18  of  34  ( 4030 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2697740--2697770	11	2.8	11	90	0	53	0	12	0	87	0.55
2697739--2697776	19	2.0	19	85	10	51	0	18	0	81	0.69
2698450--2698697	127	1.9	127	83	7	315	48	9	12	29	1.72
2700203--2700326	43	2.9	43	79	4	142	43	15	20	20	1.88
2700336--2701272	82	11.5	80	76	4	759	43	16	23	16	1.87
2700391--2701274	245	3.6	243	77	5	811	43	16	23	16	1.87
2700331--2701272	41	23.1	41	69	9	433	43	16	22	16	1.87
2701400--2701604	108	1.9	107	81	1	248	44	10	19	24	1.82
2701411--2701606	36	5.5	36	81	0	169	44	10	20	24	1.83
2701856--2702177	89	3.6	88	81	2	342	30	14	27	27	1.95
2701856--2702177	178	1.8	177	81	2	403	30	14	27	27	1.95
2705864--2706028	50	3.3	50	80	0	177	41	13	16	28	1.86
2705944--2706119	20	7.8	20	69	22	109	42	11	15	30	1.82
2705944--2706168	70	3.2	70	88	0	342	42	11	16	29	1.83
2706084--2706178	50	1.9	50	91	0	154	42	12	17	27	1.86
2705864--2706178	120	2.6	122	73	10	313	42	12	17	27	1.85
2706101--2706182	20	3.3	24	72	26	73	42	10	19	26	1.84
2707868--2707892	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2707847--2707911	33	2.0	33	87	3	96	29	15	18	36	1.91
2712815--2712878	33	2.0	32	84	3	83	26	14	17	42	1.87
2720160--2720198	19	2.1	18	90	4	60	2	15	0	82	0.79
2720812--2720871	27	2.3	27	83	13	72	56	6	6	30	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2720868--2721142	146	1.9	145	82	6	349	51	8	12	28	1.67
2723980--2724032	26	2.0	26	92	0	88	26	26	0	47	1.53
2724067--2724204	58	2.4	58	92	1	233	21	26	0	52	1.47
2728321--2728405	34	2.5	34	94	0	152	45	9	22	22	1.80
2728321--2728408	17	5.2	17	80	0	113	45	9	22	22	1.80
2728493--2728558	27	2.4	27	82	9	80	25	1	0	72	0.93
2728496--2728555	24	2.5	24	86	5	77	26	1	0	71	0.95
2728502--2728561	15	4.1	15	75	14	54	28	0	0	71	0.86
2729138--2730390	42	29.8	42	72	9	577	35	16	28	19	1.94
2729099--2730403	168	7.7	168	76	5	818	35	16	28	19	1.94
2729148--2730403	84	14.9	84	75	4	708	35	16	28	19	1.94
2730023--2730254	85	2.7	83	79	5	250	36	18	26	18	1.94
2729944--2730207	127	2.1	125	79	6	266	36	18	27	17	1.93
2744639--2744693	25	2.2	25	81	9	60	1	10	27	60	1.41
2745649--2745725	17	4.8	17	73	15	74	46	11	23	18	1.81
2745643--2745709	29	2.3	29	94	0	116	44	13	23	17	1.85
2745813--2745888	30	2.5	31	80	10	84	21	2	3	72	1.13
2745814--2745878	25	2.6	24	83	11	78	18	1	3	76	0.99
2745834--2745872	7	5.3	7	82	11	51	17	0	2	79	0.84
2747203--2747249	20	2.3	20	85	0	67	46	17	14	21	1.83
2747219--2747281	33	1.9	33	93	0	108	39	17	15	26	1.90
2747675--2747718	15	2.6	18	75	20	58	43	18	11	27	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2749788--2749904	51	2.3	51	81	7	148	29	11	27	31	1.92
2749653--2749982	130	2.5	130	80	8	393	33	12	25	28	1.93
2749840--2750141	79	3.8	79	81	3	340	31	13	26	28	1.94
2750077--2750243	51	3.3	50	84	5	192	30	11	28	29	1.92
2752799--2752828	11	2.6	11	94	5	51	66	0	13	20	1.24
2754437--2754557	52	2.3	52	95	0	215	28	18	17	35	1.93
2754437--2754577	52	2.7	52	87	4	196	30	17	17	34	1.94
2754566--2754590	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2754656--2754680	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2754634--2754700	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
2754738--2754793	21	2.7	21	100	0	112	39	14	10	35	1.81
2756171--2756249	13	5.3	14	76	21	72	32	16	16	34	1.91
2762204--2762280	20	3.8	20	79	6	84	41	12	14	31	1.83
2763273--2763343	32	2.2	32	84	2	88	26	18	25	29	1.98
2763284--2763996	28	25.1	27	79	8	559	23	17	28	29	1.97
2763398--2764001	253	2.4	252	89	4	885	24	18	28	29	1.98
2764006--2764077	26	2.7	27	72	19	71	31	19	15	33	1.93
2770851--2770908	29	2.0	29	100	0	116	31	24	10	34	1.89
