genome.fa.s407.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold407
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4418299

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1416901--1416954	27	2.0	27	100	0	108	25	14	37	22	1.93
1416921--1417268	34	10.4	33	75	8	274	37	12	29	20	1.90
1416988--1417429	33	14.0	29	73	16	112	34	14	28	22	1.93
1416928--1417338	33	12.6	33	75	11	325	35	13	29	21	1.92
1416921--1417307	68	5.9	67	80	11	376	35	12	29	21	1.91
1418380--1418417	11	3.5	11	86	10	51	0	0	15	84	0.63
1426999--1427026	13	2.2	13	100	0	56	35	14	17	32	1.90
1427085--1427109	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1436654--1436733	20	4.0	20	84	7	108	40	12	18	28	1.87
1436657--1436823	41	3.9	41	73	17	140	39	13	16	29	1.88
1436604--1436850	91	2.7	91	87	3	343	40	14	17	28	1.88
1436936--1436976	20	2.0	20	90	0	64	29	19	9	41	1.83
1437580--1438089	70	7.3	69	75	10	427	39	14	20	25	1.91
1437604--1438089	141	3.5	139	80	9	535	39	14	20	25	1.91
1438111--1438221	35	3.1	35	66	25	97	36	14	22	26	1.92
1438091--1438326	71	3.3	68	76	8	224	37	13	21	26	1.91
1438269--1438398	64	2.0	64	81	8	149	39	13	20	26	1.90
1444384--1444545	58	2.7	59	75	7	159	27	24	15	33	1.95
1445339--1445389	20	2.5	21	87	9	70	39	3	19	37	1.70
1445477--1445538	32	1.9	32	96	0	115	27	16	14	41	1.87
1447359--1447398	21	1.9	21	100	0	80	45	15	10	30	1.78
1449379--1449403	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1449472--1449498	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1455664--1455701	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
1456667--1456700	18	1.9	17	88	5	50	32	29	11	26	1.92
1457563--1457612	24	2.1	24	96	0	91	22	0	30	48	1.51
1458382--1458466	19	4.7	19	75	19	83	37	12	15	34	1.86
1458423--1458480	13	4.0	13	74	23	53	34	15	15	34	1.89
1458402--1458479	32	2.4	32	95	0	138	35	14	15	34	1.87
1463521--1463613	9	10.0	9	82	12	100	86	11	1	1	0.69
1463522--1463614	20	4.6	19	83	12	114	87	10	1	1	0.66
1463522--1463614	1	93.0	1	76	0	78	87	10	1	1	0.66
1463523--1463614	41	2.3	41	83	10	113	86	10	1	1	0.67
1464583--1465184	55	10.5	55	86	6	676	26	27	20	25	1.99
1464615--1465460	165	5.0	165	77	14	700	26	28	19	25	1.99
1465229--1465451	61	3.7	60	82	7	263	26	28	19	25	1.98
1465229--1465457	122	1.9	121	89	4	354	27	27	20	24	1.99
1465494--1465574	42	1.9	42	82	5	101	17	23	16	43	1.88
1466341--1466418	32	2.5	32	89	2	113	34	11	17	35	1.86
1466457--1466517	13	5.2	13	74	22	71	29	14	14	40	1.86
1466437--1466535	33	3.0	33	92	0	153	29	14	13	43	1.83
1466435--1466503	20	3.8	20	73	25	80	31	13	11	43	1.79
1468879--1469217	51	6.6	51	82	4	371	28	26	12	32	1.92
1468883--1469214	102	3.3	100	82	7	409	28	25	12	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1469149--1469418	79	3.4	79	80	5	305	27	25	14	32	1.94
1474128--1474152	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1474241--1474266	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1474221--1474288	33	2.1	32	91	8	111	35	16	16	32	1.91
1475550--1475580	4	7.8	4	100	0	62	22	0	0	77	0.77
1485666--1485699	10	3.4	10	88	11	52	91	5	0	2	0.51
1485668--1485718	9	5.4	9	82	15	50	86	3	5	3	0.79
1485667--1485726	19	3.1	19	85	2	66	83	3	8	5	0.90
1486812--1487303	60	8.1	60	86	4	673	25	28	18	28	1.98
1486787--1487303	122	4.3	121	87	5	687	25	27	18	28	1.98
1486812--1487303	183	2.7	183	90	2	756	25	28	18	28	1.98
1487309--1487398	46	2.0	46	86	4	128	20	30	11	38	1.87
1487432--1487510	41	1.9	41	82	5	97	16	27	13	41	1.86
1490599--1490862	102	2.6	101	87	1	366	31	26	10	31	1.91
1490590--1490861	51	5.3	51	77	0	265	30	25	12	31	1.92
1495889--1496005	51	2.3	51	92	1	191	41	11	16	31	1.83
