genome.fa.s407.2.7.7.80.10.50.1000.19.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold407
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4418299

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2767898--2768644	216	3.5	210	82	5	861	23	29	14	32	1.94
2767905--2769217	94	14.0	93	77	12	819	21	29	13	34	1.92
2768618--2769306	34	21.5	33	72	14	466	19	30	12	37	1.89
2768618--2769152	187	2.8	188	83	8	570	20	30	12	37	1.89
2768744--2768864	58	2.1	59	87	6	174	19	29	13	37	1.90
2768869--2769179	27	10.0	27	72	20	102	21	31	11	35	1.89
2768834--2769214	60	6.1	61	80	11	412	20	30	12	36	1.89
2768645--2769282	128	5.0	126	81	8	674	19	30	12	37	1.89
2769123--2769215	27	3.3	27	79	13	89	20	33	12	33	1.91
2769022--2769320	160	1.9	159	82	7	383	19	30	12	37	1.89
2769313--2770014	49	14.8	48	75	10	368	25	25	17	31	1.97
2769366--2769622	86	3.0	87	87	1	345	25	26	18	29	1.98
2769535--2770014	98	4.9	98	83	2	462	25	25	16	32	1.96
2769539--2769922	147	2.6	148	80	2	432	25	24	16	33	1.96
2770824--2770849	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2771860--2771897	20	1.9	20	88	0	58	23	21	13	42	1.88
2777151--2777209	20	3.1	18	76	13	64	33	16	15	33	1.91
2777258--2777282	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2777238--2777302	33	2.0	32	88	11	96	35	15	18	30	1.92
2777723--2779707	61	32.5	61	82	3	2041	29	18	26	26	1.98
2777884--2777988	53	2.0	52	85	5	140	25	20	23	30	1.98
2787669--2787929	80	3.3	80	83	0	315	10	26	17	45	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2788602--2788669	33	2.1	33	86	8	95	38	16	11	33	1.85
2789632--2789656	13	1.9	13	100	0	50	16	0	8	76	1.02
2790829--2790882	20	2.6	21	91	2	83	29	16	12	40	1.86
2794717--2794799	31	2.6	32	84	7	98	61	0	0	38	0.96
2794712--2794798	43	1.9	43	84	9	111	62	0	0	37	0.96
2794722--2794814	31	2.9	30	81	9	87	61	1	0	37	1.03
2796602--2796695	41	2.3	41	76	10	95	47	0	3	48	1.17
2796829--2796892	14	4.5	14	70	16	51	35	6	0	57	1.24
2797094--2797132	19	2.0	19	90	5	60	38	0	2	58	1.12
2797676--2797715	18	2.2	18	86	0	53	47	2	0	50	1.14
2799519--2799626	42	2.6	42	89	0	171	41	3	45	9	1.54
2799517--2799608	24	4.2	23	72	18	79	43	3	43	9	1.53
2799532--2799598	21	3.2	20	69	23	57	43	4	41	10	1.59
2807473--2807498	13	2.0	13	100	0	52	0	23	38	38	1.55
2807676--2807825	52	2.9	51	89	4	228	30	18	18	32	1.95
2807844--2807910	33	2.0	33	88	0	98	40	13	13	32	1.83
2807866--2807890	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2808381--2808451	30	2.3	30	81	15	76	67	0	2	29	1.05
2808427--2808463	9	4.3	9	86	13	60	81	0	0	18	0.70
2808426--2808464	16	2.3	18	79	20	57	76	0	0	23	0.78
2808855--2808886	4	7.8	4	96	3	55	28	0	0	71	0.86
2812342--2812391	22	2.2	24	80	20	63	60	0	2	38	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2812325--2812383	31	1.9	31	83	10	77	59	0	1	38	1.08
2813278--2813325	13	3.8	13	81	15	57	66	0	0	33	0.92
2814171--2814218	16	2.6	19	75	21	57	39	0	0	60	0.97
2814203--2814253	16	3.2	16	76	13	61	45	0	0	54	0.99
2814250--2814295	16	2.8	17	73	6	58	39	0	0	60	0.97
2814199--2814295	32	3.0	33	80	8	110	42	0	0	57	0.98
2814597--2814645	24	2.0	24	92	0	80	36	2	0	61	1.08
2814791--2814857	30	2.1	33	86	8	95	49	0	0	50	1.00
2816654--2816697	18	2.3	19	84	11	54	43	0	2	54	1.12
2817865--2817912	22	2.1	22	81	11	53	45	2	4	47	1.33
2817947--2818195	79	3.2	79	82	3	313	44	8	5	40	1.58
2819254--2819301	12	4.0	12	89	8	55	31	0	0	68	0.90
2819268--2819304	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
2820525--2820572	24	2.0	24	100	0	96	45	4	4	45	1.41
2821062--2821142	35	2.3	35	79	10	92	29	9	13	46	1.75
2821529--2821604	20	3.7	20	82	3	89	43	11	14	30	1.81
