genome.fa.s407.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold407
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4418299

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   

This is table  6  of  28  ( 3302 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
836779--836815	17	2.2	17	90	0	56	64	2	5	27	1.28
837319--837367	25	1.9	26	87	4	73	32	4	0	63	1.13
837424--837594	90	1.9	95	85	6	244	25	4	5	64	1.36
837425--837614	91	2.1	94	81	5	217	25	5	5	63	1.38
838076--838126	20	2.5	21	84	9	61	41	9	17	31	1.82
840079--840151	20	3.7	19	87	5	92	36	12	15	35	1.84
841960--841986	10	2.7	10	100	0	54	18	0	18	62	1.32
848510--849969	27	54.2	27	88	3	1933	23	32	14	29	1.94
849598--849667	21	3.0	21	87	12	86	20	38	14	27	1.91
849646--850237	28	21.2	28	81	6	414	27	30	15	26	1.96
849657--850270	82	7.3	85	82	5	430	27	30	16	25	1.97
851198--851311	50	2.3	51	90	3	178	28	16	13	41	1.86
851198--851311	51	2.3	49	89	6	167	28	16	13	41	1.86
853446--853495	27	2.0	26	84	11	68	24	30	18	28	1.97
857914--857949	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
857949--857990	20	2.0	21	90	4	68	30	2	0	66	1.04
857955--857998	20	2.2	20	83	0	52	38	0	0	61	0.96
858084--858149	30	2.3	28	80	12	73	54	3	1	40	1.25
858595--858666	23	3.2	22	76	9	56	26	4	16	52	1.62
858674--858715	21	2.0	21	86	4	59	42	0	0	57	0.99
858661--858715	21	2.7	20	77	11	58	41	0	0	58	0.98
858921--859000	39	2.1	39	100	0	160	48	5	0	46	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
859187--859265	18	4.8	16	69	20	56	60	2	0	36	1.10
859210--859277	5	13.2	5	72	16	50	63	1	1	33	1.13
859239--859287	23	2.0	23	84	11	62	59	0	2	38	1.09
859564--859607	22	2.0	22	82	8	54	54	0	2	43	1.12
859596--859641	14	3.4	14	74	14	51	47	0	2	50	1.13
859760--859817	18	3.1	18	73	9	62	44	0	0	55	0.99
862582--862624	21	2.1	20	83	12	52	62	0	0	37	0.95
862667--862730	31	2.1	31	88	5	94	60	6	6	26	1.44
863838--863934	47	2.1	47	98	0	185	34	13	10	42	1.78
863911--863983	28	2.8	25	78	11	83	35	13	4	46	1.63
868722--868770	24	2.0	24	92	0	80	42	12	8	36	1.72
870700--870732	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
870732--870761	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
871832--871883	21	2.5	20	81	12	59	50	0	0	50	1.00
871860--871911	16	3.1	17	78	13	54	48	0	0	51	1.00
872036--872082	19	2.4	20	86	13	71	31	0	2	65	1.04
878806--881208	347	7.0	345	91	4	3623	34	11	10	43	1.75
878806--881208	688	3.5	688	91	3	3755	34	11	10	43	1.75
881879--882087	75	2.8	75	77	5	224	25	31	17	25	1.97
884715--884786	29	2.5	29	88	4	101	18	36	13	31	1.90
884825--884982	52	3.0	52	85	0	217	27	30	15	25	1.96
884744--884982	104	2.3	107	82	5	281	25	32	14	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
884990--885113	52	2.4	52	83	0	158	27	33	15	24	1.95
884915--885063	81	1.8	81	82	0	190	26	33	14	24	1.94
885044--885188	78	1.9	78	89	0	227	25	33	15	26	1.95
884858--885243	133	2.9	131	84	1	461	26	32	15	25	1.95
885118--885315	52	3.8	52	81	0	243	26	29	16	27	1.97
885121--885322	104	1.9	104	89	2	316	27	29	16	26	1.97
886007--886227	75	2.9	75	82	6	252	25	31	19	23	1.98
890034--890100	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
890054--890078	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
890176--890296	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
893602--893685	21	4.1	20	73	13	73	33	13	14	39	1.84
896306--896331	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
896318--896426	48	2.2	49	82	4	132	36	17	12	33	1.88
902479--902545	33	2.0	33	82	0	80	37	11	11	38	1.79
