genome.fa.s407.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold407
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4418299

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2417711--2417741	16	2.0	16	93	6	55	67	0	32	0	0.91
2418071--2418119	3	16.3	3	83	8	64	65	0	32	2	1.04
2425341--2425792	235	1.9	234	92	2	755	35	11	15	37	1.84
2425721--2425891	44	3.9	43	72	9	141	26	19	12	42	1.86
2425721--2425970	132	1.9	132	88	1	376	25	19	12	42	1.87
2426739--2426764	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2429339--2429376	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
2435553--2435578	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2435982--2436151	88	1.9	87	86	1	241	24	18	12	44	1.85
2436815--2436959	62	2.3	62	97	0	272	22	6	19	52	1.68
2436959--2437166	76	2.7	76	78	2	229	27	14	9	47	1.76
2436958--2437189	76	3.1	75	76	6	225	28	13	11	46	1.78
2440540--2440649	51	2.2	51	88	1	168	41	14	17	26	1.88
2441699--2441812	32	3.5	31	74	14	106	14	26	16	42	1.87
2441731--2441844	33	3.5	32	73	11	97	15	26	18	39	1.91
2441685--2442003	65	4.9	65	81	4	324	15	22	18	43	1.87
2441760--2442004	129	1.9	130	80	5	291	14	22	19	44	1.86
2442000--2442120	63	1.9	63	83	5	156	15	16	18	49	1.80
2442023--2442303	128	2.2	126	79	6	289	16	20	17	44	1.86
2448960--2448986	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2448943--2449005	33	1.9	32	90	3	99	41	17	15	25	1.89
2451383--2451435	20	2.5	22	79	20	67	43	0	22	33	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2451383--2451437	21	2.6	21	77	16	60	43	0	23	32	1.54
2455746--2455874	52	2.5	52	96	0	231	30	16	16	37	1.91
2455883--2455907	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2455950--2456033	19	4.7	19	80	18	108	39	11	11	36	1.79
2455987--2456014	13	2.2	13	100	0	56	39	14	14	32	1.86
2455950--2456068	19	6.8	18	73	25	105	37	11	12	37	1.80
2455968--2456066	33	3.0	33	95	1	173	37	12	13	37	1.81
2456630--2456654	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2456697--2456814	19	6.7	19	70	24	107	38	11	11	38	1.78
2456715--2456813	33	3.0	33	94	1	173	38	11	12	38	1.78
2456767--2456794	13	2.2	13	100	0	56	39	14	14	32	1.86
2457601--2457727	67	1.9	68	86	1	184	38	12	25	23	1.90
2457677--2458014	49	6.9	52	78	12	265	33	16	25	24	1.96
2457784--2458016	43	5.1	43	81	11	295	31	17	25	25	1.97
2457730--2458014	49	6.0	48	81	11	329	32	17	25	24	1.96
2457731--2458016	92	3.1	92	94	2	482	32	17	25	25	1.97
2458020--2458291	33	8.3	33	89	2	397	18	19	31	30	1.96
2463532--2463556	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2463599--2463663	33	2.0	32	84	3	85	40	9	10	40	1.72
2467598--2467622	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2467578--2467644	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
2467685--2467709	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2467718--2467846	52	2.5	52	96	0	231	35	17	17	29	1.93
2472007--2472077	20	3.5	20	76	3	72	30	15	19	33	1.93
2475428--2475469	22	2.0	21	90	9	68	45	7	9	38	1.64
2476171--2476229	32	1.9	31	86	10	86	30	11	23	33	1.91
2476795--2477696	332	2.7	324	85	6	1151	51	8	10	29	1.65
2476795--2477696	165	5.5	165	85	5	1140	51	8	10	29	1.65
2476797--2477807	332	3.1	319	79	10	1021	51	8	10	29	1.66
2483112--2483176	17	3.7	18	65	27	50	72	12	10	4	1.26
2484407--2484532	66	1.9	66	86	3	182	21	26	11	39	1.88
2484403--2484532	34	3.9	34	77	10	124	20	26	11	41	1.86
2484633--2484776	34	4.0	34	71	15	99	24	22	13	38	1.91
2484702--2484777	35	2.2	35	85	0	98	23	21	13	42	1.88
2484779--2484856	36	2.2	35	84	4	95	23	28	12	35	1.91
2484812--2485007	82	2.4	82	82	6	225	20	25	12	40	1.88
