genome.fa.s409.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold409
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3905031

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
679804--679902	51	1.9	51	89	0	153	43	11	15	30	1.81
686200--686233	13	2.6	13	90	0	59	35	17	14	32	1.91
692394--692465	33	2.2	33	87	0	99	36	16	9	37	1.82
696194--696238	18	2.4	19	88	3	65	71	11	2	15	1.24
696194--696250	18	3.1	17	80	7	51	70	10	1	17	1.24
696799--696903	34	3.1	34	85	0	120	40	18	29	11	1.85
698468--698628	69	2.4	68	83	5	218	28	19	12	39	1.88
700683--700707	12	2.1	12	100	0	50	24	8	8	60	1.52
701781--701827	23	2.0	23	88	8	69	74	4	12	8	1.19
702103--702134	14	2.2	15	94	5	57	75	9	15	0	1.05
703036--703582	28	19.4	28	83	3	497	29	27	17	24	1.97
703036--703582	57	9.7	56	82	4	537	29	27	17	24	1.97
703036--703582	85	6.5	84	82	4	564	29	27	17	24	1.97
703522--704466	32	30.0	30	74	8	314	29	29	18	22	1.97
703666--704466	32	25.2	32	74	8	398	29	30	17	22	1.97
703664--704466	64	12.7	61	75	8	447	29	30	17	22	1.97
703666--704466	95	8.4	94	75	9	540	29	30	17	22	1.97
703749--704453	126	5.6	125	73	12	368	29	30	17	21	1.97
704477--704820	174	2.0	174	89	0	526	25	25	11	37	1.90
705511--705610	20	5.1	20	68	25	63	73	7	1	19	1.12
705547--705611	7	9.0	7	74	12	51	73	6	0	20	1.03
705549--705611	15	3.8	15	73	20	54	73	6	0	20	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
705547--705608	22	3.0	20	83	7	70	74	6	0	19	1.03
706260--706489	88	2.6	88	83	4	282	40	32	15	11	1.84
706485--706562	29	3.1	23	80	17	68	65	17	14	2	1.38
706521--706572	17	3.4	17	65	25	51	63	19	9	7	1.48
706510--706575	29	2.3	29	97	0	123	66	18	9	6	1.40
707768--707793	13	2.0	13	100	0	52	53	7	0	38	1.30
707853--708008	69	2.3	70	81	2	190	28	21	11	38	1.88
710207--710232	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
712020--712058	13	3.0	13	92	0	60	38	15	15	30	1.88
714112--714142	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
715946--715990	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
718215--718240	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
718279--718351	20	3.6	20	81	9	76	30	16	13	39	1.87
718299--718354	20	2.8	20	89	5	78	30	16	14	39	1.88
725763--725807	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
727611--727641	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
729720--729745	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
733170--733333	46	3.6	45	89	2	213	18	20	15	45	1.86
733343--734179	80	10.3	81	75	9	582	22	20	13	43	1.86
733758--733883	35	3.3	35	65	21	90	23	19	10	46	1.80
733867--734008	45	3.4	44	68	19	131	23	26	11	38	1.89
733551--734179	161	3.9	159	78	6	569	23	21	12	42	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
734107--735565	46	34.4	45	67	21	384	21	21	14	42	1.88
734052--734344	127	2.3	128	82	4	353	22	21	12	42	1.87
734232--734684	45	10.4	45	69	15	195	23	20	13	42	1.88
734103--735888	171	10.7	170	74	12	1009	21	21	14	43	1.88
734322--734649	127	2.6	127	81	8	377	22	21	13	42	1.88
734530--735565	45	24.4	45	67	18	239	21	20	14	43	1.88
734747--735888	81	13.8	79	76	10	713	20	20	14	43	1.87
735123--735350	125	1.8	125	82	6	291	17	21	15	45	1.85
735123--735358	126	1.9	125	81	6	289	18	20	15	45	1.85
735744--736056	125	2.5	123	80	10	341	19	21	15	44	1.87
735946--736056	44	2.5	45	86	7	154	20	21	16	41	1.90
738222--738264	12	3.6	12	81	12	52	81	4	13	0	0.84
739243--739281	9	3.8	10	83	16	53	71	0	0	28	0.86
747323--747394	28	2.6	28	84	10	94	23	18	34	23	1.96
747383--747720	52	6.4	52	68	17	178	31	12	26	30	1.93
747316--747722	212	1.9	213	89	3	633	30	13	27	28	1.94
