genome.fa.s409.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold409
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3905031

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   

This is table  1  of  25  ( 2882 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
258--387	1	130.0	1	76	0	89	85	8	3	2	0.80
263--352	30	2.9	32	87	12	136	84	7	5	2	0.85
262--377	30	3.7	30	82	12	119	84	8	4	2	0.84
259--387	32	3.9	32	78	11	129	85	8	3	2	0.81
1831--2054	33	7.0	30	76	19	213	21	33	12	31	1.91
1855--2085	33	6.9	34	83	11	282	20	34	12	33	1.89
1831--2054	62	3.5	63	83	11	301	21	33	12	31	1.91
1918--2085	70	2.4	69	94	3	293	20	33	11	34	1.89
2090--2159	33	2.1	35	91	5	117	25	35	18	20	1.95
2159--2358	49	4.2	49	87	7	304	25	25	18	31	1.97
2254--2344	43	2.1	43	93	0	164	24	25	19	30	1.98
2187--2392	92	2.2	92	75	10	233	22	26	17	33	1.96
3078--3144	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
3098--3122	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
3187--3211	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
3220--3340	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
7293--7367	20	3.8	20	74	13	73	40	14	14	30	1.86
7437--7487	20	2.5	21	83	3	68	37	17	3	41	1.68
8634--8691	26	2.2	27	87	3	82	56	17	0	25	1.40
8658--8733	34	2.2	34	76	4	82	59	18	1	21	1.45
10219--10263	19	2.3	20	77	11	58	60	0	0	40	0.97
12528--12566	20	2.0	20	84	0	51	25	2	2	69	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13238--13433	37	5.3	37	76	4	162	26	20	19	33	1.97
13242--13461	74	2.9	76	79	4	223	27	18	19	35	1.95
13291--13461	37	4.5	39	78	6	122	29	15	17	38	1.90
15855--15987	40	3.4	39	66	15	69	41	1	0	56	1.14
15862--15965	16	6.9	16	75	18	64	39	1	0	57	1.16
15879--15987	56	2.0	55	83	5	139	38	1	0	58	1.15
15917--15965	16	3.0	16	93	3	80	40	2	0	57	1.10
15935--15997	22	2.9	22	90	6	94	46	0	0	53	1.00
16013--16057	20	2.2	21	92	4	74	60	4	2	33	1.29
18270--18298	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
19387--19421	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
19882--19916	18	1.9	18	94	0	61	37	0	8	54	1.31
22666--22714	25	2.0	25	88	4	73	61	2	4	32	1.26
25582--25630	2	25.0	2	85	4	64	51	2	0	46	1.12
36052--36110	16	3.7	16	79	0	73	54	16	3	25	1.58
36052--36118	16	4.2	16	78	0	62	52	16	4	26	1.63
36494--36524	16	1.9	16	100	0	62	32	29	19	19	1.96
37155--37188	11	2.9	12	82	8	52	26	0	0	73	0.83
39855--39891	16	2.2	17	90	4	58	18	10	21	48	1.78
39885--39974	16	5.7	15	69	11	56	15	15	26	42	1.87
39872--39971	32	3.1	33	77	11	109	17	13	25	45	1.84
39916--39978	16	4.0	15	78	12	65	11	17	31	39	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39885--39980	32	3.0	31	84	3	111	15	15	27	41	1.87
40599--40639	18	2.3	18	87	4	57	41	2	0	56	1.13
41034--41149	32	3.6	32	82	0	106	20	15	22	41	1.90
41034--41112	16	4.9	16	78	4	70	18	17	22	40	1.91
41105--41148	16	2.8	16	76	13	54	22	11	20	45	1.83
41137--41185	16	3.1	16	85	5	64	20	20	24	34	1.96
43307--43385	38	2.1	39	85	7	108	51	8	10	29	1.65
43518--43675	57	2.7	57	78	5	174	53	12	10	24	1.68
43632--43675	20	2.2	20	84	8	54	61	9	9	20	1.53
45569--45601	17	1.9	17	93	0	57	45	12	12	30	1.78
47248--47353	29	3.7	29	88	0	140	57	10	12	19	1.63
49141--49184	23	1.9	23	81	9	54	56	13	6	22	1.61
49247--49416	79	2.1	79	85	1	223	40	8	21	28	1.83
49249--49521	80	3.5	77	76	12	247	39	9	23	28	1.85
