genome.fa.s409.2.7.7.80.10.50.1000.18.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold409
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3905031

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   

This is table  18  of  25  ( 2882 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2765975--2766424	154	2.9	150	76	5	429	33	9	8	48	1.66
2767108--2767132	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2767088--2767153	32	2.0	33	94	2	116	34	12	16	36	1.86
2767194--2767218	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2767227--2767355	52	2.5	52	94	0	222	34	16	18	30	1.93
2770781--2770815	18	1.9	18	88	11	54	31	5	17	45	1.71
2772530--2772604	20	3.8	20	78	0	87	34	13	12	40	1.81
2772530--2772607	40	2.0	39	87	2	111	34	12	12	39	1.82
2773516--2773572	22	2.5	24	88	11	100	17	10	8	63	1.51
2773525--2773579	22	2.6	21	88	5	58	20	9	9	61	1.52
2786637--2786689	11	4.6	11	78	17	54	84	9	1	3	0.81
2786639--2786689	13	3.4	15	76	15	52	86	7	1	3	0.77
2786638--2786673	13	2.8	13	91	0	63	91	8	0	0	0.41
2787912--2789505	29	53.9	29	92	2	1883	29	33	17	19	1.95
2787912--2789505	57	27.0	58	91	2	1883	29	33	17	19	1.95
2787911--2789517	86	18.1	85	90	2	1871	29	33	17	19	1.95
2790045--2790119	20	3.8	20	78	0	87	34	13	12	40	1.81
2790045--2790122	40	2.0	39	87	2	111	34	12	12	39	1.82
2791031--2791087	22	2.5	24	88	11	100	17	10	8	63	1.51
2791040--2791094	22	2.6	21	88	5	58	20	9	9	61	1.52
2800161--2800279	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
2800194--2800269	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2800185--2800270	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
2800176--2800246	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
2802235--2802267	2	16.5	2	93	0	57	3	0	45	51	1.16
2802465--2802519	21	2.7	20	80	2	65	41	9	16	32	1.80
2803481--2803639	85	1.9	84	85	1	219	37	13	20	29	1.90
2803896--2803956	19	3.5	19	71	28	64	34	13	14	37	1.85
2803894--2803964	32	2.2	32	95	5	126	32	12	16	38	1.87
2807523--2807548	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2807503--2807573	19	4.0	18	72	25	53	26	12	21	39	1.89
2810075--2810112	13	2.9	13	92	0	67	39	15	13	31	1.86
2812165--2812194	15	2.0	15	93	0	51	13	20	16	50	1.78
2814007--2814051	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
2820160--2820276	52	2.3	52	88	5	175	41	12	17	28	1.87
2820315--2820387	20	3.6	20	90	1	101	31	19	10	38	1.86
2820914--2820970	20	2.8	20	86	7	71	38	14	12	35	1.83
2824461--2824486	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2824440--2824504	32	2.0	34	90	6	107	27	12	15	44	1.82
2824556--2824611	20	2.8	20	91	5	87	30	17	14	37	1.90
2824772--2824805	15	2.3	15	100	0	68	50	8	8	32	1.64
2827048--2827085	13	2.9	13	92	0	58	31	13	18	36	1.89
2830856--2830881	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2830835--2830899	32	2.0	34	90	6	107	27	12	15	44	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2830930--2831003	20	3.7	20	82	8	78	29	17	13	39	1.88
2834341--2834420	34	2.5	33	88	10	112	36	22	11	30	1.89
2847846--2848034	32	5.9	32	82	0	234	26	29	21	23	1.99
2847844--2848036	96	2.0	96	90	0	305	27	29	20	22	1.99
2848142--2848386	49	4.9	49	77	5	197	24	23	17	34	1.96
2848143--2848539	150	2.6	150	80	4	411	26	24	15	33	1.95
2848401--2848531	52	2.5	52	76	7	140	28	26	14	30	1.95
2853592--2853714	52	2.4	51	79	6	140	32	12	25	30	1.92
2856078--2856103	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2856057--2856123	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
2856143--2856210	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
2856165--2856189	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2856146--2856208	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
2856246--2856323	21	3.8	21	86	8	115	33	11	16	38	1.85
