genome.fa.s407.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold407
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4418299

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2271804--2271836	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
2271860--2271896	17	2.2	17	90	4	58	43	13	0	43	1.44
2271867--2271902	17	2.1	17	94	0	63	41	13	0	44	1.44
2271934--2271975	22	2.0	21	85	4	57	47	0	2	50	1.14
2278426--2278463	11	3.6	11	79	13	53	18	7	5	68	1.34
2279251--2279315	32	2.0	32	100	0	130	41	6	15	36	1.72
2282166--2282628	164	2.8	164	82	8	539	30	10	7	51	1.64
2283942--2284560	164	3.8	163	83	4	727	39	9	9	41	1.70
2286475--2286526	20	2.6	19	88	8	77	42	7	21	28	1.80
2286494--2286556	31	2.0	31	90	0	99	42	7	19	30	1.79
2287165--2287231	31	2.2	30	84	7	82	65	13	0	20	1.26
2288639--2288710	34	2.1	35	84	7	94	56	11	15	16	1.66
2298351--2298400	25	2.0	25	88	4	73	86	12	0	2	0.67
2298345--2298402	18	3.2	18	85	9	82	84	10	1	3	0.81
2298351--2298402	11	4.5	11	81	15	61	86	11	0	1	0.65
2299672--2300402	30	24.0	30	85	7	904	24	30	15	29	1.96
2299771--2300402	61	10.3	61	85	5	769	24	30	15	29	1.96
2300383--2300436	27	2.0	27	88	0	81	24	29	14	31	1.95
2299682--2300583	92	9.8	95	82	9	472	23	30	14	30	1.95
2300474--2300531	27	2.1	27	87	0	80	24	27	10	37	1.88
2300404--2300656	34	7.8	33	77	8	259	19	31	12	36	1.89
2300404--2300624	60	3.5	60	82	9	228	20	30	12	37	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2300404--2300645	66	3.7	66	82	9	266	20	31	11	36	1.88
2300678--2301211	48	11.9	47	71	14	367	27	25	16	30	1.97
2300681--2301213	87	6.0	88	87	2	658	27	25	16	30	1.97
2300840--2300908	21	3.2	21	65	25	54	26	26	17	30	1.97
2300918--2301165	39	5.9	39	70	15	163	28	26	18	27	1.98
2310345--2310375	4	7.8	4	92	0	53	74	0	3	22	0.96
2312393--2312734	79	4.3	78	84	5	436	32	14	25	28	1.94
2314182--2314206	8	3.1	8	100	0	50	36	12	28	24	1.91
2315014--2315068	20	2.8	20	88	0	83	45	10	14	29	1.79
2318765--2318836	34	2.1	35	87	7	103	56	12	12	18	1.66
2319166--2319213	19	2.5	20	86	3	62	37	16	16	29	1.91
2319959--2320127	31	5.4	31	97	0	302	26	18	10	45	1.80
2324758--2324885	63	2.0	63	92	0	211	30	4	23	41	1.75
2329764--2329832	16	4.3	16	88	0	66	46	4	2	46	1.37
2329764--2329819	2	28.0	2	88	0	85	46	3	0	50	1.19
2334819--2334853	18	1.9	18	88	0	52	62	2	5	28	1.32
2335669--2335707	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
2336014--2336071	17	3.5	17	83	2	64	55	3	1	39	1.27
2337702--2337827	44	2.8	46	74	21	124	41	2	1	54	1.23
2339199--2339239	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
2339319--2339455	53	2.6	53	94	3	231	36	18	17	27	1.93
2339494--2339535	21	2.0	22	95	4	77	28	23	9	38	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2339520--2339549	14	2.2	14	94	5	53	26	23	6	43	1.78
2339487--2339592	34	3.2	32	75	17	106	31	23	8	36	1.85
2341222--2341263	21	2.0	21	85	0	57	42	4	28	23	1.74
2343339--2343363	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2344991--2345031	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
2345111--2345247	53	2.6	53	94	3	231	36	18	17	27	1.93
2345286--2345344	21	2.7	22	94	5	111	28	23	10	37	1.88
2345402--2345440	13	3.0	13	92	0	69	30	15	17	35	1.91
2347963--2347987	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2350149--2350188	19	2.0	20	90	4	64	57	2	25	15	1.50
2354375--2354439	33	1.9	34	87	3	96	32	10	18	38	1.85
2355287--2355475	49	3.9	49	84	3	238	31	17	26	24	1.97
2355198--2355475	49	5.7	48	76	7	227	32	16	26	24	1.97
2355395--2355558	83	2.0	83	96	0	301	29	19	25	26	1.99
2355485--2355953	48	9.7	48	86	5	676	29	17	26	26	1.97
2355478--2355954	97	4.9	97	97	0	900	30	17	26	25	1.97
