genome.fa.s407.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold407
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4418299

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2143337--2143387	13	3.8	13	75	10	57	49	13	5	31	1.66
2144524--2144578	21	2.6	21	85	0	65	18	21	0	60	1.37
2144539--2144582	21	2.1	21	91	0	70	20	18	0	61	1.35
2146685--2146833	10	14.1	10	65	20	63	40	10	24	24	1.87
2146718--2146825	32	3.4	32	93	1	182	37	11	25	25	1.89
2155130--2155174	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
2156978--2157008	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2159087--2159123	13	2.8	13	100	0	74	29	13	16	40	1.86
2160917--2161024	36	3.0	36	97	0	207	32	2	25	38	1.71
2168463--2168661	33	6.1	33	85	4	253	24	24	14	36	1.93
2168858--2168932	20	3.8	20	78	0	87	33	12	12	42	1.79
2168858--2168935	40	2.0	39	87	2	111	33	11	12	42	1.79
2172773--2172840	19	3.9	19	76	21	76	35	13	14	36	1.85
2172794--2172818	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2172880--2172905	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2175253--2175383	51	2.5	53	81	8	169	31	25	10	32	1.90
2175250--2175395	51	2.9	49	80	10	143	30	26	10	32	1.90
2175316--2175465	80	1.9	82	87	5	225	29	28	14	28	1.95
2175398--2175565	52	3.3	51	72	12	157	29	26	12	32	1.93
2175548--2175624	28	2.8	28	87	0	100	23	33	19	23	1.97
2175256--2175596	181	1.9	183	87	4	501	28	26	12	31	1.93
2175578--2175782	79	2.6	79	81	1	223	23	28	18	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2180588--2180768	52	3.5	52	94	0	317	29	18	16	35	1.93
2180774--2180801	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
2180842--2180910	33	2.1	33	86	0	93	40	14	10	34	1.80
2180864--2180888	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2180968--2180998	15	2.1	15	100	0	62	32	6	48	12	1.67
2181577--2181818	52	4.8	52	80	10	252	31	19	26	22	1.97
2181629--2181812	95	1.9	95	88	6	275	29	20	27	22	1.98
2181860--2181926	30	2.3	28	80	12	82	20	16	28	34	1.95
2181904--2181995	35	2.7	35	81	5	107	36	13	30	19	1.90
2181973--2182316	29	11.9	29	79	5	349	22	17	31	27	1.97
2181980--2182322	86	4.0	86	94	0	553	22	17	32	27	1.96
2183758--2183825	16	4.3	16	85	9	95	0	1	16	82	0.75
2183757--2183824	8	8.5	8	80	9	77	0	1	14	83	0.71
2183763--2183825	21	2.9	21	80	15	83	0	1	15	82	0.74
2186985--2187056	28	2.6	28	86	0	90	25	19	33	22	1.97
2187248--2187323	27	2.8	26	80	9	82	22	23	31	22	1.98
2187044--2187429	52	7.4	51	72	13	257	31	12	25	29	1.93
2186934--2187434	263	1.9	262	88	3	747	31	13	26	28	1.94
2189787--2189812	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2189766--2189832	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
2189855--2189879	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
2189937--2189992	21	2.7	21	94	0	94	37	19	8	33	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2190729--2191668	55	17.0	55	89	5	1341	22	20	29	27	1.98
2190885--2191029	26	5.3	26	62	21	73	20	18	33	28	1.96
2192676--2192729	12	4.7	11	84	13	65	0	3	9	87	0.67
2205083--2205281	79	2.5	79	82	3	213	30	17	27	24	1.97
2205238--2205307	28	2.5	28	85	0	86	25	18	32	22	1.97
2205387--2205516	51	2.5	52	87	1	181	34	13	23	27	1.93
2205499--2205574	27	2.8	26	88	9	100	21	22	34	22	1.97
2205185--2205685	263	1.9	262	88	2	754	32	13	26	27	1.94
2205329--2205680	52	6.7	52	71	11	243	33	13	24	28	1.93
2207817--2207890	20	3.7	20	81	3	103	35	13	20	31	1.91
2207835--2207910	21	3.7	21	82	3	109	40	11	18	28	1.86
2207817--2207910	41	2.3	41	100	0	188	38	12	19	29	1.89
2207949--2207974	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2214127--2214165	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