2821631--2821656	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2822334--2822368	9	3.9	9	85	14	54	42	0	34	22	1.54
2822367--2822984	52	11.8	52	73	6	359	36	15	24	23	1.94
2822460--2822689	112	2.0	112	81	5	266	36	14	26	22	1.93
2823001--2823085	33	2.6	33	84	1	109	17	17	30	34	1.94
2823107--2823565	34	14.4	33	72	16	285	36	11	29	23	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2823194--2823357	33	5.6	27	69	18	114	29	12	32	24	1.92
2823160--2823422	61	4.3	60	82	5	291	33	12	30	24	1.92
2823396--2823545	35	4.4	34	84	5	178	40	12	27	20	1.87
2823396--2823566	69	2.5	67	79	9	191	39	11	28	21	1.87
2823594--2823677	30	2.8	30	87	5	109	33	15	30	20	1.94
2833921--2833945	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2834804--2835050	52	4.9	52	78	12	291	32	18	26	22	1.97
2834908--2835046	43	3.0	45	77	12	156	29	19	27	23	1.98
2835092--2835162	30	2.5	28	81	4	88	19	16	28	35	1.94
2835153--2835227	35	2.2	35	82	2	98	33	9	34	22	1.86
2835205--2835548	29	11.9	29	76	7	308	23	16	31	29	1.96
2835222--2835554	86	3.9	86	91	0	506	22	16	31	29	1.96
2837007--2837038	16	1.9	17	93	6	57	0	6	6	87	0.67
2837004--2837041	20	2.0	20	89	5	60	0	5	7	86	0.69
2837009--2837041	10	3.4	10	87	4	50	0	6	3	90	0.52
2850853--2850981	52	2.5	52	96	0	231	30	17	17	34	1.93
2850853--2851001	52	2.9	51	89	4	219	31	17	17	33	1.93
2850969--2851047	33	2.4	33	93	0	140	39	13	16	30	1.88
2851088--2851154	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
2851110--2851134	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2852711--2852766	20	2.7	21	78	15	62	41	10	12	35	1.78
2855076--2855119	23	1.9	23	100	0	88	31	13	20	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2856932--2856960	12	2.5	12	94	5	51	62	6	20	10	1.50
2856899--2857723	155	5.3	152	77	8	693	38	20	18	22	1.94
2859385--2859409	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2859491--2859554	33	2.0	32	87	3	92	39	21	10	28	1.87
2865668--2865709	22	2.0	20	86	13	59	38	21	0	40	1.53
2867371--2867414	21	2.1	21	100	0	88	38	0	13	47	1.43
2868890--2868964	20	3.8	20	78	0	87	34	13	12	40	1.81
2868890--2868967	40	2.0	39	87	2	111	34	12	12	39	1.82
2882885--2882944	1	60.0	1	83	0	75	91	6	1	0	0.47
2884171--2884527	29	12.6	29	91	3	566	28	33	16	21	1.96
2884170--2885085	28	32.4	28	81	6	903	28	32	17	22	1.96
2884170--2885085	56	16.2	57	85	6	1156	28	32	17	22	1.96
2884509--2884544	17	2.1	17	94	0	63	30	44	5	19	1.73
2884486--2884573	45	1.9	46	95	2	160	29	36	13	20	1.91
2885599--2885673	20	3.8	20	78	0	87	34	13	12	40	1.81
2885599--2885676	40	2.0	39	87	2	111	34	12	12	39	1.82
2889667--2889701	17	2.1	17	100	0	70	48	5	22	22	1.72
2890895--2890939	21	2.1	21	87	0	63	17	22	0	60	1.37
2890910--2890953	21	2.1	21	86	0	61	22	15	0	61	1.34
2893099--2893188	32	2.8	32	86	0	126	41	8	25	24	1.84
2894130--2894186	23	2.5	23	77	8	62	8	12	36	42	1.74
2894910--2894961	19	2.8	18	85	8	68	61	3	3	30	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2895045--2895480	166	2.6	164	82	5	531	52	8	11	28	1.66
2895085--2895556	166	2.8	163	80	8	406	51	8	12	27	1.68
2898092--2898132	20	2.0	20	100	0	82	41	0	19	39	1.52
2900288--2900365	20	3.9	19	76	5	84	41	12	12	33	1.82
2902175--2902254	21	3.7	23	67	11	62	20	25	3	51	1.64
2905538--2905580	17	2.5	17	84	3	59	0	18	0	81	0.69
2906652--2906831	48	3.8	48	91	2	274	31	17	31	20	1.95
2906942--2906991	25	2.0	25	92	0	82	20	20	28	32	1.97
2906967--2907494	28	18.1	28	80	8	515	23	17	30	28	1.97
2906967--2907494	57	9.1	57	83	8	548	23	17	30	28	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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