genome.fa.s29.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold29
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5511024

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2376826--2376856	15	2.1	15	93	0	53	19	6	9	64	1.45
2378271--2378301	16	1.9	16	93	0	53	3	0	9	87	0.66
2391041--2391098	20	2.9	20	97	0	107	39	13	18	27	1.89
2392907--2393550	44	14.8	44	69	12	328	20	23	15	40	1.90
2393048--2393460	131	3.1	132	79	6	437	21	23	14	40	1.89
2392910--2393596	220	3.1	216	74	10	633	21	22	14	40	1.90
2393393--2393587	88	2.2	88	86	1	257	21	23	14	40	1.90
2395643--2395680	20	2.0	20	89	5	60	39	15	7	36	1.77
2395734--2395763	13	2.3	13	94	0	51	36	10	16	36	1.82
2395712--2395780	33	2.1	32	84	12	88	36	17	13	33	1.88
2400178--2400230	20	2.7	20	82	11	65	28	20	13	37	1.90
2402141--2402209	27	2.6	27	97	0	129	20	15	21	42	1.89
2406901--2406956	19	2.8	21	83	10	80	33	17	14	33	1.90
2407648--2407686	21	1.9	21	89	5	62	46	17	17	17	1.85
2414844--2414976	47	2.9	47	82	1	178	12	18	38	30	1.87
2415677--2415709	14	2.4	14	94	0	57	15	9	0	75	1.03
2416223--2416862	42	15.1	42	84	2	620	37	18	29	14	1.90
2416223--2416862	84	7.6	85	83	2	718	37	18	29	14	1.90
2416233--2416866	126	5.0	126	83	3	711	38	17	29	13	1.89
2417355--2417440	40	2.2	40	97	0	163	30	25	2	41	1.68
2421082--2424134	668	4.7	636	85	6	3926	27	18	21	32	1.97
2421551--2424154	668	3.9	669	91	0	4138	27	17	21	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2424119--2424174	20	2.8	20	91	5	87	37	12	12	37	1.81
2425375--2425430	21	2.9	18	76	19	58	30	19	12	37	1.89
2426031--2426085	19	2.8	19	75	8	56	32	18	12	36	1.88
2424225--2428825	689	6.8	669	75	12	3892	27	18	21	32	1.96
2428051--2428107	18	3.1	18	89	5	78	42	14	8	35	1.76
2428211--2428251	21	2.0	21	90	0	64	31	14	19	34	1.92
2429231--2429256	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2435403--2435441	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
2438008--2438070	33	1.9	33	87	6	92	44	17	11	26	1.82
2439430--2439483	21	2.7	20	72	8	56	27	18	12	40	1.87
2438787--2446329	669	11.4	669	88	3	10878	27	18	21	32	1.96
2440755--2440809	19	2.8	19	78	8	65	30	16	12	40	1.86
2443419--2443473	19	2.8	19	78	8	65	30	16	12	40	1.86
2453372--2453397	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2453352--2453415	32	2.0	33	90	3	103	28	14	18	39	1.90
2453352--2453422	19	4.0	18	72	25	62	26	12	21	39	1.89
2455950--2455975	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2459868--2459912	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
2462966--2463027	22	2.9	22	79	13	67	14	19	32	33	1.92
2463009--2463107	47	2.1	47	90	0	153	16	22	32	29	1.95
2463737--2463780	20	2.2	20	87	0	61	15	9	0	75	1.05
2465913--2465938	13	2.0	13	100	0	52	38	7	15	38	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2465927--2465979	19	2.7	20	85	2	81	28	15	15	41	1.87
2469969--2470020	20	2.6	20	87	0	68	28	9	11	50	1.70
2471188--2471280	44	2.1	44	95	0	168	24	20	11	43	1.85
2472426--2472618	79	2.4	79	86	3	264	27	25	15	31	1.95
2472426--2472648	79	2.8	78	82	5	263	27	26	14	30	1.95
2472584--2472703	51	2.4	51	84	2	161	28	28	13	30	1.94
2472550--2472810	130	2.0	129	82	7	305	28	25	13	31	1.94
2481598--2481703	49	2.2	49	93	3	178	40	6	32	20	1.78
2481639--2481668	14	2.1	14	100	0	60	30	6	40	23	1.80
2481659--2481724	21	3.5	21	69	26	74	43	6	30	19	1.75
2481645--2481773	35	3.7	35	95	2	224	41	6	31	20	1.77
2481598--2481778	84	2.2	84	82	7	208	41	6	31	20	1.76
2482989--2483287	79	3.8	79	90	0	472	27	27	15	30	1.96
2483242--2483312	28	2.5	28	95	0	124	23	30	21	23	1.99
2483164--2483394	107	2.2	107	93	1	392	25	28	16	28	1.97
