genome.fa.s29.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold29
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5511024

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   

This is table  5  of  34  ( 4030 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
731245--731299	20	2.8	20	75	10	51	41	12	14	30	1.83
733728--733788	26	2.3	26	97	0	113	24	42	13	19	1.87
733746--733949	95	2.1	96	81	2	241	29	26	11	31	1.92
734923--734991	4	18.2	4	78	18	69	81	0	18	0	0.70
734923--734988	14	4.6	14	87	10	82	81	0	18	0	0.68
734921--734988	29	2.4	28	86	13	95	82	0	17	0	0.67
738446--738492	19	2.5	19	89	0	67	31	53	2	12	1.51
740534--740610	28	2.8	28	87	0	109	25	22	31	20	1.98
740451--740658	107	1.9	107	86	1	292	31	16	26	25	1.97
740596--740709	51	2.2	51	85	3	149	30	12	26	30	1.92
740646--740816	79	2.2	79	84	4	211	32	15	25	27	1.95
740778--740844	28	2.4	28	85	12	93	28	22	29	19	1.98
740693--740895	107	1.9	107	90	2	327	33	15	25	26	1.95
740455--740947	237	2.1	236	87	4	697	32	15	25	26	1.95
740831--740997	51	3.3	50	80	8	176	32	13	25	29	1.93
744344--744571	61	3.8	59	82	5	244	28	19	28	23	1.98
744588--744639	26	2.0	26	100	0	104	23	19	30	26	1.98
744612--744863	55	4.3	58	79	7	221	27	19	25	26	1.99
745934--746016	1	83.0	1	73	0	58	0	3	10	85	0.71
745929--745969	13	3.2	13	86	10	57	0	12	2	85	0.70
745934--746010	8	9.4	8	82	13	77	0	3	10	85	0.71
752390--752414	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
752369--752431	33	1.9	32	87	3	90	33	20	15	30	1.94
752514--752562	13	4.2	13	75	24	54	32	16	14	36	1.89
752494--752562	34	2.1	32	86	10	95	34	15	14	34	1.89
754142--754169	3	9.3	3	100	0	56	32	0	35	32	1.58
759128--759169	20	2.0	21	90	4	68	19	42	28	9	1.82
759249--759283	16	2.2	16	90	10	54	28	42	5	22	1.76
760528--760573	22	2.1	23	88	8	69	34	0	28	36	1.58
761107--761132	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
761232--761280	13	4.2	13	70	24	54	32	16	16	34	1.91
761215--761280	34	2.0	32	88	11	98	36	16	15	31	1.90
764826--764897	28	2.6	28	86	4	92	30	22	26	20	1.98
764745--764948	107	1.9	107	86	2	293	33	16	24	25	1.96
764886--764999	51	2.2	51	87	3	158	29	12	27	30	1.93
764936--765109	79	2.2	79	87	0	240	31	14	25	27	1.95
765061--765137	28	2.8	28	82	4	93	27	18	31	23	1.97
764747--765237	237	2.1	236	89	3	754	32	14	26	26	1.94
765121--765288	51	3.3	50	82	6	212	31	12	27	28	1.93
767549--767624	20	3.8	20	92	3	127	39	11	14	34	1.83
768134--768304	56	3.1	56	81	1	146	35	25	17	21	1.95
768185--768330	28	5.2	28	75	6	118	34	27	19	19	1.96
768157--768358	56	3.6	56	79	4	187	34	27	18	19	1.95
768210--768658	28	16.4	27	72	12	203	32	28	17	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
768285--768533	54	4.6	54	79	9	231	32	28	18	20	1.96
768294--768530	82	2.9	77	79	11	235	32	28	18	20	1.96
768297--768533	108	2.2	109	81	6	275	32	29	18	20	1.96
768334--768626	54	5.4	53	75	10	172	32	28	17	21	1.96
768416--768600	80	2.3	81	80	1	201	30	29	18	21	1.97
768908--768949	14	3.0	14	86	6	50	50	4	0	45	1.23
769550--769594	7	6.6	7	79	20	51	71	2	24	2	1.09
769540--769587	21	2.4	20	78	18	55	66	2	29	2	1.14
770205--770385	100	1.8	100	82	2	238	32	18	16	33	1.93
770289--770538	109	2.3	109	83	2	317	34	17	18	30	1.93
770463--770624	89	1.8	87	82	2	207	36	13	12	37	1.83
779226--779264	10	4.1	9	83	9	51	82	15	2	0	0.79
779227--779264	19	2.1	19	95	5	69	81	15	2	0	0.80
780715--781006	54	5.4	54	74	11	238	32	27	18	21	1.97
780724--781086	82	4.4	80	74	12	283	31	27	18	22	1.97
