genome.fa.s409.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold409
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3905031

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2017136--2019741	475	5.5	473	83	3	3126	31	18	14	35	1.91
2019737--2024154	476	9.3	476	88	2	5868	31	18	14	36	1.90
2019851--2023895	159	25.6	157	65	12	1001	31	18	14	35	1.91
2026680--2029350	949	2.8	948	87	2	3772	35	14	18	31	1.91
2026674--2029350	475	5.6	476	86	2	3632	35	14	18	31	1.91
2032326--2032444	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
2032359--2032434	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
2032350--2032435	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
2032341--2032411	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
2034096--2036785	159	17.0	160	66	10	518	31	18	14	35	1.91
2034056--2037148	476	6.5	473	85	2	3975	31	18	14	35	1.91
2037598--2042916	159	33.6	157	67	12	1712	32	18	14	35	1.91
2037316--2042916	476	11.8	476	90	1	8138	32	18	14	35	1.91
2044518--2044593	12	6.9	11	78	15	61	39	1	48	10	1.46
2044508--2044598	33	2.8	30	77	12	76	43	1	45	9	1.44
2044538--2044598	9	7.1	9	72	10	56	42	1	44	11	1.50
2044508--2044626	42	2.8	42	90	0	184	42	1	46	9	1.46
2055584--2055702	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
2055617--2055692	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
2055608--2055693	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
2055599--2055669	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
2057320--2064602	476	15.2	476	78	6	6908	31	18	15	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2061857--2062034	89	2.0	89	98	0	347	23	19	12	44	1.85
2066280--2066411	42	3.1	42	86	2	176	45	2	43	8	1.46
2071451--2071571	61	2.0	61	96	0	224	38	20	10	30	1.87
2071512--2074626	476	6.5	475	83	2	3765	31	18	14	35	1.91
2079959--2080026	34	2.0	34	100	0	136	17	14	35	32	1.91
2082940--2083058	42	2.8	42	90	0	184	42	2	47	7	1.45
2082949--2083034	24	3.8	24	72	17	76	41	2	46	9	1.48
2094951--2097031	476	4.4	472	84	4	2536	29	18	15	35	1.92
2098104--2098381	138	2.0	138	100	0	556	11	15	19	53	1.71
2098803--2098909	42	2.5	42	89	0	160	42	2	45	9	1.51
2103093--2103211	42	2.8	42	90	0	184	43	2	46	7	1.45
2110852--2112351	475	3.2	473	88	3	2233	30	18	15	35	1.92
2111108--2112253	159	7.2	159	66	15	399	30	18	15	34	1.93
2113047--2115150	475	4.4	475	89	2	3095	30	18	15	35	1.92
2113047--2115152	951	2.2	951	90	2	3275	30	18	15	35	1.92
2115853--2120659	158	30.4	159	66	11	1268	31	18	14	35	1.91
2115850--2120675	475	10.2	475	87	2	6742	31	18	14	35	1.91
2124447--2124476	10	2.9	10	95	5	51	40	13	16	30	1.87
2123782--2125141	695	2.0	695	99	0	2711	31	18	13	36	1.90
2125953--2127151	476	2.5	470	83	4	1434	30	19	14	36	1.91
2128783--2128854	12	6.5	11	75	16	53	40	1	47	11	1.48
2128773--2128852	42	1.9	42	92	0	133	43	1	46	8	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2128812--2128882	33	2.2	33	92	0	115	40	1	46	11	1.48
2128773--2128861	42	2.1	42	87	0	124	44	1	43	10	1.45
2134054--2138012	158	25.0	157	65	10	515	31	18	14	36	1.90
2133858--2138498	476	9.8	476	84	2	5452	31	18	14	36	1.90
2133867--2138498	951	4.9	949	84	3	5430	31	18	14	36	1.90
2143396--2143445	18	2.7	19	79	11	52	6	44	4	46	1.47
2143402--2143520	42	2.8	42	90	0	184	8	45	2	43	1.47
2143435--2143510	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
2143426--2143511	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
2143417--2143487	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
2145137--2146321	474	2.5	476	84	3	1564	31	18	14	35	1.91
2149000--2149070	18	3.6	18	69	20	52	43	2	43	9	1.52
2148967--2149085	42	2.8	42	90	0	184	43	2	45	8	1.47
2157336--2161209	475	8.2	474	84	3	4624	30	18	14	35	1.91
2161963--2162062	50	2.0	50	96	0	182	24	28	23	25	2.00
2163272--2163354	33	2.5	33	88	0	121	12	40	0	46	1.41