1496152--1496195	21	2.0	22	86	4	63	43	13	13	29	1.83
1499806--1499831	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1502200--1502367	51	3.3	50	79	6	176	28	27	12	31	1.93
1502358--1502427	28	2.5	28	79	9	81	21	37	15	25	1.93
1502303--1502505	107	1.9	107	82	2	255	26	26	14	33	1.95
1502379--1502552	79	2.2	79	81	6	201	27	26	14	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1502489--1502610	51	2.4	50	84	4	163	30	27	11	30	1.92
1502592--1502664	28	2.6	27	85	8	85	21	31	20	26	1.98
1502251--1502741	237	2.1	237	88	2	718	27	27	13	31	1.94
1502540--1502747	107	1.9	107	88	1	310	27	27	14	30	1.95
1504804--1504864	4	15.2	4	100	0	122	24	0	0	75	0.80
1510886--1511011	52	2.4	52	94	0	234	26	18	19	36	1.94
1511084--1511146	19	3.7	19	72	25	68	38	17	12	31	1.87
1511102--1511126	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1511079--1511145	32	2.1	31	94	2	116	37	17	11	32	1.87
1516941--1517089	52	2.9	51	89	4	235	30	17	18	32	1.94
1517078--1517102	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1517143--1517209	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
1517165--1517189	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1517713--1517767	17	3.3	17	87	2	85	87	10	0	1	0.63
1517710--1517775	24	2.7	24	88	2	96	87	9	1	1	0.66
1517710--1517775	1	66.0	1	75	0	60	87	9	1	1	0.66
1518885--1519367	61	7.8	60	79	12	477	24	27	20	26	1.99
1518938--1519308	195	1.9	195	95	1	672	24	28	19	27	1.99
1519351--1519487	42	3.2	42	79	5	114	19	27	13	40	1.89
1519383--1519487	42	2.5	42	82	4	122	18	24	12	44	1.84
1520024--1520090	19	3.8	19	77	22	92	34	11	17	35	1.87
1520044--1520068	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1520025--1520087	32	2.0	32	100	0	126	33	12	19	34	1.89
1520112--1520176	20	3.6	20	73	26	81	30	18	10	40	1.85
1520127--1520187	13	5.2	13	77	22	80	31	18	13	37	1.88
1520112--1520208	33	2.9	33	93	3	160	29	18	12	39	1.87
1523913--1523938	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1526309--1526452	52	2.8	50	84	3	180	33	26	9	31	1.87
1526443--1526511	28	2.5	27	86	9	95	21	36	15	26	1.94
1526464--1526638	79	2.2	79	87	2	253	28	28	14	29	1.95
1526389--1526590	107	1.9	106	84	1	269	27	28	14	30	1.95
1526574--1526683	51	2.2	51	88	3	159	30	27	12	29	1.93
1526337--1526827	237	2.1	237	90	0	768	27	27	14	30	1.95
1526625--1526832	107	1.9	107	84	1	274	25	26	17	31	1.97
1529732--1530247	163	3.1	163	83	5	594	49	8	9	32	1.66
1529732--1530308	163	3.5	163	80	8	593	48	9	9	31	1.68
1532038--1532834	157	5.1	155	77	7	632	24	16	20	37	1.93
1535499--1535538	22	1.9	20	90	10	62	37	0	0	62	0.95
1539912--1539951	16	2.5	16	88	8	55	25	12	0	62	1.30
1542017--1542054	13	3.0	12	88	11	58	26	2	0	71	1.00
1542168--1542206	12	3.1	12	85	7	51	20	0	2	76	0.90
1548798--1549200	157	2.5	160	83	6	465	30	11	6	52	1.61
1550232--1550765	79	6.8	79	94	0	917	31	14	26	27	1.95
1551990--1552211	35	6.4	35	93	0	365	18	32	5	42	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1551990--1552211	105	2.1	104	96	0	417	18	32	5	42	1.74
1553186--1553210	13	1.9	13	100	0	50	64	0	32	4	1.12
1554926--1555280	154	2.3	154	80	4	394	26	16	17	38	1.91
1556923--1556972	20	2.5	20	90	0	73	28	16	18	38	1.91
1557027--1557077	20	2.6	20	90	3	77	39	17	13	29	1.88
1560506--1560558	12	4.7	12	79	13	67	5	22	0	71	1.06
1560508--1560558	11	4.5	11	76	18	52	3	23	0	72	1.01
1560864--1561072	108	1.9	108	93	0	355	48	6	11	33	1.66
1564322--1564380	20	3.1	19	77	15	59	47	1	3	47	1.29
1566815--1566881	35	1.9	35	93	0	116	55	1	1	41	1.18

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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