genome.fa.s409.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold409
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3905031

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2271336--2271398	19	3.6	19	76	24	84	38	19	17	25	1.93
2271355--2271411	13	3.9	13	74	24	51	36	17	17	28	1.93
2271336--2271411	32	2.4	32	97	0	143	38	18	17	26	1.92
2272161--2273551	476	2.9	474	85	2	1831	31	18	14	35	1.91
2273243--2273868	317	2.0	317	85	1	851	31	18	13	37	1.89
2272741--2274338	793	2.0	792	84	2	2078	31	19	13	36	1.90
2273535--2274819	476	2.7	474	84	1	1637	30	19	13	36	1.91
2272785--2279161	790	8.1	784	74	8	2542	31	18	13	36	1.90
2274820--2277033	949	2.3	950	86	1	3071	31	18	14	36	1.90
2274805--2277033	476	4.7	476	86	1	2963	31	18	14	36	1.90
2276223--2277827	794	2.0	793	85	1	2156	30	18	13	37	1.90
2277021--2278305	477	2.7	473	83	2	1586	31	18	13	37	1.89
2276409--2278809	794	3.0	783	79	5	2254	31	18	13	37	1.89
2278474--2281037	158	16.2	156	66	11	670	30	19	13	35	1.91
2278296--2281881	477	7.6	473	86	2	4349	31	18	13	35	1.91
2278296--2281881	952	3.8	948	85	3	4498	31	18	13	35	1.91
2281890--2283503	475	3.4	471	84	4	1852	36	13	18	31	1.90
2283184--2283835	316	2.1	316	82	3	774	37	14	18	29	1.90
2282709--2284294	792	2.0	790	83	2	2009	36	13	18	30	1.90
2283453--2284949	475	3.1	475	85	2	1878	36	14	18	31	1.90
2284946--2285549	316	1.9	317	86	3	867	30	17	14	37	1.89
2285215--2286962	476	3.7	471	81	5	2030	31	18	13	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2286648--2287270	315	2.0	314	84	2	829	30	18	12	38	1.88
2286769--2287252	158	3.1	154	68	13	374	31	17	11	39	1.86
2286962--2288225	475	2.7	473	84	2	1570	31	19	13	35	1.90
2287905--2288541	316	2.0	317	84	3	836	30	18	14	36	1.91
2290608--2291084	158	3.0	155	71	8	403	30	16	12	40	1.85
2288931--2290845	475	4.1	476	81	4	2147	31	18	13	36	1.90
2290535--2291046	157	3.3	156	71	9	364	32	17	12	37	1.87
2290530--2291153	315	2.0	314	84	2	831	31	18	12	38	1.88
2290036--2291648	791	2.0	792	84	2	2128	31	18	13	36	1.90
2290829--2292109	475	2.7	474	84	1	1604	31	19	13	36	1.90
2291789--2292425	316	2.0	317	84	3	845	30	18	14	36	1.91
2294492--2294968	158	3.0	155	71	8	403	30	16	12	40	1.85
2292815--2294729	475	4.1	476	81	4	2147	31	18	13	36	1.90
2294419--2294930	157	3.3	156	71	9	364	32	17	12	37	1.87
2294414--2295037	315	2.0	314	84	2	831	31	18	12	38	1.88
2293920--2295532	791	2.0	792	84	2	2128	31	18	13	36	1.90
2294713--2295993	475	2.7	474	84	1	1604	31	19	13	36	1.90
2295673--2296309	316	2.0	317	84	3	845	30	18	14	36	1.91
2298376--2298852	158	3.0	155	71	8	403	30	16	12	40	1.85
2296699--2298613	475	4.1	476	81	4	2156	31	18	13	36	1.90
2298303--2298814	157	3.3	156	71	9	364	32	17	12	37	1.87
2298298--2298921	315	2.0	314	84	2	831	31	18	12	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2297804--2299416	791	2.0	792	84	2	2128	31	18	13	36	1.90
2298597--2299877	475	2.7	474	84	1	1604	31	19	13	36	1.90
2299557--2300193	316	2.0	317	84	3	845	30	18	14	36	1.91
2302260--2302736	158	3.0	155	71	8	403	30	16	12	40	1.85
2300583--2302497	475	4.1	476	81	4	2163	31	18	13	36	1.90
2302187--2302698	157	3.3	156	71	9	364	32	17	12	37	1.87
2301688--2303300	791	2.0	792	84	1	2135	31	18	13	36	1.89
2302481--2303761	475	2.7	473	84	2	1633	31	19	13	36	1.90
2302176--2304076	316	6.0	315	72	9	1218	31	18	13	36	1.90
2305136--2305761	316	2.0	316	86	0	865	29	18	14	37	1.90
2304635--2306233	792	2.0	789	86	2	2220	29	18	14	37	1.91
2306848--2307864	316	3.2	315	83	3	1197	30	17	14	37	1.90
2307955--2308594	315	2.0	317	86	1	908	29	18	14	37	1.91
2305955--2309073	790	3.9	789	77	7	2951	30	18	14	36	1.91
2308291--2310944	475	5.6	474	80	6	2296	30	17	14	36	1.91
2310701--2311968	157	8.0	155	66	12	440	31	17	13	37	1.89