49342--49486	71	2.0	71	80	7	161	39	8	24	27	1.85
49456--49573	51	2.3	52	89	1	184	34	9	25	30	1.87
51808--51871	23	2.8	23	97	0	119	28	4	14	53	1.60
51997--52131	52	2.6	50	80	5	155	40	14	14	31	1.85
52099--52173	21	3.6	21	85	1	80	36	16	13	34	1.87
52215--52264	20	2.5	20	80	0	64	32	18	10	40	1.83
52474--52503	15	2.0	15	100	0	60	26	33	20	20	1.97
56375--56519	29	4.9	29	79	5	114	62	9	8	19	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56432--56517	31	2.9	31	75	8	97	65	11	6	16	1.46
59337--59367	16	2.0	16	93	6	55	54	0	12	32	1.38
60492--60524	7	4.7	7	100	0	66	69	0	0	30	0.88
61559--61595	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
61818--61853	18	2.0	18	89	10	56	38	11	0	50	1.38
63056--63150	42	2.3	42	90	0	145	31	25	18	24	1.98
71458--71486	1	29.0	1	100	0	58	0	0	0	100	0.00
72015--72061	17	2.7	18	80	12	62	34	4	2	59	1.29
74197--74242	24	1.9	24	86	0	65	28	4	6	60	1.40
74647--74693	19	2.5	20	79	10	62	42	0	0	57	0.98
74825--74874	21	2.4	21	83	6	57	34	8	4	54	1.49
75057--75090	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
76214--76245	6	5.3	6	92	0	55	81	3	0	15	0.82
76319--76347	13	2.1	14	93	6	51	62	0	3	34	1.12
77853--78064	61	3.6	58	74	11	189	28	20	18	32	1.96
78074--78250	61	2.9	62	82	1	214	29	18	17	33	1.94
78647--78691	22	2.1	22	83	4	56	24	28	15	31	1.96
85480--85517	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
85955--85990	18	2.0	18	89	10	56	44	0	0	55	0.99
85957--86026	22	3.2	22	80	8	70	48	0	0	51	1.00
85989--86033	22	2.0	23	86	4	65	53	0	0	46	1.00
86016--86080	32	2.0	32	82	11	80	44	0	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86038--86091	30	1.9	27	82	14	65	48	0	0	51	1.00
86057--86098	20	2.2	20	86	4	59	40	0	2	57	1.12
86300--86339	13	2.7	16	81	18	59	52	0	0	47	1.00
86558--86662	22	5.2	19	73	19	72	53	0	2	42	1.22
86566--86628	22	2.8	22	86	13	85	50	1	0	47	1.10
86839--86920	35	2.3	36	82	14	91	51	1	1	46	1.16
87277--87317	20	2.0	21	85	9	57	53	4	0	41	1.22
88172--88212	3	13.7	3	94	0	73	63	0	0	36	0.95
89613--89659	17	3.1	15	74	14	51	61	0	0	38	0.96
89613--89654	17	2.6	17	85	7	52	59	0	0	40	0.97
89614--89656	8	5.4	8	83	8	52	58	0	0	41	0.98
91925--92009	29	2.9	29	72	18	68	52	12	7	27	1.65
92225--92327	29	3.5	31	73	16	76	50	12	10	26	1.73
92342--92400	29	2.0	29	90	0	91	52	3	13	30	1.57
92623--92730	56	1.9	57	88	1	164	50	10	14	25	1.74
93678--93713	18	2.0	18	100	0	72	22	5	16	55	1.62
95847--95872	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
95827--95890	32	2.0	33	90	3	103	28	14	18	39	1.90
95827--95897	19	4.0	18	72	25	62	26	12	21	39	1.89
95921--95997	20	3.8	20	79	8	75	29	15	14	40	1.87
96514--96599	39	2.2	40	85	4	113	32	25	4	37	1.77
98441--98479	13	3.0	13	92	0	60	35	15	15	33	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103015--103048	12	2.8	12	90	0	50	23	35	0	41	1.55
104655--104680	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
104729--104805	20	3.8	20	79	8	75	29	15	14	40	1.87
107264--107325	31	1.9	33	87	6	92	33	6	4	54	1.47
112299--112327	14	2.1	14	100	0	58	13	0	13	72	1.13
112383--112435	27	2.0	26	85	3	70	49	0	3	47	1.19
114427--114501	20	3.7	20	76	15	64	36	13	14	36	1.85
125155--125183	14	2.1	14	93	6	51	31	37	20	10	1.86
139983--140215	130	1.8	130	87	3	355	42	14	12	31	1.82
140868--141357	166	3.0	162	84	5	551	55	8	7	28	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25