genome.fa.s29.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold29
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5511024

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   

This is table  9  of  34  ( 4030 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1284654--1284939	101	2.9	98	82	3	338	30	18	25	25	1.98
1284655--1284936	150	1.9	150	93	0	492	31	18	25	25	1.98
1284905--1285056	39	3.7	39	70	14	115	25	18	28	28	1.98
1284857--1285119	87	3.0	88	83	1	312	28	17	25	28	1.97
1285123--1285281	33	4.8	33	78	4	158	36	13	30	20	1.90
1285124--1285281	66	2.4	68	80	4	178	36	13	29	20	1.90
1285251--1285313	27	2.3	27	80	5	72	44	11	22	22	1.84
1285278--1285338	32	1.9	32	82	0	77	39	13	24	22	1.90
1285327--1285415	31	2.9	30	86	5	115	29	16	30	23	1.97
1285409--1285576	28	6.0	28	88	2	223	23	16	24	35	1.95
1285934--1286018	37	2.3	37	97	0	161	44	15	14	25	1.84
1291094--1291219	29	4.4	29	82	6	157	30	29	17	23	1.97
1291094--1291219	57	2.2	59	87	5	186	30	29	17	23	1.97
1291123--1291233	57	2.0	56	87	5	161	27	32	17	22	1.96
1291326--1292020	49	14.7	48	76	12	600	27	24	18	30	1.98
1291326--1291917	92	6.4	89	77	16	444	27	24	18	29	1.98
1291326--1291779	141	3.3	139	90	1	705	27	24	18	28	1.98
1291828--1292117	50	5.8	50	73	10	184	25	24	16	33	1.96
1291794--1292056	102	2.6	100	73	8	235	25	24	16	33	1.96
1292389--1292413	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1292445--1292472	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
1306143--1306246	15	6.8	15	76	19	90	84	10	3	0	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1306143--1306251	18	5.9	18	77	13	80	84	11	3	0	0.79
1306141--1306243	1	103.0	1	72	0	71	85	9	3	0	0.77
1307670--1307793	57	2.1	58	91	2	196	29	26	17	25	1.98
1307670--1307815	29	5.0	29	80	5	152	28	28	17	26	1.97
1307670--1307814	57	2.5	56	86	5	182	28	28	17	26	1.97
1307907--1308649	49	15.7	48	78	11	698	27	24	18	30	1.98
1307820--1308409	141	4.2	140	87	7	794	27	25	18	28	1.98
1307907--1308701	190	4.2	189	80	10	723	26	25	17	30	1.98
1308418--1308707	52	5.7	50	77	6	271	24	24	16	34	1.96
1308424--1308746	101	3.2	101	80	4	325	24	24	17	33	1.97
1309527--1309596	32	2.2	32	89	0	104	35	11	15	37	1.84
1309577--1309615	13	3.0	13	92	0	60	30	17	15	35	1.91
1309654--1309681	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
1309634--1309699	33	2.0	33	85	5	89	28	15	13	42	1.85
1327802--1327853	19	2.7	20	91	8	90	17	5	21	55	1.62
1330911--1330956	3	15.3	3	100	0	92	67	0	0	32	0.91
1333821--1333863	23	1.9	22	85	4	59	62	0	6	30	1.21
1337808--1337867	20	2.9	21	77	5	68	45	0	3	51	1.17
1337920--1337952	15	2.3	15	89	5	50	30	6	6	57	1.47
1338721--1338755	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
1339108--1339148	20	2.0	20	85	9	55	39	2	4	53	1.35
1339732--1339836	40	2.7	38	80	10	97	47	1	0	49	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1339819--1339911	48	1.9	48	85	8	127	37	3	2	56	1.27
1342399--1342433	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
1346492--1346518	14	1.9	14	100	0	54	0	0	92	7	0.38
1347064--1347155	48	1.9	48	91	4	150	50	16	13	20	1.78
1360583--1360722	52	2.7	51	85	5	174	39	10	16	33	1.83
1368377--1368443	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
1368397--1368421	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1368487--1368511	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1368520--1368640	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
1376740--1376774	11	3.3	11	96	4	63	85	0	0	14	0.59
1376751--1376785	18	1.9	18	88	11	54	82	2	0	14	0.77
1376865--1376935	21	3.7	20	75	21	80	28	19	11	40	1.86
1376872--1376931	17	3.4	17	72	17	59	30	20	10	40	1.85
1377119--1377199	18	4.5	17	72	18	65	49	13	28	8	1.71
1377121--1377199	38	2.2	37	84	6	108	50	13	27	7	1.69
