genome.fa.s407.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold407
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4418299

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
699472--699815	55	6.0	55	85	9	365	26	29	20	23	1.99
699540--700255	110	6.4	111	69	17	409	25	28	21	24	1.99
699686--699975	149	1.9	143	84	12	379	24	28	21	24	1.99
699594--700081	265	1.9	260	90	3	773	25	29	21	22	1.99
699536--700132	320	1.9	320	92	2	1011	26	28	21	23	1.99
699835--700255	55	7.3	57	83	9	450	25	26	22	25	2.00
700271--700397	43	2.9	43	82	12	145	18	28	14	38	1.90
700238--700397	46	3.6	44	77	13	148	20	29	14	36	1.92
700378--700419	19	2.2	19	91	8	68	38	19	26	16	1.92
700484--700731	55	4.3	57	81	8	272	28	27	20	23	1.99
700505--700731	61	3.9	57	80	8	253	27	27	20	24	1.99
701615--701656	21	2.0	21	85	0	57	42	7	19	30	1.78
702904--702967	32	2.0	33	93	3	112	34	10	20	34	1.88
702884--702988	51	2.0	52	92	3	176	34	10	19	36	1.86
702883--702986	20	5.7	19	82	14	130	33	10	19	36	1.86
703029--703053	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
703062--703190	52	2.5	52	98	0	249	36	18	17	27	1.93
707606--707991	52	7.4	53	70	12	201	29	26	11	32	1.91
707774--707991	51	4.2	51	80	8	183	31	26	9	33	1.87
707604--708101	262	1.9	262	92	0	836	28	27	12	31	1.92
708002--708261	79	3.3	78	81	3	324	25	28	15	30	1.96
714423--714477	22	2.5	22	93	0	92	58	9	12	20	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
716273--716297	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
716253--716319	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
716360--716384	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
716393--716521	52	2.5	52	94	0	222	34	17	17	29	1.94
730371--730476	1	106.0	1	75	0	86	86	10	1	0	0.69
730373--730473	25	4.0	25	81	15	127	86	10	1	0	0.71
730371--730476	36	3.0	34	87	8	142	86	10	1	0	0.69
730371--730476	45	2.4	45	88	6	153	86	10	1	0	0.69
730373--730474	26	4.0	25	80	14	111	86	10	1	0	0.71
731918--732092	29	6.0	29	80	6	174	28	29	17	25	1.97
731977--732029	27	2.0	27	92	0	88	33	33	16	15	1.90
732068--732159	35	2.7	36	80	8	111	20	29	11	38	1.89
732138--732224	32	2.7	33	89	5	133	29	34	16	19	1.93
733042--733099	20	3.0	20	84	2	73	29	10	13	46	1.77
733138--733162	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
733171--733299	52	2.5	52	92	0	213	35	16	17	30	1.92
737776--737802	14	1.9	14	100	0	54	44	14	3	37	1.63
739309--739580	138	2.0	137	88	2	402	39	13	16	30	1.87
739714--739867	78	2.0	78	84	2	202	35	15	16	33	1.90
741092--741138	20	2.3	20	96	0	85	51	4	12	31	1.59
743172--743226	23	2.3	25	76	17	62	30	0	0	69	0.89
743185--743215	15	2.0	16	93	6	55	35	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
743178--743226	23	2.1	23	85	11	64	34	0	0	65	0.93
743269--743371	35	2.9	34	80	11	100	41	0	0	57	1.05
743287--743335	18	2.7	18	75	9	55	40	2	0	57	1.10
744122--744207	15	5.8	15	67	17	63	70	4	2	22	1.16
744107--744209	26	3.8	26	69	22	77	69	4	1	23	1.17
744131--744226	26	3.1	34	67	30	104	68	7	4	19	1.30
744107--744226	59	2.0	59	100	0	240	68	6	3	21	1.28
745303--745327	12	2.1	12	100	0	50	40	24	0	36	1.55
747657--747700	23	1.9	23	95	0	79	68	2	0	29	1.02
752635--752841	115	1.8	114	83	4	274	35	19	14	30	1.91
752635--752860	114	2.0	114	81	5	269	35	19	14	30	1.91
754287--754340	18	3.1	17	79	10	65	57	3	0	38	1.17
754566--754606	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
754646--754716	20	3.6	19	77	7	70	39	16	14	29	1.88
754686--754822	53	2.6	53	95	1	238	36	18	17	27	1.93