2776305--2776574	79	3.4	79	81	2	319	30	14	27	27	1.95
2776510--2776688	51	3.5	51	82	3	202	33	10	25	30	1.90
2778972--2779078	20	5.7	19	75	18	91	42	14	14	28	1.85
2779011--2779040	13	2.3	13	94	0	51	40	13	13	33	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2778992--2779061	33	2.1	33	91	0	113	41	14	15	28	1.86
2778972--2779078	53	2.0	52	84	10	137	42	14	14	28	1.85
2783274--2783356	19	4.7	19	81	17	115	32	12	18	37	1.87
2783275--2783337	32	2.0	32	100	0	126	33	12	19	34	1.89
2783294--2783318	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2783409--2783433	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2783442--2783567	52	2.4	52	89	5	200	36	17	18	27	1.93
2792000--2792104	20	4.7	20	71	22	75	40	13	17	29	1.87
2795101--2795155	20	2.8	20	85	0	65	34	21	10	32	1.89
2795361--2795412	19	2.7	19	84	3	68	30	15	17	36	1.91
2795452--2795547	24	4.0	24	95	0	174	25	20	8	45	1.79
2798274--2798347	21	3.6	21	81	7	80	41	13	14	29	1.85
2800483--2800515	13	2.5	13	90	9	50	42	12	15	30	1.83
2800560--2800615	19	2.9	19	81	2	67	37	10	17	33	1.85
2806874--2806921	22	2.2	22	81	7	53	16	4	16	62	1.48
2808673--2808698	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2808655--2808718	32	2.0	33	87	9	96	42	15	14	28	1.86
2810919--2810963	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
2814870--2814895	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2817446--2817471	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2820542--2820588	21	2.2	21	77	7	51	38	6	2	53	1.39
2828841--2828961	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2828841--2828981	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
2828970--2828994	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2829035--2829070	19	1.9	18	94	5	63	44	11	11	33	1.75
2829058--2829082	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2830013--2830081	22	3.2	22	63	19	54	31	15	26	26	1.96
2829947--2830572	49	12.8	49	84	2	787	30	16	27	25	1.97
2829942--2830572	98	6.5	98	92	2	950	30	16	27	25	1.97
2830567--2830707	34	4.2	34	93	0	241	19	17	36	27	1.93
2830567--2830707	67	2.1	67	93	2	239	19	17	36	27	1.93
2830689--2831673	34	29.4	34	80	14	1031	31	12	34	20	1.91
2830742--2831703	98	9.7	97	82	11	1093	32	13	33	20	1.91
2830971--2831701	71	10.9	67	81	13	777	32	13	33	20	1.91
2830748--2831703	300	3.2	299	89	6	1398	31	13	33	21	1.91
2832677--2832704	14	2.0	14	100	0	56	0	0	7	92	0.37
2832670--2832703	15	2.3	15	94	0	59	0	2	2	94	0.38
2832670--2832703	1	34.0	1	87	0	50	0	2	2	94	0.38
2840009--2840129	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
2840009--2840149	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
2840138--2840162	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2840203--2840238	19	1.9	18	94	5	63	44	11	11	33	1.75
2840226--2840250	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2841051--2841532	49	9.7	52	79	9	442	31	16	25	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2841181--2841249	22	3.2	22	63	19	54	30	17	26	26	1.97
2841106--2841528	49	8.7	49	83	4	507	30	17	26	25	1.97
2841115--2841532	98	4.3	98	89	2	587	30	17	26	25	1.97
2841106--2841528	147	2.9	146	85	4	568	30	17	26	25	1.97
2841539--2841679	34	4.2	34	93	0	241	19	17	36	27	1.93
2841539--2841679	67	2.1	67	93	2	239	19	17	36	27	1.93
2841661--2842316	34	19.4	34	81	13	725	32	12	34	20	1.90
2841714--2842316	98	6.0	97	81	13	706	32	12	34	20	1.90
2841784--2841846	29	2.2	28	88	2	90	33	12	31	22	1.91
2841943--2842316	71	5.4	69	84	11	477	32	13	34	20	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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