1377264--1378162	41	22.1	41	76	5	538	36	30	18	15	1.91
1377264--1378166	82	11.1	82	77	4	693	36	30	18	14	1.91
1377264--1378166	245	3.7	244	81	2	931	36	30	18	14	1.91
1377688--1378117	161	2.7	163	80	3	454	37	30	16	14	1.89
1378281--1378420	69	2.0	69	81	2	165	30	35	15	18	1.92
1378318--1378390	37	1.9	38	83	8	96	30	36	15	17	1.91
1387705--1387781	20	3.8	20	78	0	82	33	12	10	42	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1387799--1387870	20	3.6	20	79	7	74	36	15	13	34	1.87
1387724--1387918	91	2.2	89	86	1	264	32	16	12	38	1.86
1391475--1391528	20	2.7	20	100	0	108	35	11	11	42	1.76
1391423--1391559	72	1.9	72	96	0	256	30	16	16	36	1.91
1391423--1391579	72	2.2	72	90	2	244	31	15	17	35	1.91
1391568--1391592	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1391657--1391681	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1391635--1391701	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
1392456--1392502	22	2.1	23	84	4	60	25	23	12	38	1.90
1406561--1407252	42	16.4	43	73	9	446	19	28	18	34	1.95
1406499--1406997	84	6.0	84	83	2	574	20	28	17	33	1.95
1406591--1407123	126	4.2	126	76	8	499	19	27	18	33	1.95
1407798--1407834	17	2.2	17	90	0	56	75	8	0	16	1.02
1407802--1407832	16	1.9	16	93	0	53	77	9	0	12	0.99
1407927--1407982	22	2.5	22	83	11	62	21	19	12	46	1.83
1407905--1407984	39	2.0	40	85	2	108	22	21	12	43	1.86
1408122--1408192	24	2.9	24	76	19	74	54	12	22	9	1.67
1408147--1408289	45	3.3	44	70	15	129	55	14	23	6	1.61
1408179--1408237	21	3.0	20	66	26	54	54	15	22	8	1.68
1408343--1408436	40	2.3	40	80	7	102	39	35	12	12	1.82
1408415--1408855	41	10.7	41	70	11	168	37	31	17	13	1.89
1408594--1408852	80	3.2	79	74	5	241	37	30	16	14	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1417125--1417150	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1417210--1417282	20	3.6	20	81	3	101	31	17	13	36	1.89
1417189--1417265	21	3.7	21	77	6	86	28	16	11	42	1.84
1417189--1417282	41	2.3	41	94	3	163	29	18	12	39	1.88
1419712--1419750	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
1421829--1421859	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
1425921--1425946	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1426006--1426078	20	3.6	20	81	3	101	31	17	13	36	1.89
1425985--1426061	21	3.7	21	77	6	86	28	16	11	42	1.84
1425985--1426078	41	2.3	41	94	3	163	29	18	12	39	1.88
1428126--1428463	79	4.3	78	79	8	328	34	14	24	26	1.94
1428137--1428442	157	1.9	159	82	3	377	33	14	24	27	1.95
1428388--1428516	51	2.5	50	86	3	177	37	15	21	25	1.93
1428440--1428808	79	4.7	78	80	2	371	36	12	21	28	1.90
1428290--1428671	209	1.8	208	82	5	484	36	13	21	27	1.92
1428790--1428824	16	2.2	16	94	0	61	34	0	25	40	1.56
1432586--1432676	38	2.4	38	81	3	103	43	15	8	31	1.77
1434262--1434318	19	2.9	19	86	2	78	31	14	19	35	1.91
1436049--1436074	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1436060--1436113	19	2.8	19	88	8	74	33	18	16	31	1.93
1436030--1436094	32	2.0	33	88	8	98	29	16	16	36	1.92
1436061--1436115	20	2.8	21	89	8	80	32	16	18	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1436010--1436114	52	2.0	52	83	9	133	31	19	17	32	1.94
1436164--1436210	13	4.2	12	75	25	57	36	12	17	34	1.87
1436144--1436212	33	2.1	33	89	5	104	33	11	18	36	1.87
1437504--1437558	21	2.5	22	94	5	103	36	10	25	27	1.89
1437546--1437576	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78
1437600--1437736	53	2.6	53	94	1	238	27	17	17	37	1.92
1437724--1437777	20	2.7	20	80	8	65	29	12	16	40	1.86
1437816--1437856	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
1438657--1438759	46	2.2	46	87	3	145	30	34	3	31	1.76
1438679--1438771	46	2.0	46	100	0	186	33	30	4	32	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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