2355971--2356066	29	3.3	30	73	15	94	19	14	30	35	1.92
2356042--2356340	34	8.8	34	85	3	354	34	13	32	19	1.91
2356407--2356502	29	3.3	30	73	15	94	19	14	30	35	1.92
2356478--2357797	34	38.9	34	72	14	367	32	13	31	22	1.93
2355899--2357645	436	4.0	436	99	0	3458	31	14	30	23	1.94
2356843--2356938	29	3.3	30	73	15	94	19	14	30	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2357262--2357374	30	3.8	30	71	17	85	23	16	27	32	1.96
2357614--2357787	37	4.8	37	91	2	264	37	10	32	18	1.86
2357764--2357847	27	3.0	28	84	6	116	29	14	33	22	1.93
2357765--2357944	32	6.0	28	76	14	128	30	16	32	21	1.95
2357792--2358037	63	3.9	65	80	10	246	29	16	30	23	1.96
2357799--2358040	31	7.8	30	77	11	179	29	16	29	23	1.96
2358980--2359005	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2360177--2360237	28	2.3	26	80	5	68	50	0	26	22	1.49
2360204--2360281	39	2.0	39	92	0	129	52	0	24	23	1.47
2360930--2360979	20	2.5	20	90	0	82	34	16	16	34	1.90
2362893--2362918	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2362873--2362934	32	1.9	33	90	3	99	27	12	16	43	1.84
2365003--2365046	20	2.2	20	87	4	61	9	25	43	22	1.82
2365478--2365515	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
2365504--2365555	20	2.6	20	90	6	79	48	15	13	23	1.80
2371077--2371102	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2371057--2371120	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
2374164--2374239	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
2374163--2374248	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
2374154--2374272	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
2381430--2381511	28	2.9	28	83	7	96	25	17	32	24	1.96
2381698--2381773	27	2.8	27	90	6	109	22	17	32	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2381494--2381879	52	7.4	51	73	9	260	31	11	25	30	1.91
2383682--2383706	12	2.1	12	100	0	50	0	0	20	80	0.72
2384211--2384276	33	2.0	33	84	0	87	42	15	15	27	1.86
2385562--2385601	21	1.9	21	90	10	64	10	15	32	42	1.79
2385598--2385685	31	2.9	31	88	5	117	25	18	38	18	1.92
2386221--2386286	31	2.1	31	91	0	105	16	25	19	37	1.93
2386868--2387050	84	2.2	84	80	7	210	36	20	25	18	1.94
2387185--2387459	43	6.5	43	71	12	158	37	16	26	19	1.92
2386956--2387454	209	2.4	204	82	7	544	37	16	27	18	1.93
2386956--2387749	42	19.0	42	71	9	358	36	17	27	18	1.93
2387246--2387808	253	2.2	255	83	2	704	36	18	28	17	1.93
2387245--2387805	85	6.6	85	81	2	556	36	18	27	17	1.93
2388053--2388095	21	2.0	21	82	8	52	16	11	11	60	1.59
2388735--2388779	20	2.4	19	85	10	58	33	6	4	55	1.46
2400125--2400168	23	1.9	23	100	0	88	50	9	13	27	1.72
2400390--2400421	16	2.0	16	93	0	55	18	0	3	78	0.89
2400399--2400445	11	4.3	11	78	7	51	23	0	2	74	0.93
2400393--2400444	12	4.3	12	83	7	61	21	0	1	76	0.87
2401319--2401383	24	3.0	21	78	12	76	7	20	35	36	1.81
2401319--2401373	24	2.3	24	90	0	83	5	21	36	36	1.77
2401317--2401388	21	3.3	21	77	11	63	12	19	33	34	1.89
2404905--2405088	52	3.6	52	78	5	194	35	14	23	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2404878--2405113	52	4.6	52	76	5	138	36	16	21	25	1.94
2405192--2405702	52	9.8	52	82	1	488	35	13	24	27	1.93
2405780--2405922	60	2.4	59	81	4	153	22	20	25	32	1.98
2405826--2406142	32	10.3	32	66	9	149	24	18	27	29	1.98
2405808--2406131	92	3.5	91	80	4	346	24	19	27	29	1.99
2406071--2406188	30	3.9	30	84	3	112	32	14	29	23	1.94
2408412--2408438	8	3.4	8	100	0	54	14	0	37	48	1.45
2409262--2409298	18	2.1	17	90	10	56	32	10	0	56	1.34
2412262--2412312	20	2.5	20	87	3	66	37	19	15	27	1.92
2414643--2414682	21	2.0	21	85	5	55	17	15	12	55	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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