2164094--2164135	19	2.1	19	86	8	57	4	14	7	73	1.21
2165143--2170534	159	34.0	157	65	12	1222	30	18	14	36	1.91
2164968--2170843	476	12.4	475	87	2	8203	30	18	14	35	1.91
2164968--2170835	953	6.2	952	87	2	8166	30	18	14	35	1.91
2173096--2176521	159	21.6	158	65	13	583	36	14	17	30	1.90
2172384--2176521	476	8.7	472	84	3	5137	37	14	17	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2172384--2176521	951	4.4	949	84	3	5324	37	14	17	30	1.90
2181525--2181585	9	7.1	9	74	10	65	13	44	0	42	1.43
2181530--2181606	12	6.9	12	76	19	62	11	48	0	40	1.40
2181497--2181615	42	2.8	42	92	0	193	10	46	0	42	1.43
2183510--2183585	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
2183509--2183594	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
2183500--2183618	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
2190275--2198553	159	52.2	155	64	12	759	30	18	14	36	1.91
2189943--2202220	476	25.8	476	88	1	17185	30	18	14	36	1.91
2200214--2201341	159	7.1	160	64	13	446	31	19	13	35	1.90
2207339--2207457	42	2.8	42	88	0	175	8	44	2	44	1.47
2209065--2213920	476	10.3	474	84	3	5898	30	17	15	36	1.91
2218895--2219013	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
2218928--2219003	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
2218919--2219004	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
2218910--2218980	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
2220910--2222269	472	2.9	474	84	3	1699	30	18	14	36	1.90
2222261--2227832	476	11.7	476	88	2	7419	30	18	14	36	1.91
2222261--2238102	951	16.6	951	84	5	18223	30	18	14	36	1.91
2224668--2227675	159	19.0	156	64	14	392	29	18	14	36	1.91
2228290--2235593	158	46.1	159	64	14	1022	30	18	14	36	1.91
2227844--2235796	475	16.7	476	87	2	10937	30	18	14	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2236184--2236660	158	3.0	157	68	13	395	30	17	15	36	1.91
2236523--2242662	475	13.0	470	81	5	5662	30	18	14	36	1.90
2238098--2242662	476	9.6	475	82	4	5287	30	18	14	36	1.90
2242371--2242953	296	2.0	294	82	6	723	33	18	12	35	1.89
2242985--2243612	316	2.0	315	86	4	874	30	19	13	36	1.91
2242985--2243684	316	2.2	317	84	5	857	30	19	14	36	1.91
2242663--2244376	794	2.2	791	89	1	2587	30	18	13	36	1.90
2242986--2245720	158	17.3	158	66	10	695	30	18	14	36	1.91
2243279--2245576	478	4.8	475	73	9	1662	30	18	14	36	1.91
2245174--2245813	311	2.0	315	85	3	851	31	19	13	35	1.90
2244390--2246291	788	2.4	783	84	3	2426	30	18	14	36	1.91
2245511--2246767	476	2.6	471	82	3	1513	30	19	13	36	1.90
2248531--2248606	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
2248530--2248615	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
2248521--2248639	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
2254116--2260452	158	40.0	158	66	10	671	30	18	14	36	1.91
2254731--2256006	473	2.7	474	83	3	1543	30	18	14	36	1.90
2254412--2261414	317	22.1	315	69	10	1920	30	18	14	36	1.91
2255203--2257034	792	2.3	790	79	5	1702	30	18	14	36	1.91
2255437--2257804	792	3.0	778	77	6	1940	30	18	14	36	1.91
2255995--2257329	475	2.8	472	80	5	1481	30	18	14	36	1.91
2256600--2258069	792	1.9	789	84	2	1975	30	18	14	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2257264--2258543	475	2.7	472	83	3	1516	30	18	14	36	1.91
2257739--2260980	796	4.1	793	86	3	4008	30	18	14	36	1.91
2260140--2261405	476	2.7	472	84	4	1578	30	19	13	36	1.91
2261211--2261608	204	2.0	204	88	2	602	29	17	13	39	1.87
2260735--2262086	681	2.0	680	85	2	1836	30	18	13	37	1.89
2262447--2262499	20	2.6	21	82	8	65	37	15	16	30	1.90
2268704--2268741	13	2.9	13	92	0	58	31	13	18	36	1.89
2270580--2270619	20	2.0	20	100	0	80	45	0	40	15	1.46
2271230--2271254	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2271242--2271294	20	2.6	21	82	8	65	37	15	16	30	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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