2216238--2216311	20	3.7	20	81	3	103	35	13	20	31	1.91
2216256--2216331	21	3.7	21	82	3	109	40	11	18	28	1.86
2216238--2216331	41	2.3	41	100	0	188	38	12	19	29	1.89
2216370--2216395	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2217646--2217700	20	2.8	20	82	0	74	45	16	14	23	1.84
2217742--2217766	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2217723--2217785	32	2.0	32	93	0	108	36	14	12	36	1.84
2217720--2217787	19	3.9	19	76	21	76	38	13	11	36	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2217823--2217899	21	3.7	21	89	3	111	35	16	12	35	1.88
2229623--2229751	52	2.5	52	92	0	222	28	16	17	37	1.91
2229760--2229818	13	4.9	13	73	26	67	35	13	16	33	1.88
2229760--2229839	34	2.4	34	97	0	151	36	12	16	35	1.86
2229859--2229925	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
2229881--2229905	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2241125--2241168	5	9.4	5	79	20	51	86	13	0	0	0.57
2241125--2241174	16	2.9	18	85	5	61	86	12	2	0	0.67
2241125--2241186	11	5.6	10	81	14	61	83	11	3	1	0.82
2241134--2241174	18	2.2	19	87	12	59	85	12	2	0	0.70
2241125--2241186	22	2.8	21	83	11	70	83	11	3	1	0.82
2242401--2243687	28	44.6	28	85	6	1522	27	32	18	22	1.97
2242401--2243687	318	4.1	316	87	5	1676	27	32	18	22	1.97
2244294--2244368	20	3.8	20	78	0	87	33	12	12	42	1.79
2244294--2244371	40	2.0	39	87	2	111	33	11	12	42	1.79
2247613--2248143	33	16.7	32	71	15	209	21	27	12	38	1.89
2247609--2247926	63	5.1	63	77	11	239	23	27	12	37	1.90
2247613--2247791	95	1.9	93	82	2	223	21	25	13	38	1.91
2247719--2247883	88	1.9	87	86	6	235	24	24	10	40	1.87
2247879--2248211	100	3.4	98	80	4	314	20	29	11	38	1.87
2247806--2248489	33	21.2	33	73	10	375	22	30	10	36	1.89
2248339--2248405	27	2.5	27	85	0	89	25	34	10	29	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2248339--2248423	27	3.2	26	83	3	82	23	34	10	31	1.89
2248459--2248511	27	2.0	27	92	0	88	28	32	9	30	1.88
2248273--2248512	118	2.0	120	86	1	331	25	31	10	33	1.89
2248707--2248772	32	2.1	32	85	0	87	30	33	18	18	1.94
2248519--2248991	231	2.0	231	86	4	659	31	27	16	24	1.96
2248874--2249001	32	4.0	33	81	10	149	30	28	16	24	1.96
2249012--2249246	43	5.0	43	70	17	155	26	25	16	30	1.97
2249012--2249238	95	2.4	95	87	0	301	26	25	17	29	1.97
2249392--2249528	61	2.2	61	84	0	184	22	27	12	37	1.90
2250167--2250216	20	2.8	17	75	16	55	34	16	10	40	1.81
2253451--2253524	37	2.1	36	85	10	98	48	12	17	21	1.79
2254108--2254145	16	2.5	15	91	8	60	73	0	5	21	1.02
2257005--2257222	84	2.6	84	80	2	233	33	19	7	38	1.81
2257018--2257293	84	3.3	84	76	2	214	34	18	8	38	1.81
2259856--2259916	24	2.4	26	82	15	67	50	8	8	32	1.62
2262061--2262108	15	3.1	15	80	11	51	79	2	10	8	1.02
2262068--2262103	17	2.1	17	94	0	63	83	2	5	8	0.89
2262204--2262256	24	2.3	23	83	3	70	77	0	18	3	0.92
2263597--2264644	154	6.9	153	78	7	837	24	15	20	39	1.91
2263749--2264318	294	1.9	294	82	3	700	23	14	22	39	1.91
2268105--2268135	16	2.0	15	93	6	53	41	0	0	58	0.98
2268141--2268191	19	2.5	22	84	12	72	50	1	0	47	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2268185--2268250	29	2.3	29	87	7	91	62	0	0	37	0.96
2268264--2268323	19	3.1	19	72	15	52	58	1	0	40	1.08
2268212--2268293	39	2.1	38	84	8	103	59	1	0	39	1.05
2268271--2268328	19	3.0	19	75	9	55	55	3	0	41	1.17
2269778--2269828	16	3.2	16	79	17	54	54	17	9	17	1.69
2270427--2270459	16	2.0	17	88	5	50	75	3	15	6	1.11
2271411--2271492	17	4.8	17	73	18	55	30	0	0	69	0.89
2271404--2271492	25	3.5	24	77	15	81	32	0	0	67	0.91
2271405--2271497	19	5.2	19	73	20	69	34	0	0	65	0.93
2271675--2271832	73	2.2	71	86	6	230	48	2	0	48	1.19

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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