genome.fa.s407.2.7.7.80.10.50.1000.18.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold407
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4418299

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2580518--2580561	23	2.0	22	82	13	54	6	15	0	77	0.97
2581051--2581310	56	4.7	56	75	3	211	22	18	16	41	1.90
2582715--2582765	20	2.5	21	83	3	68	27	15	15	41	1.88
2582769--2582819	20	2.5	20	80	0	57	33	15	17	33	1.92
2584749--2584798	20	2.4	21	80	10	57	6	28	48	18	1.71
2585239--2585270	13	2.5	13	89	0	55	37	15	18	28	1.92
2591506--2591558	20	2.6	21	84	3	72	28	16	15	39	1.89
2591547--2591597	20	2.5	20	87	0	66	33	15	15	35	1.90
2592682--2592756	33	2.3	32	84	9	89	36	16	14	33	1.89
2592806--2592832	13	2.1	13	100	0	54	40	7	14	37	1.74
2601944--2602453	79	6.4	78	85	4	637	33	15	24	26	1.95
2602005--2602451	237	1.9	237	90	2	711	34	15	23	26	1.95
2601942--2602453	158	3.2	157	89	3	731	33	15	24	26	1.95
2603826--2603959	35	3.9	35	99	1	261	19	31	5	43	1.75
2603969--2604008	6	6.5	6	88	5	62	27	0	2	70	1.01
2603968--2604008	13	3.2	13	89	6	66	26	0	2	70	0.99
2604924--2605069	20	6.8	20	71	16	112	29	16	13	40	1.87
2604913--2605051	71	2.0	71	97	2	262	28	17	13	41	1.87
2604924--2605120	91	2.2	92	85	4	256	27	16	13	42	1.86
2614380--2614419	21	1.9	21	100	0	80	27	5	15	52	1.63
2615024--2615066	3	14.3	3	100	0	86	32	34	0	32	1.58
2616588--2616727	62	2.3	62	88	3	212	36	15	14	33	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2616588--2616743	62	2.5	61	83	7	199	35	16	13	34	1.87
2616711--2616764	20	2.7	19	83	11	65	33	18	12	35	1.89
2616792--2616847	19	2.8	20	79	12	71	35	14	14	35	1.86
2616833--2616859	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2624739--2625201	80	5.8	81	75	7	342	33	10	25	30	1.89
2624854--2625201	161	2.2	158	82	3	392	33	10	25	30	1.89
2627584--2627722	51	2.7	52	82	6	167	42	10	16	30	1.82
2627778--2627815	20	1.9	20	94	0	67	31	21	10	36	1.87
2628854--2628915	33	1.9	32	90	3	97	25	11	20	41	1.86
2628959--2629013	20	2.7	21	83	8	69	29	16	14	40	1.88
2629579--2629623	22	2.0	22	91	8	74	35	28	0	35	1.58
2630999--2631043	20	2.1	22	88	8	67	4	26	48	20	1.68
2631592--2631648	20	2.8	20	83	0	69	38	14	15	31	1.87
2631637--2631715	33	2.4	34	82	6	99	40	13	15	30	1.86
2631667--2631691	12	2.1	12	100	0	50	44	8	16	32	1.76
2631764--2631822	12	5.2	12	73	19	63	37	15	13	33	1.86
2638134--2638174	22	2.0	21	86	13	59	31	21	4	41	1.74
2639825--2639864	21	1.9	21	84	0	53	32	2	35	30	1.71
2640373--2640429	20	2.8	20	81	0	60	38	12	17	31	1.87
2640535--2640560	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2641647--2641677	8	3.8	8	95	4	53	61	25	0	12	1.32
2647621--2647646	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2647601--2647662	33	1.9	32	87	9	90	25	14	20	38	1.91
2647695--2647749	20	2.7	21	83	8	69	29	16	14	40	1.88
2647769--2647809	20	2.0	20	95	0	73	29	12	21	36	1.90
2648389--2649009	62	9.9	62	77	9	499	34	16	22	27	1.95
2648503--2649009	62	8.2	61	80	7	542	34	16	21	27	1.95
2648524--2649009	182	2.6	184	84	3	631	33	17	22	27	1.96
2649010--2649078	31	2.2	33	84	5	88	33	11	33	21	1.90
2650708--2650746	20	2.0	20	94	0	69	48	10	30	10	1.70
2653759--2653896	43	3.2	43	87	0	204	31	13	31	23	1.93
2654174--2654229	20	2.7	20	83	10	69	41	12	17	28	1.86
2664184--2664241	20	2.8	21	81	5	64	36	12	15	36	1.85
2664287--2664341	20	2.7	20	91	2	83	32	14	10	41	1.81
2666063--2666115	20	2.6	21	84	3	72	30	16	15	37	1.90
2666103--2666131	13	2.2	13	100	0	58	37	13	17	31	1.89
2666683--2666813	58	2.3	58	98	0	253	31	31	5	32	1.80
2668482--2668522	22	2.0	20	86	13	57	39	4	24	31	1.76