747535--747610	27	2.8	28	89	2	109	21	21	34	23	1.97
750078--750103	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
750057--750123	33	2.0	33	88	0	98	41	16	16	25	1.88
750926--755123	55	76.3	55	93	3	6794	21	20	29	28	1.98
750926--760349	110	85.2	110	85	7	11062	22	19	28	28	1.98
751523--751663	27	5.1	27	61	16	65	22	18	30	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
751688--751773	27	3.1	27	62	15	68	23	18	30	27	1.98
752183--752323	27	5.1	27	59	16	65	22	19	29	28	1.98
752623--752763	27	5.1	27	59	16	65	22	19	29	28	1.98
753063--753203	27	5.1	27	59	16	65	22	19	29	28	1.98
754218--754303	27	3.1	27	62	15	68	23	18	30	27	1.98
754657--754746	26	3.3	26	66	14	65	20	16	34	28	1.94
754936--755076	26	5.2	26	65	21	92	17	19	34	29	1.95
756172--760349	55	76.0	55	93	3	6808	21	20	29	28	1.98
756749--756889	27	5.1	27	61	16	65	21	19	30	28	1.98
756914--756999	27	3.1	27	62	15	68	23	18	30	27	1.98
757409--757549	27	5.1	27	59	16	65	22	19	29	28	1.98
757849--757989	27	5.1	27	59	16	65	22	19	29	28	1.98
758289--758429	27	5.1	27	59	16	65	22	19	29	28	1.98
759444--759529	27	3.1	27	62	15	68	23	18	30	27	1.98
759883--759972	26	3.3	26	66	14	65	20	16	34	28	1.94
760162--760302	26	5.2	26	65	21	92	17	19	34	29	1.95
761333--761381	12	3.8	12	80	15	53	0	4	10	85	0.71
761333--761380	14	3.5	14	85	2	62	0	4	8	87	0.66
773852--773923	28	2.6	29	80	13	87	25	18	33	23	1.97
773912--774249	52	6.4	52	68	17	178	31	12	26	29	1.93
773913--774249	104	3.2	102	70	14	272	31	12	26	29	1.93
774064--774139	27	2.8	28	89	2	109	21	21	34	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
779264--779316	20	2.7	20	88	8	74	37	16	13	32	1.88
779349--779400	20	2.6	20	96	0	95	34	19	11	34	1.88
786175--786240	13	5.5	13	77	20	81	36	16	13	33	1.88
786285--786344	20	3.0	20	82	7	86	36	18	13	31	1.89
786285--786340	19	2.8	20	91	2	87	37	17	14	30	1.90
786325--786351	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
795000--795052	13	4.5	13	71	26	55	35	16	13	33	1.88
795000--795068	33	2.1	33	89	5	104	36	18	13	31	1.89
795097--795149	20	2.7	20	91	2	81	37	18	13	30	1.89
795138--795162	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
804087--804125	15	2.5	15	87	4	51	2	23	0	74	0.94
804347--804379	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
809008--809033	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
814463--814487	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
814443--814510	32	2.1	33	91	2	111	38	14	14	32	1.87
815580--815608	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
816536--816820	78	3.7	77	79	7	265	35	17	11	35	1.86
816535--816816	155	1.8	157	80	6	349	34	17	12	36	1.86
816870--816981	29	3.9	27	68	20	68	47	13	11	27	1.77
816871--817484	58	10.6	57	72	12	330	44	14	11	29	1.80
816901--817366	174	2.7	173	79	7	450	44	12	11	30	1.79
817208--817295	29	3.0	30	73	17	76	42	12	13	31	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
817325--817476	29	5.2	29	62	17	73	46	17	11	25	1.82
816871--817479	174	3.5	174	76	6	425	44	13	11	29	1.80
818229--818281	20	2.7	20	79	5	63	32	20	13	33	1.91
819435--819816	58	6.6	58	75	7	317	45	14	13	27	1.82
819533--819742	29	7.2	29	67	21	100	45	14	11	28	1.80
819429--819816	116	3.3	115	84	3	476	44	14	13	27	1.82
819434--819822	174	2.2	172	77	6	388	45	14	13	26	1.82
821364--821982	308	2.0	308	99	0	1211	33	13	12	39	1.83
825368--825399	15	2.1	15	94	0	55	43	0	28	28	1.55
833001--833044	23	1.9	23	86	9	63	29	6	22	40	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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