2483084--2483472	186	2.1	186	92	0	636	26	26	15	30	1.96
2483270--2483840	79	7.2	79	90	0	892	27	24	14	32	1.94
2483005--2483552	265	2.1	265	94	0	945	27	26	15	31	1.96
2483772--2483918	52	2.8	50	79	9	161	27	22	12	37	1.91
2489932--2490111	60	3.0	60	86	6	249	26	28	18	26	1.98
2490121--2490482	55	6.4	54	82	9	418	26	27	20	24	1.99
2490121--2490482	114	3.2	113	83	9	468	26	27	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2490353--2490629	153	1.8	153	94	3	495	25	27	20	26	1.99
2489929--2490755	381	2.1	389	89	4	1280	25	27	19	26	1.99
2490523--2490754	61	3.9	60	89	4	344	25	25	20	28	1.99
2490738--2490836	42	2.4	42	81	3	112	22	24	16	37	1.93
2491623--2491688	21	3.5	21	65	26	65	43	6	28	21	1.76
2491611--2491762	35	4.4	35	90	4	245	42	5	30	21	1.76
2492973--2493814	79	10.7	79	89	1	1242	27	25	15	32	1.95
2493933--2494125	60	3.3	59	84	5	225	26	29	19	24	1.98
2493819--2494770	214	4.4	209	83	10	1158	25	27	20	27	1.99
2494146--2494557	55	7.4	55	85	4	524	26	26	21	24	1.99
2494146--2494557	114	3.7	109	84	6	522	26	26	21	24	1.99
2494169--2494557	169	2.3	168	91	2	611	26	26	21	25	1.99
2494428--2494704	153	1.8	153	94	3	495	25	27	20	26	1.99
2494598--2494829	61	3.9	60	89	4	344	25	25	20	28	1.99
2494813--2494911	42	2.4	42	81	3	112	22	24	16	37	1.93
2495699--2495764	21	3.5	21	65	26	65	43	6	28	21	1.76
2495687--2495838	35	4.4	35	90	4	245	42	5	30	21	1.76
2497048--2498187	79	14.4	79	89	0	1701	27	25	14	32	1.95
2498119--2498238	51	2.4	51	91	0	186	28	26	13	31	1.94
2498040--2498324	130	2.2	130	90	0	453	28	24	13	33	1.93
2498170--2498317	79	1.9	79	92	0	251	27	27	14	30	1.95
2498249--2498395	52	2.8	50	77	9	143	27	21	12	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2498040--2498371	130	2.5	130	87	3	445	27	25	13	33	1.94
2504163--2504194	12	2.6	13	85	14	50	87	12	0	0	0.54
2505480--2505701	30	7.1	30	85	4	237	20	27	15	36	1.93
2505476--2505701	91	2.4	93	85	5	285	20	27	15	36	1.93
2505486--2505701	33	6.8	33	84	7	270	21	27	16	34	1.94
2505679--2505988	27	10.4	27	75	13	143	20	35	13	30	1.91
2505494--2505720	124	1.8	122	83	6	296	21	28	16	33	1.95
2505578--2506029	33	14.7	33	76	14	215	21	32	14	31	1.93
2505675--2505987	93	3.5	86	80	12	349	21	34	13	30	1.92
2505642--2505967	60	5.3	61	79	8	308	21	33	14	31	1.93
2505578--2505974	33	12.8	32	76	14	253	20	32	14	32	1.93
2506231--2506305	20	3.8	20	76	0	78	36	13	10	40	1.79
2506231--2506308	40	2.0	39	84	2	102	35	12	11	39	1.80
2520319--2520352	14	2.3	15	95	5	61	91	5	2	0	0.51
2520319--2520352	15	2.3	15	94	0	59	91	5	2	0	0.51
2520318--2520343	13	2.0	13	100	0	52	92	7	0	0	0.39
2521576--2522718	32	37.2	32	92	3	1456	30	34	17	17	1.93
2524093--2524124	16	1.9	17	93	6	57	87	9	0	3	0.64
2525403--2525624	30	7.1	30	85	4	237	20	27	15	36	1.93
2525399--2525624	91	2.4	93	85	5	285	20	27	15	36	1.93
2525602--2525911	27	10.4	27	75	13	143	20	35	13	30	1.91
2525417--2525643	124	1.8	122	83	6	296	21	28	16	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2525423--2525940	33	16.9	32	77	13	281	21	32	14	32	1.93
2525598--2525910	93	3.5	86	80	12	349	21	34	13	30	1.92
2525565--2525890	60	5.3	61	79	8	308	21	33	14	31	1.93
2526154--2526228	20	3.8	20	76	0	78	36	13	10	40	1.79
2526154--2526231	40	2.0	39	84	2	102	35	12	11	39	1.80
2529478--2529554	28	2.6	29	80	12	77	35	29	16	18	1.93
2529566--2530034	48	9.9	48	73	11	371	25	26	18	29	1.98
2529624--2529783	39	3.9	39	73	13	131	27	26	20	25	1.99
2529571--2529832	87	3.0	87	90	0	389	26	25	19	27	1.99
2529746--2530127	52	7.6	49	76	5	289	25	26	16	31	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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