2311415--2312036	316	2.0	318	85	2	847	31	18	14	36	1.90
2311734--2324446	474	26.8	472	89	2	16266	30	17	14	37	1.90
2315413--2323675	158	52.3	159	65	16	2104	30	17	14	37	1.90
2324065--2324662	315	1.9	315	85	2	824	30	16	14	38	1.88
2329939--2330001	12	5.8	12	67	27	50	12	47	0	39	1.42
2329965--2330025	9	7.1	9	72	10	56	11	44	1	42	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2329937--2330055	42	2.8	42	89	0	175	10	44	0	44	1.43
2332729--2333390	159	4.2	158	67	10	407	30	17	14	36	1.91
2332681--2333974	476	2.7	473	87	3	1776	30	18	14	37	1.90
2333978--2337579	475	7.6	475	84	3	4208	31	17	13	36	1.90
2337177--2337828	316	2.1	316	83	2	817	29	18	14	37	1.90
2337440--2345548	475	17.1	475	77	7	3879	31	18	13	36	1.90
2337494--2345548	949	8.5	937	74	9	3660	31	18	13	36	1.90
2339919--2340587	316	2.1	315	81	5	762	29	17	15	37	1.91
2339419--2340984	791	2.0	781	83	3	1978	30	18	14	36	1.90
2342078--2342741	315	2.1	314	83	2	783	30	18	13	36	1.90
2342952--2343442	158	3.1	156	66	9	382	30	19	12	37	1.89
2342885--2343495	316	1.9	316	89	1	956	31	19	13	36	1.90
2342914--2343565	316	2.1	316	86	2	900	31	20	13	35	1.90
2341589--2343954	791	3.0	789	84	2	3034	31	18	13	36	1.90
2343203--2345548	474	4.9	473	82	3	2759	30	19	13	35	1.91
2345839--2345912	20	3.7	20	81	3	103	35	13	20	31	1.91
2345857--2345932	21	3.7	21	80	3	100	39	11	19	28	1.87
2345839--2345932	41	2.3	41	98	0	179	37	12	20	29	1.90
2345971--2345996	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2348211--2348255	21	2.1	21	84	8	56	51	4	20	24	1.66
2354568--2354641	20	3.7	20	81	3	103	35	13	20	31	1.91
2354586--2354661	21	3.7	21	80	3	100	39	11	19	28	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2354568--2354661	41	2.3	41	98	0	179	37	12	20	29	1.90
2354700--2354725	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2355996--2356602	316	1.9	315	83	5	787	30	17	14	37	1.90
2356264--2358023	475	3.7	476	83	2	2126	30	18	13	37	1.90
2355488--2357071	791	2.0	779	83	3	1951	30	18	13	36	1.89
2357719--2358339	316	2.0	316	84	2	827	30	17	14	38	1.89
2358419--2358707	158	1.8	159	88	0	445	30	18	14	36	1.91
2358972--2359012	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
2359052--2359122	20	3.6	19	77	7	70	40	16	12	29	1.86
2359092--2359228	53	2.6	53	96	1	247	37	18	17	27	1.93
2359252--2359282	10	3.1	10	95	0	53	25	29	3	41	1.71
2359293--2359389	47	2.1	47	92	3	160	27	22	11	38	1.89
2360229--2362347	476	4.4	475	82	4	2389	31	17	13	37	1.89
2362396--2364031	475	3.4	471	84	3	1985	30	18	13	37	1.90
2364494--2369320	475	10.2	474	82	3	5478	30	18	14	37	1.90
2369320--2371344	476	4.3	474	81	4	2186	30	18	13	37	1.90
2371313--2375034	476	7.8	476	83	2	4515	31	18	14	36	1.90
2371313--2375012	950	3.9	947	84	2	4727	31	18	14	36	1.90
2371143--2374997	159	24.4	158	65	11	518	31	18	14	36	1.90
2374615--2375434	422	1.9	420	91	0	1325	31	19	13	35	1.90
2375035--2379138	939	4.3	940	91	1	6313	31	17	13	36	1.89
2382955--2382992	20	2.1	18	85	14	51	31	15	15	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2383011--2383036	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2383081--2383132	13	3.5	13	73	26	50	36	17	13	32	1.89
2383089--2383151	19	3.7	18	76	24	73	36	17	12	33	1.88
2383081--2383151	32	2.2	32	97	0	133	36	18	12	32	1.88
2383500--2383553	20	2.7	20	91	5	83	38	18	11	31	1.86
2383580--2383636	19	2.9	20	84	5	71	31	17	17	33	1.93
2387904--2388187	52	5.6	49	78	8	185	30	17	26	25	1.97
2387852--2388708	87	9.3	99	80	8	469	30	18	25	25	1.98
2387940--2388225	52	5.6	52	83	5	352	30	17	26	26	1.97
2388205--2388658	39	10.7	39	72	16	296	28	19	25	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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