genome.fa.s407.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold407
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4418299

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
295--324	14	2.1	15	93	6	53	53	0	0	46	1.00
1034--1060	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
6239--6442	102	2.0	104	83	6	263	32	19	19	27	1.96
10143--10187	13	3.6	12	77	11	54	51	0	2	46	1.13
10547--10574	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
11154--11197	14	3.4	14	79	20	51	63	0	0	36	0.95
11503--11542	21	1.9	21	90	10	64	40	0	0	60	0.97
12170--12211	21	2.0	21	85	0	57	45	0	0	54	0.99
15883--15927	19	2.4	19	88	7	65	48	0	0	51	1.00
16039--16386	184	1.9	173	83	10	434	41	13	10	35	1.78
18458--18502	22	2.0	22	86	0	63	60	6	4	28	1.42
18489--18559	21	3.5	20	72	14	56	45	9	7	38	1.65
18458--18577	20	5.8	20	70	11	73	50	7	6	35	1.57
18472--18577	42	2.5	40	78	13	108	50	7	6	35	1.57
22260--22298	21	1.9	20	89	5	60	35	10	15	38	1.81
22956--23004	17	2.7	18	78	18	57	63	0	0	36	0.95
22955--23049	28	3.4	28	73	18	72	58	2	0	38	1.10
22902--23043	73	2.0	72	82	12	175	58	2	0	38	1.18
23913--23988	9	8.3	9	71	22	52	40	2	1	55	1.22
24234--24264	15	2.1	15	93	0	53	58	0	0	41	0.98
24238--24284	25	1.9	25	86	4	69	48	0	0	51	1.00
25898--25942	3	15.0	3	100	0	90	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27514--27558	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
31108--31141	12	2.8	13	91	8	54	47	0	2	50	1.16
31264--31300	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
32103--32210	53	2.1	52	85	5	146	32	3	3	60	1.32
32156--32219	23	2.6	25	78	7	69	32	3	1	62	1.20
32341--32462	26	4.9	25	73	16	92	50	3	0	45	1.17
32370--32558	87	2.2	82	86	7	254	49	2	0	48	1.15
32376--32511	16	8.9	16	67	18	69	51	2	0	46	1.13
32370--32609	47	5.1	46	72	18	158	47	2	0	49	1.14
32458--32596	24	5.9	23	68	20	81	47	2	0	49	1.16
32477--32530	16	3.5	15	80	12	65	48	1	0	50	1.11
32541--32618	38	2.0	40	87	5	115	47	1	0	51	1.09
32893--32943	2	25.5	2	95	0	93	49	0	1	49	1.12
37155--37218	21	3.0	21	86	6	76	54	0	1	43	1.09
39661--39815	73	2.2	72	91	2	249	40	15	14	29	1.87
43747--43802	29	1.9	29	88	0	85	48	0	0	51	1.00
43756--43813	29	2.0	29	83	6	73	55	0	0	44	0.99
44212--44284	5	15.4	5	77	18	59	32	1	0	65	1.01
44212--44285	22	3.4	21	75	14	69	32	1	0	66	1.00
44224--44292	11	6.3	11	78	9	70	36	1	0	62	1.04
44495--44527	15	2.4	14	85	14	50	57	0	0	42	0.98
44826--44895	32	2.2	33	87	9	103	55	2	0	41	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44844--44897	17	3.3	17	74	25	62	57	1	0	40	1.09
45269--45345	25	3.1	25	73	17	79	48	0	0	51	1.00
45276--45353	25	3.1	25	70	18	63	47	0	0	52	1.00
45424--45464	19	2.2	19	100	0	82	34	0	0	65	0.93
49400--49442	19	2.3	19	88	4	61	44	0	4	51	1.22
53897--53976	39	2.1	39	97	0	151	45	8	5	41	1.57
54259--54652	214	1.8	213	90	0	635	41	14	12	30	1.84
63847--63966	52	2.3	52	95	0	213	29	16	18	35	1.93
63847--63986	52	2.7	51	88	4	201	30	16	18	34	1.93
63975--63999	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
67094--67214	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
67202--67227	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
67293--67317	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
67271--67337	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
67375--67416	21	2.0	21	90	0	66	35	14	14	35	1.86