2668492--2668532	22	1.9	22	85	5	57	43	4	21	29	1.73
2674817--2674884	33	2.1	32	88	2	100	33	14	16	35	1.89
2674839--2674864	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2674970--2675020	20	2.5	20	87	0	66	33	15	15	35	1.90
2675573--2675625	20	2.7	20	88	5	72	32	16	9	41	1.81
2678443--2678496	20	2.7	20	91	0	81	46	11	12	29	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2680803--2680982	93	1.9	93	84	3	238	38	15	14	31	1.88
2682884--2682963	19	4.5	19	79	17	100	31	10	17	41	1.82
2682904--2682974	32	2.2	32	87	0	106	30	12	16	39	1.86
2683019--2683043	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2683052--2683180	52	2.5	52	92	2	197	34	17	17	29	1.94
2687441--2687556	51	2.3	50	82	4	144	31	16	13	37	1.88
2690819--2690856	10	3.8	10	83	10	51	34	23	0	42	1.55
2692541--2692565	13	1.9	13	100	0	50	32	0	12	56	1.36
2696723--2696747	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2700546--2700591	15	3.4	15	72	27	57	39	13	8	39	1.75
2700540--2700591	25	2.1	25	100	0	104	38	11	7	42	1.70
2701924--2701977	21	2.7	21	85	5	76	40	12	16	29	1.86
2702030--2702055	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2704250--2704301	27	2.0	26	82	10	63	23	36	17	23	1.95
2717442--2717566	29	4.3	29	82	9	139	34	28	16	21	1.94
2717436--2717566	57	2.3	57	84	10	169	32	29	15	22	1.94
2717446--2717581	29	4.6	30	80	11	122	31	27	17	22	1.97
2717606--2717674	21	3.2	21	66	18	61	24	24	18	31	1.98
2717583--2718001	49	8.7	49	78	5	338	24	24	16	33	1.96
2717583--2717913	98	3.4	98	82	4	372	25	24	17	32	1.97
2722656--2722713	26	2.2	26	84	3	71	20	13	24	41	1.89
2724519--2724593	34	2.2	33	92	2	123	46	2	5	45	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2726331--2726369	10	3.9	10	83	12	53	74	0	7	17	1.05
2727335--2727535	31	6.5	30	74	8	129	41	10	24	22	1.86
2727389--2727511	64	1.9	63	83	4	158	42	13	23	21	1.87
2727476--2727542	31	2.2	31	81	10	75	43	13	20	22	1.87
2727375--2727589	95	2.3	95	79	2	236	44	13	20	20	1.86
2728607--2728652	11	4.6	10	81	15	51	4	10	2	82	0.89
2728607--2728655	10	4.8	10	84	2	62	4	12	2	81	0.91
2729297--2729719	167	2.5	165	83	7	450	50	7	11	29	1.66
2729297--2729637	167	2.0	166	86	6	467	50	8	11	29	1.68
2735006--2735061	19	2.8	20	75	2	51	35	17	12	33	1.88
2735701--2735742	21	2.0	22	85	4	59	30	23	0	45	1.53
2740358--2740402	21	2.2	20	82	17	58	22	15	17	44	1.86
2747440--2747477	20	1.9	20	94	0	67	31	21	10	36	1.87
2747463--2747525	32	1.9	32	87	9	92	42	12	14	30	1.82
2747516--2747554	20	1.9	21	94	5	71	20	17	20	41	1.91
2748327--2748446	52	2.4	49	82	8	145	43	10	15	30	1.80
2748330--2748446	50	2.3	51	85	8	152	41	10	16	31	1.81
2748483--2748537	20	2.7	21	82	5	67	32	16	10	40	1.83
2748503--2748556	20	2.6	21	94	2	92	29	18	12	38	1.88
2748911--2749174	79	3.3	79	75	5	178	43	18	12	25	1.85
2749041--2749212	79	2.2	79	82	6	197	40	18	12	29	1.86
2752841--2753276	220	2.0	220	99	0	863	34	11	16	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2753266--2753292	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2753247--2753311	32	2.0	33	87	3	96	29	13	15	41	1.86
2753277--2753333	19	2.9	19	90	10	89	33	17	15	33	1.92
2760329--2760366	20	1.9	20	88	0	58	23	21	13	42	1.88
2765593--2765901	153	2.0	153	98	0	600	29	24	15	30	1.96
2766573--2766625	12	4.2	13	83	9	74	84	15	0	0	0.61
2766573--2766623	26	2.0	26	88	7	77	84	15	0	0	0.63
2767898--2768637	30	24.0	30	82	6	750	23	29	14	32	1.95
2767895--2768646	62	12.2	62	82	7	768	23	29	14	32	1.94
2767902--2768642	61	12.0	60	82	6	779	23	29	14	32	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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