902983--903038	15	3.8	14	74	21	51	41	3	0	55	1.17
902989--903056	30	2.2	32	79	10	79	44	2	0	52	1.16
903847--903897	13	3.6	14	84	7	59	37	1	0	60	1.08
903847--903897	14	3.6	15	76	12	54	37	1	0	60	1.08
906120--906154	15	2.2	16	90	5	54	37	0	2	60	1.12
906139--906219	27	3.0	26	68	18	76	37	4	6	51	1.48
906186--906248	31	1.9	31	87	9	90	38	3	7	50	1.47
908167--908208	21	2.0	21	85	0	57	47	14	4	33	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
913933--913963	15	2.1	15	93	0	53	51	0	0	48	1.00
914401--914425	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
914470--914509	16	2.4	16	87	4	53	47	7	5	40	1.54
916547--916586	21	1.9	21	90	10	64	60	0	0	40	0.97
919338--919410	38	1.9	38	83	8	96	45	4	4	46	1.41
919380--919433	25	2.1	25	82	6	63	44	1	1	51	1.22
920110--920147	19	2.0	19	85	10	51	28	0	2	68	1.03
921019--921049	9	3.3	9	95	4	53	32	0	0	67	0.91
921077--921116	21	1.9	21	85	10	55	37	0	0	62	0.95
921442--921524	42	2.0	41	90	4	132	32	0	8	59	1.28
922014--922077	28	2.3	28	79	12	78	57	0	0	42	0.98
922463--922523	26	2.4	25	81	5	68	52	0	0	47	1.00
924460--924538	32	2.4	33	85	6	115	53	0	1	45	1.08
924475--924526	14	3.4	14	73	19	50	50	0	1	48	1.12
924465--924550	18	5.0	18	69	15	65	53	0	1	45	1.07
924817--924897	41	2.0	40	82	2	99	40	0	1	58	1.06
924845--924897	25	2.0	25	89	7	79	47	0	0	52	1.00
926369--926484	51	2.3	51	86	5	155	30	15	11	43	1.82
927938--927979	20	2.0	21	86	4	59	52	2	0	45	1.13
928676--928902	97	2.3	97	88	0	337	29	29	11	29	1.92
929366--929413	25	2.0	25	91	4	80	50	10	14	25	1.74
933924--933954	13	2.4	13	94	0	53	83	0	16	0	0.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
936023--936419	158	2.5	158	80	7	439	37	11	21	29	1.89
936038--936405	79	4.7	78	81	6	368	36	11	22	29	1.89
937141--937167	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
938879--938908	3	10.0	3	92	0	51	30	0	36	33	1.58
939078--939136	25	2.4	25	97	0	109	55	11	16	15	1.68
939089--939151	25	2.8	22	85	9	74	57	9	20	12	1.63
941887--941912	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
948196--948241	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
950626--950678	19	2.7	20	85	8	72	39	18	13	28	1.88
953245--953286	19	2.2	20	86	4	59	28	0	19	52	1.46
953412--953466	13	4.2	13	83	0	74	27	14	16	41	1.87
955836--955902	33	2.0	33	86	11	93	32	16	13	37	1.88
955930--956004	20	3.7	21	80	16	79	36	17	14	32	1.90
956543--956598	19	3.1	18	69	10	51	28	30	3	37	1.74
958456--958481	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
964324--964354	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
964399--964452	21	2.6	21	93	0	99	31	18	11	38	1.86
965622--965648	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
965717--965771	21	2.7	20	85	2	83	43	10	14	30	1.80
967332--967357	8	3.2	8	100	0	52	38	11	26	23	1.89
968067--968141	30	2.5	30	86	0	114	44	18	12	25	1.84
968394--968604	27	7.7	28	82	12	224	27	29	11	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
968399--968688	55	5.3	55	79	6	284	29	29	12	28	1.93
968601--969311	28	25.1	27	79	5	504	30	27	16	24	1.96
968601--969326	56	12.8	56	79	4	616	30	27	16	24	1.97
968601--969311	84	8.4	84	77	4	631	30	27	16	24	1.96
969477--969508	7	4.6	7	96	0	55	87	0	3	9	0.64
970359--970426	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
970361--970423	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
970380--970404	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
970466--970491	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
970446--970512	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28