68124--68518	171	2.3	171	95	1	700	36	14	24	24	1.93
68195--68353	49	3.1	49	76	6	147	35	15	23	24	1.94
68366--69862	49	30.9	49	75	12	1036	33	16	25	24	1.96
68853--69334	171	2.9	171	89	4	709	35	15	24	24	1.94
68127--69816	817	2.1	819	97	0	3177	33	16	25	24	1.96
69868--70024	65	2.4	65	100	0	314	16	19	35	28	1.93
69867--70024	33	4.8	33	92	7	270	16	18	36	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70033--71080	34	29.7	35	75	16	553	32	12	34	20	1.90
70160--70631	33	13.8	33	82	12	535	32	12	34	20	1.90
70040--70755	137	5.8	120	68	20	341	32	12	34	20	1.90
71001--71150	32	4.8	31	83	11	162	30	16	30	22	1.95
72082--72113	16	2.0	16	93	0	55	0	6	9	84	0.78
72360--72403	11	3.9	11	82	5	61	0	0	13	86	0.57
80179--80212	3	11.3	3	87	0	50	29	0	2	67	1.05
81174--81214	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
82318--82453	68	2.0	68	97	0	254	26	13	8	51	1.70
87031--87113	26	3.2	25	69	19	64	39	0	0	60	0.97
87044--87179	11	12.4	12	71	19	68	36	0	1	61	1.10
87037--87085	14	3.2	15	83	11	64	42	0	0	57	0.99
87056--87093	19	2.0	19	89	0	58	47	0	0	52	1.00
87044--87114	14	4.9	15	73	21	62	42	0	0	57	0.98
87130--87174	12	4.0	12	80	13	60	26	0	0	73	0.84
87155--87190	18	2.0	18	88	0	54	30	2	0	66	1.06
87366--87402	7	5.1	7	96	3	65	56	0	0	43	0.99
87397--87457	16	3.9	16	73	18	58	36	0	0	63	0.94
87385--87465	24	3.4	25	75	13	71	38	0	0	61	0.96
87513--87578	9	6.8	9	73	21	53	31	1	0	66	1.01
87515--87555	5	8.4	5	82	15	50	31	2	0	65	1.05
87513--87568	20	2.8	21	77	20	66	32	1	0	66	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89051--89100	18	2.7	20	78	12	52	28	0	2	70	0.99
89125--89161	19	1.9	19	100	0	74	40	0	0	59	0.97
91906--91942	2	18.5	2	100	0	74	0	48	0	51	1.00
91942--91972	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
92939--92975	17	2.2	17	90	9	58	29	40	13	16	1.86
95991--96250	115	2.3	106	84	7	270	33	11	15	38	1.84
95962--96263	108	2.7	114	81	9	359	32	11	16	39	1.85
96797--96844	16	3.0	16	76	11	53	45	0	6	47	1.27
96872--96906	16	2.1	17	94	5	63	28	25	17	28	1.97
98106--98152	19	2.5	20	83	13	64	46	4	4	44	1.42
99303--99346	19	2.3	19	84	4	52	52	6	2	38	1.41
99957--100012	17	3.2	17	69	20	53	53	1	1	42	1.21
100869--100911	15	3.1	14	83	9	52	41	0	0	58	0.98
100939--100987	25	2.0	24	84	4	62	40	4	2	53	1.32
101001--101057	21	2.6	21	78	15	62	63	1	0	35	1.05
102735--102783	15	3.0	16	76	11	55	46	0	0	53	1.00
102723--102888	63	2.8	61	74	16	150	50	1	1	46	1.19
103341--103404	28	2.4	27	84	7	78	65	0	0	34	0.93
103335--103428	40	2.3	41	80	5	102	61	0	1	37	1.03
103668--103707	14	2.9	13	82	13	53	55	2	0	42	1.13
104550--104680	41	3.1	41	68	12	131	32	2	10	54	1.48
104542--104712	84	2.0	84	100	0	342	28	3	11	56	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104582--104712	41	3.1	42	68	12	133	25	3	11	59	1.48
106281--106311	13	2.3	14	94	5	55	41	0	0	58	0.98
107511--107549	3	13.0	3	100	0	78	66	0	33	0	0.92
109017--109093	40	1.9	40	91	0	127	42	0	2	54	1.14
109547--109607	10	5.8	11	79	14	67	37	0	0	62	0.96
109547--109632	21	4.2	21	76	17	76	36	1	0	62	1.03
109549--109638	31	2.9	30	80	15	87	35	2	0	62	1.08
109546--109631	10	8.7	9	73	22	59	36	1	0	62	1.03
110520--110563	12	3.8	12	79	8	56	56	0	6	36	1.26
110673--110742	36	1.9	36	85	0	95	42	5	8	42	1.59

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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