2484658--2485007	42	8.6	41	71	12	222	22	24	12	40	1.89
2484815--2485073	42	6.2	42	74	11	165	18	25	12	43	1.85
2485172--2485246	31	2.4	30	80	8	89	25	29	28	17	1.97
2485145--2485429	149	1.9	149	84	1	383	29	25	23	22	1.99
2485951--2485990	20	2.0	20	100	0	80	35	10	25	30	1.88
2486044--2486089	20	2.3	20	84	0	56	41	17	13	28	1.86
2493384--2493536	77	2.0	77	84	2	200	54	9	8	27	1.62
2494271--2494484	60	3.5	60	75	14	170	43	14	20	21	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2494421--2494497	30	2.6	30	82	0	100	48	12	16	22	1.80
2494672--2494794	32	4.0	31	73	14	85	51	11	15	21	1.75
2495768--2495844	39	2.0	39	97	0	145	37	10	19	32	1.86
2495908--2495932	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2495887--2495962	33	2.3	33	95	0	134	30	15	17	36	1.91
2496939--2497360	89	4.8	89	73	4	316	47	14	17	21	1.82
2498571--2498623	22	2.5	22	81	3	54	1	22	3	71	1.12
2501679--2501730	19	2.7	19	90	3	77	25	17	19	38	1.93
2501679--2501750	20	3.7	20	84	3	83	29	13	19	37	1.90
2503865--2503907	15	2.9	15	82	10	61	51	2	16	30	1.57
2507337--2507403	33	2.0	33	82	0	80	29	10	17	41	1.83
2507444--2507468	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2507457--2507603	51	2.9	51	86	5	206	32	17	17	32	1.93
2524436--2524491	22	2.5	23	82	2	78	80	14	0	5	0.88
2524410--2524495	13	6.5	13	80	12	86	82	9	3	4	0.92
2525921--2526064	28	5.1	29	83	4	186	31	27	18	23	1.97
2525926--2526052	29	4.4	29	86	3	168	34	28	17	19	1.95
2525926--2526064	57	2.4	57	96	0	251	32	27	18	21	1.97
2526199--2526334	49	2.8	49	80	1	148	24	22	19	33	1.97
2535609--2535686	34	2.4	33	93	4	131	26	21	19	32	1.97
2535695--2535719	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2535781--2535805	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2535760--2535825	32	2.0	33	94	2	116	36	16	12	34	1.86
2542652--2542727	32	2.4	32	90	0	125	34	13	19	32	1.90
2542766--2542796	13	2.5	13	94	5	55	29	16	12	41	1.85
2549793--2549828	12	2.9	12	91	4	54	88	8	2	0	0.59
2549793--2549842	15	3.3	15	83	13	66	86	12	2	0	0.67
2549793--2549830	17	2.3	17	90	4	60	89	7	2	0	0.57
2551127--2551438	32	9.9	31	74	10	222	21	26	15	36	1.93
2551117--2551437	62	5.1	63	75	12	227	21	27	14	36	1.92
2551127--2551451	95	3.4	96	78	5	324	21	27	14	36	1.93
2551130--2551404	30	8.7	33	76	11	159	21	26	15	36	1.93
2551287--2551391	34	3.3	30	80	8	86	25	25	13	35	1.93
2551379--2551469	34	2.8	33	88	5	130	20	30	13	35	1.91
2551117--2551437	157	2.1	156	81	8	368	21	27	14	36	1.92
2551466--2552212	49	15.8	49	73	14	536	25	25	18	31	1.97
2551676--2551901	39	5.3	39	68	18	155	26	26	19	26	1.99
2551607--2552164	175	3.0	178	80	10	604	25	25	18	30	1.98
2551617--2552163	87	6.0	86	83	6	527	25	25	18	30	1.98
2551885--2552212	101	3.2	101	84	3	385	24	25	16	32	1.96
2551915--2552229	52	6.2	51	81	8	261	23	26	15	34	1.95
2552977--2553037	19	3.5	19	75	25	80	34	13	18	34	1.89
2552994--2553051	13	4.0	13	74	23	53	34	13	17	34	1.89
2552977--2553050	32	2.3	32	97	0	139	33	13	17	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2556128--2556174	21	2.2	22	78	17	55	61	2	14	21	1.43
2556161--2556210	21	2.4	21	82	0	64	66	8	8	18	1.42
2562341--2562371	13	2.4	13	100	0	62	38	12	16	32	1.86
2562320--2562388	33	2.1	32	89	10	104	37	18	13	30	1.89
2564279--2564318	13	3.1	13	85	0	53	42	10	12	35	1.76
2569503--2569575	20	3.7	20	85	7	87	41	17	12	28	1.86
2571057--2571120	33	1.9	33	83	0	83	40	15	9	34	1.80
2571168--2571219	20	2.5	21	81	6	70	38	9	11	40	1.74
2579448--2579731	58	4.9	58	74	8	186	46	14	10	28	1.77
2579653--2579867	105	2.1	102	80	8	236	51	10	11	26	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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