780528--781127	28	21.7	28	73	8	322	32	27	18	21	1.97
781385--781421	18	2.1	18	89	0	56	54	2	0	43	1.14
782024--782059	14	2.5	15	86	4	56	83	0	16	0	0.65
782656--783184	109	4.9	109	81	5	583	36	17	15	31	1.90
782671--783186	217	2.4	212	83	3	624	36	17	15	31	1.90
783435--783487	3	18.0	3	92	3	90	69	0	0	30	0.88
783872--783913	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
784727--784752	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
784707--784770	32	2.0	33	90	3	103	28	14	18	39	1.90
784707--784777	19	4.0	18	72	25	62	26	12	21	39	1.89
787310--787349	13	3.1	13	96	0	71	40	10	15	35	1.80
787309--787415	45	2.4	45	84	4	135	40	14	14	30	1.86
789427--789457	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
791683--791749	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
792207--792232	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
792187--792250	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
794717--794741	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
796796--796823	5	5.6	5	100	0	56	21	0	0	78	0.75
800430--800488	20	3.3	20	67	30	60	38	11	16	32	1.86
800535--800592	22	2.7	22	78	10	66	41	10	15	32	1.81
803337--803368	1	32.0	1	100	0	64	0	0	0	100	0.00
803403--803488	8	10.0	8	70	21	50	31	2	0	66	1.04
803403--803495	19	4.6	20	76	17	77	31	2	0	66	1.03
803421--803471	25	2.0	25	81	7	59	29	1	0	68	1.00
803441--803498	23	2.6	22	75	20	57	32	0	0	67	0.91
804956--805009	26	2.1	26	92	0	90	40	20	29	9	1.83
808313--808372	27	2.3	27	80	11	70	55	0	0	45	0.99
808328--808365	16	2.5	15	84	16	51	60	0	0	39	0.97
809157--809213	22	2.5	23	77	11	64	52	0	1	45	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
809258--809305	19	2.5	19	82	3	60	29	0	0	70	0.87
809258--809336	24	3.1	24	78	7	77	27	0	3	68	1.07
809264--809301	15	2.5	16	83	8	53	23	0	0	76	0.79
809263--809330	24	2.7	26	82	11	88	26	0	2	70	1.01
809339--809429	6	16.2	6	67	17	52	45	0	4	50	1.21
809339--809394	22	2.5	22	88	5	78	44	0	7	48	1.30
809477--809550	9	8.4	9	71	15	57	56	1	0	41	1.07
809473--809548	5	17.0	5	74	17	62	57	1	0	40	1.07
809473--809539	26	2.6	25	80	4	71	59	1	0	38	1.06
809900--809930	3	10.7	3	93	6	55	0	29	0	70	0.87
819956--819995	17	2.4	17	87	4	55	67	5	7	20	1.34
820824--820965	76	1.9	77	79	10	166	43	11	15	28	1.82
821846--821912	33	2.0	33	85	0	89	41	10	10	37	1.74
822249--822310	13	4.9	13	72	21	51	67	6	3	22	1.28
822305--822355	23	2.3	22	86	6	75	62	1	11	23	1.39
822392--822496	31	3.3	31	74	8	104	61	7	5	24	1.45
822442--822478	19	1.9	19	94	0	65	62	5	2	29	1.31
828982--829020	6	6.5	6	87	0	60	61	2	2	33	1.23
831311--831347	19	1.9	19	100	0	74	43	16	21	18	1.88
831794--831834	21	2.0	21	85	0	55	56	0	2	41	1.13
833164--833189	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
835396--835440	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
837243--837273	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
841169--841337	71	2.4	71	96	1	313	37	4	29	27	1.77
841994--842019	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
842993--843271	89	3.1	89	86	3	362	44	4	14	36	1.66
845677--845864	97	1.9	96	82	5	236	38	11	20	30	1.87
848884--849174	52	5.5	53	69	9	162	37	14	21	26	1.92
849246--849355	33	3.4	33	81	3	134	20	17	30	30	1.96
849297--849442	78	1.9	79	84	4	197	21	18	29	30	1.97
849373--849467	32	2.9	32	80	10	113	23	17	30	28	1.97
849374--849649	29	9.2	29	76	8	178	26	16	27	28	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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