2856246--2856327	41	2.0	40	88	6	121	34	10	17	37	1.85
2859919--2860039	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
2859919--2860059	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
2860048--2860072	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2860139--2860163	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2861100--2862100	49	20.6	49	85	5	1318	32	17	25	23	1.97
2861043--2862100	98	10.8	98	95	2	1675	32	17	25	23	1.97
2862396--2863764	55	24.4	55	86	8	1779	22	19	29	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2862728--2862812	27	3.1	27	61	15	66	23	18	29	28	1.98
2863132--2863214	27	3.0	27	60	16	62	21	19	30	28	1.98
2863465--2863547	27	3.0	27	60	16	62	21	19	30	28	1.98
2863630--2863712	27	3.0	27	60	16	62	21	19	30	28	1.98
2869861--2870057	79	2.5	78	83	4	218	28	16	28	25	1.97
2872551--2872576	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2872530--2872596	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
2872616--2872683	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
2872638--2872662	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2872619--2872681	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
2872719--2872796	21	3.8	21	86	8	115	32	12	16	38	1.87
2872719--2872800	41	2.0	40	88	6	121	32	12	17	37	1.86
2873476--2873514	20	2.0	19	90	5	60	43	15	7	33	1.75
2878364--2878392	14	2.1	14	100	0	58	34	6	37	20	1.80
2878620--2878675	26	2.2	26	87	6	78	69	3	1	25	1.14
2879784--2880184	66	6.1	64	74	7	232	39	18	24	17	1.91
2879811--2880157	131	2.6	131	79	5	315	40	18	24	17	1.91
2879886--2880424	66	8.2	66	73	5	219	40	15	24	20	1.90
2880088--2880355	132	2.0	132	82	4	326	38	13	25	21	1.91
2879858--2880424	198	2.9	198	79	4	565	40	15	24	19	1.90
2880130--2880431	132	2.3	132	77	4	293	40	12	24	22	1.89
2880610--2880760	64	2.3	65	82	4	171	41	17	21	19	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2882265--2882313	24	2.1	24	84	3	64	34	6	0	59	1.22
2883113--2883150	20	1.9	20	94	0	67	34	7	23	34	1.84
2885648--2885929	80	3.5	80	87	0	393	26	28	13	31	1.94
2885604--2885941	80	4.2	81	84	3	384	26	27	12	33	1.92
2885877--2886002	61	2.0	62	93	1	218	23	32	15	28	1.95
2885716--2886142	222	1.9	220	82	5	522	26	27	13	32	1.94
2885946--2886220	79	3.5	76	76	9	241	28	25	13	33	1.93
2891412--2891497	35	2.6	35	83	12	110	32	24	11	31	1.91
2892032--2892083	20	2.6	20	90	6	79	38	15	17	28	1.90
2892744--2892850	37	2.9	37	91	4	162	14	36	0	47	1.51
2894052--2894118	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
2894072--2894096	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2894159--2894183	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2894192--2894368	52	3.4	52	95	0	309	37	18	16	28	1.92
2901490--2901541	18	2.9	17	82	5	50	82	5	9	1	0.90
2902472--2902596	31	4.0	31	86	5	144	24	28	15	32	1.95
2902535--2902992	35	13.8	34	79	11	443	20	33	12	33	1.90
2902567--2902958	95	4.0	98	84	9	464	20	33	12	33	1.90
2902758--2902819	28	2.2	28	82	0	79	22	33	11	32	1.90
2902566--2902993	68	6.4	69	80	11	477	20	33	12	33	1.90
2903031--2904268	49	25.7	49	87	5	1796	25	26	17	30	1.97
2903031--2904268	195	6.4	195	88	5	1776	25	26	17	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2904179--2904332	52	2.9	53	77	4	175	25	23	14	36	1.93
2905034--2905091	20	3.0	20	84	2	73	31	10	12	46	1.74
2905130--2905154	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2905163--2905331	52	3.2	52	89	3	234	31	17	17	33	1.94
2911792--2911851	31	2.0	31	90	3	95	30	25	13	31	1.93
2912289--2912345	21	2.8	21	83	2	80	36	17	8	36	1.81
2915281--2915311	3	10.3	3	92	0	53	38	0	32	29	1.57
2915856--2915924	32	2.1	33	89	2	104	36	10	15	37	1.82
2915962--2915986	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2915975--2916123	52	2.9	51	87	4	201	34	17	17	30	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25