754977--755017	13	3.2	13	89	3	66	31	17	14	36	1.90
757149--757679	156	3.4	155	82	4	653	23	16	20	39	1.92
758919--758958	20	2.0	20	90	0	62	0	30	0	70	0.88
758916--758958	10	4.2	10	82	14	52	0	30	0	69	0.88
759415--759621	115	1.8	114	84	6	285	36	16	13	33	1.88
759415--759640	114	2.0	114	81	6	271	36	16	12	33	1.87
761300--761325	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
763544--763588	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
765392--765422	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
767499--767524	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
770061--770086	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
774086--774116	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
776289--776334	23	2.0	22	91	4	74	47	0	6	45	1.28
776467--776506	20	2.0	21	85	5	55	32	0	0	67	0.91
780562--780690	52	2.5	52	92	0	222	28	17	18	35	1.93
780776--780825	19	2.6	19	93	0	82	38	20	12	30	1.88
780814--780838	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
781938--781990	25	2.0	25	89	7	79	50	0	1	47	1.12
783900--783990	15	6.5	13	74	16	60	41	8	3	46	1.51
783806--784139	27	12.3	27	73	11	202	41	10	3	45	1.54
783957--784114	28	5.7	29	69	11	107	42	8	1	46	1.46
783810--784138	137	2.4	136	78	12	320	41	10	3	45	1.54
783946--784184	108	2.2	110	79	6	254	39	9	3	46	1.54
800249--800373	1	125.0	1	70	0	88	85	10	2	1	0.76
800249--800373	12	10.3	12	81	10	130	85	10	2	1	0.76
800248--800372	21	5.8	22	77	15	113	84	11	2	1	0.78
800248--800373	36	3.6	36	80	10	145	84	11	2	1	0.78
801789--802025	28	8.5	27	82	9	230	34	29	16	18	1.93
801874--802023	55	2.7	56	80	10	148	36	28	16	18	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
803019--803081	19	3.6	19	74	24	75	34	12	17	34	1.88
803038--803095	13	4.0	13	74	23	53	34	15	17	32	1.91
803017--803094	32	2.4	32	95	0	138	35	14	16	33	1.89
807592--807814	80	2.8	79	84	8	274	33	11	29	26	1.91
808891--808931	21	2.0	20	90	4	64	31	24	14	29	1.95
808969--809014	20	2.2	20	84	3	56	39	10	17	32	1.84
809562--809591	12	2.4	13	94	5	53	26	40	10	23	1.86
811340--811561	97	2.3	98	81	5	252	25	24	12	36	1.91
814095--814145	20	2.5	21	90	3	77	33	13	9	43	1.77
814986--815107	60	2.0	60	91	0	199	34	7	5	52	1.53
815755--815780	13	2.0	13	100	0	52	46	7	7	38	1.61
816106--816411	80	3.8	82	71	13	197	33	12	25	28	1.92
818788--818920	50	2.6	50	83	4	151	40	12	15	30	1.85
818959--819008	20	2.4	21	96	3	93	30	20	10	40	1.85
823101--823163	33	1.9	32	87	12	92	42	14	12	30	1.82
823488--823850	79	4.6	78	83	5	394	38	11	20	29	1.88
823740--823798	28	2.0	28	83	9	73	30	11	27	30	1.92
826322--826377	20	2.7	21	80	5	69	28	14	14	42	1.84
827265--827324	29	2.1	29	84	6	77	41	15	13	30	1.85
827334--827462	58	2.2	56	80	8	143	48	12	11	27	1.75
827489--827573	29	2.9	29	73	18	68	48	12	14	24	1.79
827501--827691	58	3.3	56	75	10	179	46	9	18	25	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
828430--828667	120	2.0	120	85	1	325	36	15	19	28	1.92
831611--831686	21	3.7	21	91	3	118	31	18	13	36	1.89
833297--833502	40	5.2	38	70	14	157	33	15	11	39	1.83
833255--833513	79	3.3	77	83	6	286	32	15	11	39	1.84
833588--833661	38	1.9	39	83	2	96	31	9	10	48	1.70
835870--835901	9	3.6	9	100	0	64	34	0	0	65	0.93
835862--835902	18	2.3	19	83	12	59	36	2	0	60	1.10
836204--836234	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
836670--836709	18	2.2	17	86	8	53	75	5	0	20	0.99
836668--836717	19	2.6	19	78	9	57	74	4	2	20	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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