genome.fa.s409.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold409
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3905031

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2575756--2575834	28	2.8	28	88	5	106	26	20	24	29	1.99
2575760--2575850	29	3.1	29	88	3	121	27	17	27	27	1.98
2575856--2575939	31	2.7	31	98	0	159	22	26	25	26	2.00
2575928--2576049	37	3.4	35	76	9	95	31	16	22	30	1.96
2575949--2576086	37	3.8	37	79	10	124	29	17	20	32	1.95
2575985--2576092	37	2.9	37	81	8	130	30	14	18	36	1.91
2578953--2578997	21	2.1	21	100	0	90	24	28	17	28	1.97
2580095--2580283	61	3.1	61	79	0	173	26	27	8	37	1.86
2580135--2580290	61	2.6	61	83	0	186	25	28	8	37	1.85
2580943--2580993	20	2.5	20	87	3	66	41	9	15	33	1.80
2581038--2581093	20	2.8	20	100	0	112	44	10	14	30	1.79
2581041--2581136	20	4.7	20	83	12	81	36	14	13	35	1.86
2590597--2590622	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2590579--2590642	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
2595189--2596195	158	6.4	157	72	8	616	36	13	17	32	1.89
2600372--2600446	20	3.8	20	83	3	80	29	16	12	42	1.83
2602749--2603316	79	7.2	78	72	10	332	28	25	13	32	1.94
2602908--2603018	51	2.2	51	90	0	168	30	25	11	32	1.91
2603009--2603079	28	2.5	28	86	0	88	23	28	19	28	1.99
2602958--2603160	107	1.9	107	85	4	284	27	25	14	32	1.94
2607134--2607176	15	2.9	15	86	6	61	86	0	13	0	0.58
2607136--2607176	21	1.9	22	90	5	66	85	0	14	0	0.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2608688--2608983	154	1.9	155	83	2	389	24	16	19	38	1.92
2613835--2613877	22	1.9	23	85	4	61	20	18	4	55	1.60
2614771--2614822	6	8.7	6	76	16	54	76	1	21	0	0.87
2614768--2614822	18	3.2	18	79	5	60	78	1	20	0	0.85
2615446--2615665	114	1.9	113	90	0	350	35	19	14	30	1.91
2616084--2616181	31	3.0	31	83	7	124	32	11	25	30	1.91
2621988--2622038	19	2.6	20	84	9	70	29	15	15	39	1.89
2622086--2622194	52	2.1	53	87	1	157	34	12	13	38	1.83
2622617--2622710	31	2.9	34	76	13	108	32	9	24	32	1.88
2624258--2624387	35	3.8	35	75	6	90	26	20	10	43	1.84
2624421--2624810	47	8.3	47	81	2	354	23	22	15	38	1.92
2624418--2624810	94	4.2	94	82	1	396	22	22	15	38	1.92
2624455--2624817	141	2.6	140	84	1	467	22	23	15	38	1.93
2624950--2625070	43	2.9	41	75	4	116	16	20	14	48	1.80
2626927--2626977	12	4.3	11	81	16	57	82	1	15	0	0.76
2626927--2626963	14	2.8	14	88	8	51	83	0	16	0	0.64
2626927--2626974	24	2.0	25	91	4	80	81	2	16	0	0.79
2628497--2628954	155	3.0	153	77	6	449	25	18	18	37	1.94
2635840--2635893	20	2.7	20	80	13	67	35	11	16	37	1.84
2641310--2641349	13	3.1	13	96	0	71	30	15	12	42	1.83
2643804--2643939	20	6.7	20	70	16	84	30	16	18	34	1.93
2657098--2657151	20	2.7	20	88	2	81	35	18	11	35	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2656827--2657514	341	2.0	341	99	0	1358	39	14	13	32	1.85
2657439--2657492	20	2.7	20	88	2	81	35	18	11	35	1.86
2660963--2661023	22	2.8	22	77	5	61	77	4	6	11	1.12
2661862--2661957	28	3.4	28	75	5	104	28	27	21	22	1.99
2662307--2662375	13	5.5	13	75	13	63	33	13	18	34	1.90
2662323--2662375	12	4.2	12	83	11	63	33	13	20	32	1.91
2662428--2662461	12	2.8	12	90	0	50	47	14	0	38	1.45
2662775--2662827	27	1.9	27	85	11	72	30	28	16	24	1.97
2663523--2663572	20	2.5	20	80	0	55	32	14	18	36	1.90
2669150--2669182	16	2.0	17	88	5	50	9	9	12	69	1.36
2669817--2669846	15	2.0	15	100	0	60	13	40	20	26	1.89
2672380--2672413	16	2.1	16	94	0	59	44	8	2	44	1.50
2682384--2682437	20	2.7	20	82	5	65	38	16	14	29	1.89
2682466--2682520	19	2.8	20	80	5	67	38	16	12	32	1.86
2696781--2696808	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
2696853--2696885	13	2.5	13	100	0	66	33	18	15	33	1.92
2697555--2699692	49	43.4	49	80	3	2136	33	17	24	24	1.96
2699710--2700070	29	12.5	29	78	6	259	21	16	31	29	1.96
2699757--2700102	29	11.9	29	80	4	374	23	17	31	28	1.97
2699757--2700103	59	5.9	58	84	6	434	23	17	31	28	1.97
2699735--2700095	116	3.1	116	89	1	535	21	17	31	29	1.96
2701003--2701054	21	2.6	20	93	6	88	46	15	11	26	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2705069--2705099	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2707181--2707218	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
2707330--2707375	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
2709648--2709703	20	2.8	19	89	5	76	39	14	16	30	1.88
2709773--2709798	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2709755--2709819	34	2.0	33	90	6	105	44	13	12	29	1.81
2711475--2711521	17	2.8	17	84	12	53	0	0	19	80	0.70
2711475--2711521	21	2.3	20	89	10	69	0	0	19	80	0.70
2724606--2724639	16	2.1	16	94	0	59	58	17	14	8	1.61
2725467--2725561	19	5.7	18	68	27	75	35	17	12	33	1.88
2725460--2725561	32	3.2	32	94	0	177	36	17	12	33	1.88
2725486--2725510	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2726295--2726389	47	2.0	47	85	0	127	36	15	25	22	1.93
2726454--2727086	49	12.8	49	78	4	605	33	18	24	24	1.96
2726508--2727097	150	4.0	147	79	4	631	34	17	23	24	1.96
2726448--2727087	199	3.2	197	90	2	948	34	17	24	24	1.96
2727003--2727086	43	2.0	43	92	0	141	35	21	19	23	1.96
2727093--2727339	29	8.5	31	75	9	118	22	18	28	31	1.97
2727106--2727434	57	5.7	56	79	7	282	21	17	30	30	1.96
2727152--2727441	29	10.0	29	81	3	332	23	17	30	28	1.97
2727554--2727581	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
2727636--2727693	19	3.4	18	73	26	63	36	17	12	34	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2727653--2727677	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2727627--2727693	32	2.1	32	94	0	116	35	17	11	34	1.87
2728438--2729457	49	20.5	49	78	5	947	33	17	24	24	1.96
2729522--2729774	29	8.8	28	78	7	105	19	18	30	31	1.96
2729561--2729863	57	5.2	57	87	2	417	20	17	31	30	1.96
2729576--2729871	29	10.1	30	82	6	367	22	16	32	28	1.96
2729561--2729871	116	2.7	116	87	5	448	21	16	32	29	1.95
2729984--2730008	13	1.9	13	100	0	50	44	8	16	32	1.76
2730055--2730106	13	3.5	13	73	26	50	36	17	13	32	1.89
2730063--2730125	19	3.6	19	76	24	84	38	15	12	33	1.86
2730055--2730125	32	2.2	32	100	0	142	38	16	12	32	1.87
2735730--2735813	37	2.3	37	97	0	159	23	16	15	44	1.86
2736179--2736423	28	8.8	27	85	9	316	32	29	18	19	1.96
2736173--2736443	55	4.9	56	84	8	347	32	29	17	19	1.95
2736180--2736443	84	3.2	84	91	2	415	33	29	18	19	1.95
2736172--2736486	112	2.8	113	83	8	349	32	29	18	20	1.96
2736486--2736717	49	4.7	49	92	0	374	24	25	15	34	1.95
2736486--2736885	49	8.0	49	82	5	356	25	25	15	33	1.95
2737550--2737576	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2742416--2743007	165	3.6	165	87	1	812	30	9	8	50	1.66
2743511--2743605	11	8.5	11	72	19	72	70	2	20	7	1.21
2743518--2743605	33	2.7	33	90	0	140	72	2	18	6	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2743511--2743603	12	8.3	12	70	22	69	69	2	20	7	1.23
2744352--2744418	36	1.9	35	85	11	93	31	25	10	32	1.89
2744859--2744901	22	2.0	22	95	0	77	37	13	20	27	1.91
2744960--2744990	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78
2745018--2745042	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2745123--2745163	21	2.0	21	85	9	57	36	12	14	36	1.84
2746481--2746836	155	2.3	156	85	4	470	25	19	18	36	1.94
2749331--2749364	17	2.0	18	88	11	54	5	5	5	82	0.95
2749340--2749374	14	2.6	13	82	8	52	2	5	8	82	0.91
2759685--2759791	12	8.7	12	67	29	57	46	0	2	49	1.22

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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